genome.fa.s9571.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009571.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116934_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  592744

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6723--6794	31	2.3	31	100	0	144	18	27	26	27	1.98
7221--7264	22	2.0	22	81	4	52	45	0	4	50	1.22
7957--8125	85	2.0	84	98	1	329	35	31	10	22	1.88
9495--9734	127	1.9	127	98	0	462	29	15	9	46	1.76
10331--10362	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
12061--12116	16	3.5	17	77	18	50	35	1	0	62	1.06
12051--12112	21	3.0	20	78	17	56	35	1	0	62	1.05
13829--13893	33	2.1	30	83	13	78	15	40	18	26	1.90
14392--14447	23	2.3	23	87	6	76	21	1	7	69	1.22
14403--14453	23	2.2	23	89	3	75	19	1	5	72	1.15
18817--18851	18	1.9	18	94	0	61	28	14	5	51	1.65
23513--23628	21	5.6	21	69	10	60	32	27	18	21	1.96
23616--23808	20	9.6	20	84	5	246	34	27	19	18	1.95
24188--24258	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
24338--24444	21	5.6	20	73	17	102	46	18	21	13	1.83
24399--24455	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
24392--24471	33	2.4	33	95	0	142	47	22	21	8	1.78
24467--24580	19	6.1	19	78	13	94	11	24	17	46	1.81
24497--24580	41	2.1	40	90	2	132	10	25	15	48	1.77
24496--24578	20	4.2	20	84	6	123	12	24	15	48	1.79
26265--26580	93	3.4	93	99	0	614	22	13	18	45	1.85
26678--26801	33	3.7	33	89	1	176	45	26	17	9	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26714--26801	19	5.2	18	70	25	57	46	28	18	6	1.74
26727--26785	14	3.9	14	76	20	64	47	28	16	6	1.72
26805--26950	19	8.2	19	72	15	132	10	20	22	45	1.82
26819--26875	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
26805--26932	33	3.7	33	84	10	175	10	21	21	46	1.81
28875--28910	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
29017--29115	20	5.4	19	82	12	127	45	16	23	15	1.84
29017--29133	54	2.2	53	93	3	209	43	17	24	14	1.86
29124--29338	19	11.9	19	80	16	262	14	23	16	45	1.85
29130--29366	53	4.5	53	95	2	415	13	21	18	46	1.83
29148--29313	33	4.8	33	74	17	167	13	23	17	45	1.83
29201--29380	86	2.1	84	84	12	224	12	21	18	46	1.82
29130--29366	105	2.2	106	94	2	415	13	21	18	46	1.83
31665--31689	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
31864--31910	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
32603--32831	20	11.4	20	85	1	235	19	17	25	37	1.94
32799--32896	21	4.8	20	75	10	81	21	19	21	37	1.94
32799--32897	42	2.4	43	77	11	100	21	19	22	37	1.94
34889--34918	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
34996--35047	7	7.4	7	76	6	52	17	0	34	48	1.48
35271--35303	17	1.9	17	100	0	66	54	6	0	39	1.25
35586--35648	7	9.3	6	83	14	63	20	0	31	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35586--35648	27	2.3	26	84	10	81	20	0	31	47	1.51
37797--37845	11	4.5	11	84	0	71	28	8	26	36	1.85
39631--39672	21	2.0	21	95	0	75	38	19	11	30	1.88
42759--42795	18	2.1	18	90	10	58	37	5	0	56	1.22
63222--63248	12	2.2	12	100	0	54	25	7	7	59	1.51
64284--64322	17	2.3	17	86	8	53	64	2	2	30	1.21
67625--67662	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
71020--71115	36	2.6	36	98	1	183	53	11	10	25	1.68
75321--75366	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
83562--83586	7	3.6	7	100	0	50	60	28	12	0	1.32
88898--88956	16	3.7	16	77	6	66	54	0	0	45	0.99
92193--92346	3	51.3	3	69	23	55	29	5	1	62	1.29
92193--92249	14	4.2	12	77	16	51	29	1	1	66	1.12
92199--92292	40	2.4	39	81	10	122	31	2	3	62	1.22
92362--92396	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
92474--92556	14	5.8	14	67	14	53	20	2	6	71	1.19
94341--94503	65	2.5	64	84	3	220	28	15	25	30	1.96
94451--94501	19	2.7	19	91	8	79	27	15	33	23	1.95
94345--94552	65	3.2	65	80	12	207	27	17	25	29	1.97
95618--95681	21	3.0	21	77	4	67	29	6	42	21	1.78
100255--100294	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
102347--102397	19	2.7	19	79	8	61	27	15	35	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102222--102399	64	2.8	65	83	2	216	27	17	26	28	1.98
102241--102448	65	3.2	65	79	12	198	27	17	25	29	1.97
107081--107508	72	5.9	72	91	0	631	29	17	13	39	1.88
107595--107686	37	2.6	36	77	5	105	29	19	13	38	1.89
107511--108226	104	7.0	102	89	1	1085	31	18	12	37	1.89
107801--107892	37	2.6	36	79	5	114	29	19	11	39	1.88
107522--108226	206	3.4	206	95	0	1202	31	19	12	37	1.89
108012--108097	36	2.4	36	82	0	100	25	20	11	41	1.86
108113--108198	36	2.4	36	88	0	118	23	20	13	41	1.88
108331--108408	33	2.3	35	89	6	117	38	16	10	34	1.83
110135--110289	3	50.3	3	71	16	65	30	5	2	61	1.33
110138--110228	39	2.4	37	81	7	92	32	2	4	60	1.29
111883--111921	19	2.1	19	85	0	51	41	2	0	56	1.13
111896--111936	21	2.0	21	85	0	55	53	4	0	41	1.22
115010--115189	91	2.0	91	91	2	290	27	12	15	45	1.82
115055--115183	31	4.2	33	63	17	78	26	11	14	47	1.79
115646--115689	21	2.1	21	100	0	88	27	9	22	40	1.84
121393--121453	18	3.3	18	80	15	54	44	0	0	55	0.99
121410--121461	21	2.4	23	75	21	58	44	1	0	53	1.11
121413--121462	22	2.3	22	80	12	59	44	2	0	54	1.11
125182--125207	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
130504--130596	21	4.5	21	88	7	138	21	22	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131710--131773	30	2.1	30	82	5	85	29	6	10	53	1.60
134666--134834	60	2.8	59	81	4	196	31	19	5	42	1.75
135469--135539	31	2.4	29	85	4	97	43	9	15	30	1.79
135819--135857	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
137641--137728	44	2.0	44	97	0	167	35	27	9	28	1.87
139126--139169	14	2.9	15	75	18	54	6	13	27	52	1.66
150394--150502	35	3.0	36	93	5	184	44	20	5	29	1.73
150434--150494	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
155031--155104	37	2.0	37	91	0	121	44	16	5	33	1.70
155237--155278	21	2.0	21	100	0	84	14	14	28	42	1.84
167053--167127	37	2.2	32	73	22	80	42	16	14	26	1.86
167065--167140	37	2.0	39	94	5	138	44	13	13	28	1.81
168433--168507	34	2.2	35	92	2	125	42	14	9	33	1.78
169566--169609	19	2.2	20	92	4	72	38	9	15	36	1.80
170621--170733	31	3.6	31	96	1	199	41	12	12	33	1.80
178284--178392	40	2.6	42	78	9	127	53	1	1	43	1.22
178284--178392	43	2.7	38	77	13	112	53	1	1	43	1.22
183442--183486	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
183694--183765	37	1.9	35	86	10	99	41	22	5	30	1.76
183811--183863	21	2.7	18	78	21	54	52	1	0	45	1.11
183827--183882	22	2.5	22	80	5	60	57	1	3	37	1.27
183849--183888	20	2.0	20	85	9	55	57	2	10	30	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184493--184553	3	20.7	3	93	3	106	36	0	0	63	0.94
184880--184912	12	2.8	12	95	0	57	33	51	9	6	1.58
186115--186139	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
186639--186955	128	2.5	123	76	10	275	32	11	16	40	1.84
190318--190350	14	2.4	14	94	0	57	6	30	39	24	1.79
190337--190373	10	3.7	10	86	13	58	10	27	37	24	1.88
190337--190374	20	1.9	20	100	0	76	10	28	36	23	1.88
201198--201337	71	2.0	70	92	1	235	32	18	19	30	1.96
201199--201335	35	3.9	35	80	6	161	32	18	18	29	1.95
204105--204166	26	2.3	28	91	5	101	35	8	0	56	1.29

Tables:   1   2   3