genome.fa.s9068.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009068.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112495_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  670922

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 286 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295--328	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
1061--1100	21	1.9	21	85	10	55	42	17	12	27	1.85
6261--6300	18	2.3	17	95	4	71	27	37	10	25	1.88
8933--9152	21	10.7	19	70	12	98	35	22	18	22	1.95
8936--9059	61	2.0	61	92	0	203	36	22	18	22	1.95
8982--9133	42	3.7	41	86	5	211	38	22	17	22	1.93
8933--9152	103	2.1	102	83	6	266	35	22	18	22	1.95
18404--18463	30	2.0	30	81	12	70	58	0	8	33	1.28
18663--18698	15	2.3	16	90	4	56	52	0	2	44	1.15
18846--18887	19	2.4	19	84	11	54	21	26	11	40	1.88
26015--26039	12	2.1	12	100	0	50	56	0	32	12	1.36
27183--27248	34	2.0	33	85	11	91	59	12	10	18	1.61
29405--29477	33	2.2	33	97	0	137	34	20	13	31	1.92
34609--34672	30	2.1	30	85	0	83	34	28	18	18	1.95
35303--35428	64	2.0	65	87	4	184	28	16	19	35	1.93
39420--39473	18	3.1	17	91	5	81	25	33	20	20	1.97
44537--44609	18	4.1	18	84	7	94	24	31	20	23	1.98
53868--53901	16	2.2	15	89	5	50	64	20	2	11	1.39
55553--55600	23	2.0	24	88	4	71	37	16	16	29	1.91
55553--55607	25	2.2	25	84	9	69	36	18	18	27	1.94
57880--57919	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
57914--58050	33	4.4	33	80	13	173	32	6	16	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58435--58468	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
61720--61760	20	2.0	20	95	0	73	39	21	19	19	1.93
62346--62397	20	2.6	20	81	0	59	40	19	21	19	1.92
62407--62493	20	4.4	20	82	1	86	14	14	22	47	1.82
62458--62501	20	2.2	20	83	0	52	13	11	20	54	1.69
64339--64422	20	4.5	20	72	17	90	41	20	19	19	1.90
64370--64443	34	2.2	34	95	0	130	43	18	22	14	1.87
64395--64460	19	3.7	18	73	21	59	42	19	21	16	1.89
64469--64607	20	7.3	20	79	11	123	20	19	20	39	1.93
64452--64587	72	1.9	72	95	0	245	19	20	20	38	1.93
64487--64587	52	1.9	54	83	4	134	19	19	19	40	1.92
65089--65193	21	5.0	21	71	3	86	21	37	18	22	1.94
65086--65196	42	2.6	42	73	10	111	21	37	18	22	1.94
66550--66585	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
66722--66789	33	2.1	33	91	0	109	14	25	19	41	1.89
66772--66860	20	4.4	20	81	2	108	17	21	24	35	1.95
66774--66860	40	2.2	40	91	4	140	18	20	24	36	1.95
70215--70316	20	5.1	20	90	2	152	22	20	20	36	1.95
70313--70353	21	2.0	21	90	0	64	39	17	26	17	1.91
85528--85603	30	2.6	29	91	6	127	51	18	6	23	1.69
104418--104467	24	2.0	26	84	11	68	54	6	10	30	1.58
105197--105237	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106359--106473	57	2.0	57	91	3	187	20	20	27	31	1.97
107514--107560	25	2.0	24	88	12	71	48	0	0	51	1.00
122789--122825	14	2.5	16	79	20	53	72	5	0	21	1.04
123286--123333	24	2.1	23	85	11	64	37	4	2	56	1.30
133445--133481	17	2.2	17	86	13	51	37	8	0	54	1.30
134819--134854	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
135207--135263	5	11.4	5	100	0	114	21	57	21	0	1.40
135827--135892	19	3.3	19	68	12	60	40	22	19	16	1.91
135902--135964	20	3.1	20	81	2	72	39	20	22	17	1.92
135911--135968	21	2.8	21	81	2	73	39	25	20	13	1.90
135911--136092	101	1.8	101	90	2	294	33	21	23	20	1.97
136969--136993	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
137514--137571	30	2.0	30	83	10	75	55	1	5	37	1.33
158941--159006	33	2.0	33	93	0	114	25	13	9	51	1.70
160204--160247	23	1.9	23	85	0	61	59	0	4	36	1.18
169067--169115	26	1.9	26	84	12	66	44	4	0	51	1.20
169404--169459	20	2.8	20	74	12	62	39	0	17	42	1.50
177100--177163	33	1.9	33	84	6	85	50	0	1	48	1.10
177216--177257	20	2.2	19	86	4	57	64	2	0	33	1.07
177129--177361	120	2.0	120	82	5	285	45	9	8	36	1.65
178815--178867	3	17.7	3	77	14	56	62	0	0	37	0.96
178817--178864	10	4.9	10	82	12	64	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182572--182650	20	3.9	20	73	8	79	44	0	15	40	1.46
182558--182636	40	2.0	40	92	2	133	36	1	16	45	1.56
182611--182650	21	1.9	21	89	0	62	50	0	15	35	1.44
184370--184401	14	2.1	16	88	11	50	43	0	0	56	0.99
187688--187717	13	2.3	13	94	0	51	36	13	0	50	1.42
201354--201380	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
203146--203184	20	2.0	20	89	0	60	23	7	2	66	1.30
203330--203373	23	2.0	22	81	4	52	68	0	6	25	1.14
205759--205791	6	5.5	6	100	0	66	48	33	0	18	1.48
213817--214434	182	3.4	180	84	3	722	44	13	15	27	1.83
214403--214454	20	2.6	20	96	0	95	51	21	13	13	1.74
215823--215878	24	2.5	22	77	13	60	39	0	8	51	1.33
216553--216587	18	1.9	18	94	0	61	60	0	31	8	1.27
216892--216927	17	2.1	17	100	0	72	50	8	11	30	1.67
218050--218099	19	2.6	19	90	0	73	30	2	12	56	1.47
218434--218892	196	2.3	196	85	6	599	38	14	15	30	1.88
219612--219637	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
222102--222926	201	4.1	200	81	7	902	38	15	13	31	1.87
222686--222731	21	2.1	21	84	4	56	30	15	10	43	1.81
226441--226603	87	1.9	87	90	0	263	31	14	11	42	1.80
226525--226569	23	2.0	23	90	0	72	40	20	6	33	1.78
240620--240645	12	2.2	12	100	0	52	23	0	53	23	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270328--270406	35	2.3	35	81	14	94	53	2	1	43	1.22
271816--271904	3	29.7	3	78	15	87	61	1	1	35	1.11
272216--272785	113	4.9	124	83	9	369	28	19	13	38	1.90
272366--272777	224	1.8	224	90	2	666	28	19	13	38	1.90
272366--272799	113	3.9	113	91	2	660	28	19	13	38	1.90
272814--272847	12	2.8	12	95	0	59	38	11	8	41	1.73
273184--273241	22	2.6	22	94	0	98	36	15	17	31	1.91
274142--274305	75	2.2	75	91	0	256	31	24	16	28	1.96
276707--276769	32	2.0	32	96	0	117	22	19	15	42	1.88
277265--277294	8	3.8	8	100	0	60	0	20	0	80	0.72
279945--279997	8	6.4	8	74	8	52	71	1	9	16	1.21
279999--280027	12	2.3	13	94	5	51	55	6	13	24	1.63
283757--283845	17	4.9	18	80	15	96	62	1	1	34	1.10
283757--283845	22	3.9	23	82	14	105	62	1	1	34	1.10
283757--283845	3	29.7	3	80	15	96	62	1	1	34	1.10
284513--284564	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
284554--284652	21	4.8	20	75	6	81	37	23	18	21	1.94
284619--284888	20	13.5	20	79	6	251	37	24	17	20	1.94
284658--284888	40	5.8	40	93	1	286	35	24	17	22	1.95
285571--285617	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
288049--288213	33	4.7	34	81	13	183	46	18	21	13	1.83
288063--288251	19	10.7	19	77	17	210	46	17	20	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288049--288251	52	3.9	52	85	10	272	45	18	21	14	1.85
288260--288357	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
288241--288357	53	2.2	53	96	1	218	13	24	17	43	1.86
288464--288500	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
290477--290533	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
290458--290550	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
290421--290555	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
290551--290679	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
290551--290642	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
290727--291288	93	6.1	93	99	0	1108	46	19	12	21	1.83

Tables:   1   2   3