genome.fa.s9288.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009288.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112981_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  633898

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 356 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3896--3938	7	6.1	7	94	0	77	27	11	27	32	1.92
15664--15700	16	2.3	17	86	9	51	56	5	5	32	1.45
19305--19489	41	4.4	40	75	10	136	28	14	17	40	1.89
19387--19483	47	2.1	47	82	0	113	26	17	16	39	1.91
26983--27300	157	2.0	159	92	1	532	33	11	22	32	1.90
32318--32392	7	10.7	7	100	0	150	57	0	42	0	0.98
35471--35509	20	2.0	20	89	0	60	25	10	12	51	1.71
37804--37847	20	2.2	20	100	0	88	27	15	31	25	1.96
38173--38465	55	5.3	55	87	1	383	33	20	20	25	1.97
44581--44656	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
50074--50201	60	2.1	61	84	5	163	42	3	18	34	1.69
50107--50201	31	3.1	30	70	19	81	46	3	15	34	1.62
51124--51196	31	2.3	31	95	2	128	45	19	12	23	1.84
51181--51212	16	2.0	16	93	0	55	46	25	15	12	1.81
51226--51308	29	2.9	29	70	12	73	31	24	21	22	1.98
53758--53801	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
54411--54435	10	2.5	10	100	0	50	40	8	36	16	1.77
64207--64311	40	2.5	42	74	8	108	36	20	14	29	1.92
64232--64309	42	1.9	40	84	5	102	39	20	8	30	1.83
64355--64433	41	1.9	41	84	5	106	30	20	18	30	1.97
64564--64658	42	2.3	40	78	10	102	35	15	14	33	1.89
73054--73129	29	2.6	29	82	0	80	30	3	18	47	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73147--73233	29	3.0	29	83	3	79	34	5	13	45	1.68
74174--74465	117	2.5	117	94	0	503	18	16	33	32	1.93
75413--75464	20	2.5	21	78	3	61	40	5	13	40	1.68
92737--92776	21	1.9	21	85	10	55	32	2	0	65	1.06
93698--93727	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
99986--100482	248	2.0	248	97	0	940	36	19	14	30	1.91
107752--107859	56	1.9	57	81	9	132	25	22	6	46	1.75
108134--108159	12	2.2	12	100	0	52	7	7	0	84	0.77
109375--109668	37	8.0	37	81	11	340	43	4	7	44	1.50
109375--109744	111	3.5	107	79	13	376	44	3	7	45	1.47
109632--109693	25	2.6	25	84	5	74	43	3	6	46	1.45
109595--109723	62	2.1	62	85	0	168	43	3	6	46	1.46
109742--109784	3	14.3	3	88	9	52	25	6	0	67	1.15
109656--109750	37	2.6	37	89	1	138	44	1	7	47	1.38
109750--109793	18	2.4	18	80	3	52	20	6	0	72	1.07
110865--110923	26	2.5	24	74	15	59	18	5	1	74	1.09
110952--111025	5	15.2	5	77	13	66	20	2	1	75	1.00
110959--111053	48	2.0	49	93	4	167	18	5	2	73	1.12
112319--112378	23	2.6	23	91	0	102	41	1	3	53	1.27
112331--112411	23	4.2	19	75	25	64	40	1	2	55	1.21
112800--113068	144	1.9	146	85	3	382	40	14	14	30	1.86
113454--113496	21	2.1	20	86	4	59	20	11	4	62	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114343--114383	19	2.1	19	86	9	55	58	4	0	36	1.20
114723--114753	15	2.1	15	93	0	53	48	16	6	29	1.70
128645--128737	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
128645--128737	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
128664--128798	41	3.3	41	83	4	139	37	21	21	19	1.94
128768--128820	20	2.7	20	90	0	79	24	26	20	28	1.99
129354--129398	19	2.4	19	88	0	63	51	26	13	8	1.70
129394--129545	19	8.1	19	82	11	188	11	21	20	46	1.83
129394--129545	39	4.1	38	80	12	188	11	21	20	46	1.83
129464--129545	20	4.5	19	71	20	75	12	23	18	46	1.82
131544--131666	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
131600--131666	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
133024--133059	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
133198--133237	20	2.0	20	95	0	71	52	20	15	12	1.74
133242--133368	33	3.9	32	86	8	184	14	22	19	43	1.88
133238--133368	19	7.7	19	64	23	85	14	22	19	43	1.87
133235--133367	66	2.0	66	95	0	239	16	21	19	42	1.89
135662--135686	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
137034--137107	19	4.5	16	83	16	66	13	20	18	47	1.82
137030--137097	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
137011--137125	52	2.2	52	82	0	131	19	21	20	38	1.94
139120--139171	20	2.7	19	82	5	68	36	21	25	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139171--139228	14	3.9	14	77	16	62	48	24	17	10	1.78
139155--139233	32	2.4	33	93	2	133	46	22	18	11	1.81
139240--139336	19	5.6	19	75	20	106	12	19	20	47	1.81
139262--139320	15	3.8	15	77	16	66	10	16	22	50	1.75
139245--139336	33	2.8	34	90	6	152	11	18	20	48	1.79
139321--139363	19	2.3	19	83	0	59	18	25	20	34	1.96
139855--139899	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
141751--141844	20	4.7	20	80	7	91	23	18	25	32	1.97
141731--141845	20	5.7	19	78	9	86	23	17	24	34	1.96
141834--141909	21	3.7	21	80	3	100	15	25	18	40	1.90
141773--141907	41	3.3	41	82	4	139	19	21	21	37	1.94
141853--141919	20	3.3	20	79	4	89	16	23	17	41	1.89
141834--141922	41	2.2	41	100	0	178	16	24	16	41	1.89
147059--147099	16	2.6	16	84	3	57	12	26	9	51	1.70
148619--148699	42	1.9	42	94	0	144	13	17	20	48	1.81
148901--148980	30	2.6	32	79	18	89	46	1	0	52	1.08
149064--149114	23	2.2	23	85	0	66	49	1	1	47	1.24
149155--149224	29	2.3	32	81	13	85	51	4	0	44	1.21
149430--149471	20	2.1	20	86	0	57	33	19	7	40	1.78
149407--149473	34	2.0	34	87	0	98	38	16	7	37	1.77
158355--158473	23	5.3	22	79	14	102	24	18	26	31	1.98
163787--163834	24	2.0	24	91	0	78	27	10	27	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165148--165223	23	3.4	23	78	3	75	28	15	22	32	1.95
165195--165243	21	2.3	22	82	10	57	28	14	22	34	1.93
165996--166057	30	2.1	30	84	6	81	40	3	12	43	1.59
169210--169256	24	2.0	23	91	4	76	10	14	4	70	1.31
171527--171586	31	1.9	32	86	3	86	20	13	15	51	1.75
177269--177376	56	1.9	56	88	0	162	26	11	16	45	1.81
179722--179756	18	1.9	18	94	0	61	42	31	8	17	1.79
182215--182386	86	2.0	86	98	0	335	45	16	13	23	1.83
189398--189436	20	2.0	20	94	0	69	51	12	10	25	1.71
203426--203460	18	1.9	18	100	0	70	71	11	5	11	1.30
211248--211273	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
214923--215009	44	2.0	45	86	6	124	24	24	12	39	1.90
214929--215096	45	3.7	45	78	4	160	23	22	9	44	1.82
215074--215247	46	3.7	46	86	2	204	23	19	9	47	1.78
215279--215844	81	7.0	81	82	4	642	28	24	10	36	1.89
215301--215826	244	2.2	241	86	2	730	28	23	10	37	1.88
215796--216046	67	3.8	67	88	0	360	28	22	14	34	1.94
216680--216750	19	3.5	20	75	16	65	28	19	15	36	1.92
220609--220680	32	2.2	32	85	2	90	25	20	5	48	1.71
220829--221311	81	6.0	80	82	6	523	27	23	12	36	1.91
221264--221514	67	3.8	67	85	2	335	27	24	15	32	1.95
221724--221832	57	1.9	57	92	0	182	34	18	12	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222117--222175	22	2.9	20	90	7	84	30	20	15	33	1.93
226486--226858	20	18.5	19	82	10	234	39	24	20	16	1.92
226567--226858	40	7.2	40	89	5	326	37	25	20	16	1.93
226567--226858	60	4.8	59	81	9	304	37	25	20	16	1.93
226968--227007	6	6.7	6	100	0	80	32	50	17	0	1.47
227750--227778	5	5.8	5	100	0	58	0	41	20	37	1.53
227776--227819	6	7.3	6	100	0	88	0	15	50	34	1.45
227943--227998	19	2.8	20	86	2	69	16	19	19	44	1.87
229907--229971	22	3.0	21	82	8	78	49	15	1	33	1.54
230363--230439	38	2.0	38	92	0	127	51	3	12	31	1.58

Tables:   1   2   3