genome.fa.s8923.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008923.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112227_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  468757

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 284 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10575--10631	20	2.8	20	86	0	87	17	22	24	35	1.95
15988--16035	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
20877--21059	91	2.0	91	93	0	312	20	18	22	38	1.93
37146--37187	19	2.2	19	86	0	57	19	30	30	19	1.96
39643--39713	31	2.3	31	80	0	79	35	15	11	38	1.83
46714--47277	200	2.9	196	78	6	566	28	16	12	41	1.85
50662--50768	3	36.3	3	75	3	83	54	0	0	43	1.13
50925--51159	53	4.4	53	89	2	330	20	28	20	30	1.98
51515--51605	42	2.2	42	86	5	125	38	19	16	25	1.92
51652--51855	42	5.0	41	71	12	168	30	20	19	29	1.97
51667--51732	22	3.1	22	70	16	66	33	21	18	27	1.96
51534--51855	122	2.6	121	89	3	477	30	20	18	29	1.97
51653--51723	22	3.3	21	71	15	65	35	19	19	25	1.96
56295--56334	13	3.2	13	85	3	55	62	10	12	15	1.54
62173--62267	3	32.0	3	72	6	68	53	2	2	42	1.24
62179--62267	20	4.4	20	75	9	83	53	1	2	42	1.20
66697--66723	10	2.7	10	100	0	54	51	0	11	37	1.37
67556--67633	33	2.4	34	85	10	108	37	0	1	61	1.04
67578--67613	18	1.9	19	88	5	56	36	0	2	61	1.11
67771--67824	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
82331--82392	7	8.9	7	76	0	52	24	0	29	46	1.53
82333--82392	21	2.9	21	85	9	86	25	0	26	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82373--82452	28	2.9	28	92	0	133	26	0	27	46	1.53
82431--82483	7	7.6	7	81	8	54	20	0	33	45	1.52
82373--82476	28	3.7	28	89	0	127	26	0	27	45	1.54
85618--85691	11	6.5	11	75	14	60	28	21	22	27	1.99
97107--97133	7	3.9	7	100	0	54	29	11	59	0	1.32
98626--98682	29	2.0	29	83	13	73	61	3	0	35	1.13
98888--99632	118	6.3	118	96	0	1332	44	17	7	30	1.77
98888--99814	236	4.0	236	93	2	1559	43	18	7	30	1.77
99530--99733	101	2.0	101	95	0	363	44	21	5	27	1.75
99414--99814	219	1.8	217	95	1	730	44	20	5	29	1.75
116130--116169	21	1.9	21	89	0	62	50	17	2	30	1.59
116076--116268	75	2.6	75	77	0	188	50	12	7	29	1.67
118549--118586	18	2.0	20	90	10	62	18	23	21	36	1.95
118621--118674	20	2.7	20	85	0	72	22	24	18	35	1.96
118552--118800	77	3.5	71	80	15	309	30	23	16	29	1.96
118663--118787	66	1.9	66	94	0	223	33	24	15	27	1.95
118782--118811	14	2.1	14	93	0	51	30	23	13	33	1.93
120321--120402	41	2.0	41	90	0	128	46	17	14	21	1.84
120520--120572	18	2.9	18	82	0	70	47	11	9	32	1.71
123338--123426	30	3.0	30	71	19	78	33	17	4	43	1.70
127199--127267	31	2.3	31	84	2	86	37	10	20	31	1.86
128085--128165	21	3.8	21	75	15	76	24	12	19	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128081--128167	44	2.0	44	86	0	120	26	11	19	42	1.85
128546--128614	33	2.1	33	94	0	120	34	11	17	36	1.86
136159--136219	21	3.2	21	63	29	55	32	4	19	42	1.73
136124--136268	35	4.1	36	86	7	174	33	5	18	42	1.74
140785--140845	21	3.2	21	63	29	55	32	4	19	42	1.73
140777--140895	35	3.3	37	87	8	165	32	5	18	43	1.72
144876--144936	3	19.7	3	80	12	70	36	0	0	63	0.94
144871--144932	20	3.2	19	78	21	74	35	0	0	64	0.94
144860--144929	9	8.6	9	82	9	64	35	0	0	64	0.94
144873--144936	8	8.0	8	81	15	71	35	0	0	64	0.94
146308--146382	33	2.3	31	80	14	89	45	1	0	53	1.08
147129--147185	28	2.0	28	90	6	89	40	1	0	57	1.09
151793--151834	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
152130--152278	1	149.0	1	75	0	136	87	0	12	0	0.53
152114--152277	44	3.8	44	85	13	227	86	0	13	0	0.57
152122--152272	37	4.1	36	88	7	207	87	0	12	0	0.55
152132--152269	7	19.9	7	87	12	205	87	0	12	0	0.54
156721--156878	54	3.0	54	81	10	193	34	14	24	26	1.94
156721--156874	50	3.0	50	84	7	168	34	14	24	27	1.94
157231--157329	44	2.2	44	92	0	171	36	11	14	38	1.81
157231--157329	22	4.5	22	90	0	153	36	11	14	38	1.81
158008--158239	76	3.1	76	95	1	421	24	20	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158252--158774	113	4.7	113	92	0	811	37	14	19	28	1.91
159106--159192	3	28.7	3	83	6	113	39	0	0	60	0.97
160536--160590	28	2.0	28	85	7	76	30	5	1	61	1.29
160578--160631	28	2.0	28	85	3	74	51	0	0	48	1.00
164542--164661	35	3.3	36	88	6	172	43	19	5	32	1.72
164590--164653	20	3.4	20	66	29	59	45	18	4	31	1.70
168725--168756	16	2.0	16	93	0	55	34	25	6	34	1.81
169162--169283	35	3.4	36	85	5	167	43	17	4	34	1.70
169216--169275	21	3.2	20	65	30	51	43	18	5	33	1.72
172543--172580	20	1.9	20	94	0	67	26	28	21	23	1.99
172599--172671	18	4.1	18	98	0	137	28	31	16	23	1.96
172607--172657	10	5.5	10	73	17	56	29	33	15	21	1.94
173864--173912	21	2.3	21	100	0	98	26	4	42	26	1.73
178189--178282	45	2.1	44	83	13	113	29	23	19	27	1.98
178788--178816	14	2.1	14	93	6	51	37	10	0	51	1.36
181293--181351	24	2.6	23	84	10	77	30	23	16	28	1.97
184080--184234	64	2.4	63	84	7	190	27	21	21	29	1.98
188312--188346	15	2.2	17	90	10	56	5	20	5	68	1.31
189734--189774	22	1.9	22	90	5	66	58	9	0	31	1.31
189989--190043	26	2.0	28	82	10	69	52	10	18	18	1.73
190000--190082	29	2.9	30	72	12	75	49	9	20	20	1.76
191651--191698	3	17.0	3	83	12	66	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191652--191701	17	3.2	17	81	16	63	70	0	0	30	0.88
191651--191703	20	2.7	20	88	2	81	67	0	0	32	0.91
191861--191972	40	2.7	40	81	9	120	25	20	31	22	1.98
192188--192327	64	2.2	64	84	3	174	43	13	10	32	1.77
192507--192567	31	1.9	31	83	9	79	40	13	14	31	1.84
192834--192912	38	2.1	38	85	4	106	31	10	18	39	1.84
192880--193186	103	3.0	104	75	14	301	37	11	16	34	1.84
193522--193573	4	13.5	4	84	8	72	25	0	23	51	1.48
194727--194776	23	2.3	20	80	10	55	2	16	12	70	1.26
198475--198515	22	1.9	22	90	5	66	58	9	0	31	1.31
198666--198818	29	5.4	27	69	12	85	52	10	17	18	1.72
200376--200410	3	12.0	3	87	6	54	65	0	0	34	0.93
200377--200420	17	2.6	17	89	3	63	68	0	0	31	0.90
205024--205368	130	2.6	131	84	7	445	24	19	31	24	1.98
205652--205883	29	8.0	31	69	20	103	45	15	11	28	1.80
205749--205799	25	2.1	25	92	3	86	52	15	7	23	1.68
205749--205883	29	4.9	26	75	16	112	48	17	8	25	1.74
205773--205878	29	3.7	28	87	5	140	46	18	7	27	1.76
205773--205932	29	5.4	31	78	12	97	43	14	12	29	1.82
205983--206109	62	2.0	63	88	7	188	44	16	11	28	1.82
206180--206238	31	1.9	31	93	3	102	42	15	13	28	1.85
206275--206384	36	3.1	36	88	1	168	36	11	19	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222089--222166	39	2.0	39	89	0	120	24	5	11	58	1.52
222093--222184	39	2.4	39	81	3	105	26	6	10	56	1.58
248536--248647	49	2.3	49	83	11	142	30	9	22	37	1.86
248539--248647	47	2.3	47	84	10	132	30	10	22	37	1.87
248953--248982	15	2.0	15	100	0	60	60	6	13	20	1.55
250959--250987	13	2.1	14	93	6	51	48	10	13	27	1.75
259158--259188	14	2.2	14	94	0	53	32	0	6	61	1.21
262427--262548	49	2.5	50	87	1	174	30	9	20	40	1.83
262859--262889	15	2.1	15	100	0	62	58	6	12	22	1.58
263580--263616	18	2.0	20	89	10	60	37	10	0	51	1.37

Tables:   1   2   3