genome.fa.s8920.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008920.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112224_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1287743

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758313--758875	200	2.9	196	81	7	628	39	4	7	47	1.54
758970--759005	14	2.4	14	90	9	54	55	5	0	38	1.23
760833--760888	22	2.5	22	79	0	67	25	23	19	32	1.98
767368--767418	20	2.5	20	96	0	93	45	33	0	21	1.52
770781--770844	22	2.9	22	90	0	92	23	20	17	39	1.92
773492--773552	29	2.1	30	84	3	79	37	19	3	39	1.68
775298--775413	53	2.2	54	76	4	119	29	18	15	37	1.91
780343--780374	15	2.0	17	88	11	50	37	6	12	43	1.68
786413--786513	25	4.0	26	79	6	93	30	18	22	27	1.98
786476--786529	25	2.2	25	86	6	74	31	16	18	33	1.93
787567--787617	19	2.7	19	90	0	75	17	17	29	35	1.93
794192--794408	115	1.9	115	80	9	253	29	13	9	47	1.74
800138--800258	23	5.4	23	76	16	94	42	41	8	8	1.65
800173--800276	18	5.9	18	75	4	77	41	43	7	7	1.62
800138--800260	12	10.5	12	73	5	90	42	41	8	8	1.64
800161--800212	6	8.7	6	82	0	59	38	44	11	5	1.65
800197--800276	18	4.6	17	78	4	79	43	43	5	7	1.54
800155--800270	6	19.7	6	74	3	56	42	43	6	7	1.60
803918--803986	13	5.3	12	75	17	59	44	1	1	52	1.19
808425--808462	18	2.1	19	90	5	60	65	2	7	23	1.32
811047--811087	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
813268--813339	26	3.0	24	68	27	62	26	6	4	62	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815821--815941	51	2.4	50	86	2	179	24	27	32	15	1.96
815959--816021	29	2.1	29	82	8	74	26	17	30	25	1.97
818409--818512	43	2.4	43	86	0	145	37	9	25	27	1.87
820498--820524	8	3.4	8	100	0	54	0	14	22	62	1.31
823063--823103	21	1.9	22	90	5	66	56	2	2	39	1.26
825144--825233	31	3.0	31	81	4	112	28	15	18	36	1.92
831358--831409	23	2.3	24	80	12	65	19	48	0	32	1.49
837928--837970	16	2.8	15	83	13	52	81	2	4	11	0.93
839233--839382	38	4.1	37	83	5	171	44	7	3	45	1.48
839265--839871	37	16.4	38	78	10	381	44	8	2	43	1.49
839451--839525	14	5.6	14	67	12	50	42	9	4	44	1.55
839458--839626	25	6.6	26	73	17	140	43	8	3	43	1.52
839465--839511	13	3.6	13	74	8	51	40	10	2	46	1.50
839500--839871	37	10.2	37	82	7	413	43	9	2	44	1.49
844983--846294	56	23.7	56	87	2	1794	34	11	19	34	1.87
844983--846294	111	11.8	112	87	2	1796	34	11	19	34	1.87
844983--846294	167	7.9	166	87	2	1803	34	11	19	34	1.87
850719--851582	55	15.6	56	90	3	1333	33	11	19	35	1.87
850723--851580	276	3.1	273	90	3	1335	33	11	19	35	1.87
851871--851958	46	1.9	46	92	0	149	44	14	20	20	1.86
854675--854713	20	2.0	20	85	10	53	15	10	5	69	1.34
854974--855019	16	2.6	18	83	13	60	47	0	2	50	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854980--855019	19	2.1	19	90	9	64	50	0	0	50	1.00
856000--856050	23	2.2	24	89	3	77	23	27	21	27	1.99
858464--858504	3	13.7	3	94	0	73	0	0	63	36	0.95
862816--862871	28	2.0	28	89	0	85	33	14	14	37	1.86
864298--864322	12	2.1	12	100	0	50	24	8	36	32	1.84
865726--865773	15	3.2	15	93	0	78	6	14	31	47	1.69
866443--866505	16	4.1	15	72	9	56	19	17	17	46	1.85
866866--866897	13	2.5	13	95	5	57	78	6	0	15	0.95
866855--866912	12	4.5	13	79	10	57	74	8	0	17	1.06
866970--867006	13	2.6	15	79	16	51	70	0	0	29	0.88
867034--867132	49	2.0	49	100	0	198	24	9	26	40	1.84
869458--869497	21	2.0	21	95	5	73	40	12	22	25	1.89
869913--870073	78	2.1	78	98	0	313	33	12	29	24	1.92
879501--879589	30	3.0	30	85	6	117	42	7	16	32	1.77
890194--890555	179	2.0	180	87	1	528	40	22	16	21	1.91
895388--895431	20	2.2	20	87	0	61	43	4	20	31	1.72
901453--901485	17	1.9	17	93	0	57	45	6	9	39	1.61
902857--903194	137	2.5	137	84	1	410	31	21	17	28	1.96
903580--903623	10	4.4	10	91	5	63	75	0	15	9	1.05
903568--903641	20	3.7	21	74	24	63	77	0	14	8	0.99
904742--905435	116	6.0	114	83	4	781	38	16	21	23	1.93
906725--906771	24	2.0	25	83	8	62	10	10	10	68	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
910515--910566	3	17.3	3	92	7	88	65	0	0	34	0.93
910820--911036	46	4.9	45	79	9	198	26	19	29	24	1.99
911063--911139	28	2.6	28	84	13	102	45	11	16	25	1.82
911141--911330	66	2.9	64	73	7	168	37	14	18	28	1.90
911714--911883	65	2.6	63	77	10	157	40	10	17	31	1.84
911757--911878	65	1.9	64	86	5	174	40	11	14	32	1.82
912063--912215	67	2.3	66	81	7	168	45	11	12	30	1.77
912160--912223	30	2.1	30	91	5	103	39	14	10	35	1.81
912155--912232	30	2.7	29	81	15	90	43	15	8	32	1.78
912211--912314	52	2.0	53	92	3	174	36	16	13	33	1.88
912531--912634	36	3.0	36	83	4	133	36	11	19	32	1.87
912532--912650	36	3.4	36	80	6	120	36	12	20	30	1.90
912602--912834	105	2.3	101	84	8	283	37	12	19	30	1.88
918961--919036	29	2.6	29	78	0	80	61	10	15	11	1.56
920511--920592	3	27.3	3	92	4	139	64	0	0	35	0.94
924789--924890	42	2.4	42	93	3	170	32	11	25	30	1.91
927061--927188	42	3.1	41	79	8	123	30	25	14	30	1.94
927711--927758	25	1.9	25	91	0	78	29	10	6	54	1.59
931749--932109	45	8.1	45	86	0	501	26	21	5	46	1.73
931856--931968	22	5.1	21	71	19	95	27	22	5	45	1.74
932372--932480	55	2.0	55	85	3	148	29	17	17	35	1.93
932478--932796	54	5.9	54	91	0	521	34	20	17	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
933165--933214	20	2.5	20	90	6	75	22	30	12	36	1.90
937521--937639	22	5.4	21	66	18	80	26	22	5	45	1.73
937515--937876	45	8.1	45	89	0	546	25	21	6	46	1.74
938116--938391	55	5.0	54	84	5	338	26	18	18	36	1.94
938116--938391	110	2.5	110	88	1	383	26	18	18	36	1.94
938140--938441	165	1.8	165	83	5	405	27	18	17	36	1.93
939626--939711	44	2.0	44	97	0	163	33	12	32	20	1.91
940587--940687	42	2.3	43	86	5	132	21	24	21	31	1.98
940321--941154	265	3.3	262	84	5	1005	29	18	20	31	1.96
940716--941159	240	1.8	241	89	1	703	30	16	20	31	1.95
941576--941628	3	17.7	3	96	0	97	32	1	0	66	1.03
950370--950445	29	2.6	29	78	0	80	61	10	15	11	1.56
951926--951992	3	22.3	3	90	6	109	64	0	0	35	0.94
956196--956297	42	2.4	42	93	3	170	32	11	25	30	1.91
958469--958596	42	3.1	41	79	8	123	30	25	14	30	1.94
959119--959166	25	1.9	25	91	0	78	29	10	6	54	1.59
963156--963517	45	8.1	45	86	0	510	26	21	5	46	1.73
963263--963375	22	5.1	21	71	19	95	27	22	5	45	1.74
963780--963888	55	2.0	55	85	3	148	29	17	17	35	1.93
963886--964204	54	5.9	54	91	0	521	34	20	17	27	1.95
964573--964622	20	2.5	20	90	6	75	22	30	12	36	1.90
968925--969043	22	5.4	21	66	18	80	26	22	5	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
968919--969280	45	8.1	45	89	0	546	25	21	6	46	1.74
969520--969795	55	5.0	54	84	5	338	26	18	18	36	1.94
969520--969795	110	2.5	110	88	1	383	26	18	18	36	1.94
969544--969845	165	1.8	165	83	5	405	27	18	17	36	1.93
971030--971115	44	2.0	44	97	0	163	33	12	32	20	1.91
971991--972091	42	2.3	43	86	5	132	21	24	21	31	1.98
971725--972558	265	3.3	258	84	5	1067	29	17	21	31	1.96
972120--972563	240	1.8	241	89	1	694	30	16	20	31	1.95
972980--973044	3	21.7	3	96	0	121	32	1	0	66	1.01
979210--979271	21	2.9	22	73	11	65	24	32	24	19	1.98

Tables:   1   2   3   4