genome.fa.s9084.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009084.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112528_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  881682

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
425--478	19	2.6	22	88	11	87	37	9	14	38	1.79
425--486	19	3.0	22	84	13	69	38	9	12	38	1.77
1171--1815	45	14.6	45	88	3	911	24	23	20	31	1.98
2058--2101	3	14.7	3	90	0	70	38	0	0	61	0.96
3092--3131	17	2.2	19	86	8	57	30	2	2	65	1.19
3405--3467	24	2.8	23	79	13	69	34	3	1	60	1.22
3645--3677	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
4450--4498	19	2.8	17	74	20	55	40	26	10	22	1.86
5433--5540	32	3.4	31	75	7	110	25	29	26	18	1.98
10243--10458	45	4.8	46	84	5	280	31	19	10	38	1.85
10243--10458	90	2.4	90	91	1	335	31	19	10	38	1.85
10843--10897	22	2.7	20	83	10	74	23	32	14	29	1.94
10885--10933	19	2.6	19	96	0	89	26	38	8	26	1.84
15301--17273	990	2.0	980	94	1	2755	26	25	15	32	1.95
17858--17882	10	2.5	10	100	0	50	48	8	12	32	1.69
18139--18398	45	5.8	45	87	1	369	31	16	8	43	1.78
18139--18398	135	1.9	135	90	1	414	31	16	8	43	1.78
21810--21867	24	2.5	24	83	11	75	43	1	0	55	1.10
22007--22043	19	2.0	18	89	5	56	56	2	0	40	1.13
22825--22863	19	2.1	19	90	0	60	35	25	15	23	1.94
22906--22959	21	2.6	21	78	0	63	27	20	20	31	1.97
23167--23217	22	2.3	22	93	0	84	19	43	15	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23607--23692	20	4.4	19	78	7	57	17	16	23	43	1.88
23617--23689	20	3.7	19	80	5	74	17	17	23	41	1.90
25611--25676	20	3.2	20	93	2	105	37	25	19	16	1.93
25690--25739	19	2.6	19	83	3	73	52	24	16	8	1.70
25698--25740	19	2.3	19	95	0	77	51	25	13	9	1.71
25777--25825	20	2.5	20	89	0	71	20	20	24	34	1.96
25812--25855	20	2.2	20	87	0	61	18	13	18	50	1.79
26342--26453	42	2.7	42	82	0	125	23	35	18	22	1.96
26331--26438	21	5.1	21	74	4	92	20	35	19	25	1.96
27769--27805	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
27925--27997	20	3.7	20	78	5	76	43	26	16	13	1.85
28041--28225	20	9.9	20	75	15	180	24	16	22	36	1.94
28006--28095	34	2.6	34	80	5	101	21	17	22	38	1.93
28041--28225	54	3.3	54	83	7	228	24	16	22	36	1.94
28196--28478	140	2.0	140	97	0	539	43	14	13	28	1.83
28536--28570	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
30825--30871	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
30829--30880	24	2.2	24	85	0	68	36	19	19	25	1.95
31685--31733	20	2.5	20	89	0	80	20	22	32	24	1.98
32018--32047	6	5.0	6	100	0	60	16	33	16	33	1.92
32081--32133	6	9.0	6	91	4	81	86	0	0	13	0.56
35837--35868	6	5.2	6	96	3	55	0	65	18	15	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41519--41580	22	2.8	22	95	0	106	24	41	22	11	1.86
43473--43512	21	1.9	21	90	10	64	57	7	5	30	1.48
49845--49889	23	2.0	23	82	4	56	22	42	22	13	1.88
50002--50233	122	1.9	122	100	0	464	37	20	12	30	1.89
60187--60214	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
69537--69575	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
75821--75871	3	16.7	3	80	11	59	27	3	0	68	1.07
75839--75885	24	2.0	24	82	0	58	34	4	0	61	1.15
76430--76485	29	2.0	28	83	16	73	75	5	17	1	1.09
76442--76498	25	2.2	24	79	11	60	73	8	15	1	1.16
77556--77600	10	4.3	10	81	18	56	20	4	0	75	0.97
82441--82574	7	18.7	7	98	1	241	73	0	13	13	1.11
82440--82591	7	20.8	8	95	4	181	74	0	13	11	1.08
84056--84112	3	18.7	3	82	10	71	28	5	0	66	1.13
84080--84129	24	2.1	24	84	0	64	32	8	0	60	1.26
84671--84726	29	2.0	28	83	16	73	75	5	17	1	1.09
85797--85841	10	4.3	10	81	18	56	20	4	0	75	0.97
87250--87287	19	2.0	19	89	0	58	23	13	23	39	1.90
98737--98779	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
98972--99001	15	1.9	16	93	6	53	20	3	3	73	1.12
101895--101933	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
103004--103056	13	4.2	13	81	13	67	84	5	9	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102989--103066	32	2.5	31	77	8	86	78	3	15	2	1.01
102998--103056	24	2.5	24	86	13	86	84	5	10	0	0.76
103656--103703	22	2.2	22	82	14	55	43	22	10	22	1.84
104598--104926	36	9.5	35	71	16	240	28	18	13	39	1.88
104598--104989	138	2.8	137	83	2	507	29	18	12	39	1.88
104706--104890	102	1.8	102	90	2	300	28	17	14	40	1.88
104884--105057	68	2.6	68	84	2	212	32	21	9	36	1.85
105662--106111	105	4.3	105	92	2	712	32	27	18	21	1.97
107263--107305	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
107561--107613	13	4.1	13	78	7	54	22	0	1	75	0.90
107552--107619	21	3.0	23	74	20	63	23	0	1	75	0.89
115585--115664	3	26.3	3	84	2	106	41	0	0	58	0.98
115890--115966	23	3.3	23	96	0	136	16	50	14	18	1.78
117024--117067	21	2.1	21	87	8	63	70	0	0	29	0.88
117023--117068	14	3.0	15	79	20	51	69	0	0	30	0.89
117302--117357	3	19.7	3	82	10	73	30	0	1	67	1.01
117295--117354	14	4.3	14	79	12	61	28	0	1	70	0.97
117298--117357	17	3.6	17	88	2	86	30	0	1	68	0.99
117302--117355	23	2.5	22	85	11	76	31	0	1	66	1.02
117302--117357	14	3.9	15	81	11	73	30	0	1	67	1.01
118754--118841	46	1.9	46	95	4	160	38	12	19	29	1.88
122392--123376	490	2.0	490	96	0	1817	35	17	15	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123249--123392	72	2.0	72	90	2	227	27	20	15	37	1.92
126268--126589	156	2.1	152	92	5	535	26	17	21	34	1.95
126557--126601	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
133300--133613	148	2.1	149	95	2	562	26	17	21	34	1.96
133581--133625	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
135998--136076	22	3.6	22	89	0	122	32	15	13	37	1.87
136746--137616	47	18.7	47	92	1	1140	25	22	20	31	1.98
136746--137616	142	6.2	141	92	2	1185	25	22	20	31	1.98
137582--137940	130	2.8	130	92	2	603	30	19	16	33	1.94
139515--139560	17	3.0	15	82	17	51	69	2	0	28	1.00
139793--139862	3	24.0	3	88	5	108	34	0	2	62	1.10
141270--141357	46	1.9	46	95	4	160	37	12	20	29	1.89
145269--145404	72	1.9	72	87	6	204	27	18	17	36	1.94
148710--148788	22	3.6	22	85	0	104	31	16	12	39	1.86
148978--149699	45	15.8	45	93	1	1068	24	22	19	33	1.97
150091--150127	3	12.3	3	88	0	56	40	0	0	59	0.97
150357--150400	23	1.9	23	100	0	88	18	50	13	18	1.79
151720--151779	3	21.0	3	83	10	81	33	0	1	65	1.03
151716--151788	14	5.1	14	84	12	87	31	0	1	67	1.00
151716--151775	17	3.8	16	82	14	72	31	0	1	66	1.01
151735--151779	17	2.6	17	96	0	81	35	0	2	62	1.08
155085--155143	26	2.3	26	87	0	100	3	38	13	44	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155181--155213	16	2.1	16	94	0	57	0	45	0	54	0.99
161680--161710	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
161870--161907	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
166519--166558	17	2.4	17	100	0	80	35	5	40	20	1.74
166754--166785	15	2.1	15	94	0	55	37	6	9	46	1.61
167583--167655	23	3.2	23	96	0	128	36	17	8	36	1.80
168073--168140	23	3.0	23	88	0	100	39	19	4	36	1.71
167181--169914	489	5.6	490	95	0	4694	40	10	7	41	1.68
168562--168634	23	3.2	23	84	0	101	39	19	5	35	1.75
169051--169123	23	3.2	23	88	0	110	38	20	5	35	1.76

Tables:   1   2   3   4