genome.fa.s8932.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008932.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112243_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  464758

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7618--7775	53	2.9	53	89	5	237	30	14	27	27	1.95
7750--8202	51	8.6	50	78	12	351	33	18	24	23	1.96
7759--8146	106	3.7	104	76	18	340	34	17	24	23	1.96
7785--8214	55	8.1	54	80	7	436	33	18	24	23	1.96
7785--8202	160	2.6	159	81	10	423	33	18	24	23	1.96
11532--11608	30	2.6	29	87	10	111	22	20	28	28	1.98
15066--15282	14	15.3	14	76	12	185	44	2	6	46	1.41
15153--15275	28	4.4	28	96	0	228	45	3	4	46	1.40
15080--15285	42	4.8	42	81	8	204	44	2	6	46	1.41
21639--21673	3	11.7	3	88	11	54	34	0	0	65	0.93
21635--21676	13	3.5	13	87	12	63	35	0	0	64	0.94
23274--23339	8	8.1	8	88	3	69	40	3	6	50	1.43
23273--23320	2	24.0	2	95	0	87	47	0	2	50	1.12
33481--33574	31	3.0	31	85	1	116	38	21	7	32	1.81
35450--35518	24	2.9	24	100	0	138	30	11	15	42	1.83
40767--40851	28	3.2	28	61	29	67	30	16	23	29	1.96
40768--40892	52	2.4	52	93	0	205	26	19	24	30	1.98
40876--41022	54	2.8	52	83	9	174	31	19	25	22	1.98
40973--41419	55	8.2	55	81	8	400	30	15	25	28	1.96
41024--41395	158	2.3	161	79	7	371	29	14	25	30	1.95
41586--41638	3	17.3	3	77	11	54	32	0	3	64	1.12
50255--50331	9	9.8	8	81	14	74	76	0	11	11	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50253--50365	18	6.5	17	75	21	67	77	0	14	7	0.97
50274--50317	22	2.0	22	86	8	63	72	0	13	13	1.12
50327--50362	14	2.5	14	95	4	63	80	0	19	0	0.71
51656--51935	55	5.1	55	91	1	474	28	15	28	27	1.96
51656--51938	108	2.6	110	93	3	500	28	14	28	28	1.96
51981--52065	28	3.2	28	63	13	79	27	15	24	32	1.95
51936--52071	28	5.1	28	60	22	78	27	16	25	30	1.96
51931--52840	52	17.5	52	94	0	1577	28	16	25	29	1.97
52824--52970	54	2.8	53	83	7	174	31	19	25	23	1.97
52950--53367	55	7.7	55	81	6	383	31	15	25	28	1.95
52975--53343	158	2.3	161	79	7	365	30	14	25	29	1.95
57703--57752	19	2.6	19	96	0	91	20	28	16	36	1.93
62112--62179	9	8.8	8	78	16	65	76	0	11	11	1.02
62111--62179	16	3.9	17	77	20	70	76	0	11	11	1.01
62112--62184	22	3.1	23	79	16	71	76	0	12	10	1.02
62115--62173	30	2.0	30	87	12	86	72	0	13	13	1.11
62144--62184	8	4.9	9	82	11	52	78	0	12	9	0.98
62113--62192	39	2.1	37	84	9	99	76	0	13	10	1.02
62175--62208	14	2.4	14	90	0	59	79	2	17	0	0.86
62180--62211	17	1.9	16	93	6	55	75	6	18	0	1.01
63500--63891	55	7.2	55	90	2	612	28	14	28	28	1.96
63500--63891	109	3.6	110	95	2	684	28	14	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63884--64215	52	6.4	52	95	0	592	28	15	25	30	1.96
63934--64018	28	3.2	28	63	13	79	27	15	24	32	1.95
63889--64024	28	5.1	28	60	22	78	27	16	25	30	1.96
63941--64677	104	7.0	102	80	10	346	30	17	24	26	1.97
63884--64280	156	2.5	153	85	6	492	28	16	25	29	1.97
64203--64823	55	11.7	54	84	5	707	32	18	24	24	1.97
64203--64823	106	5.8	109	82	7	699	32	18	24	24	1.97
64201--64993	55	14.8	53	80	10	587	33	17	24	25	1.96
65267--65303	3	12.7	3	94	5	67	35	0	0	64	0.94
70462--70491	15	2.0	15	93	0	51	6	16	66	10	1.41
72688--72760	37	2.0	35	81	5	83	53	4	0	42	1.20
73268--73314	15	3.1	14	76	23	51	46	0	17	36	1.48
73257--73308	16	3.2	17	75	22	58	44	1	19	34	1.62
79130--80138	69	14.6	69	91	0	1504	25	17	29	27	1.98
80652--80721	31	2.3	31	82	2	79	48	21	10	20	1.78
82284--82377	3	30.7	3	78	8	82	38	3	0	58	1.14
83453--83510	28	2.1	28	83	0	71	39	6	13	39	1.72
84179--84227	18	2.7	18	83	3	62	79	4	4	12	1.01
84190--84225	19	1.9	19	88	5	56	75	5	5	13	1.17
84601--84650	2	25.5	2	95	4	93	50	0	0	50	1.00
85251--85289	17	2.2	18	86	4	53	33	2	2	61	1.23
88088--88127	20	2.0	21	90	5	64	7	20	2	70	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89121--89174	29	1.9	28	82	14	67	40	1	5	51	1.36
89473--89497	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
90583--90706	60	2.1	60	87	3	178	33	16	21	27	1.95
93370--93394	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
94207--94236	10	3.0	10	90	0	51	50	0	13	36	1.42
98341--98389	20	2.5	20	100	0	98	40	12	16	30	1.85
98489--98533	20	2.2	20	88	0	63	35	8	24	31	1.86
99526--99572	23	2.0	24	83	4	60	57	2	2	38	1.23
106895--106981	33	2.6	33	83	7	113	22	0	24	52	1.47
106991--107075	3	27.7	3	90	4	134	62	0	2	35	1.08
107483--107638	82	1.9	84	82	5	201	29	13	10	46	1.77
107728--107794	33	2.0	33	85	0	89	52	19	0	28	1.46
112204--112246	21	2.0	21	90	0	68	32	16	16	34	1.91
116798--116835	20	2.0	19	85	10	51	50	10	21	18	1.76
133699--133735	20	2.0	19	85	15	51	64	0	21	13	1.27
152444--152575	59	2.2	60	82	5	153	38	14	12	34	1.84
152793--152920	60	2.1	60	81	2	141	37	17	14	29	1.90
157002--157148	21	6.7	21	76	11	125	19	55	4	20	1.60
157046--157241	48	4.1	47	83	3	221	17	59	5	17	1.56
157027--157196	69	2.4	72	81	9	201	18	58	4	18	1.56
157046--157241	96	2.0	96	84	3	252	17	59	5	17	1.56
157006--157307	21	13.5	21	69	18	119	18	56	5	18	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159332--159896	279	2.0	279	96	0	1040	41	12	12	33	1.81
162163--162196	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
177148--177181	13	2.8	12	82	8	50	76	0	0	23	0.79
177150--177197	18	2.7	17	83	3	51	70	0	0	29	0.87
178728--178760	15	2.2	15	100	0	66	45	36	6	12	1.66
186337--186442	31	3.5	30	93	5	178	39	10	16	33	1.82
187028--187073	21	2.4	18	74	19	56	36	10	13	39	1.79
187033--187073	21	2.0	21	95	0	73	34	9	14	41	1.79
194251--194327	29	2.7	29	91	4	120	19	28	36	15	1.92
194340--194379	9	4.2	9	84	12	53	37	35	17	10	1.83
194386--194445	29	2.1	29	90	0	93	18	31	31	18	1.95
195101--195191	45	2.0	48	84	6	125	39	1	12	47	1.48
195353--195399	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
195374--195404	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
197554--197586	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
197778--197864	38	2.4	37	81	9	99	51	4	2	41	1.35
197794--198037	14	18.1	13	73	19	116	45	8	2	43	1.47
197997--198027	16	1.9	16	100	0	62	41	0	6	51	1.27
197889--198081	35	5.5	34	66	19	103	45	10	2	42	1.50
197794--198112	11	26.9	11	67	23	89	46	8	2	43	1.46
197781--198106	26	13.2	25	71	16	159	45	8	2	43	1.47
197794--198093	140	2.2	138	84	7	398	46	9	2	43	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201810--201872	28	2.2	30	91	5	103	57	11	0	31	1.34
201814--201879	28	2.4	28	85	10	98	56	10	0	33	1.34
201849--201897	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
202265--202336	21	3.3	21	68	21	58	29	25	27	18	1.98
202261--202380	44	2.7	43	93	2	195	28	24	27	20	1.99
202279--202359	23	3.6	23	72	12	87	27	25	27	19	1.99
202393--202452	30	2.0	30	96	0	111	21	43	20	15	1.88
202433--202469	17	2.2	17	100	0	74	24	43	16	16	1.87
202403--202493	47	1.9	47	100	0	182	20	42	19	16	1.89
202512--202549	20	1.9	20	94	0	67	21	50	13	15	1.78

Tables:   1   2