genome.fa.s9213.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009213.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112800_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  747713

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747--809	26	2.4	27	84	7	76	20	6	1	71	1.16
2639--2682	19	2.4	19	88	7	65	11	13	9	65	1.46
5885--6423	84	6.5	85	81	5	618	30	24	20	24	1.99
5885--6491	164	3.7	164	80	5	693	30	24	20	24	1.99
5885--6416	166	3.2	166	82	5	725	30	24	21	24	1.99
7086--7265	36	4.9	37	77	11	151	43	3	6	45	1.48
7161--7412	129	2.0	126	95	3	454	45	4	6	44	1.49
7272--7338	25	2.6	25	74	11	64	41	1	7	49	1.40
7289--7470	38	5.0	37	78	9	167	44	3	6	45	1.46
7494--7545	17	3.1	17	82	17	72	23	1	0	75	0.91
7482--7536	28	2.0	28	86	13	78	27	3	0	69	1.05
7502--7543	11	3.9	11	81	12	52	23	2	0	73	0.94
7487--7542	24	2.3	23	79	8	67	25	3	0	71	1.02
8750--8788	5	7.6	5	85	2	51	20	5	0	74	1.01
8750--8810	15	3.9	15	73	18	54	21	8	1	68	1.24
8956--8985	15	1.9	16	93	6	53	16	3	6	73	1.18
11624--11659	19	1.9	18	88	5	54	47	11	13	27	1.77
19875--19932	24	2.6	23	78	15	68	68	8	3	18	1.30
19979--20028	8	6.0	8	80	15	57	82	0	4	14	0.82
19983--20028	10	4.4	10	81	8	56	82	0	4	13	0.81
20002--20031	14	2.1	14	93	0	51	83	0	0	16	0.65
20165--20204	4	10.0	4	94	0	71	72	0	2	25	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21366--21622	37	6.5	38	69	16	121	45	6	4	43	1.49
21360--21505	75	1.9	75	84	2	195	45	8	4	41	1.55
21471--21557	25	3.4	27	79	19	105	47	6	4	41	1.51
21488--21543	23	2.5	21	88	8	67	46	7	3	42	1.48
21403--21674	126	2.1	127	80	12	285	45	6	5	43	1.52
21522--21622	39	2.6	39	83	9	118	42	4	2	49	1.39
21601--21646	24	2.0	23	91	4	74	43	4	2	50	1.34
22291--23169	84	10.6	84	80	4	887	24	20	25	29	1.99
22291--23178	164	5.4	168	85	3	1070	24	20	25	29	1.99
26620--26667	19	2.5	19	93	0	78	68	12	8	10	1.39
28436--28493	24	2.6	23	78	15	68	68	8	3	18	1.30
28721--28760	4	10.0	4	83	0	53	67	0	2	30	1.04
28727--28759	12	2.8	12	100	0	66	69	0	0	30	0.88
29906--30155	37	6.8	36	76	12	229	44	6	4	43	1.52
29900--30174	75	3.7	75	79	9	269	45	6	4	43	1.50
30027--30051	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
30063--30087	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
29890--30185	38	8.1	35	70	18	142	45	6	4	43	1.50
30155--30200	24	2.0	23	91	4	74	43	4	2	50	1.34
41268--41302	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
41998--42045	25	2.0	24	87	4	69	25	8	14	52	1.69
42702--42733	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44848--44886	20	1.9	21	89	5	62	41	10	20	28	1.85
45146--45284	31	4.3	31	76	15	129	23	20	17	38	1.93
49884--49924	20	2.0	21	85	4	57	53	2	0	43	1.13
58490--58550	32	1.9	32	87	9	90	34	13	0	52	1.40
87749--87775	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
90523--90573	22	2.4	21	87	6	68	47	3	0	49	1.20
96898--96923	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
107049--107093	16	2.8	16	96	0	81	6	13	26	53	1.64
107161--107193	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
109347--109377	16	1.9	16	93	0	53	9	9	25	54	1.63
109980--110041	10	6.1	10	71	17	56	61	17	9	11	1.56
109982--110036	14	4.0	14	75	13	51	61	18	9	10	1.54
109977--110054	13	6.1	13	73	19	65	61	16	8	12	1.55
110004--110054	23	2.2	23	96	0	93	60	15	9	13	1.58
128418--128460	11	4.0	11	84	6	61	55	0	0	44	0.99
129138--129300	60	2.7	59	81	9	188	31	16	4	47	1.68
129197--129302	29	3.6	29	69	14	74	29	22	4	43	1.73
141447--141480	17	2.0	17	100	0	68	29	0	29	41	1.57
156502--156591	4	24.5	4	69	17	61	51	0	0	48	1.00
156502--156591	6	16.3	6	77	17	61	51	0	0	48	1.00
156505--156591	40	2.2	38	86	11	131	51	0	0	48	1.00
159075--159122	20	2.4	20	80	13	55	37	6	6	50	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159299--159363	32	2.0	32	90	0	103	24	33	20	21	1.97
159367--159421	23	2.4	23	100	0	110	20	30	23	25	1.98
162769--162864	38	2.5	38	87	0	138	25	27	22	25	2.00
163017--163117	46	2.2	46	94	0	175	32	19	5	41	1.76
169554--169620	21	3.4	21	69	23	63	22	25	28	23	1.99
169533--169628	38	2.5	38	89	0	147	23	27	23	25	2.00
169777--169881	46	2.3	46	91	1	167	31	17	7	43	1.77
172535--172608	31	2.5	30	86	4	96	36	12	14	36	1.84
172862--172904	8	5.4	8	97	0	77	25	9	25	39	1.85
172866--172904	4	9.8	4	82	0	51	25	7	25	41	1.82
182883--182934	22	2.4	22	78	15	54	32	9	19	38	1.84
183520--183583	34	1.9	33	83	3	83	51	7	9	31	1.62
187011--187047	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
187042--187113	31	2.4	31	85	2	101	34	4	8	52	1.51
187263--187295	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
189028--189061	14	2.3	15	90	5	52	32	5	2	58	1.37
201743--201827	31	2.8	31	89	1	136	48	5	1	44	1.34
208614--208696	41	2.0	41	100	0	166	26	24	21	27	1.99
209595--209646	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
212218--212242	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
212970--213002	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
213817--213850	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216974--217041	2	34.0	2	94	5	120	50	1	0	48	1.10
217369--217755	185	2.1	182	90	1	605	42	3	9	45	1.52
219796--220095	121	2.5	122	78	3	320	46	7	14	31	1.72
220195--220255	11	5.6	11	73	11	54	45	3	3	47	1.35
220190--220308	31	3.8	31	73	15	95	46	4	4	45	1.42
220224--220269	23	2.0	22	83	4	56	41	4	4	50	1.42
220586--220630	18	2.5	18	81	0	54	26	31	6	35	1.82
222980--223120	51	2.8	51	78	4	133	36	21	20	20	1.95
222956--223731	171	4.6	162	70	17	370	38	24	16	19	1.92
223118--223368	120	2.1	120	84	3	326	39	24	15	21	1.92
223262--223467	51	4.1	51	78	10	219	39	25	17	17	1.92
223262--223467	99	2.0	101	84	4	265	39	25	17	17	1.92
223142--223630	219	2.2	222	88	3	745	40	24	15	19	1.91
223515--223634	51	2.4	51	90	2	179	40	27	15	16	1.89
223368--223587	120	1.9	117	84	4	298	40	25	15	17	1.89
223343--223728	171	2.3	169	83	8	482	40	26	15	18	1.90
227741--227766	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
231072--231146	21	3.5	21	68	14	64	56	1	4	38	1.27
237397--237427	16	1.9	16	100	0	62	51	19	9	19	1.74
237480--237507	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
239788--239848	27	2.3	27	77	8	63	39	1	0	59	1.08
239839--239879	21	1.9	21	90	5	64	29	0	4	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241917--241956	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
245773--245820	25	1.9	25	91	0	78	31	16	8	43	1.78
254096--254179	43	2.0	42	92	2	141	39	15	9	35	1.80
259929--259961	17	1.9	17	93	0	57	21	24	30	24	1.99
260546--260593	15	3.2	15	93	0	87	14	22	33	29	1.94
269082--269166	30	2.8	30	72	10	75	51	8	16	23	1.71
281212--281239	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
283009--283127	57	2.1	56	84	3	157	52	8	1	36	1.42
284710--284760	2	26.5	2	76	7	52	50	0	0	49	1.00
286000--286072	22	3.4	22	92	3	130	65	26	4	4	1.28

Tables:   1   2   3