genome.fa.s9350.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009350.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113145_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2139524

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
668218--668433	67	3.3	66	79	5	222	37	12	18	31	1.88
668253--668463	66	3.2	65	84	2	233	38	13	18	29	1.89
668348--668463	36	3.4	36	69	18	111	43	14	14	27	1.85
671464--671505	22	1.9	22	85	0	57	38	21	9	30	1.85
671463--671511	22	2.2	22	77	0	53	42	20	8	28	1.80
671791--671815	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
671830--671881	5	10.4	5	87	0	59	17	36	38	7	1.78
685295--685576	105	2.7	105	88	2	397	24	18	16	40	1.90
685502--685741	136	1.8	129	82	6	309	25	20	18	35	1.95
685687--685925	126	1.9	126	92	0	397	27	19	17	35	1.94
686719--686927	116	1.8	112	82	8	269	39	18	10	31	1.85
686963--687105	42	3.4	42	88	2	191	31	22	22	23	1.98
687033--687110	20	3.8	20	77	8	86	29	23	24	23	1.99
687024--687087	20	3.0	22	72	9	78	29	26	18	25	1.98
687263--687356	20	4.6	20	74	10	82	36	18	20	25	1.95
687404--687646	52	4.5	53	83	7	269	39	18	10	30	1.85
687987--688166	37	5.1	37	72	13	137	43	6	16	32	1.74
687894--688268	103	3.7	103	88	1	513	40	8	18	31	1.82
688005--688130	66	1.9	66	83	3	164	43	5	16	34	1.71
688108--688231	66	1.9	65	86	3	178	41	7	17	33	1.77
688193--688277	37	2.3	38	91	2	136	43	11	16	28	1.83
692725--692806	41	2.0	41	97	0	155	71	7	4	15	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692732--692798	20	3.3	20	66	4	62	68	7	4	19	1.31
694289--694330	15	2.9	14	86	10	57	14	0	38	47	1.44
708320--708355	11	3.4	11	96	3	65	55	0	36	8	1.30
709567--709652	34	2.7	29	77	19	91	45	5	0	48	1.26
709574--709642	34	2.0	34	86	5	95	44	5	0	49	1.26
710930--712242	6	218.8	6	99	0	2554	17	16	16	50	1.79
712263--712664	37	10.9	36	77	14	353	44	3	7	44	1.50
712438--712498	12	4.9	12	70	21	54	40	6	8	44	1.60
712263--712542	37	7.5	37	84	10	358	43	4	7	44	1.53
712509--712583	30	2.6	30	93	4	127	42	2	6	48	1.43
712682--712724	3	13.7	3	85	9	59	27	2	0	69	1.00
712682--712724	10	4.6	9	88	5	59	27	2	0	69	1.00
713909--713977	11	6.1	11	76	15	61	21	5	0	72	1.05
713908--713967	22	2.6	23	80	12	70	20	6	0	73	1.05
714073--714108	18	2.0	18	88	0	54	16	5	2	75	1.12
714113--714164	24	2.1	25	85	3	70	23	11	0	65	1.25
717785--718543	84	9.0	84	86	0	971	30	26	19	23	1.98
717785--718539	168	4.5	168	88	0	1091	30	26	19	23	1.98
717802--718542	252	2.9	252	86	0	1072	30	26	19	23	1.98
718858--718897	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
718924--718961	12	3.2	12	88	0	58	28	47	13	10	1.76
718916--718961	24	2.0	24	86	4	67	30	45	10	13	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
719144--719445	85	3.6	83	79	4	290	32	23	18	25	1.97
719145--719424	84	3.4	81	79	5	296	32	23	18	25	1.97
721250--721284	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
724378--724427	23	2.2	23	100	0	100	24	8	24	44	1.80
730135--730207	23	3.3	22	88	9	105	31	28	17	21	1.97
732744--732794	22	2.3	22	86	0	66	25	43	9	21	1.83
734523--734621	42	2.4	42	82	0	126	27	37	16	19	1.92
734736--734785	21	2.4	21	80	6	57	22	10	34	34	1.87
735194--735332	21	6.7	20	82	4	134	23	35	17	22	1.95
735199--735332	63	2.1	63	83	2	162	23	35	17	22	1.95
736884--736939	29	1.9	29	100	0	112	32	25	16	26	1.96
739455--739514	24	2.5	24	88	0	93	40	18	16	25	1.91
740468--740558	20	4.5	20	77	10	69	32	12	23	31	1.91
740468--740600	40	3.3	40	77	6	115	29	12	26	32	1.92
740529--740600	20	3.6	20	81	7	92	22	12	31	33	1.91
740908--740976	30	2.3	31	85	7	88	34	23	7	34	1.82
741325--741364	18	2.2	18	100	0	80	42	30	5	22	1.75
743185--743344	26	6.2	25	93	3	248	33	31	13	20	1.92
745172--745231	26	2.3	26	91	0	93	23	15	11	50	1.76
745341--745430	31	3.0	31	82	6	87	33	14	7	44	1.74
745359--745430	29	2.4	30	83	4	92	31	13	9	44	1.77
751033--751058	11	2.4	11	100	0	52	46	0	15	38	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758862--759027	91	1.8	90	84	7	228	31	14	23	30	1.94
765610--765649	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
767592--767757	91	1.8	89	82	12	212	31	15	24	28	1.96
770127--770193	14	4.9	13	72	15	55	68	2	1	26	1.12
773176--773248	5	14.6	5	100	0	146	39	0	19	41	1.51
775258--775298	22	2.0	21	90	9	66	26	7	24	41	1.81
776885--777077	96	2.0	96	94	0	341	33	8	30	27	1.86
777095--777132	19	2.0	19	94	0	67	28	10	23	36	1.88
779233--779262	15	1.9	16	93	6	53	30	0	13	56	1.37
779300--779330	13	2.5	13	94	5	55	58	12	0	29	1.35
779888--779995	44	2.4	43	77	11	112	30	17	17	34	1.93
781831--781873	17	2.5	17	88	7	61	46	9	16	27	1.77
781865--781942	34	2.3	35	80	6	88	42	8	15	33	1.78
782465--782516	24	2.2	24	86	6	70	3	25	0	71	1.03
782470--782513	16	2.8	16	78	0	52	4	15	0	79	0.89
783607--783647	21	1.9	22	85	5	57	56	0	4	39	1.21
786099--786158	24	2.5	24	77	2	66	51	6	31	10	1.61
786809--786868	24	2.4	25	80	2	77	51	8	31	8	1.62
786061--787485	710	2.0	710	97	0	2672	34	12	20	31	1.90
795932--795992	26	2.3	26	94	0	104	24	39	14	21	1.91
795932--796000	26	2.7	26	88	4	88	27	36	14	21	1.93
826906--827094	102	1.8	103	97	1	362	37	15	14	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829027--829078	22	2.4	22	90	6	79	23	17	11	48	1.79
830510--830534	11	2.3	11	100	0	50	40	8	36	16	1.77
830552--830595	22	2.0	21	87	12	63	54	13	15	15	1.71
830553--830595	23	1.9	23	95	4	79	53	13	16	16	1.73
831744--831841	48	2.0	48	82	0	115	27	18	19	34	1.95
835264--835324	23	2.7	23	89	0	95	26	13	22	37	1.91
837106--837139	12	2.7	13	86	9	52	44	8	5	41	1.60
837224--837277	18	2.9	18	81	13	65	33	3	11	51	1.55
839271--839398	41	3.1	40	69	14	100	28	14	20	35	1.92
839226--839430	82	2.5	81	75	11	202	31	13	20	34	1.92
839967--840011	22	2.0	22	91	0	72	42	8	13	35	1.75
841310--841418	41	2.7	41	83	0	128	29	17	22	30	1.97
842599--842633	14	2.5	14	100	0	70	42	17	8	31	1.79
849923--850042	42	2.9	41	85	5	134	38	17	40	4	1.69
849926--850044	21	5.7	21	79	4	105	38	17	39	4	1.69
850340--850522	43	4.3	42	73	14	117	33	19	19	27	1.96
850398--850565	86	2.0	86	82	4	205	33	20	18	27	1.96
855964--856123	28	5.6	28	74	17	93	46	9	1	42	1.44
856005--856079	30	2.4	31	88	4	107	49	5	1	44	1.33
856008--856105	31	3.2	32	80	9	98	52	5	1	41	1.30
856075--856129	23	2.5	23	91	5	87	52	7	0	40	1.29
855987--856129	30	4.9	30	70	18	90	48	7	0	42	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856258--856301	15	2.9	15	80	13	54	4	31	0	63	1.14
857449--857491	22	1.9	23	85	4	61	41	0	9	48	1.35
857475--857517	18	2.4	17	85	14	52	41	2	11	44	1.53
858780--858820	15	2.7	15	88	0	55	14	4	2	78	1.03
866123--866151	14	2.0	15	93	6	51	31	20	13	34	1.92
866133--866192	23	2.8	20	73	24	59	31	16	15	36	1.90
868389--868423	13	2.6	14	86	13	56	45	8	2	42	1.49
868524--868569	18	2.6	18	86	6	58	39	4	4	52	1.41
868722--868775	19	2.8	19	83	16	67	31	27	14	25	1.95
871729--871794	13	4.9	13	78	7	60	74	6	16	3	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9