genome.fa.s8943.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008943.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112264_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1742779

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
905--979	23	3.5	22	73	14	75	25	25	21	28	1.99
3156--3198	22	2.0	22	95	0	77	39	0	30	30	1.57
3608--3764	65	2.4	65	86	2	199	28	22	17	31	1.97
7555--7626	38	1.9	38	88	2	110	41	5	8	44	1.58
7694--7753	25	2.5	23	79	10	75	43	6	10	40	1.64
7716--7835	33	3.5	33	78	10	127	41	5	14	39	1.67
7819--7853	18	1.9	18	94	0	61	42	5	11	40	1.65
7784--7886	50	2.0	53	85	9	142	43	3	11	40	1.59
9884--9914	16	1.9	16	100	0	62	51	9	6	32	1.60
9951--9975	13	1.9	13	100	0	50	52	0	16	32	1.44
9977--10014	20	1.9	20	100	0	76	44	18	10	26	1.82
10120--10156	14	2.4	16	78	17	51	48	5	0	45	1.25
11510--11571	9	6.6	9	75	14	54	1	11	4	82	0.89
12256--12325	6	11.3	6	73	14	54	4	14	2	78	1.02
12244--12291	20	2.4	20	86	6	62	4	14	2	79	0.98
20093--20297	95	2.2	95	83	5	263	36	15	22	25	1.93
20280--20331	22	2.5	21	84	6	70	38	15	17	28	1.90
20118--20331	95	2.3	95	82	3	225	36	14	22	25	1.93
20780--20994	20	9.5	20	69	22	124	44	9	23	22	1.82
20723--20929	20	9.0	24	68	23	142	43	9	24	23	1.82
20721--21012	46	6.3	46	89	2	435	44	9	21	23	1.83
27786--27810	13	1.9	13	100	0	50	52	0	16	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27938--27969	7	4.6	7	92	0	55	43	3	0	53	1.16
38954--38982	9	3.0	10	90	10	51	10	0	10	79	0.94
44567--44592	8	3.2	8	100	0	52	53	11	11	23	1.69
53974--54018	8	6.0	8	80	19	53	15	0	0	84	0.62
53974--54011	17	2.2	17	90	9	60	15	0	0	84	0.63
58622--58956	167	2.0	165	94	2	582	36	18	4	40	1.72
60689--60749	23	2.7	23	85	10	72	22	26	27	22	1.99
64676--64726	23	2.3	23	83	6	70	19	41	21	17	1.91
73077--73108	12	2.7	12	95	0	55	50	0	25	25	1.50
82828--83161	132	2.5	132	84	1	438	31	20	17	30	1.96
86690--86752	21	2.9	22	95	2	110	36	17	14	31	1.90
92081--92423	54	6.4	54	85	1	373	26	17	19	35	1.95
92081--92415	162	2.1	162	82	1	411	26	17	20	35	1.95
94091--94655	280	2.0	283	96	2	1048	31	20	12	35	1.91
98720--99279	54	10.5	54	80	5	546	27	17	20	35	1.94
98776--99279	161	3.1	158	82	5	588	27	17	20	35	1.94
101554--101802	89	2.8	89	92	0	408	37	13	6	42	1.71
103912--104035	54	2.3	54	83	8	155	29	16	20	33	1.95
136734--136777	20	2.2	20	83	0	52	45	9	22	22	1.80
139075--139254	45	4.0	45	74	3	175	32	18	8	40	1.81
139645--139684	21	1.9	20	89	5	53	42	12	7	37	1.71
142029--142069	14	2.9	15	82	14	59	29	26	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142081--142151	29	2.5	28	83	4	79	26	25	15	32	1.95
144357--144481	47	2.8	45	84	7	155	30	18	8	43	1.79
144370--144494	47	2.9	41	80	12	112	31	19	8	41	1.80
151213--151338	47	2.8	45	84	9	168	31	19	7	40	1.81
160380--160412	16	2.1	16	94	0	57	42	3	0	54	1.15
162536--162604	30	2.4	29	85	9	88	37	18	2	40	1.66
185792--185839	24	2.0	24	95	0	87	35	12	12	39	1.81
205422--205623	65	3.1	64	79	11	207	30	24	18	26	1.98
210530--210556	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
213032--213075	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
213628--213670	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
214144--214268	65	1.9	63	80	7	144	32	20	19	28	1.97
214174--214330	65	2.4	64	83	5	183	29	21	20	28	1.98
214174--214353	65	2.8	65	79	5	161	29	23	19	27	1.98
214321--214372	19	2.7	19	90	0	77	23	30	19	26	1.98
221498--221660	54	3.0	54	97	0	310	36	19	13	30	1.90
231235--231361	40	3.2	40	65	14	102	37	4	16	41	1.69
231212--231390	77	2.3	76	84	1	241	37	8	16	37	1.79
232144--232337	29	6.7	29	77	9	110	47	7	6	38	1.58
232144--232308	58	2.8	58	82	2	152	48	6	6	38	1.56
232172--232322	58	2.6	57	81	4	176	47	6	5	39	1.54
232287--232379	28	3.3	28	77	8	98	43	12	2	41	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235334--235387	5	10.4	5	88	7	72	75	0	24	0	0.80
235324--235388	18	3.6	18	76	15	71	75	1	23	0	0.89
235340--235387	25	2.0	24	95	4	87	75	0	25	0	0.81
243072--243184	46	2.4	47	80	5	131	42	7	18	30	1.79
243072--243192	48	2.6	46	78	8	136	42	7	19	30	1.79
252252--252282	16	1.9	16	100	0	62	25	32	0	41	1.56
253913--253947	13	2.6	14	86	13	56	40	5	8	45	1.58
263157--263198	21	2.0	21	85	4	57	47	7	0	45	1.30
267399--267540	75	1.9	75	79	2	160	40	7	16	36	1.75
269661--269706	20	2.3	20	85	3	58	36	0	23	39	1.55
271087--271169	32	2.5	34	82	7	107	44	14	20	20	1.86
271855--271907	18	2.9	18	77	2	61	47	16	0	35	1.48
271906--271935	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
271984--272041	28	2.1	28	84	6	75	43	8	0	48	1.34
272042--272101	31	1.9	31	89	0	93	55	3	3	38	1.33
272090--272152	18	3.4	18	76	20	67	60	0	0	39	0.97
272092--272147	19	3.0	19	80	15	71	60	0	0	39	0.97
272036--272117	31	2.6	30	80	3	92	57	3	2	36	1.30
272109--272143	17	2.1	17	94	0	61	60	0	0	40	0.97
272116--272170	23	2.5	20	76	21	56	54	0	3	41	1.18
273562--273596	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
277832--277856	12	2.1	12	100	0	50	52	24	8	16	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277916--277962	20	2.3	20	85	0	58	27	19	14	38	1.91
285457--285511	21	2.6	21	91	0	83	1	9	40	49	1.45
289828--289883	2	27.5	2	96	3	103	48	0	1	50	1.11
303511--303548	20	1.9	20	88	0	58	42	2	2	52	1.29
303531--303594	3	22.0	3	77	6	51	40	1	3	54	1.25
303509--303572	23	2.7	23	80	4	74	45	3	1	50	1.27
303509--303586	23	3.3	22	76	8	66	43	2	2	51	1.29
303522--303594	12	6.2	12	72	15	55	39	2	4	53	1.34
303912--303936	12	2.1	12	100	0	50	16	44	16	24	1.86
311827--311941	22	5.4	22	77	14	86	75	0	20	3	0.94
311838--311944	29	3.9	28	81	16	118	76	0	19	3	0.93
311827--311956	7	18.0	7	75	15	86	76	0	19	3	0.93
311845--311956	14	8.4	13	78	13	97	77	0	18	3	0.91
311919--311962	17	2.6	17	88	0	70	86	2	9	2	0.75
313222--313338	37	3.2	37	90	0	180	38	20	17	23	1.93
313340--313418	41	1.9	41	94	0	140	25	17	25	31	1.97
313340--313570	42	5.3	42	72	14	155	29	17	21	32	1.96
317487--317809	156	2.1	154	97	2	603	39	11	18	30	1.87
319743--319792	18	2.8	18	96	3	93	26	26	18	30	1.98
320644--320722	39	2.0	39	100	0	158	31	7	20	40	1.80
322699--322738	12	3.3	12	78	0	53	20	10	35	35	1.86
335758--335809	24	2.2	23	83	10	68	23	9	30	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
341485--341650	55	3.0	55	80	3	199	40	13	16	28	1.87
341490--341669	55	3.3	55	80	5	193	42	14	15	28	1.85
350015--350044	15	2.0	15	93	0	51	16	6	16	60	1.56
358920--358951	13	2.5	13	94	0	55	37	3	37	21	1.70
365074--365200	30	4.2	30	98	0	245	45	9	0	44	1.36
365086--365171	22	4.2	21	64	24	58	46	9	0	44	1.35
366644--366781	68	2.0	71	81	8	167	34	3	7	54	1.47
368987--369150	82	2.0	83	87	3	242	34	19	8	37	1.82
369452--369477	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
372597--372626	2	15.0	2	92	0	51	46	0	53	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5