genome.fa.s935.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000935.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001869_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  730910

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10340--10388	18	2.7	19	84	6	66	26	26	20	26	1.99
14645--14696	18	2.7	19	80	16	63	30	17	23	28	1.97
19981--20012	7	4.6	7	92	0	55	53	0	18	28	1.45
20878--20921	12	3.4	12	79	14	52	59	0	0	40	0.98
20878--20923	13	3.5	13	80	11	58	58	0	0	41	0.98
21780--21815	15	2.4	15	90	9	56	0	19	2	77	0.88
22272--22361	3	30.3	3	95	2	164	65	0	0	34	0.93
22614--23266	113	5.8	112	93	3	1021	30	20	11	37	1.88
22842--22886	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
22614--23266	229	2.9	223	91	4	1019	30	20	11	37	1.88
25378--25431	11	5.0	10	82	12	63	0	14	0	85	0.61
36715--36758	12	3.4	12	79	14	52	59	0	0	40	0.98
36715--36760	13	3.5	13	80	11	58	58	0	0	41	0.98
37622--37657	15	2.4	15	90	9	56	0	19	2	77	0.88
38116--38181	3	22.3	3	93	3	116	65	0	0	34	0.93
42361--42402	18	2.3	18	95	0	75	28	19	19	33	1.96
42874--43155	54	5.2	54	85	5	365	27	18	19	35	1.95
47054--47393	54	6.3	53	85	6	404	25	18	20	35	1.95
56492--56544	20	2.7	20	96	0	97	33	15	18	32	1.92
57928--57970	19	2.1	21	87	8	63	30	32	2	34	1.71
59980--60067	24	3.7	24	70	0	68	37	17	20	25	1.93
66372--66446	24	3.1	24	82	3	89	36	17	21	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66382--66457	24	3.2	23	76	10	73	30	15	25	28	1.96
66574--66621	24	2.0	24	87	0	69	50	18	10	20	1.76
68108--68147	20	2.0	20	85	9	55	42	27	0	30	1.56
71232--71285	19	2.7	20	82	8	65	31	18	20	29	1.96
71716--71841	45	2.8	45	87	0	198	42	12	20	24	1.87
77895--77948	21	2.6	21	87	0	81	31	20	18	29	1.96
78472--78771	45	6.7	45	94	0	503	37	13	23	26	1.91
78481--78816	45	7.4	45	91	2	387	37	12	22	27	1.90
83170--83221	15	3.5	15	94	0	95	44	1	0	53	1.11
83224--83266	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
83246--83773	32	19.7	30	67	27	172	33	0	13	51	1.46
83200--83805	54	11.4	54	82	6	713	34	0	12	51	1.45
83278--83320	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
83332--83660	22	13.0	22	65	25	109	34	0	13	51	1.43
83300--83584	156	1.8	156	96	0	525	34	0	12	52	1.40
83246--83805	210	2.7	212	89	4	823	34	0	13	51	1.46
83820--83878	31	1.9	31	89	0	91	42	8	6	42	1.61
96496--96552	22	2.8	20	84	10	78	29	12	33	24	1.92
96924--97268	45	7.7	45	83	3	345	38	9	21	30	1.85
96924--97262	135	2.5	134	84	6	409	37	9	21	30	1.86
96952--97252	90	3.3	90	82	2	390	38	9	20	30	1.85
103362--103583	95	2.3	95	81	1	248	30	17	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104082--104324	95	2.5	95	80	8	262	30	15	24	29	1.95
104268--104344	22	3.7	19	86	11	66	31	12	28	27	1.93
104271--104334	22	2.9	22	95	4	112	31	14	28	26	1.95
104775--105035	45	5.8	45	79	1	236	39	9	21	30	1.84
104775--105041	135	2.0	134	81	2	311	39	8	20	30	1.84
104759--105035	90	3.1	90	72	3	261	39	9	21	29	1.84
111100--111317	95	2.3	95	84	3	269	29	14	26	29	1.95
111262--111315	22	2.6	20	77	11	63	33	12	27	25	1.93
111817--111996	95	1.9	95	84	5	240	30	15	23	31	1.95
111022--112505	742	2.0	742	95	0	2664	34	11	21	32	1.89
112468--112774	45	6.8	45	82	4	309	39	10	23	27	1.87
112471--112774	90	3.4	89	82	3	360	39	10	23	27	1.87
112514--112771	135	1.9	135	87	1	374	38	10	22	28	1.87
112514--112813	90	3.3	89	77	8	268	39	9	22	29	1.85
113486--113553	35	1.9	35	84	0	91	30	13	26	29	1.94
114667--114778	56	2.0	56	100	0	224	37	7	12	42	1.70
115636--115710	17	4.2	17	72	20	64	50	6	1	41	1.37
115635--115709	15	4.9	15	70	22	50	50	6	1	41	1.37
115633--115707	22	3.5	21	76	18	75	52	6	1	40	1.36
116011--116040	12	2.6	11	90	10	51	33	0	10	56	1.32
118759--118823	3	21.7	3	83	9	80	33	0	0	66	0.92
119980--120010	10	3.1	10	95	0	53	22	0	6	70	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120181--120291	23	4.8	23	70	21	63	27	3	3	64	1.26
121110--121165	30	2.0	29	82	10	71	32	5	1	60	1.29
128252--128282	9	3.6	9	91	8	55	22	22	0	54	1.44
131790--131839	22	2.1	24	85	10	68	74	0	8	18	1.06
131790--131858	26	2.7	26	81	14	81	75	0	8	15	1.04
131785--131865	14	6.0	14	72	17	57	70	0	12	17	1.17
131801--131874	27	2.7	28	83	10	82	74	0	10	14	1.07
132212--132253	18	2.5	17	92	7	68	30	4	2	61	1.29
133461--133989	124	4.5	113	80	9	442	41	14	16	27	1.87
133636--134092	124	3.7	123	87	3	609	41	15	17	26	1.88
134313--134385	3	24.7	3	86	8	78	39	0	0	60	0.97
135782--135889	28	3.8	28	71	17	73	31	2	0	64	1.14
135726--135841	22	5.0	22	73	22	94	28	3	2	65	1.22
135794--135846	12	4.7	11	77	13	54	30	1	0	67	1.01
143296--143431	67	2.0	67	95	0	245	32	9	19	38	1.84
154466--154505	21	2.0	21	90	5	64	20	17	30	32	1.95
173883--173943	25	2.5	25	97	2	115	39	13	0	47	1.42
174536--174636	45	2.3	45	82	5	116	25	18	12	42	1.86
174558--175300	45	16.5	44	73	7	377	24	17	17	39	1.91
174556--175160	135	4.5	134	78	6	519	25	16	18	39	1.91
175526--175580	3	18.0	3	81	3	56	34	0	1	63	1.05
176936--176978	3	14.7	3	80	4	52	27	2	2	67	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188061--188112	26	2.0	25	82	14	61	28	13	1	55	1.49
193535--193586	23	2.3	23	86	0	68	34	30	13	21	1.92
206075--206255	53	3.3	55	81	6	199	28	27	14	29	1.95
206200--206974	51	15.0	51	86	4	959	22	24	19	33	1.97
206174--206974	155	5.2	155	86	6	1057	23	24	19	32	1.97
206200--206974	104	7.5	103	89	2	1028	22	24	19	33	1.97
207344--207533	36	5.2	36	87	1	238	21	19	23	36	1.95
208264--208574	127	2.4	127	87	5	432	20	26	16	36	1.94
209447--209480	16	2.2	16	89	5	52	52	2	0	44	1.16
209442--209480	16	2.5	15	83	8	51	53	2	2	41	1.28
209811--209840	16	1.9	16	93	6	53	13	20	0	66	1.24
209834--209889	24	2.4	24	81	3	69	7	17	0	75	1.03
212477--212574	21	4.7	21	89	2	128	15	21	18	44	1.86
214811--214851	15	2.6	17	78	21	54	65	9	4	19	1.40
218195--218237	21	2.2	19	87	8	59	37	16	20	25	1.93
219561--219740	76	2.4	77	80	9	221	58	10	1	29	1.41
224393--224454	24	2.6	24	84	5	63	69	0	3	27	1.04
225088--225284	77	2.7	75	82	7	235	56	13	0	29	1.41
229223--229411	39	4.9	39	83	3	204	46	13	3	35	1.61
229376--229579	58	3.5	57	80	7	198	42	13	6	37	1.71
233413--233443	16	1.9	16	100	0	62	25	32	12	29	1.93
237707--237762	20	2.8	19	78	7	58	21	26	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239638--239696	21	2.8	21	100	0	118	23	27	25	23	2.00
240531--240585	23	2.5	22	85	11	76	56	23	0	20	1.42
243233--243266	8	4.1	8	88	3	50	2	14	0	82	0.79
244910--244946	14	2.8	13	88	8	56	78	0	2	18	0.87
247828--247868	18	2.2	19	91	4	66	63	0	9	26	1.25
249134--249166	12	2.6	13	90	4	50	45	6	12	36	1.66
249658--249765	23	4.9	23	69	6	80	28	19	18	33	1.96
249660--249762	44	2.3	44	93	0	170	30	20	18	31	1.96
259249--259306	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
261232--261282	15	3.4	15	80	0	57	11	64	13	9	1.49

Tables:   1   2   3   4