genome.fa.s9011.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009011.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112399_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  579188

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 368 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158589--158646	12	5.4	11	90	10	77	37	8	0	53	1.32
158589--158646	18	3.5	17	88	11	86	37	8	0	53	1.32
158589--158646	6	10.8	5	92	7	64	37	8	0	53	1.32
165450--165521	3	24.0	3	87	5	74	41	0	0	58	0.98
174811--174964	77	2.0	76	96	3	283	37	17	22	22	1.94
177862--177903	7	6.1	7	86	13	61	88	0	11	0	0.53
177862--177904	13	3.2	13	93	3	68	86	0	13	0	0.58
179264--180155	267	3.3	269	90	4	1340	28	14	21	35	1.92
179264--180155	359	2.5	358	93	2	1489	28	14	21	35	1.92
179264--180155	92	9.9	92	91	3	1392	28	14	21	35	1.92
180889--181756	113	7.7	113	94	1	1409	39	14	18	27	1.90
181988--182038	3	17.0	3	87	0	75	39	0	0	60	0.97
183369--183418	21	2.2	25	82	13	63	40	6	0	54	1.25
189184--189225	20	2.0	20	86	4	57	38	23	9	28	1.86
195110--195758	331	2.0	331	99	0	1282	34	23	15	27	1.94
197118--197166	14	3.8	14	69	20	52	42	0	0	57	0.99
197182--197243	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
197857--197916	31	1.9	31	93	0	102	43	10	6	40	1.64
201189--201232	21	2.1	21	87	4	63	25	22	11	40	1.87
201341--201388	20	2.4	20	96	0	87	29	27	12	31	1.93
203872--203939	28	2.4	28	85	0	100	42	1	5	50	1.35
204182--204242	28	2.1	28	82	8	70	26	31	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204568--204619	13	3.8	13	89	7	68	63	0	34	1	1.06
204566--204625	15	3.6	17	82	8	63	63	0	35	1	1.05
204715--204790	33	2.3	33	86	2	107	40	0	13	46	1.43
205329--205354	12	2.2	12	100	0	52	0	46	0	53	1.00
207196--207227	12	2.7	12	95	0	55	18	21	21	37	1.94
208667--208693	12	2.2	12	100	0	54	44	0	48	7	1.31
213641--213723	26	3.2	26	67	13	80	42	9	15	32	1.80
213624--213727	52	2.0	52	100	0	208	44	9	15	30	1.78
214350--214394	19	2.4	19	88	0	63	26	28	26	17	1.98
215468--215508	21	1.9	21	85	5	55	24	31	24	19	1.98
216207--216263	21	2.7	21	97	0	105	24	29	22	22	1.99
220285--220332	21	2.4	19	86	6	60	41	14	20	22	1.89
220414--220455	21	2.0	22	90	4	68	23	35	23	16	1.95
223518--223549	16	1.9	17	93	6	57	18	21	0	59	1.38
227278--227333	21	2.7	21	94	0	94	23	26	23	26	2.00
230291--230327	19	1.9	19	89	10	58	21	32	32	13	1.92
232835--232878	21	2.1	21	95	0	79	56	15	0	27	1.40
232949--233052	36	2.8	36	82	5	120	40	16	14	28	1.88
233702--233745	3	15.3	3	81	9	56	31	2	2	63	1.19
233662--233714	24	2.2	23	80	9	61	28	3	3	64	1.28
233732--233784	20	2.5	21	81	9	63	30	3	0	66	1.10
233689--233815	22	6.2	20	69	18	64	29	4	0	64	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233730--233815	22	4.0	21	75	11	68	30	4	0	65	1.13
233896--233952	18	3.1	18	75	12	62	21	10	1	66	1.31
234701--234740	20	2.0	20	100	0	80	25	35	40	0	1.56
234703--234746	20	2.2	20	91	0	70	29	34	34	2	1.70
238814--238866	22	2.4	22	93	0	88	35	22	13	28	1.92
239452--240548	106	10.4	106	91	1	1655	34	25	18	22	1.96
241295--241397	37	2.8	36	85	2	127	39	15	14	30	1.87
241857--241903	3	15.3	3	87	12	53	36	0	0	63	0.94
241857--241905	11	4.1	11	76	19	53	34	0	0	65	0.93
241855--241899	23	2.0	23	87	8	67	37	0	0	62	0.96
242088--242152	21	3.2	20	76	18	62	26	3	0	70	1.01
242681--242734	20	2.8	20	97	2	101	0	35	0	64	0.94
247087--247381	148	2.0	150	98	1	576	28	23	21	27	1.99
249210--249279	2	36.0	2	91	5	117	48	0	0	51	1.00
249952--250015	21	2.9	22	86	9	94	60	25	0	14	1.33
252942--253020	3	26.3	3	74	5	70	39	1	1	58	1.14
254297--254346	26	2.0	25	88	4	73	26	4	6	64	1.35
254299--254355	26	2.2	25	79	11	62	28	5	3	63	1.33
254432--254479	16	2.8	17	76	17	55	25	8	0	66	1.19
256477--256561	43	2.0	43	88	0	125	35	9	20	35	1.85
259259--259308	24	2.1	24	85	7	66	58	12	2	28	1.45
261628--261685	15	4.0	15	88	6	84	77	6	0	15	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261628--261685	29	2.0	29	86	6	82	77	6	0	15	0.97
264840--264889	24	2.1	24	85	7	66	58	12	2	28	1.45
266700--266746	10	4.9	10	84	10	71	78	2	19	0	0.85
266700--266746	20	2.5	20	93	6	80	78	2	19	0	0.85
272058--272463	45	9.0	45	93	1	634	23	22	20	33	1.97
272639--272714	3	25.3	3	73	5	64	39	1	1	57	1.15
272679--272715	16	2.4	16	90	4	58	40	0	0	59	0.97
273002--273060	22	2.7	22	97	0	109	22	28	25	23	1.99
280700--280908	36	6.0	36	82	6	223	22	24	20	31	1.98
289013--289081	35	2.0	35	85	5	95	42	18	0	39	1.51
289204--289242	19	2.1	19	100	0	78	25	30	23	20	1.98
290785--290874	35	2.4	39	81	9	107	41	1	8	48	1.41
295894--295946	12	4.4	12	74	9	54	32	41	9	16	1.81
297147--297210	32	2.0	32	87	6	94	39	18	14	28	1.90
297575--297613	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
299793--299818	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
303645--303755	21	5.1	21	79	7	123	46	8	1	43	1.43
303645--303850	42	4.6	44	75	13	136	48	7	2	42	1.44
303706--303784	29	2.9	27	85	9	92	45	6	3	44	1.47
303758--303812	21	2.6	21	85	0	74	45	5	3	45	1.44
303706--303804	50	1.9	52	89	6	157	44	6	4	45	1.47
303797--303850	21	2.6	21	80	11	65	55	5	1	37	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303888--304120	21	11.2	21	80	8	210	41	4	6	47	1.49
304051--304088	18	2.1	18	100	0	76	44	5	0	50	1.24
307295--307647	21	16.8	21	76	11	214	42	3	5	49	1.41
307295--307647	94	3.6	95	75	13	306	42	3	5	49	1.41
307295--307647	42	7.9	42	77	13	312	42	3	5	49	1.41
308294--308364	30	2.3	31	87	2	99	29	23	18	28	1.98
308294--308381	31	2.9	30	84	5	97	34	21	18	26	1.96
308622--308647	6	4.3	6	100	0	52	34	30	0	34	1.58
309015--309053	19	2.2	17	86	13	53	41	25	0	33	1.56
313077--313188	58	1.9	57	83	5	145	30	17	22	29	1.97
313934--313962	14	2.0	15	93	6	51	62	27	3	6	1.37
322871--322972	31	3.3	31	86	4	136	35	19	17	27	1.94
329142--329400	51	5.3	50	75	15	193	18	33	17	30	1.94
329155--329348	90	2.2	90	85	1	273	17	32	18	31	1.94
329214--329289	39	1.9	39	94	0	134	13	32	18	35	1.89
329219--329297	39	2.0	39	92	0	131	13	36	16	32	1.88
329413--329556	54	2.8	51	73	12	148	22	27	24	25	2.00
329872--329897	9	2.9	9	100	0	52	23	34	19	23	1.96
332127--332160	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
337700--337954	127	2.0	127	98	0	492	27	30	16	25	1.96
348468--348499	15	2.1	15	94	0	55	31	34	6	28	1.82
351476--351516	19	2.1	20	95	4	75	34	0	17	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
353266--353307	6	7.0	6	100	0	84	66	0	0	33	0.92
358426--358509	44	1.9	44	87	4	125	46	9	14	29	1.76
359021--359088	34	2.0	34	97	0	127	33	11	22	32	1.90
364828--364891	21	3.0	21	72	22	53	51	0	39	9	1.34
365826--365865	20	2.0	20	85	9	55	40	2	0	57	1.12
374863--374927	20	3.2	20	91	0	103	26	4	35	33	1.77
379484--379527	20	2.2	20	87	0	61	27	4	36	31	1.77
381174--381200	10	2.7	10	100	0	54	7	44	0	48	1.31
382396--382780	55	7.1	54	83	5	320	29	26	16	27	1.97
382396--382782	110	3.6	109	82	6	407	29	26	16	27	1.97

Tables:   1   2   3   4