genome.fa.s907.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000907.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001799_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  656280

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191963--192048	6	14.3	6	100	0	172	33	50	0	16	1.46
193507--193554	10	4.4	10	76	19	51	20	12	12	54	1.70
193480--193555	24	3.1	24	83	7	91	18	14	14	52	1.74
193815--193873	13	4.7	13	79	14	61	8	8	15	67	1.40
193815--193898	23	3.6	23	73	9	80	9	9	16	64	1.49
194482--194525	17	2.5	17	92	3	70	22	9	4	63	1.42
194808--194853	6	7.7	6	97	0	65	34	6	15	43	1.72
196073--196134	20	3.1	20	83	4	72	29	1	9	59	1.38
196077--196140	8	6.8	9	74	20	51	28	1	6	64	1.27
197452--197563	24	4.8	23	71	16	95	29	25	23	22	1.99
198589--198626	20	1.9	20	88	0	58	26	31	28	13	1.93
206205--206241	3	11.7	3	88	11	56	35	0	0	64	0.94
207609--207668	26	2.2	26	82	8	66	50	1	1	46	1.21
207883--207937	23	2.4	23	75	3	58	47	3	0	49	1.19
208443--208492	20	2.4	21	83	9	59	28	2	2	68	1.12
219119--219154	12	2.9	12	95	4	63	80	2	16	0	0.83
219496--219572	18	4.1	18	78	14	77	29	9	3	57	1.48
220915--221459	124	4.4	124	93	1	864	41	14	17	25	1.88
220823--221459	247	2.6	245	88	3	889	41	14	18	26	1.88
221696--221729	3	10.7	3	87	12	50	35	0	0	64	0.94
223029--223099	25	2.9	25	75	20	62	26	1	5	66	1.22
223369--223423	23	2.4	23	75	3	58	47	3	0	49	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224917--224954	17	2.3	17	90	4	60	47	5	2	44	1.39
225123--225185	29	2.2	28	94	2	108	33	9	12	44	1.75
225152--225392	100	2.3	104	86	5	330	35	11	12	40	1.79
225358--225413	29	1.9	29	92	0	94	30	8	12	48	1.72
225360--225421	29	2.1	29	87	0	88	33	8	12	45	1.72
225892--225954	30	2.1	30	85	5	83	50	9	9	30	1.66
226171--226232	28	2.3	26	83	5	70	14	16	8	61	1.55
227593--227637	23	2.0	23	95	0	81	44	8	13	33	1.75
227553--227715	87	1.9	87	90	0	263	41	11	12	34	1.80
227733--228437	200	3.5	196	82	7	757	30	16	14	39	1.88
230921--231479	200	2.8	199	87	2	825	31	16	13	38	1.87
231224--231715	251	2.0	251	84	4	661	31	16	14	38	1.88
232985--233030	6	7.7	6	92	0	65	17	32	8	41	1.80
232985--233030	12	3.8	12	94	0	74	17	32	8	41	1.80
232985--233030	18	2.6	18	92	0	74	17	32	8	41	1.80
234499--235039	201	2.7	201	94	0	920	33	15	14	36	1.88
235346--235401	28	2.0	28	86	6	78	10	21	14	53	1.70
235908--235952	4	11.2	4	100	0	90	48	26	0	24	1.51
237147--237212	33	2.0	33	90	0	105	22	42	0	34	1.54
237208--237254	21	2.2	21	100	0	94	14	31	0	53	1.42
237267--237352	21	4.1	21	87	0	118	15	30	9	45	1.77
237435--237467	15	2.2	15	94	0	57	12	60	6	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239612--239666	20	2.8	20	94	0	101	21	16	12	49	1.79
241290--241345	29	1.9	29	82	7	69	35	7	19	37	1.79
241418--241475	29	2.0	30	86	3	82	34	6	12	46	1.68
241292--241490	110	1.8	110	81	6	251	37	5	12	44	1.66
247577--247642	27	2.5	27	85	2	80	43	4	7	43	1.53
247694--247723	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
253297--253517	2	114.0	2	64	20	60	48	3	3	44	1.36
253297--253517	13	17.2	13	68	21	80	48	3	3	44	1.36
253438--253486	25	2.0	23	84	7	62	55	2	6	36	1.37
253631--253695	19	3.4	19	89	4	96	46	0	29	24	1.53
253597--253685	46	1.9	45	82	8	108	47	0	24	28	1.52
253633--253736	19	5.7	18	78	7	93	47	0	27	25	1.53
253676--253751	35	2.1	35	90	2	116	43	0	28	27	1.55
253949--255185	4	310.8	4	99	0	2432	25	0	24	50	1.50
255183--255216	15	2.3	15	94	0	59	50	5	2	41	1.42
255373--255440	7	9.7	7	77	0	55	44	33	1	20	1.61
255377--255440	28	2.3	27	76	7	65	45	32	1	20	1.61
255735--255779	15	3.1	15	81	15	58	42	0	0	57	0.98
255740--255777	13	2.8	13	92	8	58	44	0	0	55	0.99
256424--256489	21	2.9	23	80	11	91	51	6	1	40	1.36
256424--256480	2	28.0	2	84	10	62	50	5	1	42	1.35
256413--256476	21	3.2	19	88	6	83	50	7	3	39	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256582--256615	14	2.4	14	90	0	50	47	23	0	29	1.52
260004--260044	21	2.0	21	90	0	64	9	24	39	26	1.86
260027--260084	23	2.8	21	84	12	75	18	25	34	20	1.96
262566--262600	18	1.9	18	88	0	52	22	40	20	17	1.92
262862--262933	29	2.4	29	90	4	108	23	0	4	72	1.02
262901--262930	13	2.3	13	94	0	51	20	0	3	76	0.92
268856--268920	29	2.2	29	83	5	78	18	0	36	44	1.50
274121--274223	51	2.0	50	81	5	118	20	33	30	16	1.95
274144--274240	50	1.9	51	83	6	126	21	30	28	18	1.97
275752--275895	56	2.6	56	78	0	180	40	11	18	29	1.86
277622--277696	29	2.6	29	86	0	105	17	40	26	16	1.90
277623--277710	29	3.0	29	84	0	104	19	37	30	12	1.89
277963--278036	29	2.6	29	97	0	139	9	28	41	20	1.83
285477--285504	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
290485--290545	31	1.9	31	90	3	95	37	11	8	42	1.71
290629--290734	29	3.6	29	83	5	122	39	16	9	33	1.81
290600--290768	60	2.8	59	74	10	164	41	13	11	34	1.79
290865--290930	29	2.3	29	91	0	105	48	9	6	36	1.60
292607--292665	21	2.8	20	87	10	82	47	27	5	20	1.71
296064--296126	27	2.3	28	83	2	74	31	34	14	19	1.91
296173--296219	22	2.1	22	92	0	76	21	27	23	27	1.99
296668--296693	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300364--300429	28	2.4	28	94	5	116	21	16	18	43	1.87
301918--302089	41	4.2	41	79	5	159	32	19	20	27	1.97
312301--312362	14	4.4	14	87	0	97	12	11	17	58	1.63
312292--312362	28	2.5	28	86	2	97	12	12	18	56	1.67
316579--316891	99	3.2	99	93	3	544	35	13	12	38	1.83
319342--319690	54	6.5	54	88	3	517	24	17	22	34	1.96
321859--322134	146	1.9	145	91	4	461	40	6	7	45	1.59
322929--322968	19	2.1	19	90	0	62	42	27	2	27	1.68
324220--324318	42	2.4	42	87	0	144	32	18	22	27	1.97
324056--324434	207	1.8	207	90	0	605	31	17	19	30	1.95
324840--324892	22	2.4	22	90	0	79	52	3	15	28	1.59
334818--334868	21	2.4	21	90	0	75	47	21	27	3	1.68
337152--337287	29	4.7	29	85	0	137	47	22	5	24	1.73
337155--337286	58	2.3	59	82	4	169	46	23	6	24	1.75
337178--337287	58	1.9	58	90	0	175	48	21	6	23	1.73
337296--337346	18	2.9	18	82	2	68	15	21	43	19	1.88
343121--343255	29	4.7	29	83	0	135	46	24	5	22	1.74
343263--343315	18	3.0	18	88	2	72	13	18	47	20	1.82
349053--349117	29	2.2	29	86	0	85	43	20	6	30	1.76
349098--349207	29	3.8	29	86	0	139	47	22	6	23	1.74
349207--349231	7	3.6	7	100	0	50	24	28	32	16	1.96
349222--349274	18	3.0	18	88	2	72	13	18	47	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
360520--360575	10	5.2	10	78	16	58	10	12	23	53	1.69
360538--360568	14	2.2	14	94	0	53	9	12	22	54	1.67
360528--360588	24	2.5	24	89	5	88	13	11	19	55	1.67
361658--361730	16	4.7	16	89	3	105	12	10	19	57	1.64
364374--364413	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
366442--366485	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
366676--367025	128	2.7	131	84	5	431	22	18	33	25	1.97
366905--367013	39	2.7	41	78	7	123	18	21	36	23	1.95
367077--367328	66	3.9	64	84	6	305	38	13	21	26	1.90
367077--367328	126	2.0	128	84	9	336	38	13	21	26	1.90

Tables:   1   2   3   4