genome.fa.s8940.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008940.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112259_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  476028

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--60	30	2.0	31	87	12	90	18	20	21	40	1.92
1771--1832	14	4.5	14	77	16	51	70	1	9	17	1.22
1969--2007	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2136--2174	21	1.9	20	89	5	60	56	0	0	43	0.99
2137--2188	21	2.5	20	81	9	59	59	1	0	38	1.08
2233--2747	263	2.0	254	93	4	888	45	9	11	33	1.72
2951--2988	19	2.0	20	89	5	60	68	5	2	23	1.23
3779--3815	15	2.5	15	91	4	58	8	67	18	5	1.36
6464--6495	17	1.9	17	93	6	57	53	6	6	34	1.51
6570--6614	18	2.5	20	75	17	53	15	4	17	62	1.49
8303--8364	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
11966--12018	26	2.0	26	85	0	70	50	22	3	22	1.64
12833--12864	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
16037--16115	22	3.6	21	75	16	65	75	5	2	16	1.08
16449--16527	34	2.4	32	79	12	81	65	1	5	27	1.21
16634--16674	11	3.6	11	87	6	55	65	4	4	24	1.32
17367--17471	37	2.8	37	85	0	138	29	15	13	41	1.85
18188--19668	106	14.0	106	89	2	2099	22	17	24	34	1.96
21130--21189	26	2.3	27	82	8	70	1	13	3	81	0.89
21144--21189	13	3.5	13	82	14	58	0	13	2	84	0.71
21144--21190	17	2.8	17	83	9	60	0	14	2	82	0.75
21144--21190	12	3.8	12	86	11	51	0	14	2	82	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21153--21202	23	2.2	23	82	10	59	0	18	2	80	0.82
25595--25653	20	3.1	19	72	18	50	67	1	11	18	1.30
25941--25965	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
26190--26230	11	3.6	11	87	6	55	65	4	2	26	1.25
26315--26359	12	3.7	12	81	3	54	66	0	4	28	1.11
26925--27029	37	2.8	37	85	0	138	30	14	14	40	1.85
30123--30223	49	2.1	49	100	0	202	34	7	18	38	1.80
36233--36290	12	4.8	12	82	0	71	51	18	15	13	1.76
36245--36327	24	3.5	24	78	3	87	44	18	18	19	1.87
38056--38117	30	2.1	30	100	0	124	33	29	3	33	1.74
38840--38910	18	3.9	18	67	20	58	14	19	46	19	1.84
38846--38927	36	2.3	36	82	0	101	12	18	48	20	1.79
38890--38923	13	2.6	13	100	0	68	11	17	47	23	1.81
40997--41054	12	4.8	12	82	0	71	51	18	15	13	1.76
41009--41091	24	3.5	24	78	3	87	44	18	18	19	1.87
43568--43633	13	5.3	13	75	10	66	13	19	46	19	1.83
53834--53873	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
55473--55796	2	168.5	2	64	20	95	48	3	3	45	1.36
55499--55566	11	6.5	11	72	13	63	50	4	0	45	1.22
55469--55651	13	14.7	13	67	19	88	48	3	2	44	1.35
55475--55714	11	22.9	10	63	23	50	49	3	2	44	1.33
55853--55919	14	4.8	14	76	5	73	49	28	2	19	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55853--55919	28	2.4	28	87	0	98	49	28	2	19	1.63
56099--56176	20	3.8	20	75	12	70	53	6	5	34	1.48
56500--56532	17	2.0	17	88	5	50	63	0	3	33	1.10
57188--57257	13	5.4	12	76	17	61	45	1	1	51	1.18
57586--57617	11	2.9	11	90	0	55	9	18	46	25	1.79
62744--62882	36	3.9	36	97	0	251	26	16	15	41	1.88
67724--67798	35	2.1	35	92	0	123	33	29	28	9	1.88
67876--67966	24	3.8	24	80	2	103	37	20	16	25	1.93
67883--67950	23	2.9	24	86	2	93	36	22	14	26	1.93
70473--70504	7	4.4	7	92	7	55	25	28	34	12	1.92
70474--70520	8	6.5	8	79	20	59	21	25	38	14	1.92
70474--70520	15	3.3	15	91	5	71	21	25	38	14	1.92
70481--70569	13	6.3	13	77	14	70	19	21	42	16	1.89
70502--70542	18	2.3	18	95	0	73	9	21	48	19	1.77
70496--70555	31	1.9	31	93	0	102	15	20	46	18	1.84
72606--72680	35	2.1	35	92	0	123	33	29	28	9	1.88
72758--72848	24	3.8	24	80	2	103	37	20	16	25	1.93
72765--72832	23	2.9	24	86	2	93	36	22	14	26	1.93
75360--75399	7	5.4	7	88	11	62	25	27	35	12	1.92
75361--75415	8	7.5	8	82	17	75	21	25	38	14	1.92
75361--75399	15	2.6	15	100	0	78	25	25	35	12	1.92
75389--75464	13	5.5	13	76	14	71	15	21	44	18	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75382--75437	18	2.9	18	84	7	67	14	25	42	17	1.87
75391--75450	31	1.9	31	89	0	93	15	20	45	20	1.86
85894--85935	19	2.2	19	86	0	57	28	2	26	42	1.67
86632--86679	23	2.1	23	92	0	78	45	25	4	25	1.71
86675--86712	7	5.4	7	93	0	58	36	26	2	34	1.71
88291--88339	22	2.2	22	82	13	57	4	34	6	55	1.44
92648--92680	17	1.9	17	93	0	57	63	9	6	21	1.45
96229--96394	29	5.7	29	78	6	138	32	3	14	50	1.58
96233--96423	58	3.3	58	78	2	179	32	3	14	49	1.61
96229--96423	29	6.7	29	78	9	132	31	3	14	49	1.61
96480--96509	13	2.3	13	100	0	60	30	0	0	70	0.88
100118--100806	342	2.0	342	93	1	1193	41	7	14	35	1.75
113288--113326	21	1.9	21	89	5	62	25	15	25	33	1.95
118746--118790	20	2.2	20	96	0	81	11	22	15	51	1.75
129280--129967	209	3.3	212	89	5	1056	49	8	11	30	1.68
130066--130224	2	80.0	2	70	19	102	46	3	3	47	1.34
130066--130224	11	15.4	10	68	18	60	46	3	3	47	1.34
130197--130244	20	2.5	20	89	3	71	45	10	4	39	1.58
130273--130439	22	8.4	20	70	17	98	46	2	4	46	1.39
130294--130345	11	5.0	11	76	19	58	50	0	3	46	1.20
130328--130406	31	2.4	32	77	12	81	46	2	3	46	1.34
130394--130452	22	2.6	22	86	10	75	47	1	3	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130775--130815	13	3.5	13	75	25	54	48	9	4	36	1.58
130770--130826	22	2.6	22	94	0	96	47	8	7	36	1.62
130866--130973	2	51.0	2	72	17	67	43	4	3	48	1.41
130866--130973	7	17.0	6	75	13	67	43	4	3	48	1.41
130866--130973	9	12.8	8	71	14	67	43	4	3	48	1.41
130866--130973	18	6.1	17	73	13	76	43	4	3	48	1.41
131042--131112	18	3.8	18	80	14	90	42	9	7	40	1.65
131030--131109	38	2.1	38	90	4	126	43	10	5	41	1.60
131141--131186	21	2.2	21	88	7	67	41	6	10	41	1.66
131194--131282	2	42.0	2	71	18	56	44	4	3	47	1.40
131224--131283	20	2.9	20	85	9	68	45	5	1	48	1.34
130817--131391	309	1.8	313	88	9	895	43	8	5	42	1.59
131313--131455	33	4.4	33	76	12	125	45	6	5	42	1.53
131388--131480	33	3.3	27	76	20	84	43	5	3	48	1.42
131339--131426	16	5.4	16	70	16	56	47	5	3	43	1.43
131528--131645	61	1.9	61	84	0	155	50	5	9	35	1.57
133998--134071	18	4.0	17	70	16	58	59	5	2	32	1.34
136110--136189	42	1.9	42	94	0	142	36	22	10	31	1.87
136284--136643	131	2.7	131	84	4	429	39	14	12	33	1.83
139923--139985	19	3.4	18	75	16	67	60	0	4	34	1.18
140652--140681	15	2.0	15	93	0	51	66	10	6	16	1.41
142516--142559	3	14.7	3	95	0	52	56	0	43	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144549--144800	125	2.0	127	98	1	490	22	26	11	39	1.87
145475--145509	17	2.1	17	100	0	70	22	22	20	34	1.97
145477--145521	17	2.6	17	89	0	63	26	17	15	40	1.90
146213--146263	4	12.5	4	84	12	59	70	0	1	27	0.98
148398--148462	30	2.2	30	86	5	87	40	7	21	30	1.81
148406--148465	30	2.0	30	90	3	95	35	10	21	33	1.87
148455--148517	32	2.0	32	90	0	99	46	12	22	19	1.83
148459--148553	36	2.8	35	78	9	90	44	12	20	23	1.85
148487--148812	101	3.2	101	87	2	485	40	11	19	27	1.87
148681--148929	36	7.3	35	70	20	131	37	12	20	29	1.89

Tables:   1   2   3