genome.fa.s9042.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009042.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112452_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  514287

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 352 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140255--140296	21	2.0	22	85	4	59	14	26	4	54	1.59
140746--140798	19	2.7	20	85	11	74	73	0	5	20	1.03
140824--140865	17	2.4	18	92	4	68	71	0	7	21	1.09
141482--141602	62	1.9	63	91	5	201	54	14	0	29	1.46
141533--141682	76	2.0	76	93	0	255	58	12	1	28	1.43
142572--142681	42	2.6	42	80	8	116	15	13	6	64	1.47
144725--144844	64	1.9	64	85	3	170	25	17	20	37	1.94
154036--154067	13	2.4	14	94	5	57	59	3	0	37	1.13
162127--162252	47	2.8	45	82	7	148	32	18	7	41	1.79
162127--162271	47	3.4	42	77	14	118	33	18	6	41	1.77
169293--169418	47	2.8	44	81	7	128	33	18	7	40	1.79
169293--169437	47	3.4	42	76	14	109	33	18	6	40	1.77
171785--171862	23	3.4	22	76	11	77	37	20	21	20	1.95
172565--172638	36	2.0	36	85	12	98	20	27	17	35	1.95
173934--173975	17	2.4	18	92	4	68	71	0	7	21	1.09
177473--177688	76	2.9	76	88	2	301	56	13	1	28	1.45
186781--186827	21	2.3	21	81	3	60	48	4	8	38	1.53
197315--197807	62	8.0	61	87	3	632	29	20	15	35	1.93
197595--197695	33	3.2	33	65	21	88	27	21	14	35	1.93
197628--197730	29	3.4	29	69	17	84	31	20	15	33	1.94
197990--198834	36	23.8	36	86	2	1111	36	20	22	19	1.95
198651--198700	24	2.1	24	92	7	84	40	12	26	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198615--198808	60	3.0	60	78	16	235	36	19	24	19	1.95
198579--198772	96	2.0	96	89	2	300	36	18	24	21	1.95
198547--198808	132	2.0	132	90	1	409	35	19	23	20	1.95
198507--198834	168	2.0	168	89	0	503	36	18	23	20	1.95
199009--199047	20	1.9	20	89	5	60	46	2	0	51	1.14
199653--199692	18	2.1	18	90	9	62	62	0	30	7	1.23
209199--209409	55	3.8	55	89	2	307	32	18	20	27	1.96
215053--215401	55	6.3	55	85	2	407	33	17	19	29	1.95
220046--220209	76	2.2	75	86	5	224	30	1	11	56	1.46
224671--224739	23	3.0	23	83	6	86	20	23	23	33	1.97
229489--229584	5	18.8	5	72	14	63	18	5	4	71	1.21
229489--229530	11	3.8	11	87	0	66	14	4	2	78	1.01
229480--229531	22	2.3	22	96	3	95	13	3	3	78	1.02
229539--229587	14	3.6	14	81	13	57	18	6	2	73	1.14
231358--231526	74	2.3	74	85	7	218	31	1	11	55	1.47
232019--232074	28	2.0	28	96	0	103	28	19	21	30	1.98
232169--232217	19	2.6	18	81	9	62	20	4	2	73	1.10
239054--239134	2	40.5	2	100	0	162	49	0	0	50	1.00
239953--240001	22	2.3	22	80	16	59	44	2	0	53	1.12
239936--240005	27	2.5	28	73	13	72	40	2	0	57	1.14
241270--241327	26	2.2	26	79	11	66	60	1	5	32	1.29
243240--243286	20	2.3	20	85	0	58	27	23	4	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244247--244278	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
247871--247910	18	2.3	17	87	8	62	52	5	12	30	1.60
249578--249612	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
260652--260679	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
262343--262592	87	2.9	87	96	0	455	41	10	15	33	1.80
266109--266347	120	2.0	120	92	1	399	39	14	13	32	1.86
265941--266530	303	2.0	302	96	0	1081	35	16	14	34	1.89
266229--266717	183	2.7	183	96	0	890	34	16	14	34	1.90
266408--267016	303	2.0	303	96	0	1110	34	16	14	34	1.89
266591--266837	120	2.1	120	94	0	431	38	15	13	32	1.87
265941--267203	486	2.6	486	96	0	2303	34	16	14	34	1.89
266711--267299	183	3.2	183	93	1	975	34	15	14	35	1.88
268509--268565	3	19.0	3	85	0	78	26	33	3	36	1.74
268513--268582	12	5.8	12	91	0	86	22	32	5	38	1.78
269435--270196	200	3.8	200	94	0	1301	30	18	14	36	1.91
270418--270478	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
270430--270478	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
272269--272334	33	2.0	33	91	5	107	22	50	0	27	1.50
272368--272432	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
274648--274694	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
274829--274875	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
274615--275086	181	2.6	182	90	1	707	26	16	14	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275240--275266	11	2.5	11	100	0	54	33	22	11	33	1.89
278896--278985	33	2.7	34	91	5	139	23	14	23	38	1.91
291418--291454	18	2.1	18	89	0	56	37	13	32	16	1.87
302674--302703	15	2.0	15	93	0	51	23	0	36	40	1.55
302819--302915	44	2.2	44	81	3	115	37	12	19	30	1.89
303007--303081	21	3.5	21	71	7	69	22	18	25	33	1.97
302994--303085	44	2.1	43	87	2	130	21	20	22	34	1.96
304283--304343	14	4.6	14	71	22	51	59	19	11	9	1.60
305400--305762	179	2.0	179	97	0	690	34	15	16	32	1.91
311815--311860	15	3.2	15	77	20	53	65	2	2	30	1.16
312749--312782	16	2.1	16	100	0	68	44	17	23	14	1.86
312813--312867	19	2.7	20	81	18	69	30	16	23	29	1.96
313215--313598	58	6.7	58	85	6	482	33	12	19	34	1.89
313215--313600	169	2.3	170	86	4	519	33	12	19	34	1.90
319565--319657	20	4.7	20	100	0	186	38	16	24	20	1.92
319678--319721	19	2.3	19	80	7	54	31	15	25	27	1.96
320087--320540	58	7.9	58	90	1	684	34	12	19	33	1.90
325908--326320	55	7.3	55	83	5	506	27	16	17	37	1.92
329068--329498	82	5.3	82	85	1	488	36	16	14	32	1.89
329057--329276	41	5.4	41	67	9	144	34	16	15	33	1.91
329815--329998	56	3.3	55	81	7	201	29	15	13	42	1.84
329868--330013	56	2.6	56	83	1	186	30	16	11	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330426--330477	2	26.5	2	92	3	88	50	1	0	48	1.12
331391--331604	68	3.1	67	80	6	243	24	22	23	29	1.99
331776--331813	19	2.0	19	89	0	58	34	34	0	31	1.58
340548--340621	22	3.5	22	75	20	95	22	16	17	43	1.88
340570--340635	18	3.4	18	74	22	71	22	18	18	40	1.91
340547--340635	40	2.2	40	100	0	178	23	16	17	41	1.90
346163--346202	20	2.0	21	95	5	73	30	20	15	35	1.93
346465--346511	22	2.1	22	100	0	94	38	34	6	21	1.79
348107--348154	20	2.5	19	86	6	62	31	12	27	29	1.93
348574--348805	54	4.4	54	81	2	247	34	19	18	27	1.96
348577--348777	108	1.9	105	89	3	312	33	18	18	28	1.95
348577--348805	108	2.1	104	84	5	287	34	20	18	27	1.96
352819--352944	37	3.5	37	82	4	166	27	22	21	28	1.99
352895--353083	66	2.9	66	75	7	177	23	23	22	30	1.99
353087--353291	19	10.8	19	71	10	123	38	23	5	33	1.78
353098--353226	38	3.4	38	80	1	150	39	23	5	31	1.77
353136--353291	56	2.8	56	82	4	188	36	23	5	34	1.77
353136--353290	38	4.1	39	77	12	144	36	23	5	34	1.77
354617--354656	19	2.0	21	85	14	57	35	15	20	30	1.93
355021--355625	55	11.3	55	90	5	898	33	11	19	35	1.88
355021--355625	109	5.6	110	88	5	898	33	11	19	35	1.88
355021--355643	164	3.9	164	88	6	905	33	11	19	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
355414--355497	43	2.0	43	95	0	150	27	13	22	36	1.91
355359--355552	98	2.0	98	92	2	327	30	12	21	35	1.90
355250--355625	208	1.8	207	91	1	628	32	12	20	34	1.90
355304--355606	153	2.0	153	94	1	536	31	12	21	35	1.90
355796--356132	81	4.2	81	89	1	471	35	12	21	30	1.90
357522--357574	24	2.2	24	93	3	90	32	24	18	24	1.97
358153--358237	38	2.2	37	83	8	100	38	22	17	21	1.93
360137--360164	11	2.5	11	100	0	56	75	0	0	25	0.81
360148--360186	21	1.9	20	89	5	60	69	5	0	25	1.09
360536--360579	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85

Tables:   1   2   3