genome.fa.s9124.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009124.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112614_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  858217

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 385 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2909--2947	19	2.1	19	100	0	78	38	15	15	30	1.88
3250--3754	252	2.0	253	95	0	913	36	20	17	26	1.94
5162--5200	17	2.3	18	86	8	55	53	2	5	38	1.37
5688--5726	17	2.3	17	91	8	62	38	5	0	56	1.22
6818--6853	18	2.1	18	94	5	65	47	11	22	19	1.80
8756--8797	21	1.9	23	90	9	70	76	4	4	14	1.12
8750--8802	21	2.5	19	82	14	61	77	5	3	13	1.09
16021--16088	31	2.2	31	89	5	102	27	17	22	32	1.96
16949--17029	31	2.5	31	86	4	108	32	14	13	39	1.85
21966--22417	182	2.5	182	90	1	699	27	15	13	43	1.84
22289--22754	113	4.1	113	93	0	727	26	14	13	45	1.82
22289--22754	225	2.1	226	90	0	727	26	14	13	45	1.82
29988--30064	21	3.7	21	68	6	57	28	22	20	28	1.98
30058--30330	20	13.4	20	76	9	142	39	23	17	19	1.92
30058--30330	60	4.5	60	75	9	189	39	23	17	19	1.92
30058--30330	40	6.7	41	83	7	283	39	23	17	19	1.92
30992--31025	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
31151--31204	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
33708--33906	19	11.4	19	71	21	159	45	19	21	14	1.85
33723--33749	14	1.9	14	100	0	54	44	22	14	18	1.86
33675--33919	33	7.2	33	84	7	294	44	19	21	14	1.86
33797--33919	14	7.7	14	69	25	68	47	18	21	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34056--34092	14	2.6	14	86	0	56	45	21	2	29	1.65
34059--34235	83	2.1	84	93	2	313	41	18	3	35	1.69
35525--35647	42	2.9	41	77	7	104	22	17	35	23	1.95
36024--36146	19	6.6	19	73	13	103	45	23	19	11	1.83
36082--36108	14	1.9	14	100	0	54	44	22	25	7	1.79
36143--36186	19	2.3	19	88	0	61	13	15	27	43	1.85
36152--36189	19	2.0	19	94	0	67	7	15	28	47	1.74
36177--36249	14	4.9	14	73	15	56	10	20	20	47	1.80
36190--36266	33	2.3	33	95	0	136	10	22	20	46	1.80
36204--36268	19	3.7	19	78	19	86	9	21	20	49	1.76
36158--36247	47	1.9	47	86	0	126	10	20	23	46	1.80
36238--36284	19	2.4	19	89	3	67	12	17	25	44	1.84
36395--36586	94	2.1	92	92	2	312	46	17	13	22	1.83
38475--38534	22	2.7	22	97	0	111	28	13	43	15	1.84
38679--38773	20	4.7	20	78	10	84	20	17	26	35	1.95
38740--38874	19	6.8	19	79	12	96	19	17	20	43	1.88
38822--38874	19	2.8	19	100	0	106	15	16	16	50	1.78
40609--40637	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
46149--46231	3	26.7	3	80	4	85	40	0	0	59	0.98
47941--47978	17	2.2	17	90	0	58	42	0	0	57	0.98
48445--48481	17	2.2	18	86	13	53	21	2	0	75	0.92
48460--48489	13	2.4	12	94	5	51	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53085--53137	25	2.0	26	89	7	81	67	11	16	3	1.35
53125--53224	9	13.0	7	76	19	69	79	0	18	3	0.87
53085--53138	26	2.0	26	82	10	65	68	11	16	3	1.33
53121--53225	8	13.4	8	75	13	78	79	0	18	2	0.86
53092--53225	21	6.2	20	68	26	78	76	2	17	2	1.01
53177--53223	6	7.5	6	81	13	51	82	0	14	2	0.75
55469--55694	114	2.0	114	92	1	373	33	14	20	31	1.93
58319--58374	23	2.5	23	85	2	78	33	8	12	44	1.73
59049--59610	76	7.4	76	95	1	975	23	20	20	35	1.96
59741--59821	3	26.7	3	81	7	83	40	0	0	59	0.98
59735--59792	18	3.2	18	87	9	82	41	0	0	58	0.98
61185--61248	3	22.0	3	76	17	55	26	1	1	70	1.05
61183--61248	23	2.6	25	72	13	73	25	3	1	69	1.11
61249--61296	2	25.5	2	79	12	57	54	0	0	45	0.99
61546--61583	17	2.2	17	90	0	58	42	0	0	57	0.98
62252--62277	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
65745--65776	16	2.0	16	93	0	55	12	9	50	28	1.71
66300--66381	23	3.6	23	91	0	137	37	8	18	35	1.81
66892--67267	182	2.1	182	93	1	646	27	16	13	42	1.86
67256--67473	112	1.9	112	95	0	391	23	15	15	45	1.83
67374--67571	98	2.0	99	93	2	337	25	15	12	46	1.81
67262--67641	210	1.8	211	92	0	654	25	15	13	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75500--75568	15	4.4	15	75	13	68	31	1	1	65	1.11
75501--75569	33	2.2	33	84	5	88	30	1	1	66	1.09
77756--77824	33	2.2	32	87	7	97	26	31	31	10	1.89
77756--77827	10	6.9	10	73	9	54	26	31	31	9	1.89
80741--80768	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
84648--84688	20	2.0	20	85	0	55	34	12	0	53	1.38
84699--84747	20	2.3	22	86	6	66	30	6	0	63	1.19
84657--84738	26	3.2	26	71	11	78	36	8	0	54	1.31
84741--84795	23	2.3	24	81	3	67	49	0	7	43	1.30
84757--84833	29	2.6	29	76	8	75	49	2	6	41	1.42
84846--85131	30	10.5	28	69	21	137	53	0	8	37	1.34
84978--85007	15	2.0	15	100	0	60	60	0	6	33	1.23
85030--85095	24	2.8	25	86	11	95	51	0	10	37	1.37
85000--85095	29	3.8	24	79	17	97	50	0	11	38	1.39
84930--85141	82	2.7	78	81	7	241	54	0	8	36	1.31
84849--85149	158	1.9	162	83	9	400	53	0	7	38	1.33
85742--85808	31	2.2	31	81	10	75	37	14	5	41	1.71
86169--86221	24	2.2	24	96	0	97	26	16	24	32	1.97
91125--91169	21	2.1	22	88	8	67	53	6	0	40	1.27
92184--92233	23	2.2	23	81	0	55	8	22	18	52	1.71
130830--130892	23	2.7	23	100	0	126	42	7	17	31	1.78
131802--132155	175	2.0	179	87	6	526	44	8	3	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132124--132182	27	2.2	26	82	8	73	47	0	1	50	1.11
134337--134366	13	2.3	13	94	0	51	13	36	13	36	1.84
139381--139443	31	2.0	31	90	0	99	30	9	6	53	1.58
159868--160042	60	2.9	58	75	6	154	31	14	6	48	1.69
165686--165727	18	2.4	17	88	7	66	35	0	0	64	0.94
167064--167101	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
180342--180391	14	3.4	14	75	20	57	48	4	0	48	1.20
180836--180887	21	2.4	21	72	15	52	53	0	1	44	1.11
184386--184877	248	2.0	244	98	1	948	27	16	25	31	1.96
185407--185453	23	2.0	23	100	0	94	29	12	17	40	1.86
189645--190040	127	3.1	127	88	0	576	22	22	20	34	1.97
191125--192768	127	13.0	126	89	4	2483	22	24	19	33	1.97
193016--193124	34	3.1	34	81	6	121	36	2	6	54	1.41
193502--193553	21	2.5	21	84	12	79	21	26	34	17	1.95
193546--193637	42	2.2	42	78	0	103	21	22	33	21	1.97
195336--195455	16	7.2	16	68	16	57	55	2	0	41	1.13
195333--195377	21	2.3	19	88	7	63	62	0	0	37	0.96
195402--195450	24	2.1	23	81	11	55	57	4	0	38	1.18
212814--212936	44	2.6	45	89	8	176	30	12	14	43	1.82
212855--212955	51	2.0	51	90	0	157	28	10	15	44	1.81
225732--225794	25	2.5	25	92	7	101	42	9	3	44	1.52
230177--230247	21	3.4	21	67	11	65	39	16	19	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231477--231808	167	2.0	168	96	1	612	39	16	13	30	1.87
236190--236251	31	2.0	31	96	3	117	29	29	9	32	1.89
239434--239476	22	2.0	22	90	0	68	39	9	4	46	1.57
242478--242509	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
249573--249634	31	2.0	31	93	6	108	58	27	4	9	1.50
252515--252565	15	3.4	15	83	0	75	37	3	19	39	1.70
252509--252580	30	2.4	30	97	2	137	41	2	20	34	1.67
252590--252623	14	2.4	14	90	0	50	38	14	14	32	1.87
252960--253111	26	5.8	26	71	17	109	49	1	0	48	1.14
253039--253118	31	2.5	33	78	17	89	50	0	1	48	1.08

Tables:   1   2   3   4