genome.fa.s8919.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008919.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112223_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1453011

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747515--747565	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
757348--757398	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
766507--766548	13	3.4	12	80	12	50	73	4	14	7	1.21
766507--766553	24	1.9	25	87	12	71	72	4	17	6	1.22
780987--781022	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
781019--781063	23	2.0	23	83	16	58	51	11	6	31	1.63
781857--781886	15	2.1	15	93	6	53	0	20	3	76	0.92
781879--781940	27	2.3	27	76	18	65	12	19	8	59	1.58
784206--784234	15	2.0	15	93	6	51	0	20	3	75	0.94
789679--789708	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
792440--792468	15	2.0	15	93	6	51	0	20	3	75	0.94
796138--796179	20	2.2	19	83	12	50	52	21	11	14	1.73
798314--798338	12	2.1	12	100	0	50	84	8	0	8	0.79
804693--804748	11	4.8	11	74	20	51	78	3	16	1	0.97
813716--813764	23	2.1	23	100	0	98	26	4	20	48	1.67
817932--818002	20	3.6	20	94	1	117	39	12	5	42	1.67
818411--818452	19	2.2	18	87	8	57	19	9	0	71	1.13
818717--818774	11	5.3	11	76	15	50	77	3	17	1	0.99
818717--818774	19	3.1	18	81	16	73	77	3	17	1	0.99
819751--819793	22	2.0	23	86	9	63	58	9	16	16	1.63
822127--822177	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
824848--824885	20	1.9	20	88	0	58	34	18	10	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828030--828090	30	1.9	33	84	15	85	16	26	0	57	1.39
833997--834021	8	3.1	8	100	0	50	0	24	0	76	0.80
843120--843166	8	6.1	8	78	9	53	80	2	14	2	0.89
843115--843172	22	2.7	21	81	7	80	79	3	15	1	0.95
843119--843185	30	2.2	30	82	17	86	76	4	14	4	1.11
856270--856378	36	3.1	36	90	1	157	33	35	3	26	1.74
871166--871274	36	3.1	36	90	1	157	33	35	3	26	1.74
871677--871711	12	3.0	12	87	4	54	11	14	8	65	1.46
872045--872103	24	2.3	24	85	8	73	77	5	5	11	1.08
872045--872101	25	2.2	27	84	6	73	78	5	5	10	1.06
875684--875735	24	2.2	24	93	6	88	38	15	21	25	1.92
877621--877831	79	2.6	80	79	5	219	30	18	9	41	1.82
877858--877913	28	2.0	28	96	0	103	25	17	12	44	1.84
881695--881905	79	2.6	80	79	5	219	30	18	9	41	1.82
881932--881987	28	2.0	28	85	0	76	26	19	12	41	1.87
883612--883663	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
884369--884401	17	1.9	17	93	0	57	81	6	12	0	0.85
884379--884426	25	1.9	25	87	8	71	77	4	12	6	1.11
886739--886790	17	3.0	17	81	10	61	69	5	23	1	1.20
886776--886800	8	3.1	8	100	0	50	76	0	24	0	0.80
892665--892715	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
896061--896162	36	2.9	36	92	1	161	29	3	36	30	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898349--898448	36	2.8	36	90	1	157	31	36	3	30	1.73
898349--898461	13	9.5	12	66	24	53	33	35	2	28	1.71
898432--898500	33	2.1	33	86	5	95	31	36	0	31	1.58
904074--904185	36	3.1	36	89	1	163	33	35	3	27	1.74
904156--904220	33	2.0	33	81	6	78	32	35	1	30	1.67
911453--911565	36	3.2	36	88	1	156	32	34	3	29	1.75
911536--911604	33	2.1	33	83	5	86	30	36	1	31	1.67
913849--913896	25	2.0	24	84	12	62	2	16	2	79	0.93
914278--914390	36	3.2	36	88	1	156	28	4	35	31	1.77
919084--919182	36	2.8	36	90	1	146	32	35	2	30	1.69
919084--919183	13	8.4	11	71	26	71	32	35	2	31	1.69
919167--919235	33	2.1	33	83	5	86	30	34	1	33	1.67
919589--919624	19	1.9	19	88	5	56	80	2	16	0	0.83
924015--924063	20	2.5	19	83	3	62	36	12	6	44	1.67
926295--926346	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
927788--927839	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
931745--931795	21	2.5	21	90	6	79	33	11	7	47	1.69
932082--932733	329	2.0	323	88	6	978	28	23	9	38	1.87
933443--933483	16	2.5	17	84	4	57	0	14	2	82	0.76
936082--936126	24	2.0	22	82	8	54	35	15	15	33	1.89
944491--944522	16	2.0	16	100	0	64	31	6	18	43	1.75
949257--949316	25	2.3	26	97	2	113	21	40	18	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
953911--953947	15	2.4	16	90	4	58	13	10	5	70	1.32
954299--954326	10	2.8	10	100	0	56	92	7	0	0	0.37
964109--964156	24	2.0	24	83	4	60	54	12	20	12	1.70
969249--969295	1	47.0	1	82	0	58	0	0	8	91	0.42
969256--969295	12	3.5	12	93	6	66	0	0	7	92	0.38
969249--969295	22	2.2	22	92	7	80	0	0	8	91	0.42
969249--969294	10	4.6	10	94	5	76	0	0	8	91	0.43
970558--970625	26	2.6	26	90	4	102	22	32	16	29	1.95
979365--979419	14	4.0	14	83	2	67	23	38	0	38	1.55
981595--981675	40	2.0	40	82	0	99	23	13	22	40	1.89
984241--984270	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
989469--989646	89	2.0	91	84	2	234	29	21	27	21	1.99
992693--992745	23	2.2	24	90	3	81	9	16	11	62	1.54
996508--996562	14	4.0	14	81	11	69	23	40	1	34	1.66
999146--999200	14	4.0	14	85	2	76	23	40	0	36	1.55
1003173--1003227	14	4.0	14	85	2	76	23	40	0	36	1.55
1005768--1005843	36	2.2	36	88	4	111	28	2	38	30	1.71
1005780--1005837	13	4.7	13	70	12	50	31	0	39	29	1.57
1006903--1006935	17	1.9	17	93	0	57	27	27	9	36	1.87
1008827--1009000	90	1.9	91	88	1	260	21	27	22	28	1.99
1012667--1012721	24	2.3	24	75	9	60	65	10	14	9	1.47
1016582--1016636	24	2.3	24	75	9	60	67	10	14	7	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1020233--1020296	33	1.9	33	81	6	76	7	18	4	68	1.32
1020622--1020660	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
1022605--1022653	20	2.5	20	93	0	80	18	20	18	42	1.89
1024078--1024144	20	3.4	19	85	8	89	82	11	5	0	0.84
1024071--1024134	29	2.2	29	91	2	103	85	9	4	0	0.72
1024071--1024144	19	3.8	19	85	15	98	83	10	5	0	0.79
1029636--1029680	18	2.5	18	100	0	90	17	17	17	46	1.84
1030444--1030481	15	2.5	16	87	8	53	13	26	2	57	1.49
1030646--1030684	10	3.8	10	86	6	60	84	0	15	0	0.62
1040769--1040797	15	2.0	15	93	6	51	75	3	20	0	0.94
1042210--1042302	39	2.4	39	94	0	159	38	13	17	30	1.89
1044120--1044232	36	3.2	36	92	1	174	32	36	3	27	1.74
1044120--1044218	13	8.3	11	71	23	67	31	36	3	29	1.73
1044132--1044271	36	4.1	33	83	9	97	30	36	2	30	1.72
1049693--1049805	36	3.2	36	92	1	174	32	36	3	27	1.74
1049693--1049791	13	8.3	11	71	23	67	31	36	3	29	1.73
1049705--1049844	36	4.1	33	83	9	97	30	36	2	30	1.72
1053010--1053079	13	5.1	14	81	15	67	21	20	0	58	1.39
1053021--1053066	15	3.5	13	91	8	67	19	17	0	63	1.32
1056788--1056836	19	2.5	20	78	21	59	24	8	0	67	1.18
1061526--1061558	16	2.0	17	94	5	59	36	12	6	45	1.66
1061810--1061863	23	2.3	24	87	3	83	62	11	16	9	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1061810--1061869	24	2.6	23	81	7	77	63	10	18	8	1.50
1062176--1062215	19	2.1	19	90	0	62	37	17	5	40	1.72
1063022--1063073	21	2.6	21	84	6	72	32	11	7	48	1.68
1063477--1063507	15	2.1	14	94	5	53	12	16	0	70	1.16
1065174--1065224	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
1067275--1067336	24	2.6	24	82	5	63	38	14	17	29	1.89
1068973--1069023	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
1069943--1069976	13	2.6	13	95	0	59	26	50	0	23	1.50
1070181--1070239	30	2.0	30	83	6	75	28	15	3	52	1.58
1075056--1075108	12	4.2	13	81	11	65	20	13	0	66	1.25

Tables:   1   2   3   4   5