genome.fa.s8940.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008940.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112259_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  476028

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 277 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148725--148897	63	2.7	63	83	9	199	38	10	21	28	1.87
148847--149018	37	4.9	37	68	17	118	38	12	18	29	1.88
148780--149018	100	2.4	99	90	2	354	38	11	18	31	1.87
148683--148997	165	1.9	164	81	6	386	37	11	20	30	1.88
150885--150939	20	2.7	21	94	2	94	27	18	34	20	1.95
150960--151015	20	2.6	22	83	5	71	25	17	30	26	1.97
150959--151059	42	2.4	42	81	12	118	24	17	32	24	1.97
151002--151059	21	2.8	21	91	0	98	25	17	34	22	1.96
151140--151199	30	2.0	30	96	0	111	45	20	5	30	1.72
151309--151348	21	1.9	21	94	0	71	50	7	10	32	1.64
152486--152533	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
153829--153883	20	2.7	21	94	2	94	27	18	34	20	1.95
153946--154003	21	2.8	21	100	0	116	24	18	36	20	1.95
154084--154143	30	2.0	30	96	0	111	45	20	5	30	1.72
160424--160457	15	2.3	15	90	10	52	52	2	2	41	1.31
169623--169652	9	3.4	9	90	9	53	70	0	20	10	1.16
171946--172546	117	5.1	116	80	6	601	39	15	18	26	1.91
171946--172546	233	2.6	233	83	3	717	39	15	18	26	1.91
172926--173082	5	32.2	5	66	21	50	37	4	2	55	1.34
172929--172993	14	4.3	15	72	18	55	40	3	0	56	1.15
176232--176263	16	1.9	17	93	6	57	21	12	0	65	1.25
188960--188999	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195969--196002	15	2.2	16	89	5	52	5	26	5	61	1.42
196889--197161	144	1.9	144	96	0	510	22	28	22	26	1.99
198072--198119	26	1.9	25	91	8	80	45	6	10	37	1.64
203662--203710	22	2.2	22	100	0	98	28	14	16	40	1.87
204576--204602	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
205795--205841	2	24.0	2	91	4	78	46	0	2	51	1.13
206892--206960	34	2.0	34	94	0	120	42	2	14	40	1.61
207834--207983	79	1.9	80	97	1	284	37	8	13	41	1.74
210370--210686	138	2.3	136	78	4	323	29	15	14	41	1.86
212147--212206	29	2.0	30	87	3	86	13	11	11	63	1.53
214016--214058	17	2.5	17	84	3	59	83	0	9	6	0.80
214016--214048	9	3.8	9	88	8	50	87	0	3	9	0.63
214187--214220	5	6.8	5	100	0	68	82	0	0	17	0.67
215616--215907	138	2.1	139	81	6	326	30	13	15	40	1.85
215671--215968	138	2.2	138	79	4	325	28	13	14	43	1.83
216802--216855	23	2.3	24	78	6	67	40	1	1	55	1.21
222776--222829	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
224442--224489	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
225215--225251	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
225455--225519	23	2.8	23	90	0	94	38	18	7	35	1.80
225884--225946	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
228493--229335	181	4.7	181	96	2	1497	34	16	15	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228493--229335	366	2.3	359	95	4	1484	34	16	15	34	1.90
230698--230784	3	29.0	3	75	0	75	24	34	6	34	1.82
230698--230799	18	5.7	18	77	0	78	22	34	6	36	1.81
230706--230796	42	2.2	42	88	4	130	21	35	7	35	1.83
230702--230799	6	16.3	6	80	0	70	21	34	7	36	1.81
232259--233682	199	7.1	199	97	1	2597	31	15	15	37	1.89
232259--233682	399	3.6	398	96	1	2624	31	15	15	37	1.89
233764--233808	19	2.4	19	88	0	63	60	6	2	31	1.35
235599--235664	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
237784--237836	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
237980--238026	20	2.4	19	79	10	58	19	17	8	55	1.67
238147--238192	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
238257--238704	229	2.0	227	93	3	776	39	7	8	45	1.62
241245--241287	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
241267--241419	68	2.2	69	86	2	202	26	26	28	18	1.98
241779--241837	30	1.9	31	89	3	93	35	6	23	33	1.82
242057--242123	22	3.0	22	95	0	125	20	26	25	26	1.99
244009--244042	4	9.0	4	87	12	54	50	26	0	23	1.50
244011--244039	14	2.1	14	100	0	58	51	27	0	20	1.47
250709--250735	14	1.9	14	100	0	54	44	0	11	44	1.39
251191--251336	59	2.5	60	75	1	150	30	19	6	43	1.77
251717--251784	27	2.6	27	85	2	93	33	10	8	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254048--254132	42	2.0	42	93	0	143	49	10	14	25	1.75
254252--254295	21	2.1	21	87	8	63	20	13	0	65	1.26
258140--258214	20	3.8	20	98	0	141	30	18	24	26	1.98
259036--259104	23	3.0	23	84	0	102	34	26	23	15	1.95
259175--259227	20	2.6	20	77	14	54	37	16	16	28	1.91
260577--260616	20	2.0	20	90	0	62	20	20	25	35	1.96
263041--263079	21	1.9	20	84	5	51	43	7	0	48	1.31
267260--267324	30	2.2	30	94	0	112	32	33	18	15	1.92
267935--268101	42	4.0	42	92	2	257	32	25	23	18	1.97
269054--269209	29	5.4	29	84	4	183	41	21	5	32	1.75
269033--269209	29	6.1	28	81	6	176	41	20	5	32	1.75
269229--269253	13	1.9	13	100	0	50	24	16	44	16	1.86
269824--269872	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
275439--275602	42	3.9	42	86	2	215	35	23	21	18	1.96
275400--275602	84	2.4	84	84	8	250	34	23	23	18	1.96
276541--276669	29	4.4	27	79	15	125	38	19	6	35	1.77
276541--276669	30	4.4	29	81	8	147	38	19	6	35	1.77
276684--276714	13	2.5	13	94	5	55	19	22	38	19	1.93
278769--278796	4	7.0	4	100	0	56	0	0	25	75	0.81
284209--284615	198	2.0	203	95	4	734	29	18	14	36	1.91
285079--285126	5	9.6	5	93	0	69	66	2	31	0	1.03
285072--285106	16	2.2	16	89	0	52	71	5	22	0	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285072--285117	15	3.0	15	87	3	56	67	4	28	0	1.10
288987--289045	29	2.0	29	100	0	118	44	13	10	32	1.77
294646--294965	154	2.0	159	95	4	589	38	11	16	33	1.85
298834--298865	16	2.0	16	93	0	55	40	25	0	34	1.56
299775--299868	31	3.0	31	92	3	145	37	23	19	20	1.94
310119--310329	104	2.0	105	99	0	415	34	4	16	45	1.68
310166--310326	52	3.1	52	60	15	116	36	4	13	44	1.66
310709--310734	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
315045--315102	30	1.9	30	85	0	80	39	8	6	44	1.62
319648--319850	101	2.0	101	100	0	406	27	15	14	41	1.87
323639--323676	20	1.9	20	84	10	51	65	2	13	18	1.37
328321--328412	44	2.1	44	85	2	123	22	17	11	47	1.80
331401--331479	31	2.5	31	87	4	115	49	0	8	41	1.34
331401--331494	31	3.1	30	82	13	95	48	1	7	42	1.38
332042--332068	12	2.2	12	100	0	54	59	0	0	40	0.98
352790--352831	21	2.0	21	85	0	57	23	7	23	45	1.78
353230--353276	24	1.9	25	82	4	60	19	29	4	46	1.68
355932--356011	36	2.2	36	95	0	142	38	7	11	42	1.69
356876--356910	13	2.8	13	95	4	63	31	17	37	14	1.89
356904--356968	11	6.1	11	73	22	59	36	26	23	13	1.92
356906--356989	42	2.0	42	97	0	159	34	26	27	11	1.91
356970--357028	28	2.1	28	100	0	118	35	13	40	10	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
357027--357102	29	2.6	29	91	4	118	15	31	30	22	1.95
357181--357233	27	2.0	27	100	0	106	30	22	20	26	1.98
357345--357390	23	2.0	23	100	0	92	47	4	39	8	1.54
357345--357405	23	2.6	23	86	5	59	50	6	36	6	1.54
357396--357447	21	2.5	21	93	0	86	65	0	32	1	1.04
357393--357424	17	1.9	17	93	6	57	65	0	34	0	0.93
357398--357460	12	5.2	12	73	19	60	61	0	36	1	1.05
357582--357670	41	2.2	41	78	8	92	42	1	10	46	1.45
357610--357741	45	3.0	45	80	14	134	40	0	12	47	1.41
357781--357857	34	2.3	33	81	14	88	40	0	12	46	1.42

Tables:   1   2   3