genome.fa.s8943.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008943.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112264_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1742779

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731622--731667	20	2.3	20	85	3	58	39	26	0	34	1.57
732553--732633	28	3.0	27	87	10	112	17	18	4	59	1.55
732566--732633	28	2.5	28	95	2	120	20	16	5	57	1.60
736804--736853	20	2.5	20	90	0	82	40	12	28	20	1.87
736842--736895	22	2.5	22	82	5	67	35	12	24	27	1.92
737290--737784	81	6.1	81	90	0	729	36	10	21	31	1.88
737812--737899	45	2.0	44	86	2	122	43	10	19	27	1.83
747638--747686	9	5.4	9	85	7	64	79	2	18	0	0.83
747638--747678	10	4.4	10	81	12	52	80	0	19	0	0.71
753182--753252	11	6.7	10	73	15	54	56	15	2	25	1.53
753171--753221	22	2.3	22	96	0	93	54	15	3	25	1.58
753193--753260	31	2.2	31	94	0	118	54	11	2	30	1.51
753292--753346	6	9.5	6	76	11	53	76	0	3	20	0.94
753294--753374	5	15.8	5	77	11	51	76	4	2	16	1.06
753301--753359	17	3.5	17	80	13	59	74	3	3	18	1.10
753294--753368	34	2.2	35	79	11	86	76	4	2	17	1.06
755109--755217	53	2.1	53	91	0	173	52	9	8	30	1.62
755818--755843	12	2.2	12	100	0	52	11	30	7	50	1.67
761231--761298	18	4.0	18	64	21	56	51	1	5	41	1.35
762471--762542	27	2.6	28	81	14	96	31	22	18	27	1.97
763848--763939	46	2.0	46	91	0	148	48	15	9	26	1.75
764299--764339	20	2.0	20	90	0	64	43	21	2	31	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771502--771593	46	2.0	46	95	0	166	47	15	10	26	1.78
771954--771992	20	2.0	20	94	0	69	46	17	0	35	1.49
775810--775880	27	2.6	28	84	6	101	35	18	18	28	1.94
776344--776384	20	2.0	21	85	4	57	51	2	4	41	1.36
776927--777062	42	3.2	43	80	9	156	30	19	24	26	1.98
778176--778247	24	3.1	23	76	9	67	43	5	6	44	1.54
778176--778263	23	3.7	22	74	15	68	43	5	6	44	1.54
778320--778344	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
779568--779611	13	3.4	13	87	0	61	29	20	15	34	1.94
779577--779619	13	3.3	13	83	6	52	27	20	13	37	1.91
784373--784427	22	2.5	22	93	0	101	49	20	10	20	1.78
788143--788218	21	3.6	21	85	0	107	17	36	34	11	1.86
796726--796754	14	2.0	15	93	6	51	62	10	0	27	1.28
796939--797032	23	4.2	23	72	6	77	32	19	28	19	1.96
796939--797032	46	2.1	43	84	5	116	32	19	28	19	1.96
799408--799517	23	4.8	23	80	2	114	14	22	25	37	1.92
799500--799554	24	2.4	23	81	6	58	23	16	18	41	1.89
808556--808593	2	19.0	2	94	0	67	52	47	0	0	1.00
808187--808633	223	2.0	227	94	2	794	45	19	13	20	1.85
819055--819082	13	2.2	13	100	0	56	46	7	0	46	1.30
819500--819542	20	2.2	20	86	0	59	23	4	16	55	1.59
819548--819702	44	3.5	44	91	0	256	38	6	23	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820033--820067	11	3.1	11	88	8	52	28	14	25	31	1.95
821891--821942	21	2.4	22	87	9	72	28	17	25	28	1.97
821986--822029	22	2.0	22	82	8	54	31	20	22	25	1.98
822765--822818	28	1.9	28	88	0	81	16	20	27	35	1.94
823334--823367	2	17.5	2	87	6	52	47	2	0	50	1.16
824913--824986	29	2.6	29	83	12	82	71	2	14	10	1.24
827820--827855	2	18.5	2	88	5	56	47	2	0	50	1.15
829064--829105	22	2.0	21	90	4	66	38	35	2	23	1.68
833034--833114	28	2.9	28	92	0	135	14	20	28	35	1.93
836011--836042	9	3.4	9	95	4	55	9	0	0	90	0.45
836016--836062	22	2.2	21	92	3	76	10	2	0	87	0.63
844248--844285	18	2.1	18	90	9	60	71	0	7	21	1.11
845548--845575	14	2.0	14	100	0	56	21	14	0	64	1.29
860420--860481	25	2.5	25	91	0	106	29	20	4	45	1.72
862041--862069	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98
863694--863725	14	2.3	14	100	0	64	25	40	0	34	1.56
864816--864868	26	2.1	25	83	13	65	45	7	13	33	1.71
866988--867074	44	2.0	44	82	8	106	32	12	22	32	1.92
867670--867714	19	2.4	18	85	7	63	4	42	8	44	1.56
867667--867720	21	2.8	20	80	11	67	3	40	9	46	1.54
868063--868122	32	1.9	32	86	6	88	48	11	3	36	1.56
875936--876052	53	2.2	53	89	1	173	29	17	19	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880020--880064	21	2.1	21	100	0	90	46	0	17	35	1.49
886888--886951	25	2.7	22	81	11	58	9	17	1	71	1.19
889965--889998	16	2.0	17	88	11	52	38	0	2	58	1.13
895558--895587	15	2.0	15	100	0	60	20	20	26	33	1.97
896480--896515	15	2.6	14	87	12	56	80	0	5	13	0.88
896473--896518	18	2.6	17	86	13	58	78	2	4	15	1.01
896590--896816	39	5.9	38	90	3	341	41	8	4	45	1.56
896764--896841	27	2.9	27	78	19	92	37	8	6	47	1.61
896900--897002	28	3.9	26	82	14	115	43	7	2	45	1.47
896805--897031	35	5.8	37	77	21	200	42	8	3	44	1.54
896935--896990	23	2.4	23	96	3	103	42	7	3	46	1.48
896883--897055	88	1.9	90	90	5	280	45	7	2	44	1.47
910529--910607	26	3.0	25	78	14	70	73	3	3	18	1.14
910629--910711	33	2.5	34	86	7	118	51	6	0	42	1.26
910676--911067	39	10.2	39	87	6	541	41	8	4	45	1.54
910647--911142	76	6.8	76	80	12	553	42	7	4	45	1.52
910758--910819	30	2.1	28	83	11	88	46	8	1	43	1.42
910989--911113	28	4.1	28	72	20	115	42	7	4	46	1.50
910950--911142	67	2.9	65	77	10	219	40	7	4	46	1.53
911070--911142	37	2.0	37	91	0	119	41	6	2	49	1.44
913595--913664	17	4.1	16	85	9	77	37	11	11	40	1.77
913603--913664	16	3.7	16	85	8	79	40	11	9	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922996--923042	24	2.0	23	87	4	67	70	2	12	14	1.26
924886--924921	19	1.9	18	88	5	54	27	0	2	69	1.02
926785--926841	3	18.7	3	82	10	71	35	0	5	59	1.20
926788--926840	13	4.0	13	76	11	54	35	0	5	58	1.22
927720--927791	3	23.7	3	80	8	83	36	0	4	59	1.17
928675--928712	18	2.1	19	95	5	69	42	0	2	55	1.14
929588--929658	3	23.3	3	77	8	72	35	0	5	59	1.21
930531--930566	18	1.9	19	94	5	65	41	0	2	55	1.14
931452--931522	3	23.3	3	80	8	81	33	1	2	61	1.19
928784--933184	958	4.7	945	79	9	3968	36	23	14	25	1.93
945350--945379	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
945662--945704	21	2.0	21	82	8	52	34	6	6	51	1.56
954981--955026	24	1.9	24	100	0	92	41	15	13	30	1.85
964250--964279	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
964834--964923	44	2.0	44	85	4	119	44	11	14	30	1.80
992833--992888	29	2.0	28	86	10	78	19	28	26	25	1.99
992891--992934	5	8.8	5	81	18	56	20	59	20	0	1.39
992894--992934	9	4.7	9	85	14	59	19	60	19	0	1.36
992891--992934	16	2.5	17	85	14	63	20	59	20	0	1.39
1000136--1000186	18	2.8	18	79	8	59	17	29	25	27	1.98
1000191--1000258	17	3.6	18	75	16	66	19	44	25	11	1.84
1000209--1000283	12	6.3	12	78	12	75	18	38	25	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1000212--1000284	23	3.1	23	75	15	78	17	38	26	17	1.92
1000259--1000289	7	4.4	7	91	0	53	19	29	25	25	1.99
1002867--1002929	28	2.2	28	94	0	108	28	17	22	31	1.96
1011521--1011698	54	3.2	55	83	12	231	35	10	19	33	1.87
1011967--1012584	81	7.6	81	84	0	736	36	11	23	28	1.90
1012634--1012767	49	2.7	49	75	6	119	46	8	20	24	1.79
1016672--1016723	20	2.6	20	87	6	70	32	17	26	23	1.96
1054420--1054472	20	2.6	20	76	8	54	32	16	20	30	1.95
1057058--1057148	35	2.5	35	75	18	87	64	6	3	25	1.33
1057081--1057127	19	2.4	20	82	3	60	72	4	2	21	1.12

Tables:   1   2   3   4   5