genome.fa.s8919.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008919.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112223_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1453011

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--174	20	8.9	20	77	9	164	18	20	26	34	1.96
1--154	58	2.7	57	80	5	177	19	20	27	33	1.96
6--154	38	3.9	38	76	12	128	19	20	26	33	1.96
141--235	20	4.7	20	72	5	57	22	18	23	35	1.96
227--278	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
555--627	20	3.5	21	77	7	69	53	0	2	43	1.15
771--809	15	2.7	15	92	4	62	46	5	2	46	1.38
12384--12504	51	2.5	47	80	12	120	41	6	19	32	1.78
15387--15460	17	4.3	17	80	17	82	71	1	17	9	1.19
15382--15460	34	2.3	35	81	18	103	72	1	17	8	1.17
19319--19439	51	2.5	47	80	12	120	41	6	19	32	1.78
20636--20668	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
24313--24413	37	2.7	37	96	0	184	41	1	6	49	1.41
24313--24641	37	9.1	35	77	15	175	43	3	7	45	1.50
24396--24670	32	7.8	33	74	18	127	44	4	6	45	1.49
24351--24671	142	2.3	138	81	13	352	43	3	6	45	1.48
24589--24648	24	2.5	23	74	12	59	41	5	6	46	1.52
25904--25952	19	2.4	21	86	6	66	8	10	2	79	1.01
25959--26011	27	2.0	27	85	7	72	20	5	1	71	1.16
29898--31027	248	4.6	247	88	0	1621	30	24	19	25	1.98
29898--31027	84	13.6	83	79	4	1118	30	24	19	25	1.98
31712--31959	107	2.3	106	80	13	267	44	4	7	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31676--31914	38	6.6	36	79	13	192	45	3	7	43	1.48
31938--31996	30	1.9	30	86	3	82	47	1	5	45	1.34
32036--32074	16	2.6	15	88	8	53	23	7	0	69	1.14
32088--32114	5	5.4	5	100	0	54	37	0	0	62	0.95
35589--35630	22	2.0	21	85	4	57	33	2	16	47	1.60
37257--37303	22	2.1	22	92	0	76	42	2	21	34	1.65
39376--39562	91	2.1	91	95	1	340	26	15	24	34	1.95
43421--43486	29	2.3	29	91	0	105	34	15	13	36	1.87
50269--50311	14	3.1	14	83	3	52	25	2	23	48	1.62
50302--50500	45	4.5	44	90	3	317	39	7	22	30	1.82
50306--50500	89	2.2	89	95	0	345	39	7	23	29	1.82
53217--53278	10	5.9	10	75	9	61	80	4	14	0	0.87
57277--57382	45	2.4	45	87	3	160	38	6	22	32	1.80
57900--58275	74	5.1	74	88	4	528	43	18	7	31	1.78
57900--58275	147	2.5	147	88	5	535	43	18	7	31	1.78
61371--61435	33	2.0	31	82	11	78	55	23	0	21	1.44
62683--62708	12	2.2	12	100	0	52	23	0	53	23	1.46
63396--63474	20	3.8	20	76	14	63	16	25	31	26	1.96
73484--73534	22	2.3	22	100	0	102	54	0	5	39	1.24
75965--76201	57	4.1	57	84	3	278	32	18	12	36	1.88
76909--76961	23	2.3	23	83	0	70	30	28	24	16	1.97
76966--77008	22	2.0	22	81	9	52	44	20	11	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78197--78344	76	1.9	80	83	10	200	42	4	8	44	1.54
78328--78381	19	2.5	22	85	14	78	48	1	0	50	1.11
84625--84685	23	2.7	23	76	0	68	26	24	26	22	2.00
88380--89060	344	2.0	344	95	0	1238	35	17	10	35	1.85
90053--92761	57	47.5	57	91	1	4185	32	19	10	36	1.86
93109--93326	96	2.3	95	84	5	271	27	24	14	33	1.94
104417--104497	29	2.8	28	79	7	81	41	4	17	35	1.71
129674--129726	24	2.2	24	82	0	61	15	5	7	71	1.27
130306--130352	21	2.2	22	85	11	62	34	4	0	61	1.15
135947--136011	26	2.6	25	82	7	69	26	20	23	30	1.98
142945--142978	15	2.1	17	89	10	54	44	11	2	41	1.56
144730--144756	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
159625--159680	19	3.0	18	81	5	58	28	17	10	42	1.83
162626--162653	14	2.0	14	100	0	56	50	14	0	35	1.43
163099--163131	16	2.1	16	88	11	50	30	27	6	36	1.81
168648--168672	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
169461--169486	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
169913--170354	220	2.0	222	98	0	861	25	11	18	44	1.83
170877--170923	20	2.2	21	85	14	62	82	4	10	2	0.88
170906--170974	25	2.7	25	77	16	79	66	4	17	11	1.39
170900--170972	29	2.5	31	74	19	84	68	4	17	9	1.33
172018--172051	11	3.0	11	91	4	50	23	11	8	55	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175394--175480	19	4.6	19	84	8	124	28	19	27	24	1.98
175411--175494	37	2.3	37	95	2	152	29	17	27	25	1.98
175572--175622	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
175465--175655	64	3.0	64	81	6	203	27	15	26	30	1.96
178202--178281	24	3.5	23	77	14	94	27	23	26	22	2.00
178179--178286	45	2.5	41	75	11	117	25	21	26	26	1.99
183602--183639	19	2.1	19	90	5	60	28	15	34	21	1.94
183662--183701	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
196031--196134	39	2.7	39	83	4	124	46	9	6	37	1.63
200662--200775	30	3.8	30	98	0	219	36	21	12	28	1.90
201624--201716	20	4.7	20	97	0	177	25	23	16	34	1.95
206890--206943	24	2.2	26	84	12	71	57	11	16	14	1.65
231205--231524	45	7.2	44	76	8	168	35	9	15	40	1.78
231285--231442	85	1.9	85	81	2	192	33	8	17	40	1.80
231296--231524	90	2.6	83	76	7	206	35	8	14	41	1.76
231431--231543	45	2.7	40	77	16	122	35	9	11	43	1.74
231688--232037	58	6.1	58	79	5	331	36	9	14	40	1.77
232066--232265	39	5.2	38	71	10	145	35	7	10	47	1.64
232045--232257	116	1.8	116	84	2	293	37	7	11	44	1.68
232264--232333	35	2.0	35	97	0	131	35	10	11	42	1.74
237944--238258	55	5.7	55	91	2	517	33	18	13	34	1.90
238582--238651	22	3.4	21	84	9	83	28	21	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238582--238651	19	3.5	19	81	12	77	28	21	15	34	1.94
243335--243674	169	2.0	169	100	0	680	26	22	15	36	1.93
244820--245293	55	8.6	55	90	1	661	37	16	10	35	1.83
244819--245293	164	2.9	163	88	4	690	37	16	10	35	1.83
247351--247415	18	3.7	18	79	16	66	30	13	23	32	1.93
247351--247406	18	2.9	19	87	7	71	32	10	25	32	1.90
256385--256441	29	2.0	29	82	0	69	61	12	14	12	1.57
267907--267948	12	3.2	13	83	13	50	73	0	4	21	1.01
268002--268045	22	2.0	22	95	0	79	72	0	6	20	1.07
268686--268826	76	1.9	76	92	1	239	58	11	2	26	1.46
268686--268853	76	2.2	75	87	3	230	57	10	2	29	1.46
271562--271596	18	1.9	18	88	11	54	80	0	0	20	0.72
271658--271698	21	1.9	22	90	5	66	75	0	4	19	0.98
272290--272488	64	2.9	69	78	18	211	58	11	1	28	1.42
272345--272508	76	2.2	75	88	3	240	56	10	2	29	1.47
282283--282320	19	2.2	18	86	13	53	0	13	10	76	1.02
285503--285545	23	1.9	21	81	13	50	32	13	18	34	1.90
289997--290035	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
289983--290145	65	2.5	65	85	3	222	30	26	15	26	1.96
297742--297811	19	3.7	19	90	5	108	22	35	15	25	1.94
297775--297919	64	2.2	65	85	3	195	29	26	15	27	1.96
307054--307112	30	2.0	30	100	0	118	16	16	25	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307732--307761	15	2.1	14	93	6	51	40	6	0	53	1.27
312435--312510	2	38.0	2	97	0	143	48	0	1	50	1.09
315119--315176	13	4.7	13	68	12	50	29	1	41	27	1.66
315066--315177	35	3.2	35	88	1	161	31	4	35	28	1.77
327388--327434	23	2.1	22	84	4	58	36	6	8	48	1.59
330739--330777	2	19.5	2	84	10	53	43	2	2	51	1.29
346849--346882	6	5.5	6	86	6	50	82	2	14	0	0.79
346846--346882	12	3.0	12	84	7	56	81	5	13	0	0.86
350870--350938	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
355350--355418	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67

Tables:   1   2   3   4   5