genome.fa.s9000.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009000.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112382_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1742898

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728326--728382	21	2.7	21	94	5	98	63	0	0	36	0.95
728620--728678	17	3.4	17	70	25	59	15	23	11	49	1.77
728579--728802	124	1.8	121	87	8	339	23	20	15	40	1.91
728740--728834	40	2.4	40	100	0	190	18	22	9	49	1.76
728779--729322	229	2.4	226	90	1	872	28	19	13	38	1.90
728779--729330	113	4.9	113	86	1	780	28	18	14	38	1.90
729730--729784	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
734464--734507	16	2.8	16	86	6	63	6	15	0	77	0.97
734463--734513	8	6.4	8	73	8	50	5	15	0	78	0.93
738127--738187	14	4.3	14	81	4	68	54	6	13	26	1.63
738436--738521	43	2.0	43	93	0	145	34	23	10	31	1.88
739878--739936	25	2.3	25	80	8	66	72	0	3	23	0.99
740722--740780	3	20.3	3	75	13	52	67	1	3	27	1.16
740730--740791	29	2.2	28	81	16	76	62	3	4	29	1.31
742071--742116	3	15.0	3	95	4	83	65	0	0	34	0.93
742835--743533	208	3.3	209	87	5	972	51	7	12	27	1.67
744460--744552	21	4.5	21	75	4	91	39	17	24	18	1.91
744460--744552	41	2.3	41	96	0	177	39	17	24	18	1.91
744479--744613	41	3.3	41	81	6	123	38	20	21	20	1.94
744541--744634	20	4.7	20	80	2	89	34	24	18	23	1.96
745152--745207	19	2.9	19	86	2	85	48	23	17	10	1.79
745219--745378	19	8.8	19	76	15	160	11	21	23	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745219--745378	33	4.4	38	80	13	160	11	21	23	44	1.84
747380--747502	42	2.9	42	80	2	122	23	36	17	22	1.94
747436--747502	21	3.2	21	66	6	55	25	35	19	19	1.95
748860--748895	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
749074--749224	19	8.7	19	64	21	80	15	22	20	41	1.89
749078--749204	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
749071--749203	66	2.0	66	97	0	248	16	22	19	41	1.90
751497--751521	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
751696--751749	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
752809--752866	20	2.9	20	97	0	107	37	24	22	15	1.93
752885--752952	19	3.8	19	85	12	92	13	20	17	48	1.80
753069--753105	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
754973--755039	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
755028--755085	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
755012--755090	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
755119--755176	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
755102--755192	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
755177--755220	20	2.2	20	84	4	54	20	25	18	36	1.95
755698--755742	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
757059--757096	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
757357--757400	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
757588--757640	20	2.7	20	93	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757684--757757	20	3.7	20	80	3	94	17	22	18	40	1.91
757674--757757	41	2.0	41	100	0	168	17	23	17	40	1.91
757968--758613	209	3.1	210	90	3	960	49	7	12	30	1.68
758634--758688	2	27.0	2	82	10	67	49	1	1	47	1.23
758679--758740	27	2.2	28	82	2	81	50	6	4	38	1.50
758782--758898	11	10.5	11	65	17	62	47	1	3	47	1.29
758758--758856	42	2.3	43	81	5	103	47	5	5	42	1.47
758825--758878	17	3.1	17	81	2	63	46	0	3	50	1.19
758955--759027	20	3.4	20	79	17	83	39	6	2	50	1.43
758935--758999	29	2.2	29	81	10	71	38	7	1	52	1.40
758966--759028	23	2.9	21	78	19	74	38	6	3	52	1.43
759089--759372	38	7.4	38	81	11	280	42	8	6	42	1.60
759071--759400	76	4.3	73	73	17	255	42	7	6	43	1.60
759268--759441	2	82.5	2	67	19	79	44	6	4	43	1.51
759258--759333	37	2.1	37	89	0	116	44	7	3	43	1.51
759102--759318	20	11.2	20	73	17	172	43	8	5	41	1.59
759632--760549	51	17.8	51	74	16	530	43	8	5	42	1.59
759794--760515	177	4.0	179	71	16	481	43	8	5	42	1.59
760055--760394	33	10.8	33	74	16	285	43	8	5	42	1.58
760125--760331	9	20.0	10	65	25	60	43	8	3	43	1.53
760387--760504	33	3.8	33	69	17	99	41	10	7	40	1.67
760422--760470	25	2.0	25	87	0	71	42	8	8	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759112--760445	18	75.1	18	67	18	463	44	8	5	42	1.57
760609--760749	61	2.3	60	82	4	165	48	7	10	33	1.65
760947--761277	111	2.9	113	87	4	456	29	27	6	36	1.82
761413--761513	23	4.4	23	73	14	82	34	42	5	16	1.73
761415--761513	11	8.6	11	73	7	81	34	43	6	16	1.72
761492--761530	17	2.3	17	86	0	60	41	43	5	10	1.61
761554--761626	29	2.5	29	84	4	85	45	23	4	27	1.71
761618--761680	17	3.9	17	74	16	62	46	28	3	22	1.67
765316--765355	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
765336--765398	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
769211--769250	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
771536--771702	31	5.4	30	88	4	201	26	5	22	46	1.73
771536--771715	62	2.9	60	83	7	236	27	5	22	45	1.73
771624--771676	16	3.4	16	70	15	56	28	5	22	43	1.76
774043--774096	20	2.7	20	88	0	72	12	12	14	59	1.62
774914--775011	51	1.9	52	95	2	180	48	6	4	40	1.47
774981--775021	17	2.4	17	87	0	64	43	4	0	51	1.23
775140--775174	16	2.2	16	89	0	52	31	17	28	22	1.96
775535--775572	11	3.5	11	88	0	58	50	2	2	44	1.30
775578--775685	2	56.5	2	70	18	70	44	0	3	50	1.25
775536--775685	24	6.2	24	73	16	91	46	2	3	48	1.33
775569--775706	71	2.0	70	80	12	158	41	2	7	49	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775787--775869	42	2.0	42	90	4	132	44	10	7	37	1.67
775831--776008	35	5.0	35	75	17	129	42	7	7	42	1.63
775860--775940	24	3.6	23	73	21	82	41	7	7	43	1.61
775882--776111	18	12.2	18	68	16	101	40	7	9	42	1.66
775831--776028	53	3.6	53	78	16	224	42	8	7	41	1.63
775979--776109	42	3.2	41	78	16	155	38	7	10	42	1.68
776459--776800	184	1.9	183	86	3	499	47	8	10	34	1.67
778732--778773	18	2.4	18	80	4	50	45	21	11	21	1.84
781909--782033	5	25.8	5	69	19	79	76	0	22	0	0.83
781902--782035	19	7.2	17	77	18	101	77	0	21	0	0.81
781904--782035	46	2.9	47	79	10	132	77	0	21	0	0.82
781902--782035	18	7.6	18	75	18	106	77	0	21	0	0.81
784632--784878	136	1.8	136	81	1	298	37	25	14	22	1.92
785551--785612	3	20.7	3	83	0	70	33	3	1	61	1.22
787095--787136	16	2.6	16	84	0	57	14	9	9	66	1.44
789671--789734	28	2.3	28	91	0	101	34	46	6	12	1.67
793297--793334	18	2.1	18	100	0	76	18	5	21	55	1.62
793812--793888	2	38.5	2	100	0	154	50	0	0	49	1.00
793994--794129	72	1.9	72	86	4	193	27	20	20	31	1.98
799348--799420	21	3.5	21	92	1	121	26	19	26	28	1.98
806365--806411	21	2.3	21	89	10	71	25	21	27	25	1.99
809746--810128	68	5.6	68	87	1	520	30	13	26	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810166--810588	45	9.4	45	88	1	569	34	12	24	28	1.91
810277--810344	22	3.0	22	65	12	57	33	10	27	27	1.89
814454--814522	19	3.6	19	88	2	93	31	15	33	18	1.93
814546--814582	19	1.9	19	94	0	65	37	13	21	27	1.91
814959--815158	109	1.8	109	82	4	260	37	11	19	32	1.87
814947--815102	55	2.8	55	90	2	224	34	12	20	32	1.90
815319--815642	68	4.8	67	88	2	443	29	13	27	29	1.94
815636--816029	45	8.8	45	90	2	596	34	12	24	28	1.91
826051--826098	24	2.0	24	95	0	87	31	14	12	41	1.83
834537--834576	19	2.1	19	95	0	71	32	25	2	40	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9