genome.fa.s9397.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009397.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113302_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  510949

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145634--145744	51	2.2	51	96	0	204	38	7	18	36	1.78
145691--145723	16	1.9	18	88	11	52	36	6	18	39	1.75
145667--145744	23	3.2	23	67	22	59	37	8	17	35	1.82
145660--145766	51	2.1	51	82	3	126	41	7	16	34	1.77
146082--146175	21	4.5	21	82	2	109	24	14	23	37	1.93
146082--146174	42	2.2	42	90	0	141	24	13	23	37	1.92
146121--146208	23	4.0	23	72	20	80	26	13	25	35	1.93
146082--146209	21	6.0	22	79	6	104	25	14	24	35	1.93
146179--146233	23	2.4	23	84	0	65	21	20	23	34	1.97
149507--149550	8	5.5	8	81	10	54	84	0	2	13	0.73
149510--149557	15	3.3	14	82	5	51	81	0	2	16	0.79
150942--150985	16	2.8	16	83	12	56	54	4	0	40	1.21
151091--151131	19	2.3	19	87	8	59	60	0	0	39	0.96
151635--151717	21	3.8	21	73	20	62	31	3	1	63	1.19
155478--155527	24	2.1	24	85	7	66	58	12	2	28	1.45
161264--161314	16	2.9	17	74	14	50	23	27	19	29	1.98
161264--161334	36	1.9	37	88	8	110	23	28	19	28	1.99
164704--164743	20	2.0	20	90	0	62	27	25	17	30	1.97
164881--164921	21	2.0	21	85	0	55	31	21	24	21	1.98
169891--169939	21	2.3	21	96	0	89	24	26	28	20	1.99
173423--173530	56	1.9	57	88	5	166	49	1	0	48	1.18
174594--174618	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183532--183732	100	2.0	100	92	0	332	45	18	12	22	1.83
184889--184950	27	2.3	27	88	0	88	35	43	6	14	1.71
185910--185938	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
186119--186206	4	22.0	4	88	0	122	43	25	6	25	1.79
187236--187309	37	2.0	36	82	7	87	47	4	1	47	1.29
190126--190202	20	3.8	20	82	3	100	55	10	5	28	1.55
190715--190905	86	2.2	86	82	6	226	29	3	17	49	1.62
190715--190905	29	6.6	29	85	6	201	29	3	17	49	1.62
197492--197585	20	4.7	20	84	6	118	53	11	6	28	1.62
197475--197590	41	2.9	42	83	6	132	53	10	5	31	1.57
198101--198321	29	7.6	29	81	10	182	29	4	16	49	1.65
198104--198215	59	1.9	59	81	7	138	28	5	14	51	1.64
198164--198321	58	2.7	57	87	3	210	31	5	15	47	1.67
198164--198321	29	5.4	29	83	6	187	31	5	15	47	1.67
198163--198342	87	2.1	87	80	6	204	32	4	15	48	1.64
203181--203236	29	1.9	29	96	0	103	32	19	21	26	1.97
207059--207103	23	2.0	23	90	0	72	46	8	11	33	1.70
207018--207267	87	2.9	86	95	2	437	43	10	14	32	1.78
207149--207193	23	2.0	23	90	0	72	44	8	13	33	1.75
210784--211026	120	2.0	120	94	0	423	38	15	13	32	1.87
210615--211209	303	2.0	303	95	0	1073	34	16	14	34	1.89
210900--211488	183	3.2	183	94	1	1020	33	16	14	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213314--213784	182	2.6	180	89	1	685	26	16	13	42	1.86
213314--213786	179	2.6	178	87	3	669	27	16	13	42	1.86
216220--216252	16	1.9	17	88	11	50	36	0	3	60	1.12
216215--216271	17	3.3	19	74	20	52	33	0	1	64	1.04
221396--221441	3	14.7	3	90	4	65	65	0	0	34	0.93
221679--221734	17	3.2	17	68	26	53	17	25	7	50	1.72
221679--221728	16	2.8	18	76	11	50	18	24	8	50	1.73
221786--221844	17	3.4	17	70	25	59	18	25	8	47	1.77
221790--221848	20	3.2	20	67	18	63	20	25	8	45	1.79
221786--221879	36	2.5	38	89	6	138	21	23	8	46	1.78
221679--221992	149	2.1	146	84	8	395	28	20	12	39	1.88
221822--222677	113	7.6	113	96	0	1435	28	17	14	39	1.89
222613--222712	41	2.5	40	95	1	173	19	23	8	50	1.73
222500--222827	154	2.1	155	89	2	489	26	20	12	41	1.87
222653--222942	116	2.5	114	91	4	460	28	20	11	39	1.87
222883--222982	41	2.5	40	96	1	182	20	24	6	50	1.70
222387--223482	270	4.1	270	95	0	1858	28	20	11	39	1.88
222765--223097	154	2.1	158	91	4	541	27	21	11	40	1.87
222924--223212	116	2.5	113	90	5	454	28	21	10	40	1.86
223152--223252	41	2.5	41	98	1	195	19	23	6	49	1.72
223193--223512	116	2.8	112	88	5	451	28	19	12	39	1.88
223035--223367	154	2.1	157	90	5	523	27	21	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223919--223973	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
224342--224551	54	3.9	54	96	0	366	23	24	15	36	1.94
228983--229019	17	2.2	18	90	9	60	0	18	0	81	0.70
232219--232256	14	2.7	14	83	0	58	52	0	15	31	1.43
233932--233974	19	2.3	19	84	8	52	65	2	2	30	1.18
233926--233982	28	2.1	27	83	3	69	63	1	5	29	1.27
236245--236308	21	3.3	21	64	28	59	46	7	1	43	1.42
236234--236324	37	2.5	37	98	0	173	50	7	3	38	1.47
238860--238956	48	2.0	48	100	0	194	28	27	22	20	1.99
241971--242072	40	2.5	40	80	9	118	29	13	15	41	1.86
241971--242154	80	2.3	77	84	7	217	28	15	14	41	1.86
242010--242208	40	5.0	40	73	9	172	26	15	15	42	1.87
242010--242208	80	2.5	80	81	3	231	26	15	15	42	1.87
247218--247253	18	1.9	18	88	5	54	27	11	0	61	1.30
248438--248582	55	2.6	55	87	0	200	29	24	17	28	1.97
254357--254390	10	3.4	10	84	15	52	8	0	8	82	0.85
258175--258211	19	1.9	19	94	0	65	70	0	2	27	1.01
259262--259300	16	2.2	19	86	13	57	28	0	2	69	1.02
260627--260663	6	6.0	6	87	6	56	21	0	0	78	0.75
260669--260857	98	1.9	97	93	3	326	33	19	18	29	1.95
261014--261216	101	2.0	101	98	0	388	36	20	18	23	1.95
264839--264870	16	1.9	17	93	6	57	34	28	25	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265059--265083	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
267467--267512	21	2.2	21	92	0	74	30	13	4	52	1.59
270495--271123	314	2.0	314	94	4	1110	34	13	8	42	1.75
271367--271391	11	2.3	11	100	0	50	60	8	0	32	1.26
271439--271509	20	3.8	18	74	24	58	25	28	16	29	1.97
271960--272029	33	2.1	33	83	0	86	31	15	30	22	1.95
275903--275948	21	2.2	21	92	0	74	30	13	4	52	1.59
280169--280236	33	2.1	33	82	0	82	30	16	29	23	1.96
284004--284049	21	2.2	21	92	0	74	30	13	4	52	1.59
287742--287812	20	3.7	19	72	24	60	26	26	15	30	1.96
288263--288331	33	2.1	32	83	2	84	30	15	30	23	1.96
292233--292278	21	2.2	21	92	0	74	30	13	4	52	1.59
296536--296604	33	2.1	32	83	2	84	30	15	30	23	1.96
299480--299548	36	1.9	36	88	5	104	27	27	17	27	1.98
299881--299951	33	2.2	33	84	0	88	36	12	28	22	1.91
310181--310224	17	2.6	16	85	10	52	45	4	0	50	1.22
318236--318365	35	3.7	35	84	2	170	21	21	19	37	1.94
318236--318369	71	1.9	71	90	0	214	21	20	18	38	1.93
320292--320335	20	2.2	20	84	11	56	31	9	2	56	1.43
321280--321356	16	4.8	16	77	6	66	14	16	22	46	1.83
323951--323990	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
327239--327274	18	2.1	17	89	5	54	30	8	22	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
357273--357393	60	2.0	61	96	1	226	41	25	8	24	1.83
358341--358374	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
363309--363446	60	2.3	59	75	9	143	30	14	17	37	1.90
363654--363781	60	2.1	60	80	0	148	38	16	14	31	1.88
363900--363936	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
364588--364716	60	2.2	58	86	5	170	40	4	18	36	1.72
364620--364735	58	2.0	57	84	1	151	44	3	13	37	1.61
369746--369838	21	4.6	20	79	4	105	39	18	23	18	1.92
369743--369838	41	2.3	41	96	0	174	40	17	22	18	1.91
369765--369899	41	3.3	41	81	6	123	38	20	20	20	1.94

Tables:   1   2   3   4