genome.fa.s915.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000915.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001828_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78834

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8062--8206	45	3.2	44	91	3	218	41	13	20	24	1.89
13446--13772	45	7.2	44	87	4	420	42	13	19	24	1.87
13445--13772	135	2.4	135	88	2	478	42	13	19	24	1.87
15434--15772	46	7.4	46	91	0	543	45	9	24	20	1.81
15693--15772	26	3.3	26	71	20	82	45	10	25	20	1.81
15756--15787	15	2.1	15	94	0	55	53	6	21	18	1.67
15966--16116	54	2.8	56	80	9	184	35	10	16	37	1.83
16283--16488	81	2.5	81	84	3	263	36	13	22	28	1.91
18433--18463	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
22874--23471	81	7.4	81	86	0	773	29	22	11	35	1.90
23421--23496	22	3.4	22	71	10	73	31	17	10	40	1.83
23423--23516	45	2.1	45	92	4	154	28	19	9	42	1.82
23968--24126	75	2.1	75	85	0	210	29	22	13	35	1.92
24040--24239	95	2.1	94	84	2	249	25	23	14	37	1.92
24753--24845	20	4.6	20	70	19	68	24	25	11	37	1.90
24754--24895	61	2.3	61	90	3	214	23	26	11	38	1.89
24117--27719	754	5.0	704	85	8	4487	31	21	10	36	1.88
25453--25504	20	2.6	20	93	0	86	25	21	9	44	1.82
25380--25599	115	1.9	115	88	0	332	25	24	12	37	1.90
25475--25692	95	2.3	94	81	3	269	25	22	12	38	1.90
26135--26293	75	2.1	75	89	0	237	27	23	14	35	1.93
26207--26393	95	2.0	94	87	3	268	24	24	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26848--27139	95	3.1	95	85	3	385	25	23	13	37	1.91
24816--27847	754	4.1	730	91	3	4873	31	21	10	36	1.88
27577--27819	95	2.6	95	84	2	292	25	23	13	37	1.91
27709--27975	128	2.1	128	90	2	430	25	23	13	36	1.92
28475--28527	20	2.5	22	87	6	74	26	20	15	37	1.92
28436--28669	95	2.6	88	83	9	264	24	25	11	37	1.90
28559--28825	128	2.1	128	91	1	437	23	24	14	36	1.93
26983--29556	850	3.0	851	92	3	4318	30	22	11	36	1.89
29285--29565	95	3.0	94	86	2	359	24	24	12	37	1.91
28687--50558	754	29.0	734	77	13	16752	30	21	10	36	1.88
30092--30143	20	2.6	20	96	0	95	23	21	11	44	1.84
30024--30238	115	1.9	115	88	0	322	26	24	13	36	1.91
30114--30331	95	2.3	94	83	3	287	24	23	13	38	1.91
30846--30897	20	2.6	20	93	0	86	21	21	13	44	1.86
30778--30992	115	1.9	115	89	0	331	25	24	13	36	1.93
30868--31085	95	2.3	94	83	3	287	24	23	13	38	1.91
31600--31651	20	2.6	20	93	0	86	21	21	13	44	1.86
31532--31746	115	1.9	115	89	0	331	25	24	13	36	1.93
31622--31839	95	2.3	94	83	3	287	24	23	13	38	1.91
32354--32405	20	2.6	20	93	0	86	21	21	13	44	1.86
32286--32500	115	1.9	115	89	0	331	25	24	13	36	1.93
32376--32593	95	2.3	94	83	3	287	24	22	13	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33036--33194	75	2.1	75	88	0	228	28	23	13	34	1.93
33108--33307	95	2.1	94	85	2	267	25	24	13	37	1.91
33822--33873	20	2.6	20	96	0	95	23	21	11	44	1.84
33754--33968	115	1.9	115	90	0	340	25	24	13	36	1.92
33844--34061	95	2.3	94	83	3	287	24	23	13	38	1.91
34503--34748	95	2.6	96	88	3	354	25	25	12	36	1.91
34735--34817	33	2.5	34	78	3	98	24	25	15	34	1.95
34735--34809	34	2.2	33	85	2	96	26	24	17	32	1.97
34638--34904	128	2.1	128	95	1	482	23	25	14	35	1.94
35365--35656	95	3.1	94	85	3	383	25	24	13	36	1.91
35881--36039	75	2.1	75	88	0	228	27	23	15	34	1.94
35953--36152	95	2.1	94	85	2	258	24	24	14	36	1.93
36594--36885	95	3.1	94	83	5	367	25	23	13	37	1.91
37319--37361	22	2.0	22	90	0	68	34	23	9	32	1.87
37328--37486	75	2.1	75	89	0	237	28	21	14	35	1.93
37400--37592	95	2.0	94	85	3	253	24	23	13	37	1.92
35800--38124	713	3.2	713	91	3	3972	30	21	11	36	1.88
38113--38164	20	2.6	20	96	0	95	23	21	11	44	1.84
38040--38259	115	1.9	115	88	1	334	24	24	13	37	1.91
38135--38352	95	2.3	94	82	3	278	23	22	13	39	1.90
39422--39713	95	3.1	95	85	4	378	25	23	13	37	1.91
40228--40279	20	2.6	20	96	0	95	23	21	11	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40160--40374	115	1.9	115	90	1	342	25	24	13	36	1.92
40250--40467	95	2.3	94	82	3	278	25	22	13	38	1.91
40910--41068	75	2.1	75	87	2	221	26	23	14	35	1.93
40982--41181	95	2.1	94	83	2	240	24	24	14	38	1.92
38750--50512	713	16.0	715	81	11	13421	30	21	10	36	1.88
41695--41746	20	2.6	20	90	0	86	23	19	11	46	1.82
41717--41934	95	2.3	94	84	3	287	24	22	13	39	1.90
41622--41834	115	1.9	115	87	2	320	24	22	13	39	1.90
42449--42648	95	2.1	94	85	4	260	25	24	14	37	1.92
43090--43381	95	3.1	95	87	2	401	25	24	13	36	1.92
43815--43857	22	2.0	22	90	0	68	34	23	9	32	1.87
43824--43982	75	2.1	75	85	0	210	28	22	14	35	1.93
43896--44085	95	2.0	95	84	4	249	24	25	13	36	1.92
44034--44116	33	2.5	33	98	1	159	22	27	14	34	1.93
44549--44625	22	3.6	21	83	8	77	28	25	14	31	1.95
44561--44612	22	2.4	22	96	0	95	30	23	13	32	1.93
44664--44715	20	2.6	20	96	0	95	23	21	11	44	1.84
44686--44903	95	2.3	94	84	3	296	23	23	13	38	1.91
44573--44820	115	2.1	116	83	7	324	25	24	12	37	1.91
45346--45637	95	3.1	95	86	3	394	25	24	13	36	1.92
46068--46110	22	2.0	22	90	0	68	34	23	9	32	1.87
46077--46235	75	2.1	75	88	0	228	28	21	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46149--46348	95	2.1	94	85	2	267	25	23	14	37	1.92
46862--46913	20	2.6	20	96	0	95	23	21	11	44	1.84
46789--47008	115	1.9	115	87	1	325	25	24	13	37	1.92
46884--47101	95	2.3	94	84	3	296	23	23	13	38	1.91
47544--47702	75	2.1	75	87	2	221	28	22	13	35	1.92
47616--47815	95	2.1	94	85	6	262	26	23	13	37	1.91
48282--48542	95	2.8	95	85	2	330	24	25	13	36	1.92
49062--49113	20	2.6	20	96	0	95	23	21	11	44	1.84
48994--49208	115	1.9	115	90	1	342	25	24	13	36	1.92
49084--49301	95	2.3	94	82	3	278	25	22	13	38	1.91
49744--49902	75	2.1	75	86	0	219	27	22	15	34	1.94
49816--50015	95	2.1	94	85	2	258	24	24	14	36	1.93
49917--51048	536	2.1	538	91	2	1819	32	20	10	36	1.86
51032--51084	20	2.5	22	87	6	74	26	20	15	37	1.92
51217--51295	34	2.4	34	76	4	90	25	26	13	34	1.94
51116--51376	128	2.0	128	92	1	434	24	23	14	37	1.93
51843--52134	95	3.1	95	86	2	374	25	24	13	36	1.92
51244--52850	734	2.2	734	94	0	2770	30	21	11	36	1.88
52577--52822	95	2.6	96	90	3	372	26	23	12	38	1.89
52807--52891	33	2.6	34	79	3	102	24	24	16	34	1.95
52807--52884	34	2.3	33	84	2	93	26	23	17	32	1.97
52712--52981	128	2.1	128	95	0	479	25	23	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53439--53684	95	2.6	96	90	3	372	26	23	12	38	1.89
53669--53753	33	2.6	34	79	3	102	24	24	16	34	1.95
53669--53746	34	2.3	33	84	2	93	26	23	17	32	1.97
53574--53843	128	2.1	128	95	0	479	25	23	14	37	1.92
54301--54546	95	2.6	95	88	1	341	26	24	12	36	1.91
54531--54615	33	2.6	34	79	3	102	25	22	16	35	1.95
54436--54702	128	2.1	128	93	1	455	25	23	14	36	1.93
54531--54607	34	2.3	33	86	2	100	28	20	18	32	1.96
55163--55408	95	2.6	94	85	3	307	25	24	12	37	1.90
55297--55564	128	2.1	128	93	1	457	25	24	14	35	1.94

Tables:   1   2