genome.fa.s9350.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009350.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113145_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2139524

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  6  of  9  ( 1079 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1245001--1245212	109	1.9	109	99	0	415	55	8	12	24	1.63
1246583--1246681	44	2.2	44	87	0	144	37	22	11	29	1.88
1256725--1256775	17	3.1	17	78	21	72	68	3	0	27	1.07
1256728--1256776	11	4.5	11	75	14	57	67	2	0	30	1.02
1258774--1258828	30	2.0	29	86	13	80	49	3	32	14	1.61
1258785--1258848	30	2.1	30	82	0	74	46	7	28	17	1.75
1259053--1259100	20	2.4	20	96	0	87	33	4	22	39	1.74
1263360--1263728	131	2.8	130	82	4	397	41	14	9	34	1.79
1265908--1265978	17	4.4	16	74	20	60	57	2	0	39	1.13
1265921--1265985	3	21.7	3	72	12	53	58	1	0	40	1.07
1265909--1265974	34	1.9	35	87	9	100	56	3	0	40	1.15
1265918--1265985	25	2.8	24	85	10	95	57	1	0	41	1.08
1265916--1265974	9	6.9	9	79	11	70	55	1	0	42	1.09
1266161--1266509	135	2.6	133	81	5	382	31	15	21	31	1.94
1266218--1266594	135	2.8	130	80	6	387	30	16	22	29	1.96
1267821--1267854	15	2.3	15	90	5	52	0	14	0	85	0.60
1267816--1267872	7	8.1	7	78	7	53	5	15	0	78	0.91
1274286--1274317	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1282823--1283545	199	3.7	196	83	4	829	30	16	12	40	1.85
1282790--1283524	197	3.7	197	82	6	823	30	15	12	40	1.85
1283523--1283582	20	3.0	19	73	22	52	28	18	13	40	1.88
1283632--1283672	21	2.1	18	86	13	55	31	4	21	41	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1297296--1297323	12	2.3	12	100	0	56	21	39	0	39	1.54
1298164--1298284	59	2.1	59	85	0	161	27	15	20	36	1.93
1300542--1300575	17	2.0	17	88	0	50	47	0	5	47	1.26
1302992--1303023	16	2.0	16	93	0	55	75	6	9	9	1.20
1309289--1309336	12	4.0	11	79	15	51	18	2	2	77	0.97
1314139--1314200	27	2.3	27	94	0	106	33	22	17	25	1.96
1314056--1314284	111	2.1	111	94	0	404	33	21	20	24	1.97
1314167--1314449	84	3.4	84	90	1	460	32	25	20	21	1.98
1314382--1314515	66	2.0	66	95	0	241	30	27	17	24	1.97
1314299--1314580	150	1.9	149	91	2	467	32	26	18	22	1.97
1314458--1315099	85	7.6	85	83	3	654	33	21	19	26	1.96
1314458--1314982	165	3.1	166	84	5	653	34	21	19	25	1.96
1314974--1315164	86	2.2	85	88	0	283	31	18	19	30	1.96
1316619--1316652	12	2.8	12	87	12	52	14	5	0	79	0.91
1316601--1316683	32	2.6	31	81	11	80	18	6	2	73	1.15
1317145--1317187	19	2.3	19	87	0	59	41	20	2	34	1.65
1318004--1318052	25	2.0	23	85	14	64	42	4	0	53	1.20
1320903--1320929	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
1322694--1322770	29	2.6	29	82	11	86	32	1	11	54	1.45
1322815--1322849	15	2.4	15	90	4	54	34	0	0	65	0.93
1323059--1323102	19	2.3	19	96	0	79	36	29	13	20	1.91
1323953--1323992	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1323996--1324077	3	27.3	3	97	0	155	34	0	0	65	0.93
1334406--1334448	16	2.7	16	88	0	68	30	6	30	32	1.84
1334536--1334566	7	4.6	7	92	8	55	87	0	0	12	0.55
1334531--1334565	13	2.8	13	95	4	63	85	0	0	14	0.59
1335893--1336448	138	4.0	138	85	0	698	25	16	26	31	1.96
1338038--1338087	22	2.2	23	78	3	57	20	24	24	32	1.98
1341147--1341180	18	1.9	17	88	5	50	23	29	2	44	1.68
1344068--1344117	20	2.4	21	83	6	57	44	6	12	38	1.66
1347935--1348007	21	3.4	21	71	14	58	35	19	21	23	1.96
1348530--1348562	12	2.6	13	95	4	59	39	12	6	42	1.67
1353536--1353586	20	2.5	20	93	0	84	23	19	21	35	1.96
1355655--1355712	19	3.1	19	92	0	98	25	27	10	36	1.89
1356569--1356632	33	1.9	33	84	6	85	23	28	18	29	1.98
1356922--1356979	21	2.7	21	97	2	107	18	24	22	34	1.96
1358844--1358897	20	2.5	23	76	17	69	22	20	24	33	1.97
1358855--1358910	20	2.8	20	97	0	103	21	21	23	33	1.97
1360980--1361037	19	3.1	19	89	0	89	25	24	10	39	1.87
1367679--1367703	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1368387--1368452	30	2.2	31	86	8	91	31	12	9	46	1.72
1375672--1375778	42	2.6	41	76	2	115	33	22	19	24	1.97
1375530--1376156	260	2.5	251	83	8	793	34	17	14	33	1.90
1378263--1378317	12	4.4	12	77	8	56	5	23	0	70	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1378250--1378337	36	2.4	36	80	14	101	4	23	0	71	1.04
1378247--1378339	26	3.6	27	73	15	74	5	23	0	70	1.07
1378287--1378330	15	3.1	14	87	9	63	6	18	0	75	1.02
1378272--1378343	29	2.5	29	82	8	76	4	23	0	72	1.02
1378272--1378323	15	3.5	15	82	15	63	3	25	0	71	1.03
1380839--1381159	45	7.2	45	85	3	398	24	16	15	42	1.87
1380966--1381087	26	5.2	26	60	25	65	22	14	17	45	1.84
1380839--1381159	135	2.4	135	87	2	457	24	16	15	42	1.87
1387843--1388118	45	6.1	44	88	2	372	25	18	15	40	1.90
1387843--1388118	90	3.1	90	89	2	419	25	18	15	40	1.90
1390175--1390212	6	6.3	6	87	0	58	50	15	15	18	1.79
1393412--1393474	21	3.0	21	79	4	72	25	26	20	26	1.99
1394022--1394063	20	2.1	20	90	0	66	26	23	23	26	2.00
1409299--1409332	13	2.7	12	86	13	50	70	2	8	17	1.25
1409670--1409715	21	2.2	20	81	7	56	36	8	23	30	1.85
1411687--1412047	131	2.8	131	86	3	487	41	16	11	30	1.84
1414042--1414080	3	13.0	3	100	0	78	33	33	0	33	1.58
1414079--1414104	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
1414269--1414853	134	4.3	134	83	2	627	29	14	22	32	1.94
1414274--1414853	269	2.2	270	82	4	670	29	14	22	32	1.94
1416115--1416170	14	3.7	15	78	7	51	7	10	0	82	0.85
1416114--1416190	41	1.9	40	84	7	102	7	14	0	77	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1419673--1420964	6	217.2	6	93	5	2189	48	17	1	33	1.54
1425470--1425526	24	2.4	24	84	0	87	35	24	21	19	1.96
1425518--1425588	23	3.1	23	72	8	63	29	22	22	25	1.99
1425531--1425596	23	2.9	23	73	8	71	28	21	27	22	1.99
1426844--1426868	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1432345--1432387	17	2.5	18	85	11	63	20	4	32	41	1.73
1432487--1432537	23	2.2	23	82	0	66	35	21	23	19	1.96
1432692--1432733	20	2.2	20	86	4	59	61	2	2	33	1.21
1437189--1437241	26	2.0	26	100	0	106	41	15	15	28	1.87
1437215--1437456	130	1.9	131	88	0	369	41	14	11	33	1.81
1439363--1439479	35	3.4	34	88	4	164	7	12	40	39	1.72
1439804--1439893	41	2.2	40	76	7	90	47	15	6	30	1.71
1440522--1440590	17	4.0	17	81	5	68	37	11	8	42	1.72
1442161--1442200	21	2.0	21	90	5	64	15	5	20	60	1.53
1448526--1448595	17	4.1	17	81	5	70	37	12	8	41	1.74
1449992--1450062	31	2.3	31	80	9	74	52	0	1	46	1.09
1452884--1452921	20	1.9	20	88	0	58	31	28	15	23	1.96
1458610--1458690	24	3.5	24	70	21	75	24	23	22	29	1.99
1460308--1460347	19	2.0	20	85	9	55	37	0	37	25	1.56
1460682--1460720	20	2.0	20	84	0	51	30	30	15	23	1.95
1460767--1460832	26	2.5	26	97	0	123	24	22	22	30	1.99
1467545--1467582	19	2.0	20	89	5	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1468091--1468132	13	3.1	14	80	19	54	35	21	19	23	1.96
1474777--1474825	20	2.5	20	82	0	62	8	38	32	20	1.82
1475117--1475171	22	2.5	22	78	0	65	30	9	21	38	1.85
1479065--1479282	77	2.8	76	78	4	233	38	16	19	25	1.93
1480551--1480674	21	5.9	21	96	0	212	21	28	20	29	1.98
1480770--1480821	16	3.1	17	78	13	63	36	0	3	59	1.16
1481172--1481223	16	3.1	17	78	13	63	36	0	3	59	1.16
1481380--1481463	21	4.0	21	93	0	141	30	23	25	20	1.98
1481390--1481484	42	2.3	42	83	3	111	30	26	22	21	1.98
1481564--1481609	19	2.4	19	88	3	65	19	17	32	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9