genome.fa.s9350.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009350.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113145_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2139524

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  9  of  9  ( 1079 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1859673--1859713	22	1.9	21	90	5	64	19	0	29	51	1.47
1859678--1859721	22	2.0	22	82	8	54	20	2	29	47	1.62
1862352--1862386	13	2.7	13	90	0	52	37	14	14	34	1.86
1862564--1862604	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
1864056--1864110	27	2.0	27	100	0	110	10	32	14	41	1.81
1866191--1866255	28	2.3	28	79	10	71	29	3	4	63	1.30
1868799--1868852	23	2.3	25	81	12	69	62	11	14	11	1.53
1870592--1870881	43	6.8	43	84	3	381	32	18	24	24	1.97
1870592--1870881	85	3.4	86	88	3	433	32	18	24	24	1.97
1871016--1871076	21	2.9	21	97	0	113	52	21	6	19	1.68
1874926--1875213	41	7.0	39	71	18	135	31	16	18	33	1.93
1875026--1875288	82	3.2	81	70	14	234	31	18	19	31	1.96
1874964--1875363	164	2.4	165	85	4	504	31	18	19	31	1.96
1875062--1875376	41	7.7	41	71	15	170	29	19	20	30	1.97
1875123--1875372	42	6.0	41	70	13	118	31	19	19	29	1.97
1884860--1885023	3	54.0	3	77	16	97	32	1	5	60	1.27
1884965--1885031	35	1.9	34	85	8	91	40	0	0	59	0.97
1885820--1885852	17	2.0	17	88	5	50	21	3	33	42	1.68
1885827--1885863	17	2.2	17	90	0	56	21	5	29	43	1.75
1893002--1893174	4	43.2	4	90	0	274	26	1	23	48	1.60
1893032--1893383	8	43.5	8	84	3	184	29	11	19	38	1.87
1893175--1893289	12	9.6	12	79	0	86	36	25	11	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1893296--1893383	4	22.0	4	84	0	95	27	6	25	40	1.80
1894836--1894910	26	3.0	26	75	16	77	64	0	18	17	1.30
1894948--1894981	17	1.9	18	88	5	52	32	0	38	29	1.58
1898863--1898919	10	6.0	9	73	18	53	1	14	3	80	0.92
1898869--1898920	18	3.0	17	75	11	52	1	13	5	78	1.01
1903794--1903827	17	1.9	18	88	5	52	32	0	38	29	1.58
1910170--1910227	29	1.9	31	82	6	75	46	10	13	29	1.77
1914992--1915034	14	3.1	14	90	3	61	18	23	16	41	1.89
1917590--1917645	23	2.4	24	81	6	69	17	21	21	39	1.93
1932526--1932608	24	3.7	22	72	12	62	20	21	31	26	1.98
1936994--1937130	59	2.3	59	78	2	159	29	16	24	29	1.97
1937231--1937356	47	2.8	45	89	5	191	38	7	23	30	1.83
1942831--1942994	73	2.2	73	82	12	192	45	5	15	33	1.69
1976021--1976107	21	4.2	21	91	1	131	34	9	26	29	1.87
1988151--1988196	21	2.2	21	100	0	92	26	26	19	28	1.99
1990271--1990295	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
1990281--1990331	25	2.1	24	82	7	59	15	5	5	72	1.24
1992992--1993029	18	2.1	19	90	5	60	34	5	23	36	1.78
1994637--1994688	13	4.0	13	79	0	59	26	19	17	36	1.94
1994760--1994792	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1998909--1998942	11	3.0	11	86	4	50	23	0	2	73	0.97
2006312--2006381	33	2.2	31	82	14	81	52	2	1	42	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2006483--2006529	21	2.2	21	84	0	58	44	0	0	55	0.99
2008872--2008916	19	2.3	19	85	11	56	28	15	17	37	1.91
2008877--2008926	19	2.9	16	81	16	64	26	14	22	38	1.91
2009718--2009778	23	2.7	23	89	0	95	26	26	27	19	1.99
2016605--2016750	21	6.8	21	74	6	123	22	15	24	36	1.93
2016607--2016750	43	3.4	42	74	5	126	22	15	24	36	1.94
2021568--2021605	20	2.0	19	90	10	60	34	15	28	21	1.94
2022291--2022441	21	7.0	21	72	4	95	25	15	22	36	1.93
2022298--2022380	43	2.0	42	88	7	123	26	14	19	39	1.90
2026232--2026330	50	2.0	50	84	4	128	36	22	18	23	1.95
2031134--2031259	47	2.8	45	84	5	155	28	23	7	40	1.82
2038236--2038361	47	2.8	46	83	8	143	29	22	8	39	1.84
2045168--2045214	19	2.8	16	79	17	58	25	17	19	38	1.92
2045370--2045509	46	3.0	46	89	0	217	18	25	24	32	1.97
2045378--2045517	23	6.1	23	76	0	145	18	22	25	32	1.97
2045506--2045563	25	2.4	25	82	8	66	20	12	22	44	1.84
2055799--2055840	18	2.3	18	88	8	59	69	0	4	26	1.08
2056231--2056265	12	3.0	12	87	4	54	62	2	25	8	1.38
2057169--2057395	42	5.3	42	66	19	119	19	22	26	32	1.97
2057157--2057533	86	4.4	86	86	1	526	20	21	25	32	1.98
2061943--2062349	46	8.8	46	83	2	485	21	22	13	42	1.88
2061963--2062139	20	7.9	20	69	20	93	20	25	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2061943--2062349	26	17.5	26	62	24	122	21	22	13	42	1.88
2069044--2069439	46	8.6	46	86	1	517	19	22	16	41	1.90
2071184--2071474	66	4.4	66	82	1	332	32	17	12	37	1.87
2080073--2080121	21	2.4	21	76	10	57	12	16	4	67	1.37
2085426--2085479	26	2.2	26	90	6	85	46	3	3	46	1.38
2085470--2085583	5	22.0	5	73	16	81	36	0	4	57	1.25
2085500--2085585	2	46.5	2	70	26	57	40	0	3	55	1.17
2085502--2085586	7	12.1	7	69	22	54	40	0	3	56	1.16
2085500--2085584	30	2.9	29	80	16	102	41	0	3	55	1.17
2085483--2085600	28	4.1	28	74	14	96	35	0	4	59	1.23
2085468--2085585	30	3.9	30	74	16	100	37	0	4	57	1.24
2085506--2085598	12	7.3	12	72	17	55	36	0	4	59	1.17
2085636--2085678	22	2.0	22	90	0	68	37	30	16	16	1.91
2086760--2086841	29	2.8	30	75	19	82	30	2	0	67	1.04
2091627--2091748	55	2.2	55	91	1	192	28	16	23	31	1.96
2092047--2092080	12	2.7	13	86	9	52	41	5	8	44	1.60
2092077--2092119	21	2.0	22	95	4	79	27	27	0	44	1.55
2100218--2100352	55	2.5	54	83	7	166	28	17	23	31	1.97
2100237--2100358	55	2.2	55	88	1	174	28	18	22	30	1.97
2100735--2101683	82	11.7	81	88	0	1342	31	22	11	34	1.89
2104625--2104684	21	2.8	21	80	10	59	26	23	18	31	1.97
2104872--2104925	27	2.0	27	89	7	83	42	14	3	38	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2107831--2107865	18	1.9	18	88	0	52	62	11	11	14	1.54
2112568--2112642	21	3.6	21	96	1	134	33	33	16	17	1.92
2116520--2116558	20	2.0	20	100	0	78	48	25	0	25	1.51
2116525--2116569	20	2.3	20	84	3	56	57	15	0	26	1.38
2117317--2117376	20	3.0	20	66	9	59	38	3	40	18	1.67
2117317--2117397	40	2.0	40	95	0	144	39	2	35	22	1.67
2125958--2126003	24	1.9	24	82	8	58	41	17	4	36	1.69
2126750--2126801	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
2126832--2126884	20	2.7	20	93	0	88	24	28	20	26	1.99
2127402--2127482	19	4.5	19	71	16	64	48	24	16	11	1.78
2127478--2127662	19	10.1	19	75	14	147	13	21	21	43	1.86
2127478--2127662	33	5.1	38	76	12	147	13	21	21	43	1.86
2127605--2127662	20	2.9	20	80	10	64	15	24	17	43	1.87
2129653--2129775	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
2129709--2129775	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2131127--2131163	14	2.6	14	82	0	56	32	0	21	45	1.52
2131342--2131492	19	8.7	19	61	21	62	15	21	20	43	1.88
2131346--2131472	33	3.9	32	84	8	175	14	21	19	44	1.87
2131339--2131468	66	2.0	66	95	0	233	16	20	19	43	1.87
2133754--2133778	13	1.9	13	100	0	50	0	24	0	76	0.80
2133953--2134006	24	2.2	24	93	0	90	38	20	14	25	1.91
2135058--2135115	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2135152--2135199	19	2.6	19	96	3	89	14	20	16	47	1.82
2137187--2137304	20	6.4	19	75	13	86	41	24	19	14	1.89
2137261--2137314	14	3.6	14	75	20	56	48	25	16	9	1.76
2137245--2137332	31	2.8	31	86	6	115	45	26	17	11	1.81
2137245--2137321	32	2.4	32	89	6	113	45	24	18	11	1.82
2137204--2137304	19	5.6	18	73	17	84	41	23	20	13	1.89
2137328--2137409	18	4.6	19	76	14	95	14	20	19	45	1.85
2137394--2137436	19	2.3	19	83	0	59	18	25	20	34	1.96
2139259--2139312	20	2.8	20	80	2	65	48	22	16	12	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9

The End!