genome.fa.s9017.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009017.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112407_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1192163

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10821--10861	17	2.4	17	100	0	82	51	4	12	31	1.60
11361--11547	2	93.5	2	79	0	176	3	4	42	49	1.40
15505--15542	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
23232--23279	19	2.6	18	81	18	62	75	0	16	8	1.04
25339--25448	25	4.2	25	76	12	105	32	2	18	46	1.63
25335--25438	28	3.9	27	75	6	104	32	2	18	46	1.64
25448--25513	21	3.1	21	77	0	78	24	3	18	54	1.57
27487--27541	20	2.8	20	86	13	71	29	0	1	69	0.99
27485--27541	21	2.7	20	80	20	62	28	0	1	70	0.98
27698--27780	38	2.2	38	91	0	130	22	7	36	33	1.82
28860--28908	21	2.3	22	86	10	66	22	4	2	71	1.13
32912--33767	106	8.2	105	80	8	789	33	25	18	23	1.97
33045--33226	91	2.0	91	92	2	303	34	22	19	24	1.97
32949--33756	212	3.9	197	87	7	995	33	25	18	22	1.97
33136--33785	106	6.1	106	92	1	1061	32	25	18	22	1.97
34313--34367	20	2.8	20	86	13	71	30	0	0	69	0.89
34311--34373	23	2.9	21	77	15	74	30	0	0	69	0.88
34525--34605	38	2.1	38	86	0	108	23	6	33	37	1.80
35685--35730	22	2.1	22	84	8	58	21	4	2	71	1.14
36403--36432	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
38159--38382	95	2.4	92	89	4	342	39	14	8	37	1.77
38291--38463	81	2.1	80	90	2	265	36	15	7	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38386--38445	26	2.3	27	85	5	86	35	18	5	41	1.72
38385--38693	160	1.9	163	82	6	390	40	12	6	40	1.69
38875--38984	55	2.0	55	98	0	211	20	16	22	40	1.91
44864--44942	6	13.5	6	92	6	103	30	53	15	1	1.50
45839--45881	7	6.0	7	87	12	61	25	2	0	72	0.97
45840--45881	22	1.9	22	90	9	68	23	2	0	73	0.94
45840--45881	18	2.3	19	88	8	61	23	2	0	73	0.94
52163--52208	7	6.4	7	77	22	51	36	0	21	41	1.54
52163--52200	14	2.7	14	100	0	76	36	0	21	42	1.53
57573--57618	15	3.0	16	93	6	78	6	13	13	67	1.41
59036--59087	13	4.0	13	92	0	86	32	13	23	30	1.93
58842--59039	85	2.3	85	87	5	294	31	17	21	28	1.96
59710--60353	325	2.0	324	97	2	1233	39	16	12	31	1.85
64103--64171	20	3.5	20	71	13	63	36	11	20	31	1.88
64217--64257	20	2.0	20	85	0	55	31	21	17	29	1.96
66328--66378	18	2.8	18	96	0	93	31	29	17	21	1.96
72478--72529	26	2.0	26	92	0	86	53	13	13	19	1.72
84014--84065	17	3.0	18	72	11	54	17	3	9	69	1.31
86555--86593	18	2.2	18	85	0	51	64	0	20	15	1.30
89781--89836	2	28.0	2	96	0	103	50	1	0	48	1.11
90072--90110	16	2.4	16	86	0	51	30	2	23	43	1.67
90431--90520	32	2.9	31	83	1	108	24	15	21	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90431--90524	31	3.0	31	84	1	116	24	14	21	39	1.91
113182--113237	23	2.4	23	78	0	67	32	25	25	17	1.97
114760--114817	20	2.7	20	84	10	71	27	22	18	31	1.97
118653--118716	23	2.8	23	79	9	85	32	26	25	15	1.95
120421--120476	21	2.7	21	91	2	87	26	21	25	26	1.99
125515--125555	3	13.7	3	94	0	73	29	0	2	68	1.03
128635--128694	23	2.6	23	83	0	75	38	21	18	21	1.94
128610--128711	46	2.2	46	82	6	118	39	22	19	18	1.93
134690--134745	24	2.3	24	96	0	103	44	12	0	42	1.42
134908--134961	23	2.3	24	83	3	65	38	18	18	24	1.93
135001--135073	23	3.2	23	80	0	83	35	23	21	19	1.96
135158--135214	15	3.9	14	76	17	53	40	22	7	29	1.80
136904--136942	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
139082--139152	36	2.0	35	88	2	106	42	29	9	18	1.82
140271--140303	12	2.8	12	100	0	66	45	27	9	18	1.79
140772--140864	46	2.1	43	79	16	102	58	7	5	29	1.48
140848--140874	10	2.7	10	100	0	54	81	0	0	18	0.69
148807--148840	13	2.4	15	90	9	54	70	2	5	20	1.21
162086--162128	18	2.4	18	92	0	68	20	6	0	72	1.08
166139--166274	67	2.0	68	98	1	265	30	7	11	50	1.66
169310--169350	18	2.3	18	82	0	55	21	46	19	12	1.82
169345--169391	10	5.5	8	82	14	51	14	34	27	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169348--169381	15	2.1	16	89	10	52	11	35	29	23	1.90
171177--171216	19	2.1	19	100	0	80	35	15	22	27	1.94
173015--173154	44	3.2	44	79	2	129	25	20	15	37	1.92
173196--173392	36	5.5	35	82	6	225	29	14	6	49	1.68
173193--173390	72	2.8	72	83	8	260	29	14	7	48	1.70
173196--173414	72	3.1	68	81	7	233	29	14	6	48	1.70
179373--179721	170	2.0	173	97	2	659	28	19	17	34	1.95
182501--182559	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
187178--187236	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
189053--189165	3	38.7	3	92	5	196	35	0	0	64	0.94
190395--190670	150	1.8	148	80	8	319	40	7	7	44	1.62
190878--190908	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
196208--196257	17	3.1	17	68	26	54	52	22	6	20	1.68
196557--196721	5	33.8	5	88	11	254	60	0	0	39	0.97
199919--200238	160	2.0	160	100	0	640	32	17	8	41	1.79
201659--201706	24	2.0	24	100	0	96	25	12	16	45	1.82
201862--201886	13	1.9	13	100	0	50	44	8	24	24	1.80
207275--207302	7	4.0	7	100	0	56	14	14	14	57	1.66
215241--215270	12	2.5	12	88	0	51	26	6	0	66	1.16
230649--230702	18	3.1	18	89	10	94	25	22	16	35	1.95
240675--240769	24	4.0	24	90	0	145	38	21	12	27	1.89
247566--247705	21	6.6	21	75	14	110	26	26	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247598--247661	20	3.1	20	84	8	76	29	25	10	34	1.90
253862--253924	28	2.2	28	83	5	83	30	1	4	63	1.24
253984--254056	37	2.0	37	81	7	87	28	12	6	52	1.64
254013--254108	42	2.3	42	82	10	124	25	9	8	57	1.58
254271--254316	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
261032--261064	16	2.1	16	88	11	50	69	3	15	12	1.30
263593--263639	19	2.5	19	100	0	94	38	17	14	29	1.89
271978--272029	21	2.5	21	96	3	97	21	21	21	36	1.95
273396--273438	18	2.4	18	88	0	59	72	0	4	23	1.04
273931--273960	12	2.5	12	88	0	51	66	3	23	6	1.30
277695--277845	65	2.3	65	91	3	250	46	1	40	11	1.51
277739--277842	30	3.3	30	67	21	86	49	1	37	11	1.50
277790--277897	46	2.3	46	90	0	162	47	1	40	10	1.48
277834--277867	16	2.1	16	88	0	50	50	0	44	5	1.26
277990--278133	4	36.8	4	72	12	57	40	0	51	6	1.34
278457--278535	34	2.4	34	95	2	142	31	3	53	11	1.55
278682--278724	16	2.7	16	77	0	50	39	2	55	2	1.25
278679--278737	28	2.1	28	83	0	73	44	1	52	1	1.21
281026--281316	150	1.9	150	99	0	573	35	7	26	30	1.85
285015--285107	36	2.6	36	89	0	132	20	16	22	40	1.91
288481--288855	183	2.0	185	89	3	587	45	7	3	43	1.49
291099--291156	21	2.8	21	100	0	116	0	36	22	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291099--291186	21	4.2	21	86	0	104	1	34	20	44	1.59
291173--291250	21	3.7	21	82	3	95	3	28	26	41	1.73
291173--291263	21	4.3	21	79	8	69	3	30	24	41	1.71
291744--291938	93	2.0	95	90	9	304	30	23	14	31	1.94
292396--292485	9	9.8	9	70	24	55	32	1	0	66	0.99
292397--292486	18	4.8	20	79	17	95	32	2	0	65	1.05
292378--292484	21	5.1	21	71	17	71	28	0	1	68	1.06
292397--292485	6	15.0	6	72	11	76	32	1	0	66	0.99
304377--304416	19	2.1	19	100	0	80	37	20	15	27	1.92
305374--305449	22	3.5	21	82	10	91	82	0	15	1	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6