genome.fa.s9235.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009235.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112857_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1478786

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
587776--587830	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
587816--587914	33	3.0	33	91	1	155	46	15	6	32	1.70
587909--587948	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
602331--602382	23	2.3	23	77	6	63	17	17	40	25	1.90
606210--606262	21	2.5	20	82	11	54	35	9	1	52	1.45
608974--609016	19	2.3	19	77	18	54	55	0	20	23	1.43
609056--609137	38	2.1	39	88	2	121	29	6	15	48	1.69
610475--610528	24	2.2	24	96	3	99	22	24	29	24	1.99
614444--614501	29	2.0	29	96	0	107	13	15	27	43	1.85
619547--619730	101	1.8	101	97	0	350	38	15	12	34	1.85
620194--620219	9	2.9	9	100	0	52	69	0	0	30	0.89
620668--620693	9	2.9	9	100	0	52	46	23	7	23	1.78
620808--620846	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
625988--626018	16	1.9	16	93	0	53	54	9	0	35	1.33
626076--626106	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
627339--627398	23	2.8	20	76	13	75	60	16	10	13	1.59
628025--628116	37	2.4	39	75	18	102	46	4	3	45	1.39
628897--629016	59	2.0	59	98	0	231	30	14	15	40	1.86
631310--631365	16	3.2	16	71	28	51	67	1	3	26	1.16
631310--631380	37	1.9	37	83	11	92	69	1	4	25	1.15
633078--633231	31	5.0	31	95	1	265	37	20	19	22	1.94
637348--637501	31	5.0	31	95	1	265	37	20	19	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
639317--639350	17	2.1	16	88	5	50	61	0	0	38	0.96
639479--640271	76	10.5	76	96	0	1430	34	21	20	23	1.96
643240--643316	22	3.5	22	90	0	127	38	12	11	36	1.80
645758--645986	114	2.0	114	95	0	413	30	19	16	34	1.93
647597--647658	32	1.9	32	86	0	88	22	16	16	45	1.85
648274--648307	16	2.1	17	88	5	52	2	17	0	79	0.86
653900--653955	16	3.2	16	71	28	51	67	1	3	26	1.16
653900--653970	37	1.9	37	83	11	92	69	1	4	25	1.15
655252--655290	16	2.4	16	86	0	51	58	0	0	41	0.98
671317--671346	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
683521--683547	4	6.8	4	100	0	54	48	25	25	0	1.52
697387--697454	20	3.4	20	79	0	82	42	26	13	17	1.86
697384--697474	40	2.2	41	86	1	130	46	23	13	17	1.83
697447--697495	21	2.4	21	96	3	91	42	18	20	18	1.89
697845--697896	21	2.5	21	90	6	79	19	17	17	46	1.85
697866--697978	21	5.5	20	83	5	118	19	19	15	46	1.85
697866--697967	41	2.5	41	82	4	107	19	19	14	46	1.84
699897--699942	4	11.5	4	100	0	92	50	23	0	26	1.50
702827--702870	2	22.0	2	80	0	52	47	6	0	45	1.29
710229--710258	15	1.9	15	93	6	51	6	30	20	43	1.77
711006--711043	16	2.2	18	90	9	62	39	18	5	36	1.73
720321--720406	36	2.4	36	94	1	147	37	10	17	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721921--721949	15	1.9	15	100	0	58	55	3	0	41	1.17
723466--723717	36	7.0	36	89	1	373	30	23	27	18	1.98
725505--725550	24	1.9	24	95	0	83	36	13	8	41	1.75
728023--728057	15	2.2	16	95	5	63	20	20	20	40	1.92
731649--731690	22	2.0	21	86	13	59	28	0	7	64	1.20
737625--737651	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
746648--746672	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
747862--748024	81	2.0	81	93	0	281	42	16	17	23	1.88
760050--760098	19	2.7	18	81	9	55	28	0	6	65	1.16
762292--762495	103	2.0	103	89	1	311	36	18	13	31	1.90
762602--762643	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
764207--764246	2	20.5	2	89	5	64	55	0	0	45	0.99
764198--764249	6	8.7	6	89	6	52	57	0	0	42	0.98
767061--767138	31	2.5	31	91	0	129	21	12	15	50	1.77
772428--772472	24	1.9	23	95	4	81	6	33	22	37	1.80
776484--776526	19	2.2	19	83	4	50	55	2	2	39	1.25
777237--777262	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
777078--777316	121	2.0	120	97	0	451	41	3	3	51	1.36
777639--777677	21	1.9	20	84	5	51	48	2	0	48	1.15
777672--777714	11	3.8	12	78	9	54	37	0	0	62	0.95
781965--782042	38	2.1	37	81	11	88	47	1	3	47	1.28
782188--782225	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793707--793750	16	2.6	18	82	13	58	56	0	2	40	1.11
793762--793832	23	2.8	26	85	12	96	53	1	0	45	1.09
793758--793839	12	6.7	12	75	15	78	57	1	0	41	1.06
793826--793870	17	2.5	18	89	7	65	68	2	0	28	1.01
793820--793870	12	4.4	11	82	9	57	68	1	0	29	1.00
796124--796258	63	2.2	63	98	1	263	41	11	2	43	1.56
798988--799068	30	2.6	31	75	9	85	33	25	17	23	1.96
801759--801787	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
801787--801823	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
810687--810951	71	3.7	71	80	6	322	27	11	17	43	1.84
812849--812882	14	2.4	14	95	0	59	32	35	0	32	1.58
819927--819965	19	2.1	19	90	0	60	56	5	20	17	1.60
821273--821314	15	2.8	16	82	13	54	73	7	19	0	1.05
821269--821322	24	2.2	24	87	6	74	77	5	16	0	0.94
821289--821322	8	4.2	8	84	0	50	82	2	14	0	0.79
821280--821318	16	2.4	17	87	12	64	76	5	17	0	0.96
822510--822601	37	2.5	37	71	7	87	31	18	14	35	1.90
822558--822860	66	4.6	65	79	8	294	26	19	14	39	1.90
822558--822891	132	2.6	130	81	8	392	26	19	13	39	1.89
826290--826406	22	5.2	22	87	5	155	19	26	25	28	1.99
832467--832798	131	2.5	132	85	1	450	25	32	18	24	1.97
833475--833513	2	19.5	2	94	0	69	48	2	0	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834865--834950	43	2.0	43	90	0	136	29	25	12	32	1.93
836741--836765	12	2.1	12	100	0	50	52	0	8	40	1.31
847354--847527	38	4.8	36	76	16	141	41	4	8	45	1.55
847446--847518	33	2.3	31	83	9	85	41	5	5	47	1.49
847334--847519	73	2.6	72	76	17	190	41	4	8	45	1.55
847610--847650	19	2.2	19	86	8	57	21	14	2	60	1.45
848941--848972	13	2.5	13	95	5	57	31	0	0	68	0.90
848941--848972	6	5.2	6	92	7	55	31	0	0	68	0.90
849558--849582	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
849764--849802	18	2.2	18	85	0	51	35	2	2	58	1.25
851078--851153	21	3.5	20	72	13	53	36	5	1	56	1.30
852718--852868	58	2.6	58	87	4	216	38	6	8	46	1.61
852834--852945	43	2.6	43	94	0	188	38	5	11	44	1.64
852961--853069	39	2.7	39	87	2	146	39	4	11	44	1.60
853093--853166	39	1.9	38	83	8	96	43	4	12	40	1.61
852997--853263	97	2.7	95	82	4	291	41	6	11	41	1.66
853195--853367	39	4.4	40	82	8	185	41	5	13	39	1.69
853192--853367	79	2.2	78	85	1	226	40	5	14	39	1.69
853318--853415	49	2.0	49	86	4	135	39	8	12	39	1.72
854530--854599	3	23.3	3	100	0	140	67	0	0	32	0.91
858099--858124	11	2.4	11	100	0	52	7	19	65	7	1.43
861068--861111	18	2.5	17	82	13	54	36	0	2	61	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862305--862704	83	4.8	83	78	3	367	31	17	18	33	1.94
862310--862709	167	2.4	165	81	2	471	31	17	17	33	1.93
871867--871953	2	44.0	2	95	2	158	48	0	1	50	1.08
881097--881135	20	1.9	20	84	5	51	46	15	7	30	1.74
883490--883810	156	2.1	156	98	0	615	34	21	28	15	1.94
884966--884995	14	2.1	14	93	0	51	36	3	0	60	1.14
885094--885125	10	3.2	10	90	0	55	50	3	0	46	1.17
885588--885640	23	2.3	23	80	6	63	66	1	5	26	1.25
890027--890148	12	9.9	12	80	8	120	0	39	0	60	0.97
890026--890151	36	3.8	36	78	18	153	0	38	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6