genome.fa.s8888.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008888.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112153_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1025554

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2327--2417	45	2.0	46	91	2	148	27	25	19	27	1.99
3182--3567	54	7.2	54	84	1	490	29	14	19	35	1.92
18238--18315	37	2.1	37	95	0	138	28	29	5	37	1.79
19929--19993	30	2.2	30	78	18	73	46	6	10	36	1.64
20231--20286	8	6.8	8	80	15	51	66	1	3	28	1.19
20384--20443	26	2.5	23	77	15	59	53	8	13	25	1.67
20389--20441	26	2.0	26	81	0	61	54	7	15	22	1.65
21276--21353	2	39.5	2	97	2	149	50	0	0	50	1.00
22540--22567	6	4.7	6	100	0	56	50	0	32	17	1.47
24392--24441	20	2.5	20	80	0	64	38	2	12	48	1.52
24508--24599	40	2.3	38	83	12	105	34	5	13	46	1.65
24525--24599	21	3.7	20	87	8	107	36	5	13	45	1.66
29162--29200	19	2.0	20	90	5	62	33	5	0	61	1.18
30112--30172	31	2.0	31	93	6	106	22	16	13	47	1.81
32918--32992	35	2.1	36	90	2	116	30	1	25	42	1.63
34885--34959	35	2.1	35	97	0	141	44	25	0	30	1.55
34955--35031	35	2.2	35	85	0	109	38	0	19	41	1.52
51532--51571	20	2.1	19	86	9	55	35	12	27	25	1.92
55166--55192	10	2.7	10	100	0	54	62	25	0	11	1.28
61247--61563	54	5.8	54	80	5	334	27	16	19	36	1.94
61247--61564	108	2.9	107	83	7	374	27	16	19	36	1.94
65458--65507	21	2.4	21	96	0	91	16	12	10	62	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66829--66880	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
67235--67309	29	2.6	28	95	2	132	52	4	6	37	1.47
67235--67309	28	2.6	29	93	2	125	52	4	6	37	1.47
69938--70089	45	3.4	45	90	0	205	33	17	8	40	1.80
69952--70126	90	1.9	90	80	4	201	32	19	9	38	1.84
69949--70126	45	4.0	43	80	8	151	32	19	9	38	1.84
71908--72128	103	2.2	102	96	1	408	25	13	24	36	1.92
72140--72202	23	2.7	23	90	0	90	20	26	26	25	1.99
73290--73343	19	2.7	20	81	13	65	24	33	12	29	1.92
79455--79642	45	4.2	45	79	2	164	31	19	9	39	1.84
80046--80103	22	2.8	20	75	10	62	24	29	15	31	1.95
80050--80270	95	2.3	95	85	1	273	29	25	15	29	1.96
81009--81054	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
82021--82114	46	2.0	46	97	0	179	34	31	17	17	1.92
87782--87824	17	2.5	17	92	3	68	16	11	39	32	1.84
99253--99328	31	2.5	31	83	12	102	13	25	31	30	1.93
103533--103618	32	2.7	31	80	7	102	13	29	29	27	1.95
105334--105408	29	2.5	30	86	4	107	32	13	34	20	1.91
105665--105716	25	2.1	25	82	7	61	21	7	44	26	1.79
106697--107072	43	8.5	42	71	15	187	52	6	16	24	1.67
106737--107072	43	7.6	43	72	14	201	52	6	16	23	1.67
114784--114830	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116587--116890	46	6.6	46	91	0	473	23	22	14	40	1.90
124340--124385	21	2.1	22	84	4	58	63	2	8	26	1.35
129289--129438	48	3.2	48	60	14	112	31	18	5	45	1.71
129295--129483	94	2.0	95	97	1	362	30	16	5	47	1.69
129553--129778	46	4.9	46	85	0	274	24	22	12	41	1.88
129744--129807	29	2.2	29	91	0	101	25	20	17	37	1.93
131688--131766	3	26.0	3	79	2	86	39	1	1	58	1.14
131677--131751	24	3.2	24	90	5	120	40	1	0	58	1.06
132708--132747	21	1.9	21	89	0	62	50	2	10	37	1.50
133041--133085	22	2.1	22	88	12	67	28	0	4	66	1.11
133163--133192	15	2.0	15	93	0	51	43	3	0	53	1.17
134392--137134	910	3.0	909	94	2	4866	31	22	13	33	1.92
145047--145360	156	2.0	158	97	1	596	34	18	16	30	1.94
151350--151423	22	3.4	22	94	0	121	39	17	14	28	1.89
151359--151417	10	5.5	10	73	15	55	40	16	16	25	1.90
151350--151407	12	5.2	12	70	16	52	41	17	13	27	1.87
151359--151425	12	6.1	11	73	16	59	38	17	16	26	1.91
151767--151904	45	3.1	45	80	1	143	31	21	7	39	1.81
154324--154358	18	1.9	18	94	0	61	25	31	22	20	1.98
157551--157580	10	2.9	10	95	5	51	0	13	0	86	0.57
159104--159218	21	5.6	21	86	2	117	20	19	25	34	1.96
159146--159360	20	10.6	20	79	7	220	15	21	24	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159125--159360	41	5.8	40	78	8	181	16	21	25	37	1.93
159125--159360	61	3.9	61	87	6	370	16	21	25	37	1.93
159103--159363	81	3.2	81	81	6	258	18	20	24	36	1.94
160023--160074	5	9.6	5	97	2	68	0	19	53	26	1.45
160026--160078	6	9.5	6	97	2	78	0	16	54	28	1.43
160178--160270	22	4.4	22	74	9	95	36	24	18	20	1.95
160156--160270	22	5.6	20	70	11	72	37	23	18	20	1.94
160262--160334	20	3.6	20	77	3	92	38	24	21	15	1.92
160282--160355	21	3.6	21	75	3	87	35	25	18	20	1.96
160219--160359	41	3.5	41	90	6	200	37	22	19	19	1.94
167148--167222	17	4.4	16	75	9	60	41	8	14	36	1.76
168435--168475	17	2.5	17	92	4	66	24	19	0	56	1.42
170809--170851	17	2.5	17	92	0	68	41	6	16	34	1.75
172075--172115	17	2.5	17	96	4	75	24	21	0	53	1.46
172149--172195	17	2.8	17	93	0	76	21	14	0	63	1.30
174477--174531	17	3.2	17	79	5	56	40	7	14	38	1.74
174487--174530	18	2.5	18	85	10	56	45	9	9	36	1.68
177707--177731	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
181227--181277	18	2.9	17	77	5	57	52	5	1	39	1.37
188319--188356	15	2.7	15	88	8	53	47	0	0	52	1.00
188413--188454	22	2.0	22	86	9	61	45	0	2	52	1.13
188594--188695	39	2.6	38	74	10	98	42	1	16	39	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190016--190089	33	2.2	35	85	4	98	60	4	1	33	1.24
190030--190089	18	3.3	18	88	4	86	65	3	0	31	1.09
190015--190052	14	2.6	15	83	4	51	57	5	2	34	1.35
190738--190784	21	2.2	21	81	7	60	42	2	10	44	1.51
190760--190991	38	6.3	38	80	13	204	43	5	9	41	1.59
190987--191036	22	2.3	22	85	0	73	46	2	6	46	1.39
191009--191062	29	2.0	26	89	10	81	42	0	7	50	1.30
191011--191071	29	2.1	28	82	14	72	44	1	8	45	1.43
193265--193319	20	2.9	18	75	21	51	52	1	0	45	1.11
193205--193344	27	5.0	28	73	17	96	50	0	0	49	1.05
194748--194914	37	4.5	37	77	11	155	32	13	10	42	1.79
194748--194914	36	4.5	38	75	9	139	32	13	10	42	1.79
194748--194914	75	2.2	73	78	13	180	32	13	10	42	1.79
194854--194931	36	2.2	37	81	9	90	37	19	8	34	1.83
195265--195371	44	2.4	43	83	4	133	28	23	16	31	1.96
197336--197401	34	1.9	35	84	3	89	25	6	7	60	1.47
197674--197699	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
232948--232974	13	2.1	13	100	0	54	51	0	14	33	1.43
233226--233263	20	1.9	20	88	0	58	60	0	2	36	1.11
235533--235597	13	5.0	13	88	7	80	27	16	23	32	1.96
237964--237990	13	2.1	13	100	0	54	51	14	14	18	1.76
249439--249463	13	1.9	13	100	0	50	76	8	0	16	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249541--249600	31	1.9	31	90	6	95	40	36	10	13	1.78
251368--251432	19	3.3	19	75	8	58	38	6	27	27	1.80
254615--254669	24	2.2	24	76	20	60	49	3	40	7	1.48
264189--264319	29	4.5	29	91	0	217	46	18	3	32	1.64
266961--266985	12	2.1	12	100	0	50	32	40	8	20	1.81
269303--269353	22	2.3	22	93	0	93	21	43	13	21	1.87
269689--269781	20	4.9	20	78	15	117	10	17	20	51	1.74
269689--269793	34	2.9	36	79	9	115	13	15	20	51	1.76
271755--271796	12	3.5	12	83	0	57	28	2	2	66	1.16
271943--272061	21	5.7	21	78	11	118	21	32	20	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5