genome.fa.s9012.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009012.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112400_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  359633

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2186--2277	20	4.6	20	73	2	76	39	21	18	20	1.93
2603--2648	18	2.5	18	78	3	56	19	17	15	47	1.82
4129--4264	19	7.6	19	71	17	85	13	20	22	43	1.86
4151--4209	14	3.9	14	76	20	64	10	16	23	49	1.77
4134--4225	33	2.8	33	98	0	175	11	18	21	47	1.80
4210--4264	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
4807--4852	18	2.6	18	100	0	92	10	13	47	28	1.76
6490--6533	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
6726--6790	20	3.2	20	86	0	94	27	13	29	29	1.95
6700--6837	41	3.4	41	75	6	136	23	15	24	35	1.94
6767--6855	41	2.2	41	81	4	99	21	20	23	34	1.96
6868--6916	21	2.3	22	79	6	66	36	16	26	20	1.93
17739--17797	3	20.0	3	92	3	102	64	0	0	35	0.94
18040--18294	43	5.8	42	69	12	138	25	19	29	26	1.98
18011--18340	130	2.5	129	89	2	482	24	19	29	26	1.98
18173--18333	83	1.9	83	87	7	232	24	19	31	24	1.98
18372--18433	28	2.2	28	88	5	90	51	12	11	24	1.72
18770--18828	15	3.9	15	95	0	100	44	5	20	30	1.73
18985--19109	64	2.0	64	88	1	189	43	11	13	32	1.79
19007--19231	120	1.9	119	80	8	269	43	12	13	30	1.81
19342--19468	37	3.6	37	71	16	126	44	12	11	30	1.78
19279--19500	67	3.4	65	86	6	281	45	13	11	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19456--19512	27	2.1	27	93	0	96	45	15	7	31	1.73
19389--19597	91	2.3	92	85	6	271	45	15	10	29	1.78
19569--19813	29	8.4	29	74	11	162	45	14	9	29	1.77
19461--19839	149	2.6	149	89	5	574	45	15	10	28	1.79
19695--19820	28	4.5	28	81	9	148	47	14	8	29	1.74
20062--20165	36	3.0	36	83	4	133	36	11	19	32	1.87
20063--20181	36	3.4	36	80	6	120	36	12	20	30	1.90
20133--20365	105	2.3	101	83	9	267	36	12	19	30	1.89
20833--20878	4	12.0	4	81	9	60	23	0	26	50	1.50
22056--22093	11	3.4	11	89	7	58	5	13	10	71	1.30
22051--22098	12	3.9	12	81	8	53	4	12	12	70	1.29
22077--22123	18	2.6	17	75	21	51	4	12	14	68	1.36
22701--22775	20	3.5	20	70	20	62	38	10	25	25	1.88
22711--22790	26	3.3	26	66	20	73	43	10	23	22	1.83
22699--22792	46	2.1	45	89	2	143	39	9	25	25	1.86
29118--29168	3	17.0	3	88	8	77	64	0	0	35	0.94
29125--29178	15	3.7	15	79	20	69	66	0	0	33	0.92
37735--37776	21	2.0	21	90	0	66	26	26	21	26	1.99
38290--38340	23	2.2	23	89	0	75	27	25	27	19	1.99
38465--38508	23	1.9	23	90	0	70	27	25	29	18	1.98
43355--43385	15	2.1	15	100	0	62	25	19	19	35	1.95
50005--50091	35	2.5	34	78	12	88	55	9	6	28	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50491--50542	24	2.2	25	80	13	65	65	0	3	30	1.10
50906--50968	29	2.1	29	82	8	74	30	14	28	26	1.95
53884--54115	44	5.2	44	91	3	349	33	21	6	39	1.78
55061--55109	23	2.1	23	85	7	64	57	14	2	26	1.48
60537--60585	23	2.1	23	85	7	64	59	14	0	26	1.36
61435--61549	60	1.9	61	87	1	169	29	19	13	37	1.90
61578--61977	59	6.8	59	90	2	563	30	24	10	34	1.89
61395--61976	118	4.9	117	82	6	540	29	23	11	35	1.89
61797--61892	28	3.3	28	64	13	77	30	27	12	30	1.93
61825--61924	31	3.3	31	63	13	82	29	27	11	33	1.91
62976--63013	17	2.2	17	100	0	76	44	13	10	31	1.77
67313--67356	21	2.1	21	95	0	79	22	25	25	27	2.00
67764--67954	45	4.3	44	89	5	267	33	20	6	39	1.78
67764--67954	89	2.1	89	89	2	285	33	20	6	39	1.78
68258--68656	59	6.8	59	89	1	577	31	24	10	34	1.89
68113--68665	118	4.7	117	82	6	559	30	23	11	34	1.91
68387--68544	31	5.3	30	62	18	80	31	25	9	34	1.88
68359--68454	28	3.3	28	65	13	77	32	25	11	31	1.91
71805--71881	19	4.1	18	77	3	64	33	18	3	44	1.68
79421--79527	56	1.9	55	90	1	169	32	18	9	39	1.83
82595--82625	11	2.8	11	90	0	53	25	3	0	70	1.02
82710--82766	22	2.6	22	84	13	66	42	0	5	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89575--89635	18	3.4	18	73	15	63	62	1	0	36	1.05
90471--90516	23	2.0	23	87	8	67	0	15	6	78	0.95
90913--90969	12	4.9	12	72	19	50	57	0	0	42	0.98
90902--90969	34	2.0	34	88	5	102	52	0	1	45	1.09
91091--92867	76	23.4	76	96	0	3238	35	21	21	21	1.96
93936--94091	54	2.9	54	92	0	258	23	23	16	37	1.93
96169--96507	83	4.1	83	94	1	565	37	22	13	26	1.91
103374--103407	11	3.0	11	91	4	50	82	0	0	17	0.67
103344--103421	39	2.0	39	82	5	95	71	2	5	20	1.17
104114--104188	21	3.8	21	67	25	54	61	1	0	37	1.05
105479--105520	17	2.5	17	88	3	59	52	0	0	47	1.00
105467--105540	39	2.0	35	87	10	103	51	0	1	47	1.09
109172--109214	21	2.0	21	95	0	77	60	0	0	39	0.97
113025--113052	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
113050--113077	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
129040--129068	5	6.0	5	96	4	51	0	17	0	82	0.66
130498--130560	32	2.0	31	81	9	74	34	3	1	60	1.22
130498--130552	16	3.4	16	80	7	58	34	1	1	61	1.17
144497--144648	75	2.0	75	97	0	286	30	13	32	22	1.93
154807--154838	16	2.0	16	100	0	64	37	12	12	37	1.81
156421--156578	79	2.0	79	98	0	307	31	26	14	27	1.95
161719--161754	2	18.0	2	94	0	63	0	52	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165326--165364	17	2.3	17	95	0	69	7	46	10	35	1.67
165963--165997	18	1.9	18	94	0	61	54	0	42	2	1.15
165976--166005	12	2.5	12	94	0	51	53	0	46	0	1.00
165974--166013	14	3.0	14	82	14	57	57	0	42	0	0.98
178418--178451	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
178527--178663	58	2.3	59	82	6	161	35	26	3	34	1.74
178574--178657	30	2.9	28	71	3	78	33	27	5	33	1.81
179959--180052	34	2.7	35	83	5	109	50	14	5	29	1.65
180027--180578	275	2.0	277	97	1	1056	29	23	12	34	1.92
187042--187102	21	3.0	19	79	13	68	26	37	24	11	1.89
187044--187083	20	2.0	20	90	5	62	25	37	25	12	1.91
198550--198617	33	2.1	33	97	0	127	45	8	10	35	1.69
198653--198723	35	2.0	35	88	0	106	33	21	12	32	1.91
209494--209649	29	5.3	28	71	8	87	40	23	5	31	1.76
209686--209744	13	4.8	13	78	16	72	15	22	44	18	1.87
209695--209737	23	1.9	22	90	4	68	9	23	46	20	1.79
209757--209800	10	4.4	10	77	11	54	36	27	20	15	1.93
216871--216945	29	2.6	29	86	0	78	44	22	5	28	1.75
216970--217039	28	2.4	29	72	13	72	41	27	7	24	1.81
217047--217076	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
217056--217106	17	2.9	17	94	2	84	13	23	45	17	1.84
218398--218444	22	2.1	23	88	11	71	40	14	4	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218656--218753	47	2.1	47	96	0	178	52	12	15	20	1.74
218711--219662	515	1.8	511	81	8	1188	28	19	17	34	1.95
220669--220731	31	1.9	34	84	9	87	50	9	0	39	1.35
224133--224198	33	2.0	33	90	0	105	24	33	19	22	1.97
234428--234461	16	2.1	17	94	5	61	23	8	0	67	1.18
240418--240468	21	2.4	21	86	0	75	37	9	21	31	1.86
240602--240724	21	5.7	22	77	16	107	25	17	26	30	1.97
244216--244255	21	1.9	21	94	0	71	37	10	20	32	1.85
244216--244267	21	2.5	21	87	0	59	40	9	19	30	1.83
244398--244498	21	4.6	22	68	23	61	22	17	24	34	1.96

Tables:   1   2