genome.fa.s9332.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009332.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113099_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  474123

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1237--1605	86	4.1	92	92	6	632	23	12	18	45	1.83
1649--1775	19	7.3	19	73	20	116	45	29	16	8	1.77
1685--1775	31	2.8	32	91	5	148	46	28	17	7	1.76
1792--1848	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
1776--1867	33	2.8	33	93	1	159	10	20	21	46	1.81
1771--1904	19	7.6	19	76	16	119	11	19	23	45	1.82
3760--3799	14	2.8	14	88	3	62	35	0	20	45	1.51
3902--3984	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
3991--4247	51	5.0	51	89	8	396	14	22	17	44	1.85
3992--4247	105	2.5	104	87	12	398	14	23	17	44	1.85
4011--4247	18	13.5	19	81	16	298	14	22	17	45	1.84
4186--4278	33	2.8	34	83	13	115	12	20	20	46	1.83
3991--4278	105	2.8	100	78	17	322	14	22	18	44	1.86
6545--6569	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
6742--6788	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
7463--7851	20	19.5	20	85	5	455	20	18	25	35	1.95
9611--9640	15	2.0	15	93	0	51	56	30	0	13	1.37
22127--22160	11	3.1	11	95	0	59	26	14	35	23	1.94
24984--25022	13	3.1	13	96	3	71	30	20	33	15	1.94
25148--25190	5	8.8	5	89	5	70	2	20	55	20	1.54
25187--25243	9	6.1	9	78	8	60	26	29	28	15	1.96
25189--25243	19	2.9	19	89	5	85	27	30	25	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32345--32374	13	2.2	14	94	5	53	26	26	30	16	1.97
32345--32374	7	4.4	7	91	8	53	26	26	30	16	1.97
32371--32403	5	6.8	5	86	6	50	3	21	54	21	1.58
32372--32398	14	1.9	14	100	0	54	3	22	51	22	1.63
32371--32410	19	2.0	20	95	4	73	7	20	52	20	1.70
32503--32717	107	2.0	107	98	0	412	22	28	24	24	1.99
41853--41946	43	2.2	42	83	3	125	34	23	20	22	1.97
46326--46417	32	3.0	32	73	7	82	29	30	26	14	1.95
57240--57267	12	2.3	12	100	0	56	42	17	32	7	1.77
71735--71785	21	2.5	20	77	3	57	43	5	9	41	1.62
73121--73151	10	3.2	10	90	9	55	9	9	0	80	0.90
73121--73151	9	3.3	9	95	4	53	9	9	0	80	0.90
74265--74309	18	2.5	18	86	10	65	66	0	4	28	1.11
74946--75135	76	2.6	75	87	9	259	55	14	0	30	1.43
74946--75171	76	3.1	70	81	12	231	54	12	1	30	1.46
76903--76950	5	9.6	5	77	8	53	72	0	4	22	1.01
76903--76950	20	2.4	20	86	6	62	72	0	4	22	1.01
76958--77010	27	2.0	26	85	7	70	75	0	9	15	1.04
82255--82289	12	2.8	13	83	16	56	68	0	0	31	0.90
82253--82302	21	2.4	21	76	10	57	68	0	4	28	1.08
82948--83138	76	2.6	74	85	5	235	55	12	1	30	1.46
82948--83175	76	3.1	74	78	8	232	55	11	2	30	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86140--86190	26	2.0	26	92	0	84	25	7	19	47	1.76
87725--87750	13	2.0	13	100	0	52	30	38	0	30	1.58
103907--103987	28	2.9	28	88	0	126	16	18	25	39	1.91
105628--105898	119	2.3	119	90	1	427	31	18	16	33	1.93
108485--108626	47	3.3	45	81	11	163	39	6	21	33	1.78
115562--115593	12	2.4	14	90	10	50	34	0	0	65	0.93
120204--120256	21	2.5	22	84	9	65	28	26	15	30	1.96
123419--123511	30	3.0	32	74	15	104	34	20	16	29	1.94
124403--124478	21	3.5	22	77	12	77	27	23	13	35	1.92
127715--127803	32	2.9	30	84	3	115	33	17	20	28	1.95
127901--127932	15	2.1	15	94	0	55	28	25	6	40	1.79
128679--128751	21	3.6	20	78	14	69	27	24	17	30	1.97
133765--134056	71	4.2	71	71	9	226	29	20	9	40	1.83
133765--134028	134	2.0	134	87	3	379	29	20	9	40	1.84
142957--143008	27	1.9	27	96	0	95	40	19	3	36	1.70
150304--150456	31	5.2	30	77	17	142	35	9	0	54	1.37
150476--150546	26	2.5	28	80	10	74	61	1	0	36	1.05
150529--150578	25	2.0	25	88	7	75	66	0	2	32	1.03
150662--150702	14	2.9	14	88	3	64	53	0	12	34	1.38
150472--150815	30	11.7	29	71	11	121	54	0	7	37	1.34
150720--150815	27	3.4	27	78	8	93	52	1	8	38	1.39
162700--162754	28	2.0	28	85	0	74	41	25	10	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163410--163487	20	3.9	20	91	0	111	24	28	23	24	2.00
164068--164174	20	5.4	20	87	3	119	14	16	23	45	1.84
166067--166114	20	2.4	20	92	0	78	33	27	20	18	1.96
166157--166226	20	3.5	20	86	1	97	20	18	25	35	1.95
166734--166838	21	5.0	21	72	3	86	20	36	19	23	1.95
166759--166841	42	2.0	42	83	4	105	21	38	19	20	1.93
168104--168165	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
168264--168317	20	2.7	20	85	0	72	44	25	18	11	1.83
168331--168576	40	6.7	34	71	17	113	26	18	21	34	1.96
168360--168624	20	13.9	20	75	12	216	27	17	21	33	1.96
168320--168502	74	2.5	74	87	0	267	26	18	21	33	1.96
168360--168624	114	2.3	113	84	3	345	27	17	21	33	1.96
168475--168616	74	1.9	74	88	2	214	26	16	23	33	1.96
168595--168863	139	1.9	139	97	0	511	42	15	13	28	1.84
170221--170255	13	2.5	15	81	18	56	62	14	11	11	1.54
170226--170256	13	2.4	13	100	0	62	58	12	12	16	1.64
170884--170951	20	3.4	20	82	8	84	26	19	26	27	1.99
170942--171031	20	4.5	20	100	0	180	24	20	16	38	1.92
170925--171031	40	2.7	40	91	5	146	25	18	17	38	1.93
171027--171078	21	2.4	22	74	6	61	36	19	25	19	1.95
172120--172169	24	2.1	24	84	0	64	44	18	14	24	1.86
172130--172188	24	2.5	24	88	5	84	37	18	18	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176325--176435	27	4.1	27	96	3	197	49	4	7	38	1.51
178362--178809	114	3.9	114	87	2	596	32	11	11	44	1.77
178905--179078	75	2.4	74	89	1	260	33	10	14	40	1.81
181202--181272	33	2.2	33	89	2	108	14	9	33	42	1.78
180947--181463	287	1.8	283	88	7	792	28	12	17	41	1.86
182853--182886	17	2.0	17	94	0	59	11	35	38	14	1.83
185053--185084	12	2.7	12	90	0	55	25	12	0	62	1.30
185342--185394	18	2.9	18	86	5	72	30	32	18	18	1.96
195663--195751	40	2.2	39	82	11	101	31	3	2	62	1.23
195691--195748	17	3.1	18	72	20	55	29	1	0	68	0.99
198316--198418	29	3.6	29	82	12	131	50	13	2	33	1.57
206355--206388	3	11.7	3	87	6	52	38	0	0	61	0.96
208036--208063	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
208368--208406	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
208836--208879	16	2.8	16	83	10	56	34	4	6	54	1.47
215599--215659	2	31.0	2	84	15	83	50	0	3	45	1.17
217237--217277	21	2.0	20	86	9	57	31	12	12	43	1.79
218023--218059	20	1.9	19	89	10	58	18	24	32	24	1.97
218970--219008	17	2.3	18	86	8	55	61	5	5	28	1.39
219423--219478	2	29.0	2	92	7	98	51	0	0	48	1.00
221141--221193	3	17.7	3	84	7	72	62	1	1	33	1.17
221140--221201	12	4.8	13	79	13	67	62	1	1	33	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221141--221206	9	7.0	10	80	16	63	60	1	1	36	1.15
221385--221789	181	2.2	182	92	1	672	34	20	19	25	1.96
221385--221789	91	4.5	91	93	0	663	34	20	19	25	1.96
221818--222238	43	8.8	54	70	22	175	28	30	13	27	1.94
221878--222301	43	9.3	43	77	13	420	29	30	12	27	1.93
222001--222249	55	5.0	53	69	22	189	28	29	12	28	1.93
221909--222301	141	2.8	140	90	2	608	29	30	12	27	1.93
221825--222186	184	2.0	183	90	3	577	28	30	13	27	1.94
222093--222272	98	1.8	98	88	4	274	30	30	13	26	1.94
222322--222399	39	2.0	39	82	0	93	37	12	20	29	1.90

Tables:   1   2   3