genome.fa.s9017.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009017.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112407_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1192163

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770247--770292	21	2.1	22	88	8	67	47	0	0	52	1.00
770323--770408	28	3.4	25	80	13	86	44	0	1	54	1.07
770362--770432	19	3.7	18	72	10	52	49	1	1	47	1.18
770427--770471	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
770780--770852	30	2.5	29	93	4	121	32	19	6	41	1.78
770780--770852	15	5.0	15	81	5	87	32	19	6	41	1.78
772209--772288	32	2.5	32	83	0	97	35	18	11	35	1.87
773695--773749	17	3.2	17	84	7	67	36	16	5	41	1.71
789410--789455	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
798645--798731	43	2.0	43	97	0	165	40	9	14	35	1.79
798833--798874	21	2.0	21	90	0	66	16	16	30	35	1.92
799234--799388	77	2.0	77	98	0	301	23	17	32	26	1.97
799864--799930	37	1.9	36	85	11	95	65	4	4	25	1.30
800173--800220	2	24.5	2	93	4	80	54	0	0	45	0.99
800201--800270	27	2.6	25	78	10	68	65	1	2	30	1.15
800347--800386	12	3.6	11	87	9	55	65	5	5	25	1.34
800402--800450	22	2.2	23	89	10	75	69	2	0	28	1.00
800467--800511	12	3.7	12	81	3	54	66	0	4	28	1.11
801055--801159	37	2.8	37	86	0	147	33	14	13	39	1.85
801893--804634	106	25.9	106	91	1	4212	22	18	24	34	1.96
801893--804634	847	3.2	847	91	0	4345	22	18	24	34	1.96
806247--806296	24	2.2	23	89	7	75	2	14	4	80	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806253--806310	30	2.0	28	83	10	71	1	18	5	74	1.10
810868--810938	30	2.1	33	82	17	85	63	2	4	29	1.27
810888--810972	35	2.5	35	77	20	83	62	2	4	30	1.28
811136--811163	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
811189--811252	32	2.0	31	82	8	76	70	1	3	25	1.11
811209--811277	21	3.2	23	75	22	69	65	0	5	28	1.16
811386--811425	12	3.6	11	87	9	55	65	5	5	25	1.34
811467--811604	20	7.1	19	69	18	56	62	1	5	31	1.26
811559--811607	2	25.0	2	91	4	82	53	0	0	46	1.00
812121--812221	37	2.7	37	90	0	148	30	15	12	40	1.85
815515--815558	17	2.6	17	92	0	70	25	27	22	25	2.00
816016--816108	32	2.9	31	79	16	109	40	17	19	22	1.91
815984--816108	64	2.0	64	88	0	187	41	16	20	22	1.90
816829--816878	26	1.9	26	95	0	91	46	18	12	24	1.82
819852--819906	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
820519--820578	23	2.6	23	81	0	66	41	8	16	33	1.78
820384--820713	158	2.1	158	90	0	507	40	13	12	33	1.82
821018--821070	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
823109--823763	183	3.6	183	87	1	895	28	15	12	43	1.83
825044--825069	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
833016--833084	21	3.3	21	97	0	129	37	15	18	27	1.92
835623--835719	41	2.3	42	78	1	106	23	20	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835079--835820	258	2.9	257	88	1	1094	31	15	17	35	1.91
835833--835929	42	2.3	41	82	1	104	24	20	20	34	1.97
836602--836760	56	2.8	57	88	3	234	33	20	16	28	1.95
836726--836925	82	2.5	82	87	0	276	36	21	20	22	1.95
837814--837847	16	2.1	16	94	0	59	35	5	32	26	1.81
841905--841935	16	1.9	16	100	0	62	32	6	38	22	1.80
844389--844431	18	2.4	17	85	11	59	27	0	2	69	1.00
845521--845574	27	2.0	28	85	3	74	51	0	0	48	1.00
845592--845626	12	2.9	12	95	0	61	28	51	11	8	1.67
846669--847010	127	2.7	123	78	9	388	39	15	13	31	1.86
847621--847690	29	2.5	28	84	9	88	60	11	8	20	1.57
847867--848065	107	1.9	108	81	7	244	46	17	14	21	1.83
848253--848954	357	2.0	357	96	0	1307	32	27	10	29	1.90
849436--849489	3	18.3	3	92	3	92	66	1	0	31	1.02
849701--849735	13	2.7	13	86	0	52	37	0	0	62	0.95
862713--863028	173	1.8	174	91	0	526	47	6	15	30	1.72
864746--864789	23	1.9	23	81	9	54	54	2	4	38	1.33
866146--866341	43	4.6	43	81	0	203	30	14	24	31	1.94
866200--866388	86	2.2	86	81	3	220	26	14	24	34	1.94
866200--866410	43	4.9	42	80	8	183	27	14	24	34	1.94
866813--866893	21	3.9	21	80	0	81	1	38	19	40	1.60
874754--874908	41	3.8	41	82	8	199	24	25	15	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874737--874915	82	2.2	83	96	1	333	24	25	16	34	1.95
875007--875166	83	2.0	81	80	5	178	28	20	19	31	1.97
875016--875462	190	2.4	188	84	1	563	33	17	15	33	1.92
875683--875721	19	2.1	19	100	0	78	28	10	20	41	1.85
884830--884888	30	1.9	31	86	3	84	40	13	3	42	1.61
887080--887179	20	4.8	20	68	16	69	34	23	16	27	1.95
889421--889519	23	4.3	23	74	6	67	32	22	22	23	1.98
889418--889474	24	2.4	24	82	8	73	31	22	21	24	1.98
893648--893713	18	3.6	17	76	21	71	33	10	31	24	1.89
893648--893712	19	3.6	18	84	10	87	33	9	32	24	1.87
895046--895124	28	2.8	28	80	0	104	26	12	18	41	1.87
901145--901194	24	2.1	24	100	0	100	48	12	6	34	1.65
919911--919991	41	2.0	41	83	9	103	38	12	17	32	1.87
921738--922362	249	2.5	249	85	4	843	30	17	17	34	1.93
922506--922569	3	22.0	3	84	6	60	40	3	0	56	1.15
922522--922569	20	2.4	20	100	0	96	43	0	0	56	0.99
925653--925713	24	2.5	24	97	0	113	29	27	24	18	1.98
928913--929020	20	5.3	20	90	1	153	34	23	17	25	1.96
928947--929039	40	2.3	38	81	13	107	38	20	17	23	1.93
928908--929039	60	2.2	61	78	12	146	37	22	16	23	1.94
929187--929240	22	2.5	22	87	0	72	22	40	18	18	1.91
929582--929620	20	2.0	20	100	0	78	51	20	12	15	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
929627--929689	20	3.2	20	84	6	85	12	17	20	49	1.79
929657--929700	20	2.2	20	83	0	52	13	18	18	50	1.79
931639--931732	21	4.6	21	80	10	106	21	35	21	22	1.96
931641--931751	21	5.5	20	78	9	93	20	36	20	22	1.96
935833--935879	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
935837--935888	24	2.2	24	85	0	68	36	19	19	25	1.95
936001--936034	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
936801--936918	20	5.9	19	74	20	73	36	11	19	33	1.87
937610--937678	30	2.2	30	85	15	86	49	0	0	50	1.00
942338--942373	9	4.2	9	89	10	58	44	0	0	55	0.99
942346--942375	8	3.6	8	91	8	51	43	0	0	56	0.99
942338--942375	17	2.3	17	95	4	69	44	0	0	55	0.99
943282--943310	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
954428--954488	23	2.7	23	92	0	104	24	27	27	19	1.99
956164--956207	21	2.1	21	86	0	61	15	27	27	29	1.96
963254--963298	21	2.1	22	91	4	74	26	26	24	22	2.00
963290--963333	11	4.0	11	78	0	52	31	20	15	31	1.94
963291--963335	22	2.0	22	86	0	63	31	17	15	35	1.92
964029--964097	24	2.9	24	93	0	120	27	26	26	20	1.99
964695--964751	20	2.8	20	89	0	87	14	29	35	21	1.92
966501--966629	32	4.1	32	77	9	113	22	27	24	25	2.00
971301--971361	31	2.0	31	87	6	88	32	3	4	59	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
972648--972733	35	2.5	35	84	0	100	40	20	1	37	1.61
972702--972744	21	2.0	21	100	0	86	46	13	0	39	1.44
972800--972835	16	2.2	16	90	0	54	38	0	8	52	1.32
972863--972895	16	1.9	18	88	11	52	27	3	6	63	1.32
973365--973612	130	1.9	130	91	0	406	36	13	14	35	1.85
974539--974658	31	3.8	32	81	10	142	40	5	9	45	1.58
984004--984048	24	1.9	23	86	4	63	48	2	2	46	1.26
985260--985292	14	2.4	14	100	0	66	60	21	6	12	1.53
985468--985558	23	4.1	22	73	9	60	36	27	20	15	1.93
985501--985566	23	2.9	23	86	0	96	33	27	25	13	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6