genome.fa.s9042.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009042.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112452_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  514287

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202--432	30	7.6	30	65	24	108	40	15	18	26	1.90
54--378	67	4.9	67	83	6	398	41	15	19	23	1.90
320--429	51	2.2	51	90	3	168	39	14	20	26	1.91
429--551	36	3.4	37	85	3	160	39	13	17	30	1.88
2288--2343	27	2.1	27	83	6	69	33	8	17	39	1.81
2380--2421	15	2.9	15	82	10	52	52	2	11	33	1.51
7055--7094	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
7081--7125	23	1.9	24	90	4	74	24	24	22	28	1.99
8535--8588	21	2.5	21	77	22	58	1	14	3	79	0.95
13198--13243	15	3.1	14	81	12	56	8	10	0	80	0.91
14077--14112	3	12.0	3	93	0	63	66	2	0	30	1.06
19754--19794	21	2.0	21	95	0	73	34	4	12	48	1.62
23816--23995	20	8.9	20	75	10	109	34	18	20	26	1.96
23795--23868	20	3.7	20	76	10	62	25	21	20	32	1.97
23816--23970	41	3.8	41	78	10	131	35	18	21	25	1.95
23816--23972	20	7.7	21	80	5	151	35	17	21	25	1.95
23858--23972	41	2.8	41	85	3	160	40	17	21	20	1.92
24509--24556	19	2.5	19	80	12	53	50	25	14	10	1.74
24574--24662	14	5.6	14	71	23	70	10	24	23	41	1.85
24557--24686	33	3.9	33	96	1	215	10	24	22	42	1.85
26863--26923	21	3.0	20	73	7	59	24	36	18	21	1.95
28266--28301	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28408--28474	19	3.8	19	75	18	72	46	20	20	11	1.82
28479--28629	19	8.7	19	62	21	62	14	21	21	42	1.88
28483--28609	33	3.9	32	84	8	175	14	22	20	43	1.87
28476--28608	66	2.0	66	94	0	230	15	21	20	42	1.89
31920--31971	21	2.5	20	81	3	59	40	17	21	21	1.91
31956--32047	20	4.6	20	69	8	69	40	21	18	19	1.92
32523--32559	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
34281--34325	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
35641--35699	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
36168--36300	20	6.7	20	79	9	112	24	18	24	33	1.96
36168--36341	59	2.9	59	81	5	197	22	18	22	36	1.95
36289--36340	21	2.5	21	84	3	70	15	23	19	42	1.89
36930--37036	29	3.7	29	81	5	119	37	7	2	52	1.44
37070--37421	30	12.2	30	71	13	154	49	0	9	39	1.40
37105--37186	24	3.2	25	71	21	80	54	0	6	39	1.25
37107--37164	22	2.5	23	86	5	73	56	0	5	37	1.21
37057--37211	82	1.9	82	82	4	197	50	0	7	41	1.34
37269--37360	29	3.3	28	73	20	77	47	0	13	39	1.42
37276--37421	59	2.4	59	84	5	186	50	0	10	39	1.42
37408--37457	18	2.7	18	78	3	55	42	0	14	44	1.44
39327--39389	29	2.1	30	80	13	69	41	6	14	38	1.71
40166--40218	20	2.7	19	80	5	61	39	22	11	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47331--47429	20	5.0	19	77	8	101	34	24	14	27	1.94
47331--47429	40	2.5	40	86	4	130	34	24	14	27	1.94
47432--47510	40	2.0	40	85	5	106	26	24	12	36	1.91
47372--47461	20	4.5	20	76	2	74	33	22	12	32	1.91
47372--47549	60	3.0	58	78	6	160	30	21	12	34	1.91
47414--47545	20	6.6	20	67	11	74	26	22	12	37	1.90
47879--48010	20	6.6	20	85	0	156	24	10	25	40	1.87
47879--48010	40	3.3	40	88	0	183	24	10	25	40	1.87
47879--48098	60	3.6	60	75	5	176	28	11	23	36	1.90
47879--48092	20	10.6	20	75	12	95	28	12	23	35	1.91
48002--48136	62	2.2	62	81	2	146	33	13	22	30	1.93
60141--61112	139	6.9	139	87	0	1296	23	19	22	34	1.97
61986--62037	21	2.5	21	72	12	52	19	19	32	28	1.96
62053--62156	42	2.5	43	78	10	110	24	20	31	24	1.98
62717--62752	17	2.1	17	90	10	56	52	5	0	41	1.24
63879--63928	15	3.5	15	78	7	52	58	0	0	42	0.98
63911--63965	17	2.8	21	76	20	57	54	3	1	40	1.28
63973--64003	16	1.9	16	93	0	53	61	6	0	32	1.21
67309--67364	2	28.0	2	77	0	58	0	50	1	48	1.11
67309--67362	14	3.9	14	95	0	81	0	50	1	48	1.11
76036--76259	64	3.5	64	82	3	229	33	21	18	26	1.96
76538--76595	27	2.2	26	84	9	73	39	5	22	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76789--76872	15	5.5	15	64	25	50	40	11	15	32	1.84
76769--76990	31	7.2	31	94	0	381	39	10	16	34	1.82
79402--79585	64	2.9	64	83	6	205	34	20	19	25	1.96
79449--79625	64	2.8	64	82	6	191	33	20	18	27	1.96
80135--80263	31	4.2	31	93	0	222	37	10	16	34	1.83
80135--80266	62	2.1	62	97	0	246	37	10	15	35	1.83
80203--80254	16	3.3	16	70	24	56	38	13	17	30	1.88
87377--87413	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
88649--88746	20	4.8	20	89	1	142	41	21	17	19	1.90
88944--89005	21	2.9	21	92	2	97	24	38	14	22	1.91
89374--89514	20	7.4	20	81	9	107	14	17	24	43	1.86
89329--89495	53	3.1	51	73	19	128	13	18	24	43	1.87
89341--89515	73	2.4	73	95	0	305	13	17	24	44	1.85
89389--89517	20	6.8	20	83	10	128	12	17	23	47	1.81
89481--89524	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
91374--91510	20	7.5	20	73	21	104	41	21	18	17	1.90
91374--91529	53	2.9	53	69	17	142	42	21	19	16	1.89
91594--91620	13	2.1	13	100	0	54	22	14	22	40	1.90
92402--92443	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
92623--92685	31	2.0	31	100	0	126	38	15	36	9	1.81
93912--93947	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
94088--94139	20	2.7	20	87	3	79	46	17	21	15	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94149--94233	33	2.5	33	86	1	116	14	23	16	45	1.83
94149--94224	33	2.3	34	88	2	118	13	23	17	46	1.83
94218--94269	20	2.6	20	93	6	88	19	19	25	36	1.95
96653--96706	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
96653--96720	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
97550--97616	20	3.3	20	95	0	116	22	19	28	29	1.98
97603--97659	20	2.8	20	100	0	114	21	19	19	40	1.92
97549--97659	40	2.8	40	81	10	113	22	18	24	34	1.96
97652--97698	21	2.2	20	85	10	67	36	17	25	21	1.94
103069--103545	238	2.0	238	99	0	936	34	17	19	28	1.95
105294--105332	20	2.0	19	90	5	60	33	23	0	43	1.54
105457--105677	110	2.0	111	94	0	390	36	9	10	44	1.70
107183--107217	18	1.9	18	100	0	70	28	22	22	25	1.99
111334--111444	51	2.3	46	80	10	125	27	20	22	28	1.99
111456--111580	51	2.5	51	88	1	171	16	32	34	16	1.92
114909--115005	20	5.1	20	78	18	125	19	36	28	15	1.93
115117--115156	20	2.0	21	90	5	64	25	20	27	27	1.99
115438--115510	35	2.2	33	85	5	92	32	15	30	21	1.94
118291--118357	19	3.7	19	70	24	63	20	29	29	19	1.97
118474--118514	21	2.0	21	90	0	64	29	17	24	29	1.97
119851--119890	19	2.1	19	86	9	55	12	10	7	70	1.35
119915--119971	23	2.5	22	80	13	62	5	28	0	66	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120366--120396	11	2.7	12	90	10	55	41	0	0	58	0.98
121593--121631	16	2.4	16	86	0	51	38	15	12	33	1.85
121894--121926	8	4.2	8	88	3	50	57	0	3	39	1.14
129093--129135	16	2.7	16	79	13	52	27	2	6	62	1.33
132456--132526	34	2.1	33	84	10	90	63	15	2	18	1.43
132746--132780	18	1.9	18	88	0	52	8	34	20	37	1.83
134838--134871	9	3.9	9	84	7	52	61	2	0	35	1.11
134817--134869	17	3.2	17	84	10	65	62	1	1	33	1.17
134818--134871	16	3.3	16	89	2	72	61	1	1	35	1.18
134834--134872	17	2.4	17	95	4	71	61	5	0	33	1.18

Tables:   1   2   3