genome.fa.s9448.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009448.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113548_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  757038

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--12921	7	1892.6	7	91	6	15588	40	47	1	10	1.47
13217--13262	7	6.9	7	97	2	78	39	45	0	15	1.46
13262--13408	7	21.7	7	85	12	166	16	59	22	1	1.44
13262--13366	13	7.8	13	91	7	149	16	58	25	0	1.38
13264--13366	20	5.2	20	89	8	156	15	58	26	0	1.38
13345--13396	15	3.7	15	92	7	83	17	65	13	3	1.41
9136--13408	21	207.2	21	91	6	2597	40	57	1	0	1.11
12935--13408	14	34.9	14	89	8	247	25	56	15	1	1.49
13372--13444	26	2.8	25	78	11	76	16	69	12	1	1.25
13351--13425	15	5.3	15	82	9	77	14	70	12	2	1.27
13345--13436	20	4.6	20	74	8	64	15	69	13	2	1.28
13262--13618	7	52.1	7	83	9	128	22	56	17	3	1.56
13433--13551	34	3.5	34	83	1	157	34	48	8	8	1.64
13425--13511	42	2.1	42	97	0	165	33	51	8	6	1.58
13444--13538	20	4.6	20	76	6	100	38	46	4	10	1.58
14859--14907	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
14878--15067	64	3.0	64	84	6	217	27	17	23	30	1.97
16710--18917	7	316.0	7	98	0	3854	41	55	0	1	1.14
18723--18762	8	5.4	8	82	17	59	25	62	0	12	1.30
18913--19113	7	29.6	7	87	10	222	16	61	20	0	1.41
19109--19204	7	13.7	7	94	0	129	38	46	4	10	1.57
18912--19285	14	27.1	14	84	5	192	22	56	18	3	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18912--19285	21	18.1	21	79	7	192	22	56	18	3	1.56
19095--19218	35	3.5	35	85	0	176	34	49	8	8	1.62
19201--19241	7	5.9	7	100	0	82	14	58	26	0	1.37
19237--19284	7	6.9	7	100	0	96	14	58	27	0	1.37
20529--20577	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
20548--20738	64	3.0	64	84	5	217	27	17	23	30	1.97
32734--32840	45	2.4	45	100	0	214	34	17	21	26	1.96
32825--32912	45	2.0	45	90	0	140	28	18	25	28	1.98
34017--34060	21	2.1	21	82	0	52	36	15	38	9	1.80
35604--35675	21	3.4	21	81	9	76	25	20	25	29	1.99
39488--39527	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
41510--41561	19	2.7	19	96	0	95	19	17	30	32	1.95
41465--41626	83	1.9	84	85	6	222	27	14	24	32	1.95
46119--46272	73	2.1	74	95	2	274	50	12	18	18	1.77
51319--51398	23	3.4	23	73	10	81	23	20	22	33	1.97
51325--51398	24	3.2	24	74	11	73	24	18	24	32	1.97
54628--54727	45	2.2	45	98	0	191	40	21	17	22	1.92
54668--54806	63	2.2	64	80	5	156	32	18	23	25	1.97
55551--55593	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
55573--55723	69	2.3	65	82	6	178	30	27	27	15	1.96
56023--56094	29	2.5	29	93	0	117	38	9	12	38	1.76
56109--56167	30	1.9	31	89	3	93	35	6	23	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56387--56453	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
62494--62536	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
62516--62669	70	2.2	68	84	5	195	29	27	28	14	1.96
62972--63043	29	2.5	29	93	0	117	38	9	12	38	1.76
63058--63116	30	1.9	31	89	3	93	35	6	23	33	1.82
63336--63402	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
67578--67645	29	2.3	29	100	0	136	36	13	10	39	1.78
67616--67660	21	2.1	21	83	4	54	35	11	6	46	1.66
67885--67926	20	2.2	20	91	4	68	30	16	21	30	1.95
68043--68084	21	2.0	21	90	0	66	30	21	26	21	1.98
78784--78829	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
78951--78998	20	2.4	20	83	13	71	52	10	16	20	1.73
81223--81287	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
81321--81386	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
83172--83219	18	2.7	17	87	9	69	31	2	10	56	1.45
83338--85094	197	8.9	198	98	1	3368	36	16	15	30	1.91
86523--86594	3	24.0	3	78	0	72	34	5	34	25	1.79
87787--88437	182	3.6	182	95	2	1130	35	14	16	33	1.90
89665--89727	23	2.7	23	90	0	90	36	7	17	38	1.79
89665--89737	23	3.2	23	86	3	85	34	6	19	39	1.78
90033--90078	22	2.1	22	84	8	58	41	10	8	39	1.71
90096--90158	23	2.7	23	90	0	90	36	7	17	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90096--90168	23	3.2	23	86	3	85	34	6	19	39	1.78
90436--90486	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
90735--90771	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
91028--91153	39	3.2	39	97	0	234	48	20	13	17	1.81
91555--91618	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
91555--91627	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
94227--94255	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
94468--94559	24	3.9	22	77	9	85	39	18	14	28	1.89
94469--94559	47	1.9	48	84	2	121	38	18	14	28	1.90
97977--98015	3	12.7	3	83	5	51	33	0	0	66	0.92
97979--98021	12	3.3	13	80	9	52	37	0	0	62	0.95
97977--98015	16	2.5	16	91	4	62	33	0	0	66	0.92
108343--108382	21	1.9	21	85	10	55	62	5	2	30	1.29
108454--108512	31	1.9	31	83	13	77	44	5	11	38	1.63
114113--114157	22	2.0	22	100	0	90	17	8	31	42	1.80
121212--121294	21	4.0	21	87	6	125	14	26	39	19	1.90
123948--124117	67	2.5	66	89	4	227	22	23	28	25	1.99
123972--124117	67	2.2	65	93	2	247	22	23	27	26	1.99
124083--124159	20	3.8	21	86	5	97	15	27	36	20	1.93
124870--124983	57	2.0	57	83	6	142	41	7	7	43	1.61
129984--130555	113	5.1	113	93	1	944	45	14	15	24	1.84
129984--130555	225	2.6	224	93	1	947	45	14	15	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131408--131447	21	1.9	21	90	10	64	27	25	22	25	2.00
131440--131481	11	3.8	11	83	0	57	35	23	14	26	1.93
131746--131780	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
131941--132050	58	1.9	58	88	0	166	34	19	10	35	1.86
131982--132339	114	3.1	115	84	9	414	30	20	11	37	1.88
132026--132340	57	5.5	56	69	11	151	30	21	10	37	1.87
132509--132668	62	2.6	60	78	8	160	25	22	18	33	1.96
138348--138390	20	2.1	21	95	4	79	25	18	25	30	1.98
138383--138424	11	3.8	11	83	0	57	35	23	14	26	1.93
138909--139268	115	3.1	115	85	5	419	30	20	12	36	1.89
139008--139222	57	3.8	58	73	6	206	30	21	11	36	1.89
138953--139243	57	5.1	58	70	10	186	29	21	12	36	1.90
141922--141956	14	2.6	13	86	8	52	20	0	0	80	0.72
144483--144722	95	2.7	95	82	10	281	29	17	20	32	1.96
145874--146880	84	12.1	84	80	4	1073	29	24	20	24	1.99
145874--146900	248	4.1	246	82	4	1079	29	24	20	24	1.99
145854--146719	332	2.6	331	87	1	1268	30	24	20	24	1.98
145874--146997	168	6.8	164	82	6	517	30	24	20	25	1.98
147654--147684	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
147736--147775	14	2.9	14	88	7	55	40	27	7	25	1.82
153620--153657	20	1.9	20	88	0	58	26	36	26	10	1.89
161233--161273	15	2.8	15	85	10	50	17	2	0	80	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177281--177312	16	2.0	16	100	0	64	31	6	18	43	1.75
190103--190669	282	2.0	282	99	0	1118	28	15	18	37	1.91
198261--198315	14	3.7	14	77	13	65	54	25	14	5	1.61
200303--200357	28	2.0	28	85	0	74	27	21	14	36	1.93
205165--205476	149	2.1	146	88	2	473	35	22	15	26	1.94
206768--206810	21	2.0	21	81	0	50	13	25	30	30	1.94
212566--212622	26	2.2	26	80	3	69	33	19	1	45	1.61
219258--219307	21	2.3	21	82	3	55	36	22	18	24	1.95
219490--219540	25	2.0	25	92	0	84	56	11	5	25	1.57
238591--238635	20	2.2	20	88	0	63	51	0	2	46	1.13

Tables:   1   2   3