genome.fa.s8937.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008937.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112255_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  635368

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5139--5184	21	2.2	21	84	7	58	30	0	21	47	1.51
10412--10510	42	2.4	42	84	6	121	30	21	26	22	1.99
13061--13163	36	2.9	36	97	0	188	23	17	16	42	1.88
17184--17414	82	2.8	81	75	7	243	31	18	18	32	1.95
17146--17414	82	3.3	80	74	13	228	30	18	18	32	1.95
19536--19574	20	2.0	20	94	0	69	33	17	10	38	1.84
23853--23929	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
23806--23929	63	2.0	63	82	6	153	25	29	28	16	1.97
24803--24860	17	3.3	17	87	4	80	13	24	44	17	1.85
24856--24954	9	10.3	9	77	10	90	29	28	27	15	1.96
24858--24955	19	5.1	19	80	13	101	29	28	25	16	1.97
24881--24955	29	2.5	31	91	8	129	29	28	26	16	1.96
31186--31262	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
31139--31262	63	2.0	63	82	6	153	25	29	28	16	1.97
32131--32161	7	4.4	7	100	0	62	25	29	29	16	1.96
32144--32203	17	3.4	17	88	4	84	15	25	43	16	1.86
32197--32314	9	12.3	9	78	10	110	28	29	26	15	1.96
32204--32315	19	5.8	19	83	11	113	28	29	25	16	1.96
32223--32314	29	3.2	30	86	9	68	28	29	27	15	1.96
34954--34993	21	1.9	21	84	0	53	25	0	30	45	1.54
35156--35322	86	1.9	86	84	4	221	35	15	14	34	1.89
35813--35838	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36164--36206	9	4.7	9	81	13	52	23	0	2	74	0.93
36697--36744	22	2.1	22	84	7	60	31	14	6	47	1.69
36836--37212	186	2.0	185	89	3	580	43	2	6	46	1.45
49888--49918	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
49918--49959	19	2.2	20	87	8	61	78	2	14	4	1.01
50160--50251	20	4.6	20	81	0	121	39	17	19	23	1.92
50248--50306	20	3.0	20	92	0	91	25	27	22	25	2.00
51128--51181	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
53428--53462	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
53525--53790	139	1.9	139	94	2	471	28	13	15	42	1.84
53761--53815	20	2.8	20	88	0	83	32	12	18	36	1.88
53826--54017	20	10.2	20	75	15	176	33	21	20	23	1.97
53777--53979	54	3.8	53	83	5	255	34	21	19	24	1.96
53877--54059	94	1.9	93	89	4	278	34	20	20	25	1.96
53826--54068	74	3.3	74	71	9	192	34	21	19	23	1.96
54058--54115	20	2.9	20	84	0	80	12	17	25	44	1.83
54239--54275	14	2.6	14	95	0	65	45	10	0	43	1.39
55661--55772	42	2.7	41	76	8	118	22	19	37	20	1.94
56258--56309	20	2.7	19	85	8	61	40	25	19	15	1.90
56269--56323	20	2.8	21	91	8	89	40	25	20	14	1.90
56386--56450	20	3.2	20	86	0	94	18	20	23	38	1.93
56601--56650	18	2.8	18	90	0	82	44	6	16	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58382--58486	40	2.7	40	80	1	122	42	23	17	16	1.88
58382--58475	20	4.7	20	86	0	116	42	23	18	15	1.88
58499--58546	19	2.5	19	93	0	87	12	16	20	50	1.78
59108--59229	20	6.1	20	86	0	154	28	21	24	25	1.99
59478--59516	18	2.2	18	86	9	53	79	5	0	15	0.90
59527--59582	3	18.7	3	92	0	94	64	0	3	32	1.11
59587--59633	25	1.9	24	83	12	60	74	0	2	23	0.93
61451--61899	168	2.7	169	82	3	501	27	16	19	36	1.93
61405--61899	85	5.8	85	80	5	428	28	16	19	35	1.94
61955--62237	86	3.3	86	91	0	449	21	23	26	27	1.99
62760--62819	25	2.4	25	97	0	111	20	11	18	50	1.77
63257--63469	99	2.1	101	89	4	324	33	15	15	36	1.89
67496--67530	3	11.7	3	93	0	61	65	0	2	31	1.07
68658--68882	64	3.5	64	84	2	238	32	20	19	28	1.97
69188--69223	12	3.0	12	87	0	54	30	8	25	36	1.85
69239--69312	29	2.6	29	89	2	105	41	17	21	18	1.90
69397--69459	15	4.2	15	97	0	108	14	22	33	30	1.93
75379--75597	64	3.4	64	85	2	253	31	20	19	28	1.97
75903--75938	12	3.0	12	87	0	54	30	8	25	36	1.85
75954--76027	29	2.6	29	91	2	114	43	16	21	18	1.88
76112--76219	15	7.2	15	96	0	198	14	25	32	27	1.95
76211--76252	18	2.3	18	88	8	59	23	9	40	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77695--77719	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
86094--86136	16	2.7	16	85	7	61	27	20	9	41	1.83
86334--86392	22	2.5	24	83	10	77	55	3	1	38	1.26
86334--86405	25	3.0	23	75	20	76	56	2	2	37	1.28
86433--86483	23	2.2	24	92	3	86	45	0	5	49	1.26
86874--86915	21	2.0	21	100	0	84	33	23	9	33	1.87
88152--88271	21	5.7	21	92	0	195	28	20	23	27	1.99
91407--91449	21	2.0	22	86	4	61	25	0	46	27	1.53
92122--92227	23	4.8	23	85	8	139	21	23	32	22	1.98
92115--92207	43	2.2	43	100	0	186	21	25	30	22	1.99
96042--96081	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
99497--99525	15	1.9	15	100	0	58	27	31	6	34	1.83
109044--109109	12	5.5	12	77	10	55	10	3	37	48	1.53
109035--109112	24	3.2	24	79	13	97	11	3	37	47	1.58
109593--109636	18	2.3	20	84	7	56	40	4	36	18	1.71
109882--109959	6	13.3	6	69	28	53	51	1	0	47	1.09
109882--109994	34	3.4	33	74	18	110	50	0	1	46	1.17
109853--109990	28	4.8	28	77	17	106	49	1	1	47	1.19
109908--109959	21	2.5	20	82	17	63	50	1	0	48	1.12
109860--109986	43	3.0	41	75	17	118	48	1	1	48	1.20
109978--110035	30	1.9	30	86	10	82	53	5	3	37	1.40
110021--110171	21	6.9	20	72	19	74	47	5	5	41	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109979--110158	89	2.0	89	82	8	217	49	5	3	41	1.44
110097--110199	22	4.8	22	75	11	88	47	8	4	38	1.56
109947--110158	87	2.4	85	78	11	216	48	4	4	42	1.43
110124--110214	21	4.3	21	68	13	69	47	6	5	40	1.53
110211--110344	57	2.4	55	81	5	162	41	6	8	43	1.61
110497--110557	15	3.9	15	89	8	86	40	1	8	49	1.42
110489--110541	17	3.2	17	94	5	92	39	0	11	49	1.39
110498--110568	17	4.1	17	83	12	83	40	2	8	47	1.48
110530--110573	20	2.2	20	88	4	63	40	9	4	45	1.56
110559--110632	37	2.1	36	87	5	105	39	9	9	41	1.70
110674--110701	13	2.2	13	100	0	56	46	7	0	46	1.30
110763--110905	2	72.5	2	66	20	61	43	4	3	48	1.41
110763--110920	66	2.4	62	74	14	140	44	4	3	47	1.41
110838--110968	24	5.2	24	73	17	104	41	3	3	50	1.38
110795--110972	78	2.2	79	91	4	288	43	5	3	48	1.41
110861--110896	15	2.4	15	95	0	63	41	2	5	50	1.40
110942--111029	15	5.9	15	70	17	58	42	5	5	46	1.51
110985--111025	18	2.2	20	86	8	59	41	2	4	51	1.36
115499--115556	21	2.8	21	71	5	55	22	5	5	67	1.31
115834--115953	60	2.0	59	85	7	163	40	10	15	33	1.81
115847--115969	60	2.0	60	85	3	167	39	13	13	34	1.84
118273--118321	24	2.0	24	96	0	89	42	10	14	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124497--124523	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
125377--125448	32	2.3	32	86	6	96	54	4	0	41	1.20
135716--135832	24	4.8	24	91	3	189	35	24	2	37	1.70
135716--135832	49	2.4	49	94	1	200	35	24	2	37	1.70
136278--136313	18	2.0	18	94	0	63	44	16	8	30	1.77
139026--139148	42	3.0	42	83	5	126	29	22	15	32	1.95
139069--139148	41	1.9	42	84	2	108	26	23	18	31	1.98
140209--142007	898	2.0	898	99	0	3517	33	22	17	27	1.96
147762--147786	13	1.9	13	100	0	50	4	8	32	56	1.47
147819--147855	3	12.3	3	94	0	65	62	0	2	35	1.10

Tables:   1   2   3   4