genome.fa.s8888.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008888.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112153_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1025554

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688248--688577	165	2.0	165	100	0	660	28	18	21	31	1.97
691500--691537	2	19.5	2	94	5	69	52	0	0	47	1.00
691604--691668	26	2.5	26	84	0	76	33	13	21	30	1.92
691615--691659	13	3.5	13	96	0	81	33	11	22	33	1.89
692622--692660	13	3.1	13	85	3	53	35	5	7	51	1.53
694688--695241	54	10.3	54	89	3	801	35	20	19	25	1.96
698197--698238	22	1.9	22	85	0	57	40	4	11	42	1.63
700573--700613	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
701877--701915	14	2.8	14	84	0	51	35	28	12	23	1.91
712366--712399	17	2.1	16	88	5	50	20	11	26	41	1.87
715186--715233	14	3.4	15	80	13	57	39	8	2	50	1.44
716158--716189	6	5.2	6	96	3	55	18	0	0	81	0.70
718967--719011	2	22.5	2	90	0	72	53	0	0	46	1.00
719220--719272	2	27.0	2	81	11	65	43	1	1	52	1.23
719317--719354	18	2.1	19	85	5	51	21	5	2	71	1.19
730794--730867	24	3.0	23	77	15	67	74	1	16	8	1.12
730810--730858	20	2.7	17	82	17	55	75	0	14	10	1.04
730779--730858	8	10.5	8	71	22	57	75	2	13	8	1.15
730819--730866	13	3.5	13	85	8	60	75	0	14	10	1.06
731864--732031	92	1.9	90	92	3	284	38	14	22	23	1.92
732089--732369	105	2.6	105	85	5	339	39	15	20	23	1.91
734529--734567	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737685--737732	21	2.3	21	88	0	69	39	8	20	31	1.82
737728--737768	21	2.0	22	85	9	59	43	9	12	34	1.75
739222--739350	21	6.3	20	72	7	73	40	9	17	33	1.81
742285--742316	16	2.0	16	100	0	64	62	0	0	37	0.95
751427--751699	41	6.7	41	70	12	166	32	17	19	30	1.95
751364--751639	82	3.3	82	78	5	279	31	17	20	30	1.95
755077--755492	43	9.8	43	86	1	498	38	19	19	21	1.93
755077--755492	85	4.9	86	87	2	518	38	19	19	21	1.93
762833--762872	21	1.9	21	89	0	62	45	2	12	40	1.56
770676--770712	14	2.6	14	91	0	56	8	51	2	37	1.46
770963--770989	14	1.9	14	100	0	54	29	7	7	55	1.55
777469--777496	11	2.5	11	100	0	56	64	0	28	7	1.20
778308--778350	3	14.0	3	90	4	68	32	2	0	65	1.06
778307--778350	22	2.0	22	95	0	79	31	2	0	65	1.05
780110--780237	19	6.4	19	83	11	130	32	28	5	34	1.80
780111--780234	38	3.1	38	85	9	158	32	28	5	33	1.80
782344--782403	30	2.0	31	83	9	79	76	0	5	18	0.96
785735--785805	21	3.6	19	76	14	65	77	9	11	1	1.06
785776--785804	15	2.0	15	93	6	51	82	6	10	0	0.83
785758--785810	21	2.5	21	84	6	72	83	5	9	1	0.89
785779--785812	16	2.1	16	88	5	50	82	2	14	0	0.79
786712--786773	25	2.6	24	82	12	74	35	8	0	56	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788452--788763	101	3.1	98	84	7	362	35	16	9	37	1.82
788529--788819	103	2.9	103	84	8	352	35	15	10	38	1.83
788765--789057	66	4.5	65	87	1	424	29	18	12	39	1.87
788765--789400	131	5.0	131	81	9	733	29	17	13	40	1.87
788912--788961	15	3.0	15	76	23	55	32	20	10	38	1.85
788996--789100	45	2.3	45	93	0	174	26	16	14	42	1.86
789043--789072	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
788817--788926	30	3.5	30	65	18	78	29	18	12	40	1.87
788817--789299	242	2.0	242	88	0	707	28	17	13	40	1.87
789058--789166	30	3.4	30	72	18	103	30	15	13	40	1.86
788873--789233	176	2.1	176	88	3	539	28	17	13	40	1.88
788938--789166	111	2.1	111	91	1	370	30	17	12	40	1.86
789049--789400	66	5.4	66	85	3	451	29	17	13	40	1.87
789352--789465	36	3.2	36	82	8	142	26	18	14	40	1.89
789462--789731	139	1.9	139	87	0	387	30	29	17	22	1.97
789457--789759	139	2.2	139	83	1	385	30	28	17	24	1.97
789994--790050	3	19.3	3	81	3	62	35	7	0	57	1.26
799567--799610	23	1.9	24	86	9	65	54	27	4	13	1.58
806002--806040	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
816018--816301	136	2.1	136	96	0	523	31	25	11	31	1.91
827741--827776	16	2.2	17	90	5	56	33	0	11	55	1.35
831663--831702	21	1.9	21	90	10	64	30	17	25	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833228--833265	16	2.4	16	90	0	58	34	21	13	31	1.91
833418--833451	15	2.3	15	89	0	50	32	2	8	55	1.45
833481--833511	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
834674--834743	2	35.0	2	85	5	97	47	1	4	47	1.31
834848--834883	18	1.9	18	88	5	54	41	5	11	41	1.64
835005--835131	2	63.5	2	87	9	179	48	4	0	47	1.23
835333--835363	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
838708--838776	26	2.7	26	100	0	138	40	5	27	26	1.78
843728--843989	131	2.0	131	95	0	470	40	18	18	23	1.92
844860--844945	31	2.8	31	90	0	127	34	12	17	34	1.88
852540--852627	31	2.9	31	86	1	124	36	13	15	34	1.87
854725--854760	17	2.1	17	100	0	72	38	5	16	38	1.72
855380--855430	18	2.8	20	77	11	56	25	39	9	25	1.86
855452--855493	21	2.0	21	86	9	59	9	66	11	11	1.44
855568--855630	6	10.5	6	85	0	81	17	65	0	17	1.28
855568--855630	24	2.6	24	89	0	90	17	65	0	17	1.28
859692--859736	22	2.0	22	86	0	63	40	2	20	37	1.65
866632--866676	22	2.0	22	86	0	63	48	2	15	33	1.57
874286--874451	29	5.6	30	76	5	142	34	22	6	35	1.81
884344--884378	16	2.2	16	100	0	70	37	14	17	31	1.89
885350--885494	81	1.8	76	81	10	175	40	9	5	44	1.60
899087--899131	19	2.3	20	80	7	56	57	0	2	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902056--902111	19	2.8	20	76	10	62	55	0	0	44	0.99
906695--906775	31	2.6	31	76	5	83	37	16	12	34	1.86
926609--926818	105	2.0	105	99	0	411	37	4	15	43	1.66
929285--929364	20	3.8	20	76	9	70	18	22	31	27	1.97
933088--933127	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
935309--935338	11	2.7	11	94	0	51	46	0	3	50	1.18
935203--935410	105	2.0	105	95	0	371	38	4	13	42	1.65
938558--938604	23	2.0	23	100	0	94	36	12	12	38	1.82
942168--942267	44	2.3	43	84	5	121	33	19	20	28	1.96
946626--946663	17	2.1	19	85	9	53	34	7	5	52	1.53
950587--950713	32	4.0	32	73	7	105	20	24	25	29	1.99
953685--953747	28	2.3	27	78	5	72	44	19	14	22	1.86
953695--953760	28	2.3	28	86	2	87	42	24	10	22	1.85
954844--954964	32	3.8	33	79	6	99	16	27	28	27	1.97
955960--955998	21	1.9	20	84	5	51	12	38	0	48	1.42
968490--968522	17	1.9	17	100	0	66	54	33	6	6	1.50
971948--971986	19	2.0	20	95	5	71	25	28	0	46	1.53
976790--976825	18	2.0	18	94	0	63	36	11	19	33	1.87
981371--981408	20	1.9	20	100	0	76	34	21	10	34	1.87
984615--984694	26	3.3	23	77	16	81	23	7	2	66	1.30
985774--985839	28	2.4	28	92	2	116	42	34	9	13	1.76
988323--988371	22	2.2	22	100	0	98	20	24	8	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1000364--1000442	3	26.7	3	92	7	135	35	0	0	64	0.94
1001947--1002062	59	2.0	60	82	5	146	18	12	9	59	1.59
1001941--1002162	86	2.5	86	78	7	200	22	11	7	57	1.59
1001957--1002272	30	10.7	29	72	11	223	20	12	8	57	1.61
1005745--1005796	12	4.6	11	75	20	54	76	7	11	3	1.12
1006964--1007036	37	1.9	38	83	8	96	30	23	12	34	1.91
1007043--1007202	67	2.4	63	85	7	212	30	12	14	42	1.82
1007324--1007685	135	2.7	130	83	6	424	25	31	18	24	1.97
1009301--1009630	30	11.1	30	71	11	180	18	13	9	58	1.61
1009285--1009594	149	2.1	148	79	7	326	20	13	9	57	1.63

Tables:   1   2   3   4   5