genome.fa.s8937.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008937.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112255_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  635368

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150323--150369	22	2.1	23	88	11	71	34	12	6	46	1.67
150718--150830	60	1.9	59	83	5	147	31	14	15	38	1.87
151057--151168	60	1.9	60	88	3	174	33	22	15	29	1.94
151061--151189	60	2.2	59	80	12	149	32	19	17	31	1.94
159115--159185	32	2.3	31	90	4	108	43	5	4	46	1.46
159252--159305	28	1.9	28	84	0	72	40	7	5	46	1.55
159294--159355	11	5.1	11	71	21	52	41	8	6	43	1.60
159105--159488	39	10.7	37	82	13	473	43	6	3	46	1.45
167564--167602	20	2.0	20	94	0	69	20	15	7	56	1.63
168986--169039	11	5.1	11	72	14	51	40	5	7	46	1.55
168981--169041	32	1.9	32	96	0	113	42	4	6	45	1.51
169156--169205	25	2.0	25	88	7	75	46	4	2	48	1.32
169053--169189	37	3.6	37	92	5	222	43	6	3	45	1.47
169547--169594	20	2.4	19	79	10	51	31	0	4	64	1.12
169904--170049	75	2.0	74	91	4	240	31	13	11	43	1.79
170873--170920	18	2.6	18	81	15	62	72	0	6	20	1.05
171571--171717	75	2.0	74	82	8	181	56	12	2	29	1.47
176282--176331	19	2.6	19	75	12	57	72	2	4	22	1.12
176891--177011	63	1.9	63	90	6	192	56	13	0	30	1.38
176965--177012	25	2.0	24	87	4	69	62	12	0	25	1.30
176935--177108	76	2.3	75	83	4	208	57	10	1	30	1.40
179739--179803	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180247--180315	2	34.5	2	82	5	86	47	1	1	49	1.19
180426--180467	20	2.2	20	91	4	68	42	0	33	23	1.55
180382--180483	46	2.2	47	82	7	127	44	0	29	26	1.55
180761--180804	2	21.5	2	81	4	52	50	6	0	43	1.29
181102--181252	18	7.9	18	74	19	119	44	2	5	47	1.39
181157--181271	13	8.9	13	70	17	71	42	2	4	50	1.36
181050--181252	98	2.1	99	93	0	345	43	4	5	46	1.46
182073--182107	16	2.2	16	100	0	70	25	34	5	34	1.80
186559--186734	90	2.0	90	89	0	271	46	6	10	36	1.66
189962--190107	3	48.7	3	100	0	292	67	0	0	32	0.91
190529--191165	125	5.1	125	86	0	884	24	13	25	37	1.92
191132--191366	65	3.7	65	89	2	318	27	15	20	36	1.93
191529--191707	64	2.8	64	91	0	286	32	13	20	33	1.91
191680--191733	26	2.1	26	96	0	99	40	11	14	33	1.82
191552--191856	154	2.0	154	90	0	484	32	12	19	35	1.89
191616--191797	90	2.0	90	93	0	310	34	10	19	35	1.87
191706--192238	64	8.3	64	87	1	699	30	12	20	36	1.90
191706--192238	192	2.8	194	89	1	795	30	12	20	36	1.90
194161--194586	64	6.7	64	90	0	618	30	13	20	35	1.92
201213--201340	51	2.5	50	88	1	175	16	35	30	17	1.93
201364--201474	51	2.2	51	92	6	183	25	24	21	28	1.99
205207--205270	3	21.3	3	93	0	110	1	34	29	34	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205607--205645	18	2.2	18	100	0	78	20	23	30	25	1.98
207150--207361	110	1.9	110	92	1	354	46	9	7	36	1.65
207493--207533	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
207613--207770	51	3.1	50	80	9	144	18	31	32	17	1.94
207644--207770	51	2.5	50	87	1	173	17	30	35	16	1.92
208003--208081	3	26.7	3	97	2	151	68	0	0	31	0.90
208343--208475	60	2.1	60	81	9	142	26	12	21	40	1.88
208471--209096	124	5.1	125	85	5	830	24	14	24	36	1.93
208671--209093	126	3.5	114	79	12	411	23	13	23	38	1.91
208531--209009	240	2.0	238	88	0	715	24	14	24	37	1.92
208778--209093	125	2.5	126	90	1	483	22	14	25	38	1.91
209058--209222	65	2.6	63	83	6	201	27	14	20	37	1.91
209309--209349	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
209429--209586	51	3.1	50	80	9	144	18	31	32	17	1.94
209460--209586	51	2.5	50	87	1	173	17	30	35	16	1.92
209820--209875	3	18.7	3	100	0	112	67	0	0	32	0.91
210146--210278	60	2.1	60	81	9	142	26	12	21	40	1.88
210274--210899	124	5.1	125	86	5	866	24	14	24	36	1.93
210474--210896	126	3.5	114	80	12	429	23	14	24	38	1.92
210334--210812	240	2.0	238	90	0	742	24	14	24	36	1.93
210581--210896	125	2.5	126	90	1	483	22	14	25	38	1.91
210861--211025	65	2.6	63	83	6	201	27	14	20	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211263--211389	51	2.5	51	84	1	166	17	29	35	17	1.93
211623--211672	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
211943--212075	60	2.1	60	81	9	142	26	12	21	40	1.88
212071--212696	124	5.1	125	86	5	866	24	14	24	36	1.93
212271--212693	126	3.5	114	80	12	429	23	14	24	38	1.92
212131--212609	240	2.0	238	90	0	742	24	14	24	36	1.93
212378--212693	125	2.5	126	90	1	483	22	14	25	38	1.91
212658--212887	65	3.6	62	84	5	248	28	14	19	37	1.91
212702--212898	65	3.0	65	89	2	315	27	15	19	37	1.92
213061--213486	64	6.7	64	88	0	600	31	12	20	34	1.91
219975--220045	3	23.7	3	100	0	142	67	0	0	32	0.91
220462--221099	249	2.6	250	89	0	967	24	13	24	36	1.92
220464--221099	124	5.1	125	89	1	920	24	13	24	36	1.92
221061--221286	65	3.6	63	85	5	242	27	13	20	38	1.90
221105--221301	65	3.0	65	90	0	295	27	13	20	38	1.90
221464--221600	64	2.1	64	90	0	211	32	13	20	33	1.92
233431--233724	64	4.6	64	93	0	471	29	14	22	34	1.93
237314--237346	9	3.7	9	88	12	50	75	0	0	24	0.80
237306--237350	21	2.1	21	87	0	63	75	0	0	24	0.80
237314--237360	15	3.1	16	82	14	64	74	0	2	23	0.93
237871--237922	24	2.2	24	92	0	86	59	13	9	17	1.60
238092--238159	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250652--250741	5	17.8	5	76	17	80	80	0	16	3	0.85
251392--251435	19	2.3	19	100	0	88	38	25	11	25	1.89
251392--251435	10	4.7	9	80	8	52	38	25	11	25	1.89
251673--251937	89	2.9	91	87	3	383	39	16	20	23	1.92
253168--253198	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
257506--257554	24	2.0	24	92	0	80	44	14	18	22	1.85
262828--262866	18	2.2	18	86	9	53	82	0	10	7	0.86
263926--263964	20	2.0	20	85	10	53	79	0	2	17	0.84
264064--264411	37	9.5	36	88	5	466	44	6	3	45	1.44
263967--264411	37	11.8	37	81	10	444	45	6	2	45	1.43
264064--264411	73	4.7	73	86	6	461	44	6	3	45	1.44
264104--264437	110	3.0	106	83	11	397	45	6	3	44	1.46
265022--265851	85	9.8	85	86	1	1040	25	18	21	34	1.96
267098--267360	95	2.7	95	85	3	312	33	17	16	33	1.92
273891--273942	24	2.2	24	96	0	95	55	15	11	17	1.68
274101--274154	2	28.0	2	92	7	94	48	0	0	51	1.00
275263--275313	13	4.0	13	76	20	54	23	1	1	72	1.05
284361--284480	11	10.8	11	81	9	95	76	1	18	3	1.00
284360--284480	12	9.8	12	68	15	52	76	1	18	3	1.00
284407--284480	6	12.7	6	83	11	73	72	2	22	1	1.04
284772--284813	19	2.2	19	100	0	84	50	21	9	19	1.75
285286--285348	20	3.2	20	66	20	51	44	12	19	23	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285266--285531	88	3.0	91	88	4	396	38	17	20	23	1.93
285446--285762	116	2.7	115	83	7	354	36	17	23	23	1.95
285929--285992	12	4.8	13	81	14	53	42	0	0	57	0.98
285956--285987	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
293330--293369	18	2.2	18	90	0	62	22	20	32	25	1.98
295031--295071	18	2.3	18	87	4	57	60	2	7	29	1.36
295111--295142	10	2.8	12	81	18	50	43	0	28	28	1.55
300097--300172	24	3.2	24	94	0	134	56	14	11	17	1.67
312518--312618	6	15.6	7	75	21	62	81	0	18	0	0.70
312525--312647	56	2.3	55	78	21	143	81	0	17	0	0.74

Tables:   1   2   3   4