genome.fa.s8908.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008908.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112205_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  345752

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--8877	7	1284.1	7	96	2	16115	42	42	0	14	1.50
8873--8926	7	7.7	7	100	0	108	14	44	25	14	1.84
8838--8933	14	6.9	14	91	0	93	26	43	15	14	1.85
8845--8926	21	3.9	21	90	0	92	24	43	17	14	1.86
11319--11367	14	3.6	14	83	2	55	28	40	16	14	1.87
12586--12988	7	57.7	7	97	2	706	29	42	13	14	1.83
12984--13037	7	7.7	7	100	0	108	14	44	25	14	1.84
12950--13044	14	6.8	14	91	0	91	25	44	15	14	1.85
12956--13037	21	3.9	21	90	0	92	24	43	17	14	1.86
15447--15479	7	4.9	7	92	7	59	15	42	27	15	1.86
15447--15479	13	2.4	14	95	5	59	15	42	27	15	1.86
16700--17168	7	67.7	7	96	2	783	29	42	12	14	1.83
17164--17217	7	7.7	7	100	0	108	14	44	25	14	1.84
17116--17224	14	7.8	14	90	0	92	27	43	13	15	1.85
16902--17225	21	15.6	21	87	2	101	28	42	13	14	1.85
19609--19657	14	3.6	14	83	2	55	28	40	16	14	1.87
34054--34096	21	2.0	21	81	0	50	32	27	23	16	1.96
34640--34857	103	2.1	103	98	0	418	24	12	24	38	1.90
34874--34936	23	2.7	23	88	9	85	20	25	26	26	1.99
40977--41019	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
41563--41780	103	2.1	103	97	0	418	25	11	25	37	1.90
41797--41859	23	2.7	23	87	4	92	20	26	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44067--44094	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
54594--54686	8	10.8	8	76	18	80	80	0	17	2	0.81
54605--54658	15	3.3	16	78	19	58	83	0	14	1	0.73
54615--54688	22	3.3	23	77	7	80	78	0	21	0	0.75
54613--54670	15	3.4	17	77	18	59	79	0	20	0	0.74
54594--54686	44	2.1	43	82	5	107	80	0	17	2	0.81
56025--56657	53	11.9	53	85	4	839	34	18	26	20	1.96
56025--56657	157	4.0	159	84	5	832	34	18	26	20	1.96
60235--60469	74	3.2	74	95	1	418	39	13	14	33	1.84
60445--60485	16	2.6	16	100	0	82	39	19	9	31	1.84
62067--62126	29	2.0	31	80	6	70	63	13	6	16	1.50
71411--71475	25	2.7	24	83	4	94	32	20	29	18	1.96
74237--74299	18	3.5	18	73	16	58	20	44	12	22	1.85
74231--74316	36	2.4	36	90	0	127	20	45	11	22	1.83
74247--74306	18	3.3	18	75	9	59	21	41	13	23	1.88
74255--74312	18	3.2	18	76	9	64	17	48	12	22	1.80
89302--89334	12	2.8	12	95	0	57	15	12	9	63	1.51
93008--93044	19	1.9	19	88	0	56	54	10	24	10	1.67
99383--99415	17	1.9	17	93	0	57	33	45	0	21	1.52
99629--99663	3	11.7	3	87	0	52	28	2	2	65	1.21
101963--102067	37	2.8	37	86	0	147	30	14	14	40	1.85
102798--104052	106	11.9	106	89	1	1799	23	18	24	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104796--104850	22	2.5	22	96	0	101	23	9	29	38	1.85
105445--105522	36	2.2	36	81	9	88	1	17	3	76	1.00
105462--105516	23	2.5	22	82	5	58	1	14	3	80	0.94
105470--105516	22	2.2	21	81	11	51	0	17	2	80	0.80
105469--105528	26	2.3	26	86	11	79	0	16	1	81	0.77
105469--105528	23	2.6	22	84	5	66	0	16	1	81	0.77
105456--105528	9	7.9	9	74	17	69	1	15	2	80	0.89
105839--105875	14	2.7	14	91	4	58	29	8	16	45	1.76
110698--110802	37	2.8	37	85	0	138	30	14	14	40	1.85
111553--111627	27	2.8	25	80	17	80	53	0	9	37	1.33
116458--116487	15	2.0	15	93	0	51	26	26	16	30	1.97
121153--121182	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
123721--123780	30	2.0	30	96	0	111	25	13	20	41	1.88
125019--125081	31	2.0	31	96	0	117	31	9	30	28	1.89
126385--126425	16	2.7	16	88	7	59	60	17	9	12	1.57
126496--126528	14	2.4	14	100	0	66	51	27	21	0	1.48
126521--126548	10	2.8	10	100	0	56	60	21	10	7	1.53
126496--126537	14	3.0	14	92	0	57	52	26	19	2	1.58
126507--126563	24	2.5	23	80	8	64	59	26	10	3	1.46
126500--126537	18	2.1	18	85	9	51	52	26	18	2	1.58
126806--126861	24	2.2	26	90	9	98	53	16	12	17	1.73
126807--126862	14	4.1	14	78	21	66	53	16	14	16	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126873--126968	40	2.4	39	79	13	104	35	15	13	35	1.87
128642--128766	64	2.0	64	87	6	182	30	23	16	29	1.96
133111--133162	23	2.3	23	89	0	77	25	19	26	28	1.98
136626--136936	49	6.4	49	88	0	426	21	15	24	38	1.92
137635--137683	21	2.3	22	79	13	57	32	26	16	24	1.96
137675--137730	23	2.4	23	81	0	76	32	25	17	25	1.97
141970--142035	29	2.2	30	89	2	98	36	31	16	15	1.90
142027--142091	31	2.1	31	88	5	96	35	23	16	24	1.95
143270--143327	20	2.6	22	86	10	75	25	22	22	29	1.99
150588--150949	63	5.7	63	90	0	537	25	31	22	20	1.98
150912--150976	27	2.4	27	94	0	112	30	38	16	13	1.88
151248--151306	6	9.8	6	94	0	100	33	28	0	37	1.58
152015--152176	60	2.7	60	75	8	168	33	19	5	40	1.75
152374--152443	29	2.4	30	90	2	106	45	4	22	27	1.71
153765--153826	29	2.1	29	85	11	83	32	8	16	43	1.77
166893--167029	37	3.7	37	94	1	240	32	5	14	46	1.69
166893--167035	73	2.0	72	94	1	250	32	6	13	47	1.68
169202--169229	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
169363--169422	23	2.6	22	81	7	57	36	21	21	20	1.95
169371--169490	23	5.2	23	75	7	91	33	22	21	22	1.97
169371--169490	46	2.6	46	74	9	118	33	22	21	22	1.97
169580--169628	16	3.1	16	85	8	64	44	18	10	26	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169585--169631	16	2.9	17	90	6	71	44	19	12	23	1.85
173690--173724	17	2.1	17	88	0	52	11	11	17	60	1.59
174988--175078	12	7.8	12	80	7	116	31	20	25	21	1.98
174980--175089	23	4.8	23	94	0	193	30	21	24	23	1.99
175291--175347	10	5.5	10	72	15	53	10	10	19	59	1.59
175295--175351	16	3.7	16	88	4	82	10	10	19	59	1.59
175289--175347	26	2.3	26	82	5	66	11	11	18	57	1.64
178407--178461	27	2.0	28	86	13	78	50	1	3	43	1.30
178407--178464	29	2.0	28	83	12	73	51	1	3	43	1.28
186024--186096	30	2.4	30	93	0	119	31	24	19	24	1.98
188509--188564	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
190738--190763	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
190995--191067	30	2.4	30	93	0	119	31	24	17	26	1.97
194678--194744	22	3.1	22	82	2	91	29	22	19	28	1.98
194833--194878	21	2.0	23	84	12	60	23	26	2	47	1.63
194978--195007	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
196374--196530	65	2.4	65	88	2	226	30	19	21	28	1.97
204006--204162	65	2.4	65	84	2	199	31	17	20	30	1.95
208324--208550	113	2.0	113	99	0	445	27	22	12	36	1.91
213331--213369	21	1.9	21	89	5	62	58	0	0	41	0.98
217660--217720	23	2.7	23	86	0	95	27	26	24	21	1.99
217736--218056	103	3.1	103	97	0	606	37	23	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226525--226579	17	3.4	16	80	10	58	16	20	34	29	1.94
226525--226585	32	1.9	32	93	0	104	18	19	32	29	1.95
226723--226758	16	2.3	15	90	4	54	52	5	0	41	1.24
230552--230584	16	2.1	16	100	0	66	24	24	39	12	1.89
231792--231863	30	2.4	29	78	13	76	61	8	8	22	1.51
231793--231886	29	3.2	29	76	10	84	61	9	9	19	1.53
232014--232525	145	3.6	141	79	6	481	21	23	22	33	1.98
232749--232792	3	14.7	3	95	0	79	63	0	0	36	0.95
234873--234920	15	3.3	15	72	16	55	45	6	14	33	1.70
234877--234925	14	3.4	14	75	5	53	44	6	14	34	1.70

Tables:   1   2