genome.fa.s8904.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008904.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112184_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  372056

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 268 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131233--131374	19	8.1	19	70	18	94	42	20	23	12	1.86
131370--131414	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
131939--131992	20	2.7	19	88	8	81	29	20	25	24	1.99
134849--134939	47	1.9	47	84	4	121	45	5	9	39	1.61
140360--140407	23	2.1	23	84	0	60	39	4	18	37	1.70
141169--141722	182	3.0	182	85	1	743	28	14	12	44	1.82
156657--156733	9	8.9	9	74	18	58	75	2	10	11	1.15
156709--156760	22	2.4	22	84	9	72	78	0	7	13	0.94
156676--156771	29	3.4	30	76	21	84	75	3	10	11	1.17
156883--156963	38	2.2	36	81	16	96	67	4	4	22	1.29
157015--157095	32	2.5	33	82	11	87	59	4	4	30	1.40
162222--162532	157	2.0	154	96	3	579	25	18	21	33	1.97
168616--168662	17	2.8	17	80	6	51	68	2	10	19	1.30
168647--168806	27	6.0	26	71	11	94	74	3	8	13	1.18
168641--168776	53	2.5	55	75	10	136	75	2	8	13	1.16
168724--168804	17	4.7	17	70	19	51	76	2	7	13	1.10
168897--168953	27	2.1	28	84	12	75	63	5	5	26	1.37
169058--169110	17	2.9	17	78	15	54	66	3	1	28	1.20
171474--171510	20	1.9	19	89	10	58	48	10	21	18	1.78
172127--172168	20	2.2	19	87	8	59	47	9	21	21	1.79
174484--174508	11	2.3	11	100	0	50	76	8	8	8	1.18
174533--174650	27	4.3	26	75	11	94	75	3	7	13	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174553--174642	36	2.4	36	78	15	94	77	3	6	12	1.08
174559--174648	13	6.6	13	73	6	63	78	3	5	12	1.04
174777--174852	31	2.4	32	79	14	86	64	3	5	26	1.32
180828--180859	15	2.1	16	94	5	57	6	25	18	50	1.70
181609--181642	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
182288--182331	20	2.3	19	84	7	54	45	6	25	22	1.77
182478--182547	37	1.9	37	82	8	90	47	4	0	48	1.21
182873--182936	19	3.4	19	100	0	128	21	15	37	25	1.93
187369--187483	60	1.9	60	83	0	149	40	16	12	31	1.85
188463--188516	23	2.4	24	78	12	60	27	3	9	59	1.45
188463--188516	11	4.8	12	75	8	51	27	3	9	59	1.45
189759--189788	15	2.0	15	93	0	51	33	0	3	63	1.11
189751--189788	18	2.1	18	90	9	60	34	0	2	63	1.09
189747--189786	12	3.2	13	86	6	57	35	0	2	62	1.09
189757--189798	18	2.3	19	79	4	50	38	0	4	57	1.20
191628--191711	30	2.9	28	68	8	69	20	10	10	58	1.61
191688--191771	29	2.8	30	75	10	75	21	9	7	61	1.50
196486--196531	2	23.0	2	95	0	83	47	0	2	50	1.13
196749--196801	11	4.8	11	84	11	56	77	1	15	5	1.04
196769--196854	16	5.1	16	71	15	66	81	4	9	4	0.97
197494--197577	32	2.6	32	96	0	150	47	29	8	14	1.73
197916--198033	32	3.7	32	91	1	191	29	15	24	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198140--198261	34	3.6	34	90	4	174	31	20	11	36	1.88
198533--199075	40	13.6	40	93	0	897	30	15	11	41	1.84
198679--198747	23	3.3	23	61	23	60	31	14	14	39	1.86
199000--199068	23	3.3	22	65	23	58	31	11	13	43	1.79
199130--199341	43	5.0	43	86	6	290	27	13	28	30	1.94
199362--199575	90	2.4	91	95	1	385	25	18	21	34	1.96
199840--199869	15	2.0	15	93	0	51	33	0	3	63	1.11
199832--199869	18	2.1	18	90	9	60	34	0	2	63	1.09
199828--199867	12	3.2	13	86	6	57	35	0	2	62	1.09
199838--199880	18	2.3	19	76	8	52	37	0	6	55	1.27
201693--201806	59	1.9	59	80	3	131	19	9	12	58	1.61
201693--201806	30	3.9	28	72	9	84	19	9	12	58	1.61
201783--201858	30	2.5	30	77	8	75	21	9	7	61	1.51
202128--202168	16	2.6	16	80	3	57	29	4	4	60	1.38
203812--203851	16	2.6	16	88	4	55	0	20	2	77	0.88
203814--203858	12	3.9	11	83	16	56	0	17	2	80	0.82
204450--204484	18	1.9	18	88	11	54	20	5	0	74	1.02
207548--207584	14	2.6	15	83	12	51	13	24	10	51	1.73
209896--211157	39	33.1	36	77	9	329	32	15	14	36	1.89
209891--210203	74	4.1	77	81	8	322	31	15	14	38	1.88
210093--211137	78	13.6	78	84	5	1260	33	15	15	35	1.89
210521--210587	22	3.2	22	70	23	72	34	16	13	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210093--211137	345	3.0	344	89	3	1534	33	15	15	35	1.89
211161--211599	59	7.4	59	85	3	515	27	23	15	33	1.95
211161--211601	118	3.7	118	86	1	569	27	24	15	33	1.95
211161--211600	177	2.5	177	85	0	612	27	23	15	33	1.95
212731--212760	15	2.0	15	100	0	60	86	0	6	6	0.70
213195--213260	34	1.9	35	82	14	84	22	6	6	65	1.38
215176--215234	20	2.9	21	71	5	57	28	23	20	27	1.99
214870--215422	258	2.1	257	90	2	851	33	17	14	34	1.90
217444--217484	15	2.9	15	82	13	52	0	24	0	75	0.80
217447--217487	10	3.6	12	84	15	52	0	21	0	78	0.76
228880--228960	21	3.8	21	79	9	67	16	24	37	22	1.93
232772--232811	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
251155--251194	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
252766--252826	18	3.5	17	80	8	61	72	1	1	24	1.03
257643--257681	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
269117--269176	23	2.6	23	83	2	75	46	11	13	28	1.78
270653--270684	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
272618--272648	16	1.9	16	93	0	53	70	0	6	22	1.09
283129--283165	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
283210--283263	21	2.6	21	78	0	63	27	20	20	31	1.97
283892--283950	19	3.4	18	73	22	63	10	18	23	47	1.79
283903--283963	14	4.0	14	76	19	59	9	21	22	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283892--283987	33	2.9	34	87	4	133	11	18	22	46	1.81
283956--284003	20	2.4	20	89	0	69	14	14	22	47	1.81
283966--284006	20	2.0	20	95	0	73	12	14	17	56	1.68
283970--284013	20	2.2	20	87	0	61	13	13	18	54	1.71
285870--285938	20	3.5	20	87	0	102	34	24	21	18	1.96
285930--286005	33	2.3	34	90	2	118	44	19	21	14	1.86
285972--286009	20	1.9	20	94	0	67	47	18	21	13	1.82
286005--286047	19	2.3	19	84	8	52	16	16	23	44	1.86
286010--286048	19	2.0	20	90	5	62	12	15	20	51	1.76
286057--286117	20	3.0	20	87	0	86	18	19	26	36	1.94
286621--286732	42	2.7	42	81	0	116	23	36	17	22	1.95
286618--286732	21	5.5	21	69	4	79	22	36	18	22	1.95
287511--287625	20	5.8	20	90	0	158	28	17	20	33	1.96
287511--287625	60	1.9	60	89	0	176	28	17	20	33	1.96
287796--287830	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
290079--290134	24	2.3	24	87	0	85	41	19	16	23	1.90
290787--290824	17	2.2	17	100	0	76	26	5	36	31	1.79
290784--290834	17	2.6	20	76	23	63	25	7	39	27	1.83
291055--291100	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
291066--291102	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
292543--292569	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
297701--297744	17	2.4	18	85	11	54	70	0	4	25	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298691--298730	21	1.9	21	89	0	62	17	25	47	10	1.78
303747--303813	2	33.5	2	100	0	134	49	0	0	50	1.00
305228--305269	19	2.2	19	86	0	57	33	42	4	19	1.72
305710--305750	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
308684--308843	21	7.9	21	75	13	106	32	19	20	27	1.97
308719--308820	41	2.5	41	93	1	170	38	16	22	22	1.93
309371--309463	33	2.8	33	86	1	114	41	24	21	11	1.87
309481--309569	14	5.6	14	71	23	70	8	24	22	43	1.82
309464--309618	33	4.5	33	90	6	229	10	23	20	45	1.82
311311--311593	94	3.1	93	91	3	448	22	12	18	46	1.82

Tables:   1   2   3