genome.fa.s8936.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008936.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112254_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  973811

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
591265--591430	64	2.6	64	79	6	183	27	17	24	30	1.97
593210--593385	59	3.0	59	87	0	253	25	23	17	33	1.96
599466--599570	53	2.0	53	80	10	117	44	1	4	48	1.34
599744--599818	21	3.6	21	72	13	64	34	21	20	24	1.96
599823--600002	51	3.3	51	69	24	159	31	18	24	25	1.97
599877--599925	21	2.3	21	96	0	89	30	26	20	22	1.98
599877--599935	21	2.9	20	90	5	75	30	23	22	23	1.99
599863--599938	21	3.7	20	82	7	64	34	19	21	25	1.96
599788--600038	114	2.2	112	92	3	405	31	20	22	25	1.98
599991--600038	21	2.3	21	92	0	78	31	31	16	20	1.95
600034--600129	21	4.6	21	81	10	115	22	20	23	32	1.98
599826--600091	114	2.3	111	84	7	295	29	20	22	27	1.99
599947--600247	135	2.2	133	84	4	381	25	21	22	30	1.98
600034--600250	63	3.3	63	76	15	231	24	21	21	32	1.98
600171--600250	21	3.8	21	71	12	83	23	18	23	33	1.97
600340--600425	6	14.3	6	100	0	172	33	50	16	0	1.46
601014--601096	21	4.0	21	78	12	98	32	22	21	22	1.98
601021--601115	42	2.3	40	85	8	120	34	22	21	22	1.97
601060--601115	21	2.8	20	78	10	69	35	19	21	23	1.96
601141--601202	21	2.9	21	87	4	70	32	22	22	22	1.98
601155--601208	21	2.6	21	93	0	90	27	25	24	22	2.00
601217--601270	21	2.6	21	96	0	99	20	24	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
617502--617630	60	2.2	60	77	5	136	40	4	21	33	1.74
618907--618959	17	3.1	17	78	13	63	28	26	7	37	1.83
632590--632922	165	2.0	168	98	1	645	33	24	14	27	1.94
639230--639268	18	2.2	18	100	0	78	43	15	23	17	1.87
640464--640531	27	2.5	27	87	2	91	27	7	17	47	1.74
641413--641462	22	2.2	22	85	7	64	14	28	30	28	1.95
642008--642061	22	2.5	22	90	0	90	22	1	33	42	1.64
643681--643730	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
653869--653915	24	2.0	24	83	8	60	55	17	2	25	1.53
662383--662420	15	2.5	15	87	8	51	34	28	2	34	1.71
668679--668730	27	1.9	27	100	0	104	51	13	19	15	1.75
674005--674060	27	2.1	27	90	6	87	44	30	10	14	1.79
677598--677655	25	2.3	25	100	0	116	39	0	20	39	1.53
677954--678041	18	4.9	18	91	0	140	20	21	31	26	1.98
689968--690001	17	2.0	17	88	0	50	14	2	29	52	1.56
691589--691676	18	4.9	18	90	0	140	18	22	32	26	1.97
691834--691860	7	3.9	7	100	0	54	29	0	25	44	1.54
695778--695808	12	2.6	12	94	0	53	9	22	45	22	1.81
695819--695885	15	4.8	15	70	17	54	50	0	0	49	1.00
695806--695895	40	2.3	39	88	7	137	50	0	0	50	1.00
695806--695907	40	3.0	34	76	19	88	48	0	0	51	1.00
695947--696022	30	2.6	30	89	2	118	21	34	10	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
697776--697892	60	2.0	60	89	3	182	28	23	17	29	1.97
704037--704174	70	2.0	67	88	6	206	28	19	18	33	1.95
715731--715758	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
716743--716866	37	3.3	36	80	6	115	33	17	10	37	1.84
716763--716864	36	2.7	37	80	8	109	34	17	9	38	1.83
716900--717156	36	7.6	35	64	22	111	27	20	14	37	1.91
716896--717156	67	3.9	67	85	4	330	27	20	14	37	1.91
717215--717260	22	2.1	22	95	0	83	30	21	21	26	1.99
717265--717392	47	2.8	46	79	10	140	28	34	14	22	1.94
720031--720072	20	2.1	20	90	0	66	35	16	16	30	1.92
724783--724825	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
732391--732430	9	4.6	9	87	3	55	10	12	0	77	0.99
735074--735116	20	2.2	20	86	0	59	32	9	20	37	1.85
738888--738964	24	3.4	23	72	20	63	29	15	19	35	1.93
741577--741769	95	2.0	96	93	3	336	27	12	27	32	1.93
741736--741773	20	1.9	20	94	0	67	26	21	23	28	1.99
747653--747718	20	3.1	21	72	14	55	28	13	21	36	1.91
750892--750934	20	2.1	21	86	4	61	58	0	2	39	1.11
752011--752070	2	32.5	2	73	21	51	51	0	3	45	1.17
752011--752071	17	3.5	17	76	14	70	52	0	3	44	1.17
752004--752070	23	2.8	23	82	8	82	53	0	4	41	1.21
752005--752070	12	5.6	12	76	20	59	53	0	4	42	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
752005--752070	35	1.9	34	87	9	98	53	0	4	42	1.21
764403--764445	20	2.2	19	84	16	52	76	2	2	18	1.00
764389--764455	24	2.9	22	72	19	57	74	4	4	16	1.14
764493--764518	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
764718--764763	2	24.5	2	82	12	62	50	0	2	47	1.13
765851--765898	2	25.5	2	80	19	59	50	0	2	47	1.12
767364--767404	18	2.2	18	86	4	55	63	12	7	17	1.50
775202--775350	8	17.5	8	67	16	68	76	2	5	15	1.08
775202--775249	9	5.4	9	80	5	53	79	2	2	16	0.93
775198--775267	31	2.3	31	80	9	83	77	1	4	17	1.01
775205--775249	17	2.6	18	80	19	60	80	2	2	15	0.92
775226--775328	13	7.9	13	68	19	63	75	1	4	17	1.07
775309--775355	16	2.9	16	75	15	51	80	2	8	8	0.97
775582--775628	3	15.3	3	87	12	69	65	0	0	34	0.93
775588--775629	22	2.0	21	95	4	75	66	0	0	33	0.92
777521--777684	65	2.7	61	80	10	181	26	13	22	37	1.91
777564--777693	65	2.0	65	90	0	206	27	13	21	36	1.92
777707--778001	64	4.6	64	86	3	423	31	13	20	34	1.91
787829--787885	22	2.6	22	77	0	60	26	26	28	19	1.99
793689--793763	11	6.5	11	76	11	62	82	4	4	9	0.92
793701--793733	17	1.9	17	88	11	50	78	3	3	15	0.99
793697--793760	22	2.8	22	81	11	76	84	3	4	7	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793697--793774	24	3.2	24	78	12	63	82	2	5	10	0.93
793700--793774	21	3.4	21	80	9	62	81	2	5	10	0.95
793967--794031	3	21.3	3	87	6	87	64	1	1	32	1.12
797768--797881	38	3.0	38	98	0	219	34	14	21	29	1.93
798602--798646	23	2.0	23	90	0	72	35	17	15	31	1.92
811463--811498	19	1.9	18	94	5	63	38	0	22	38	1.54
812361--812401	18	2.4	17	83	4	55	41	19	19	19	1.91
812981--813062	23	3.6	23	96	0	146	25	20	24	29	1.99
812981--813086	46	2.4	45	85	6	135	26	19	24	29	1.99
813829--813877	20	2.4	21	89	3	73	36	12	20	30	1.89
814290--814327	19	2.0	19	90	10	60	36	0	7	55	1.29
818067--818112	20	2.3	21	74	7	51	15	10	2	71	1.23
818650--818689	20	2.0	20	95	4	73	50	10	40	0	1.36
818656--818700	20	2.2	20	88	0	63	60	6	33	0	1.23
818688--818734	17	2.8	17	90	6	69	80	2	6	10	0.96
818686--818744	15	3.7	16	76	10	50	76	1	10	11	1.10
819605--819649	19	2.4	19	89	10	67	11	20	0	68	1.19
821575--821653	37	2.1	38	86	11	108	24	1	6	68	1.20
821582--821642	26	2.3	26	81	13	63	22	0	6	70	1.10
821633--821673	15	2.7	16	77	7	50	29	0	2	68	1.03
825997--826051	24	2.5	22	81	16	69	25	27	20	27	1.99
833158--833261	52	2.0	52	96	0	190	19	24	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834055--834154	52	1.9	52	93	0	173	40	12	25	23	1.88
837452--837484	9	3.7	9	95	0	57	45	30	0	24	1.53
840328--840352	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
841758--841851	30	3.1	30	81	6	125	34	21	19	25	1.96
843839--843967	64	2.0	64	98	0	249	21	28	13	35	1.92
848610--848684	24	3.2	24	92	5	118	45	20	12	22	1.83
849237--849294	28	2.0	29	96	3	109	58	6	6	27	1.50
850916--850965	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
853859--854040	75	2.4	75	85	0	231	40	12	14	32	1.83
854015--854063	23	2.1	23	84	0	62	40	8	14	36	1.75

Tables:   1   2   3   4   5