genome.fa.s9078.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009078.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112517_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  829977

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5151--5215	10	6.4	10	81	10	69	81	3	13	1	0.88
5899--6347	115	4.0	115	94	2	757	33	15	20	31	1.93
7306--7725	120	3.7	111	81	11	379	39	13	19	27	1.90
7307--7602	115	2.7	114	83	8	353	37	13	20	28	1.90
7522--7741	123	1.8	120	90	3	350	41	15	17	25	1.88
7121--7810	346	2.0	347	82	8	832	38	14	18	27	1.90
7953--8012	3	18.3	3	93	3	66	40	0	0	60	0.97
12143--12177	16	2.2	16	89	0	52	28	14	25	31	1.95
16876--16941	29	2.2	30	84	10	82	42	9	7	40	1.65
18920--18955	4	9.0	4	93	0	54	30	0	19	50	1.48
21323--21391	2	34.5	2	100	0	138	50	0	0	49	1.00
22208--22259	21	2.7	19	75	13	52	44	5	0	50	1.26
22315--22354	18	2.2	18	86	8	55	65	5	5	25	1.34
22302--22358	27	2.2	24	87	9	78	63	7	5	24	1.41
24343--24412	36	1.9	36	88	5	106	40	20	10	30	1.85
28109--28137	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
40861--40913	20	2.6	21	72	22	51	66	15	7	11	1.44
43006--43036	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
44092--44126	18	1.9	18	88	11	54	25	5	28	40	1.78
45426--45563	60	2.3	60	81	8	156	33	12	18	35	1.88
51447--51487	21	2.0	21	100	0	82	24	24	26	24	2.00
52412--52449	19	2.0	20	89	5	60	60	0	31	7	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58249--58312	21	3.0	21	84	4	92	26	21	26	25	2.00
59285--59322	19	2.0	20	89	5	60	60	0	31	7	1.25
70304--70352	22	2.2	22	96	0	89	28	14	34	22	1.93
75308--75356	13	3.8	13	86	5	64	75	6	4	14	1.14
75290--75350	25	2.5	25	84	7	81	77	3	3	16	1.04
75458--75756	37	8.2	36	80	9	315	43	4	3	48	1.40
75434--75793	108	3.3	110	78	14	374	43	5	3	46	1.45
75458--75798	73	4.7	72	84	9	383	43	5	3	47	1.45
76409--76965	85	6.7	83	78	6	572	24	19	24	30	1.98
76409--76941	250	2.1	248	87	3	757	24	20	24	30	1.99
76386--76940	165	3.3	163	78	7	542	24	19	24	30	1.98
81638--81664	6	4.5	6	100	0	54	55	0	0	44	0.99
81799--81854	19	2.9	19	80	17	62	78	0	7	14	0.95
83181--83252	6	11.8	6	80	11	67	80	2	1	15	0.89
83187--83240	26	2.1	26	89	6	83	79	0	1	18	0.82
83187--83239	19	2.8	18	84	15	72	79	0	1	18	0.83
83330--83370	12	3.4	12	87	9	57	51	4	4	39	1.45
83373--83490	37	3.2	35	85	9	146	43	3	5	47	1.44
84916--84963	17	3.0	15	77	14	51	56	27	2	14	1.50
86921--86960	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
90797--90836	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
93260--93302	2	22.0	2	90	4	70	48	0	2	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94158--94234	31	2.5	31	87	2	111	38	12	10	37	1.78
95101--95159	31	1.9	31	92	0	100	37	16	8	37	1.80
95105--95173	31	2.3	30	85	9	95	33	15	11	39	1.84
100604--100776	59	2.9	59	79	5	177	32	19	4	42	1.72
100588--100774	60	3.1	59	79	6	198	33	21	4	40	1.75
100902--101045	60	2.4	61	79	11	170	44	3	19	32	1.67
102140--102181	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
106945--106980	6	6.0	6	86	0	54	55	0	30	13	1.39
107516--107636	39	3.2	39	67	15	99	38	2	9	49	1.50
107494--107643	75	2.0	75	93	0	255	38	4	10	48	1.56
110326--110378	21	2.5	21	78	6	63	22	24	18	33	1.97
110368--110419	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
110408--110497	20	4.4	20	82	8	101	31	27	18	22	1.97
110463--110506	20	2.2	20	91	0	70	25	27	18	29	1.98
112365--112443	42	1.9	42	92	2	133	21	15	40	22	1.90
112339--112436	21	4.8	20	70	10	72	22	18	36	22	1.95
112785--112823	20	2.0	20	94	0	69	33	28	12	25	1.93
112831--112889	19	3.4	19	73	22	74	47	20	18	13	1.82
112847--112903	14	3.7	14	72	20	51	52	21	15	10	1.72
112831--112921	33	2.8	33	93	3	148	49	20	17	12	1.78
112917--113066	19	8.6	19	69	21	105	14	20	20	44	1.86
112939--113030	14	5.9	14	68	22	58	13	17	20	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112922--113046	33	3.8	33	96	0	223	13	18	20	48	1.81
113031--113074	20	2.2	20	92	4	72	20	25	18	36	1.95
113626--113673	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
114993--115051	20	3.0	20	87	0	73	44	22	18	15	1.87
115314--115379	22	3.0	22	97	0	123	18	16	45	19	1.86
115566--115609	20	2.2	20	100	0	88	25	20	22	31	1.98
115642--115714	21	3.5	21	90	1	103	20	23	17	38	1.93
115798--115935	68	2.0	68	88	0	204	30	13	23	31	1.94
117537--117598	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
121824--121863	18	2.2	18	91	8	64	30	0	5	65	1.14
129666--129738	28	2.5	30	82	12	100	24	0	20	54	1.44
131926--131999	31	2.3	32	79	9	89	39	33	6	20	1.79
131988--132059	33	2.2	33	84	0	99	41	36	8	13	1.75
133456--133567	42	2.7	42	87	2	145	25	13	10	50	1.73
133750--133795	14	3.3	14	77	17	51	39	0	0	60	0.97
133758--133799	19	2.2	20	86	4	59	42	0	0	57	0.99
133750--133828	29	2.7	30	81	14	87	45	1	0	53	1.08
133741--133915	30	5.9	28	70	16	113	45	0	1	53	1.12
133851--133914	28	2.3	26	84	12	83	46	0	1	51	1.10
133843--133953	11	10.5	11	66	19	51	45	0	0	52	1.13
133899--133934	12	2.8	14	80	20	51	52	0	0	47	1.00
133899--133962	23	2.7	23	85	4	74	51	1	0	46	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134002--134071	29	2.3	32	81	13	85	51	4	0	44	1.21
144877--144902	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
147651--147715	33	2.0	33	87	6	96	20	6	21	52	1.68
151040--151073	16	2.1	17	88	5	52	58	8	14	17	1.61
152312--152364	29	1.9	29	85	11	76	18	9	13	58	1.61
156468--156520	16	3.3	15	77	12	52	47	26	13	13	1.79
158895--158923	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
159116--159145	15	2.0	15	93	0	51	60	3	0	36	1.14
159989--160070	36	2.3	36	95	0	146	36	9	34	19	1.85
160161--160205	22	2.1	22	88	12	67	46	0	0	53	1.00
160256--160288	15	2.2	15	94	0	57	51	3	0	45	1.16
160193--160309	57	2.1	54	82	7	137	53	2	0	42	1.20
161762--161814	3	17.7	3	100	0	106	0	32	33	33	1.58
181304--181486	59	3.1	58	77	7	188	31	22	4	41	1.74
187904--187978	21	3.6	21	94	0	132	21	22	25	30	1.99
188958--189020	23	2.6	23	85	7	72	58	1	3	36	1.23
189835--189877	13	3.2	13	80	3	50	16	4	2	76	1.05
189974--190147	56	3.1	55	85	4	224	40	14	16	28	1.88
189990--190172	56	3.3	54	81	8	206	40	14	15	29	1.87
193327--193356	15	1.9	16	93	6	53	20	33	26	20	1.97
193457--193760	152	2.0	151	96	3	558	39	13	17	29	1.88
202741--202804	16	4.1	17	69	27	52	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202744--202851	50	2.2	51	86	8	159	49	0	0	50	1.00
206449--206517	31	2.2	31	84	5	86	26	24	13	36	1.92
209361--209451	33	2.8	33	96	0	164	27	18	21	31	1.97
209530--209667	44	3.1	44	95	2	242	36	7	23	31	1.82
209556--209628	25	3.2	25	60	28	61	41	8	20	30	1.81
209558--209629	24	3.2	24	62	34	59	40	8	20	30	1.82
211043--211118	31	2.5	31	84	2	109	36	14	25	23	1.93
211627--211664	2	19.5	2	83	5	51	0	42	5	52	1.24
212405--212440	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
216984--217023	3	13.3	3	100	0	80	0	35	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4