genome.fa.s9011.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009011.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112399_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  579188

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6134--6178	23	2.0	23	86	8	65	17	0	2	80	0.82
6220--6268	20	2.3	23	82	10	68	12	14	14	59	1.62
6575--6756	60	3.0	60	77	5	179	32	18	5	43	1.72
6896--7070	59	2.9	59	84	7	196	40	5	20	33	1.75
10182--10228	20	2.3	20	96	0	85	36	25	19	19	1.95
10236--10349	20	5.7	20	79	7	106	33	23	12	30	1.92
10253--10349	41	2.4	40	86	6	124	32	22	11	32	1.90
10281--10369	20	4.5	19	77	16	74	30	23	12	33	1.92
11135--11168	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
11294--11347	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
13608--13642	12	2.9	12	86	0	52	48	28	5	17	1.69
14074--14125	25	2.1	25	88	0	77	30	7	19	42	1.79
14509--14544	18	2.0	18	88	0	54	33	5	11	50	1.61
14501--14553	24	2.2	24	83	6	63	37	3	13	45	1.61
15713--15759	6	7.8	6	95	0	85	63	19	0	17	1.30
15714--15766	24	2.2	24	96	0	97	60	22	0	16	1.36
16096--16248	64	2.4	64	90	1	227	52	16	1	28	1.55
16225--16257	13	2.4	14	90	5	50	48	18	0	33	1.48
17584--17689	21	5.0	21	76	4	88	25	17	34	21	1.96
17569--17689	42	2.9	42	86	0	152	23	19	35	21	1.96
17983--18125	63	2.3	63	80	4	155	31	32	12	23	1.92
18096--18145	21	2.4	21	82	0	55	36	26	10	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20312--20362	20	2.5	20	93	0	84	15	15	23	45	1.85
20354--20394	21	2.0	21	90	0	64	39	19	21	19	1.93
22522--22560	20	2.0	20	84	0	51	15	10	20	53	1.70
27170--27355	93	2.0	93	98	0	363	37	12	13	36	1.83
27478--27550	36	2.0	37	94	2	130	52	6	8	32	1.58
35421--35458	19	2.0	19	100	0	76	36	10	10	42	1.74
40501--40655	71	2.2	72	88	3	224	34	27	14	23	1.93
43361--43387	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
51238--51505	43	6.3	43	77	8	246	50	4	19	26	1.65
51238--51505	85	3.1	85	77	8	278	50	4	19	26	1.65
60454--60507	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
61704--61866	40	4.1	40	94	0	290	49	3	14	32	1.61
62684--63347	332	2.0	332	92	3	1102	39	5	7	47	1.54
63443--63500	21	2.8	21	73	5	55	20	5	5	68	1.28
63443--63500	10	5.6	10	76	8	53	20	5	5	68	1.28
63543--63605	22	2.9	21	75	15	58	68	1	7	22	1.24
63708--63739	11	2.9	11	95	0	55	46	3	0	50	1.17
66600--66632	15	2.1	16	88	5	50	27	3	18	51	1.60
66733--66767	17	2.0	18	88	5	54	20	17	5	57	1.60
81077--81105	15	1.9	15	100	0	58	48	0	6	44	1.29
81040--81161	62	2.0	59	83	13	151	48	1	3	46	1.28
81098--81170	21	3.2	21	67	23	58	43	2	2	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84803--84860	29	2.0	29	100	0	116	27	10	6	55	1.59
85196--85345	49	3.2	48	84	8	184	46	6	8	39	1.59
85307--85371	31	2.2	30	88	5	96	36	6	12	44	1.67
85262--85431	49	3.4	47	78	14	119	42	6	10	40	1.65
85342--85431	18	4.9	18	76	12	85	42	5	10	42	1.61
85339--85431	37	2.5	38	77	18	106	43	5	9	41	1.60
85340--85492	55	2.6	57	85	8	193	41	7	8	42	1.64
85475--85537	32	2.0	32	90	6	103	49	4	6	39	1.49
85441--85499	18	3.4	18	79	6	59	40	6	8	44	1.61
85490--85551	15	4.5	13	71	15	52	53	1	6	38	1.37
85503--85550	12	3.8	13	75	10	55	52	2	6	39	1.39
85490--85560	20	3.4	20	78	16	81	52	1	7	39	1.38
85490--85584	43	2.1	43	83	11	111	54	1	6	37	1.33
85604--85723	9	13.9	9	68	22	62	50	3	1	44	1.28
85826--85855	15	2.0	15	93	0	51	46	3	0	50	1.18
85764--85847	22	3.5	24	76	12	75	38	7	4	50	1.51
85841--85915	21	3.3	23	78	14	84	45	5	4	45	1.45
85951--86746	213	3.8	211	87	7	1041	29	12	8	50	1.69
89538--89864	164	2.0	162	94	4	579	25	13	29	31	1.94
90321--90507	93	2.0	93	100	0	374	30	16	23	29	1.96
93849--93902	20	2.7	20	94	0	90	42	16	9	31	1.80
95066--95102	19	1.9	19	88	0	56	35	29	13	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98337--98371	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
98537--98646	20	5.8	20	70	16	74	35	23	16	24	1.95
98545--98685	34	4.0	34	77	10	138	37	23	17	21	1.94
98579--98651	20	3.7	20	88	0	101	35	23	19	21	1.96
98539--98689	74	2.1	73	84	3	196	37	21	17	23	1.94
98690--98728	20	2.0	20	94	0	69	7	20	25	46	1.77
100587--100623	12	3.0	12	96	4	65	0	35	0	64	0.94
101845--101873	15	1.9	15	100	0	58	20	51	13	13	1.75
103833--103870	20	1.9	20	88	0	58	44	7	7	39	1.63
104197--104253	21	3.0	19	80	14	73	31	8	8	50	1.64
107401--107451	23	2.2	23	85	0	66	78	9	11	0	0.97
117341--117410	12	5.9	12	75	9	54	17	12	18	51	1.76
117343--117414	24	3.0	23	84	6	90	19	11	18	51	1.75
122480--122566	24	3.7	23	84	6	104	18	13	19	48	1.81
122480--122571	12	7.8	12	73	16	66	17	14	19	48	1.80
122466--122573	47	2.3	48	81	12	125	18	14	18	48	1.82
122466--122575	24	4.6	24	78	10	102	19	14	18	48	1.82
135658--135683	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
136046--136170	65	1.9	65	83	0	160	34	16	24	25	1.95
137354--137391	2	19.5	2	89	5	60	47	0	2	50	1.15
139283--139356	16	4.6	16	89	0	121	24	27	6	41	1.79
139283--139356	32	2.3	32	95	0	139	24	27	6	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144050--144123	16	4.6	16	84	0	103	25	24	6	43	1.79
144050--144123	32	2.3	32	90	0	121	25	24	6	43	1.79
145403--145443	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
145542--145755	111	1.9	111	98	0	410	36	7	11	43	1.70
149090--149430	82	4.2	80	79	3	277	32	19	18	29	1.96
149133--149328	41	4.8	41	92	0	322	39	17	20	22	1.92
149296--149431	21	6.7	21	85	5	147	26	22	16	34	1.95
149294--149430	42	3.4	40	85	5	168	27	21	16	34	1.95
149133--149442	20	15.3	20	83	4	302	34	19	18	27	1.95
152865--152919	19	2.8	19	83	2	65	38	21	21	18	1.94
152872--153022	19	8.8	17	69	23	77	43	19	24	11	1.85
152910--152997	14	5.6	14	70	23	59	44	19	25	11	1.84
152892--153018	33	3.8	33	97	0	236	44	18	24	11	1.83
153028--153099	33	2.2	33	92	0	117	9	22	22	45	1.81
153214--153250	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
154563--154629	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
154563--154685	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
155066--155192	19	6.8	19	76	12	120	47	19	20	12	1.82
155066--155163	39	2.5	39	89	1	142	48	18	20	12	1.79
155090--155189	33	2.8	36	86	8	125	47	20	21	12	1.82
155189--155272	20	4.3	19	86	5	98	9	15	27	47	1.76
155198--155272	20	3.8	20	91	3	116	6	16	28	49	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155189--155333	39	3.9	37	78	14	127	10	19	22	48	1.79
155270--155331	20	3.2	20	88	4	99	12	22	14	50	1.77
155423--155703	94	3.1	92	89	6	428	46	18	12	22	1.82
157488--157550	20	3.2	20	82	8	83	46	17	23	12	1.83
157613--157691	20	3.9	21	85	5	85	12	18	16	51	1.75
157621--157691	20	3.5	19	84	5	88	12	16	18	52	1.75
158233--158320	20	4.3	20	84	2	122	20	20	19	39	1.92
158213--158309	41	2.4	40	85	1	131	20	19	20	39	1.93
158325--158368	21	2.1	21	86	0	61	38	15	27	18	1.91
158589--158637	6	8.7	6	95	4	77	36	10	0	53	1.35

Tables:   1   2   3   4