genome.fa.s8920.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008920.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112224_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1287743

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6726--6805	35	2.2	37	91	4	128	31	37	3	27	1.74
7183--7226	12	3.6	11	82	17	52	75	4	20	0	0.98
10591--10670	35	2.2	37	91	4	128	31	37	3	27	1.74
11938--11988	21	2.5	20	82	14	61	35	9	5	49	1.60
15574--15625	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
18114--18172	6	10.3	6	78	14	54	77	1	20	0	0.85
18108--18171	27	2.3	28	84	10	87	78	1	20	0	0.84
19442--19495	24	2.2	24	83	0	63	37	16	16	29	1.91
21720--21762	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
24252--24291	11	3.8	11	87	12	66	0	20	0	80	0.72
24734--24801	35	1.9	36	93	3	120	29	2	36	30	1.72
25856--25898	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
27894--28006	36	3.2	36	91	1	165	31	36	4	27	1.77
27927--27992	13	5.5	11	74	22	62	33	34	3	28	1.73
29785--29830	13	3.7	12	81	18	58	84	10	4	0	0.75
29787--29842	23	2.3	23	84	9	67	82	10	7	0	0.85
29791--29842	21	2.4	21	87	9	70	80	11	7	0	0.89
34392--34437	17	2.7	17	78	21	60	78	2	19	0	0.86
34392--34437	22	2.0	22	84	12	58	78	2	19	0	0.86
34459--34505	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
37838--37950	36	3.2	36	87	1	147	32	34	4	28	1.77
37871--37937	13	5.6	11	73	22	55	34	32	2	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37921--37985	33	2.0	33	81	6	78	32	32	1	33	1.67
40936--40975	11	3.8	11	80	12	57	2	20	0	77	0.88
43053--43092	11	3.8	11	80	12	57	2	20	0	77	0.88
45172--45211	11	3.8	11	80	12	57	2	20	0	77	0.88
46065--46107	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
46945--46994	19	2.6	20	84	12	61	64	0	12	24	1.27
51225--51284	9	6.2	9	71	21	50	3	16	1	78	0.97
51226--51281	20	2.8	20	77	0	67	3	17	1	76	1.01
51212--51278	31	2.2	30	84	15	84	7	16	2	73	1.19
51536--51585	19	2.6	20	84	12	61	64	0	12	24	1.27
55816--55875	9	6.2	9	71	21	50	3	16	1	78	0.97
55817--55872	20	2.8	20	77	0	67	3	17	1	76	1.01
55803--55869	31	2.2	30	84	15	84	7	16	2	73	1.19
56127--56176	19	2.6	20	84	12	61	64	0	12	24	1.27
60113--60152	11	3.8	11	80	12	57	2	17	0	80	0.83
60327--60378	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
65765--65804	18	2.2	18	86	8	55	0	12	7	80	0.91
66323--66383	26	2.3	26	97	0	113	37	13	21	27	1.90
72159--72261	36	2.9	36	92	1	163	29	37	4	28	1.78
72192--72257	13	5.5	11	74	22	62	33	34	3	28	1.73
72722--72768	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
78121--78188	17	3.9	17	78	16	61	5	11	4	77	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78121--78188	34	2.0	35	83	13	88	5	11	4	77	1.08
82272--82324	24	2.2	24	86	3	72	56	16	13	13	1.67
91473--91532	13	5.1	11	73	18	50	30	35	6	28	1.83
91473--91551	35	2.3	35	88	0	113	34	34	6	25	1.81
97040--97102	13	5.4	11	77	19	65	31	38	3	26	1.72
97040--97118	35	2.3	35	93	0	131	32	37	3	25	1.74
100273--100320	24	2.0	25	83	4	62	14	22	12	50	1.77
115557--115624	35	1.9	36	87	3	102	30	36	2	29	1.72
116212--116261	24	2.0	25	85	11	68	16	20	0	64	1.30
119542--119592	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
122202--122255	23	2.2	25	87	6	76	9	16	12	61	1.56
124727--124780	23	2.2	25	87	6	76	9	16	12	61	1.56
127292--127345	23	2.2	25	87	6	76	9	16	12	61	1.56
131286--131340	24	2.3	24	70	14	60	7	14	10	67	1.41
165228--165300	16	4.5	16	74	19	55	27	4	9	58	1.48
179807--179849	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
181827--181863	19	1.9	19	94	0	65	24	10	8	56	1.60
183242--183295	23	2.2	25	87	6	76	9	16	12	61	1.56
204116--204155	9	4.4	9	83	0	53	0	10	15	75	1.05
204116--204156	10	4.4	10	82	14	52	0	9	14	75	1.04
213617--213721	36	2.9	36	92	1	167	32	34	4	28	1.78
215409--215590	90	2.0	91	87	3	260	21	28	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216375--216434	23	2.6	23	73	7	59	63	10	15	11	1.52
216480--216507	11	2.5	11	100	0	56	35	7	0	57	1.26
224010--224062	18	2.8	19	85	2	72	83	13	1	1	0.82
224011--224068	9	6.3	9	82	11	64	82	12	3	1	0.86
233586--233620	5	7.2	5	90	3	54	2	20	0	77	0.90
233586--233625	15	2.9	14	89	10	64	2	20	0	77	0.88
233610--233674	27	2.4	28	80	12	80	10	15	10	63	1.53
237445--237498	23	2.2	25	87	6	76	9	16	12	61	1.56
240513--240566	23	2.2	25	83	6	67	11	16	11	61	1.57
247180--247227	17	2.9	16	87	6	60	70	6	16	6	1.28
248208--248240	17	2.1	17	88	11	52	36	9	24	30	1.86
252142--252196	17	3.3	17	75	12	60	76	5	14	3	1.10
252144--252195	25	2.2	23	82	6	59	76	3	15	3	1.07
252151--252214	26	2.5	26	82	12	71	71	4	15	7	1.26
253735--253768	16	2.1	17	89	10	54	70	5	0	23	1.09
253828--253873	22	2.0	22	83	12	56	52	13	2	32	1.52
257637--257701	10	6.5	10	79	10	53	0	9	13	76	1.00
257653--257681	12	2.4	12	100	0	58	0	13	6	79	0.93
257653--257700	11	4.4	11	81	7	53	0	8	8	83	0.82
258454--258487	16	2.1	17	89	10	54	70	5	0	23	1.09
258547--258592	22	2.0	22	83	12	56	52	13	2	32	1.52
268096--268146	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268893--268937	23	2.0	23	90	0	72	11	13	15	60	1.60
273047--273073	12	2.2	12	100	0	54	22	7	29	40	1.81
281442--281493	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
284678--284710	8	4.1	8	96	0	57	3	21	0	75	0.93
284665--284703	13	3.0	12	85	14	51	2	20	0	76	0.90
289007--289054	8	5.9	8	78	11	53	2	18	4	75	1.07
288989--289043	27	2.0	27	83	13	69	5	16	5	72	1.22
289004--289056	16	3.3	16	80	15	65	1	16	5	75	1.08
291493--291544	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
292333--292381	25	1.9	25	83	4	62	48	2	14	34	1.55
295486--295596	35	3.2	35	81	2	116	33	2	36	27	1.71
303741--303784	11	3.8	12	82	8	56	0	9	11	79	0.93
306961--307142	90	2.0	91	89	1	276	27	24	27	20	1.99
307909--307967	13	4.8	13	78	16	63	27	0	37	35	1.57
307906--307990	11	7.2	11	74	22	75	28	1	36	34	1.65
307906--307992	23	3.6	24	77	20	76	28	1	36	33	1.65
307891--307992	36	2.9	36	92	1	170	29	1	36	32	1.69
312584--312643	29	2.0	30	84	9	79	31	3	31	33	1.74
315982--316016	17	2.0	18	88	5	54	60	0	25	14	1.35
316605--316643	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
319147--319182	15	2.4	15	90	0	54	52	0	27	19	1.46
319324--319393	35	2.0	36	91	2	115	31	5	34	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320561--320599	17	2.2	17	86	13	53	0	15	7	76	0.99
324872--324898	13	2.1	13	100	0	54	33	29	0	37	1.58
328429--328486	19	3.0	20	83	14	61	65	0	10	24	1.23
332023--332102	35	2.2	37	88	4	119	28	3	36	31	1.75
337639--337718	35	2.2	37	86	4	110	27	2	36	33	1.70
342879--342950	2	36.5	2	97	2	137	50	0	0	50	1.00
345862--345917	11	4.8	11	72	20	51	1	16	3	78	0.97
346250--346288	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
350045--350095	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
370738--370800	21	3.1	20	76	10	56	74	11	4	9	1.20

Tables:   1   2   3   4