genome.fa.s9235.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009235.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112857_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1478786

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9230--9275	20	2.3	20	96	0	83	45	10	26	17	1.81
10325--10361	7	5.4	7	87	6	58	27	29	27	16	1.97
10324--10361	20	1.9	20	100	0	76	28	28	26	15	1.96
17186--17219	18	1.9	17	88	5	50	55	5	5	32	1.48
18214--18267	23	2.3	23	80	0	63	31	16	11	40	1.84
18339--18380	23	1.9	23	85	9	61	35	19	11	33	1.88
21181--21223	21	2.0	21	81	0	50	27	30	25	16	1.97
22345--22504	30	5.3	30	93	0	230	24	18	23	33	1.96
24464--24509	22	2.1	22	92	4	76	26	0	10	63	1.27
30318--30376	30	2.0	30	86	0	82	37	11	28	22	1.89
31773--32282	69	7.4	69	88	0	750	33	1	37	27	1.66
31773--32282	207	2.5	207	97	0	939	33	1	37	27	1.66
35385--35446	2	31.0	2	100	0	124	50	0	50	0	1.00
37379--37424	21	2.2	21	88	3	67	41	8	0	50	1.33
41611--41648	18	2.1	18	95	0	67	50	10	18	21	1.76
46299--46350	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
50480--50531	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
57368--57444	24	3.2	25	80	7	70	18	18	18	45	1.86
57405--57462	12	4.8	12	80	0	62	12	17	18	51	1.75
57632--57662	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
60471--60521	9	6.0	9	75	13	54	35	0	1	62	1.06
60471--60519	16	3.0	16	90	3	71	36	0	2	61	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62764--62835	19	3.8	19	100	0	144	30	16	30	22	1.96
63353--63653	149	2.0	147	96	1	557	27	15	21	36	1.93
65311--65969	200	3.2	201	90	2	1034	30	15	15	38	1.89
66278--66326	19	2.6	19	100	0	98	55	10	4	30	1.52
68114--68177	33	1.9	33	93	0	110	23	46	0	29	1.52
68226--68269	21	2.1	21	91	0	70	15	34	9	40	1.79
70476--70522	20	2.3	20	75	7	51	19	21	10	48	1.78
74690--74749	20	3.0	20	75	0	66	20	20	13	46	1.83
87009--87047	10	3.9	10	93	0	60	74	23	2	0	0.94
92069--92100	15	2.1	15	100	0	64	28	25	25	21	1.99
94430--94467	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
94484--94521	19	2.0	19	89	0	58	44	13	23	18	1.85
105917--105977	19	3.2	19	88	0	86	22	27	18	31	1.97
111149--111193	19	2.3	20	80	3	56	37	2	11	48	1.51
114412--114452	22	1.9	21	90	5	64	24	0	4	70	1.06
123753--123872	35	3.3	36	88	5	181	43	20	5	30	1.73
123804--123864	21	3.2	21	61	29	55	42	22	4	29	1.75
123755--123899	35	4.1	36	82	11	158	41	20	6	32	1.77
131507--131547	17	2.4	17	95	0	73	4	24	17	53	1.63
132848--132923	29	2.6	29	78	14	75	26	30	11	31	1.92
139816--139849	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
142283--142326	3	14.7	3	80	0	52	43	0	22	34	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142283--142323	6	6.8	6	97	0	64	43	0	21	34	1.53
143293--143320	14	2.0	14	100	0	56	35	14	0	50	1.43
143450--143482	17	1.9	17	88	11	50	48	0	3	48	1.17
152059--152122	22	3.0	21	75	8	67	54	12	12	20	1.69
152282--152314	2	17.5	2	87	12	52	48	0	0	51	1.00
152774--152812	20	2.1	18	90	9	60	61	5	12	20	1.50
161539--161752	72	3.0	71	91	2	349	33	25	14	27	1.94
169387--169670	144	2.0	137	85	7	376	17	38	22	22	1.93
172024--172053	12	2.5	12	100	0	60	43	20	30	6	1.77
173242--173277	18	2.0	18	100	0	72	27	27	16	27	1.97
175578--175602	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
178644--178682	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
180664--180735	28	2.6	28	90	0	117	38	27	15	18	1.90
181519--181592	20	3.6	21	78	18	75	27	24	20	28	1.99
182720--182776	26	2.2	26	93	0	96	28	31	3	36	1.74
185184--185221	20	1.9	20	88	0	58	18	23	26	31	1.97
187329--187375	19	2.5	20	80	19	57	59	14	0	25	1.36
190461--190528	23	3.0	23	82	0	91	17	23	26	32	1.97
195545--195589	23	2.0	23	90	0	72	17	22	26	33	1.96
205632--205690	30	1.9	31	86	3	84	50	10	6	32	1.62
216867--216940	29	2.6	29	84	4	87	43	6	18	31	1.76
216865--216931	15	4.6	14	81	7	89	40	5	20	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217271--217315	23	2.0	23	90	0	72	44	0	2	53	1.13
217272--217340	23	3.0	23	82	6	68	46	0	1	52	1.09
217265--217344	35	2.4	34	73	23	80	43	0	1	55	1.08
217277--217352	23	3.5	22	72	20	61	47	0	1	51	1.09
217303--217498	58	3.6	55	71	20	137	47	2	1	49	1.19
217466--217503	20	1.9	20	88	0	58	36	2	2	57	1.26
217485--217542	28	2.1	27	87	3	80	46	0	1	51	1.11
217507--217568	22	2.6	23	82	12	72	45	0	1	53	1.10
220985--221978	201	4.9	201	96	0	1783	42	10	14	32	1.79
237517--237657	20	6.9	20	81	6	106	28	23	20	27	1.99
238485--238538	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
240786--240820	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
240880--241149	140	1.9	140	96	0	504	29	12	15	41	1.85
241120--241324	20	10.9	20	76	12	191	35	22	17	24	1.95
241148--241214	34	2.0	34	87	0	98	41	23	13	20	1.88
241128--241285	54	2.9	54	90	0	244	36	25	15	22	1.94
241182--241373	94	2.1	93	84	4	244	33	23	18	23	1.97
241120--241373	74	3.4	74	72	7	212	35	22	17	24	1.96
241363--241420	20	2.9	20	84	0	80	12	17	25	44	1.83
241519--241580	14	4.3	14	77	6	61	46	14	0	38	1.45
242978--243075	21	4.7	20	73	5	61	24	19	34	21	1.96
243571--243637	20	3.5	18	84	11	80	35	26	20	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243582--243637	20	2.8	20	91	0	85	35	25	21	17	1.95
243680--243740	20	3.0	20	90	0	104	18	19	22	39	1.92
243682--243747	20	3.3	20	85	4	89	19	19	22	37	1.94
243894--243943	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
245653--245738	20	4.3	20	85	1	93	46	23	16	13	1.83
246321--246434	20	5.7	20	85	0	147	24	22	26	26	2.00
246321--246458	60	2.3	60	78	2	152	24	22	24	28	2.00
246472--246558	40	2.2	40	81	10	97	29	18	27	24	1.98
255849--255909	29	2.1	29	87	0	86	18	24	18	39	1.92
260445--260479	3	11.3	3	87	6	52	62	0	2	34	1.10
261069--261101	16	1.9	17	88	11	50	30	6	0	63	1.18
266553--266597	22	2.0	22	91	0	72	53	15	6	24	1.66
270964--271016	19	3.1	17	73	10	54	41	1	0	56	1.10
271075--271099	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
279846--279959	60	1.9	60	83	3	149	34	14	16	34	1.90
281218--281279	29	2.1	31	84	6	83	37	3	1	58	1.24
281230--281279	14	3.3	15	75	16	50	34	2	2	62	1.18
284837--284883	21	2.2	21	100	0	94	48	19	23	8	1.75
290755--290792	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
297039--297079	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
297150--297649	128	3.9	128	95	0	921	24	24	18	32	1.97
298049--298149	34	3.0	34	85	0	139	38	2	3	54	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298671--298777	21	5.2	20	81	12	119	24	25	29	20	1.99
298668--298777	42	2.6	41	84	9	143	25	25	29	20	1.99
298789--298833	21	2.1	21	83	0	54	24	13	37	24	1.91
300565--300633	31	2.2	32	79	10	79	59	1	0	39	1.06
300556--300644	34	2.7	31	81	6	97	59	2	0	38	1.10
310684--310765	32	2.6	32	84	7	105	40	0	10	48	1.38
323271--323305	17	2.0	18	88	5	54	60	0	0	40	0.97
327013--327078	31	2.1	31	94	0	114	42	6	4	46	1.48
337763--337822	26	2.4	25	81	8	61	63	3	1	31	1.20
343821--343868	24	2.0	24	83	0	60	16	8	12	62	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6