genome.fa.s9575.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009575.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116943_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  458240

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3143--3178	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
3358--3484	33	3.9	32	84	8	175	14	22	20	43	1.87
3351--3480	66	2.0	66	95	0	233	15	21	20	43	1.88
5771--5795	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
5970--6023	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
7076--7136	20	3.0	20	97	0	113	36	22	24	16	1.94
7142--7211	33	2.2	32	81	2	77	20	20	21	38	1.94
7155--7205	14	3.2	16	73	26	54	11	23	19	45	1.83
7155--7231	32	2.4	32	88	2	109	12	23	22	41	1.88
7317--7353	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
9218--9284	19	3.5	19	81	4	80	37	22	23	16	1.94
9257--9320	33	2.0	33	90	6	105	46	23	18	10	1.80
9351--9408	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
9334--9424	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
9409--9463	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
9933--9977	18	2.5	18	88	0	72	15	13	44	26	1.83
11295--11337	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
11609--11655	22	2.2	22	88	7	71	25	14	40	19	1.90
11905--12025	21	5.9	21	72	13	65	19	19	18	42	1.90
11827--11964	41	3.4	41	76	4	109	25	17	22	34	1.95
11847--11961	20	5.7	21	81	2	103	26	18	23	32	1.97
11950--12042	41	2.3	41	98	0	141	18	22	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11950--12042	20	4.6	20	81	6	107	18	22	18	40	1.91
19511--19549	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
21479--21593	60	1.9	60	89	3	178	30	17	18	33	1.94
21494--21606	60	1.9	60	87	7	167	30	18	16	34	1.93
29983--30059	40	1.9	40	89	0	118	29	23	14	32	1.94
31983--32238	127	2.0	128	87	3	374	41	8	10	39	1.70
42300--42354	24	2.3	24	93	0	92	34	9	14	41	1.77
43698--43732	18	1.9	18	94	0	61	20	20	34	25	1.96
46897--46946	18	2.7	18	87	3	73	26	24	26	24	2.00
47737--47771	18	1.9	18	88	0	52	20	14	34	31	1.92
50846--50925	29	2.8	29	90	0	124	20	41	27	11	1.86
51117--51195	29	2.7	29	92	0	122	24	26	29	20	1.99
51297--51332	11	3.2	11	84	7	54	22	22	19	36	1.95
51503--51540	9	4.2	9	83	10	51	31	0	2	65	1.06
51623--51675	28	1.9	27	88	3	79	32	1	16	49	1.57
51622--51686	27	2.3	29	82	10	82	36	1	15	46	1.55
51802--51856	18	3.4	18	65	31	52	38	0	9	52	1.33
51884--51923	21	1.9	21	94	0	71	30	0	15	55	1.41
52101--52204	30	3.4	30	82	12	115	39	1	10	48	1.49
54513--54560	14	3.6	14	75	16	57	47	14	0	37	1.44
54532--54704	58	3.4	48	80	16	202	47	10	0	41	1.39
54512--54618	25	4.6	21	73	19	79	48	11	0	40	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54532--54629	21	4.3	22	69	17	67	50	8	0	41	1.32
54629--54655	10	2.7	10	100	0	54	40	18	0	40	1.51
54688--54775	21	4.3	21	66	18	60	46	12	0	40	1.42
54581--54907	60	5.5	60	96	0	579	47	12	0	40	1.42
57359--57400	20	2.1	20	90	0	66	52	16	0	30	1.44
58024--58129	53	2.0	53	100	0	212	11	18	43	26	1.84
58099--58221	30	4.1	31	87	8	157	8	19	48	23	1.75
58098--58217	61	2.0	60	85	8	163	7	20	48	23	1.75
58112--58227	29	3.9	30	85	5	130	8	21	46	23	1.79
65857--65905	23	2.1	23	84	0	62	38	14	10	36	1.80
69131--69165	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
70435--70481	10	5.5	8	82	14	51	25	25	34	14	1.94
70453--70481	15	1.9	15	100	0	58	24	27	34	13	1.93
74268--74302	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
75592--75626	8	4.5	8	92	7	63	22	25	37	14	1.92
75590--75623	15	2.3	15	100	0	68	26	26	35	11	1.91
75613--75644	13	2.5	13	89	0	55	15	25	43	15	1.86
75607--75667	18	3.2	18	88	6	86	14	22	45	16	1.84
75634--75680	5	9.0	5	78	17	51	4	21	53	21	1.63
78779--78835	28	2.0	28	82	0	69	36	8	14	40	1.76
80609--80662	27	2.0	27	88	0	81	38	12	25	22	1.90
90155--90222	28	2.4	28	85	0	91	38	11	2	47	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91233--91314	33	2.4	33	89	8	119	39	0	0	60	0.96
91452--91669	108	2.0	108	93	0	373	32	15	22	29	1.94
93817--94236	36	11.7	36	74	14	302	47	3	5	44	1.42
93821--94236	73	5.8	71	76	18	359	47	3	5	44	1.42
94080--94230	34	4.5	36	74	15	119	45	3	5	45	1.42
94121--94186	29	2.3	29	83	0	78	50	3	4	42	1.38
93928--94200	147	1.8	146	82	10	349	47	3	5	43	1.41
93868--94212	110	3.1	108	74	15	271	47	3	5	43	1.43
94204--94248	23	1.9	24	90	4	74	42	0	6	51	1.28
95545--95608	17	3.5	18	78	18	53	15	4	3	76	1.08
95573--95624	14	3.8	14	75	12	54	19	5	1	73	1.14
95877--95919	20	2.2	20	87	8	61	9	11	2	76	1.10
99410--99653	95	2.7	89	81	11	295	30	17	19	32	1.95
100806--100889	36	2.3	39	80	16	106	51	0	0	48	1.00
100844--100889	15	2.8	17	75	21	53	47	0	0	52	1.00
100887--100917	12	2.6	12	100	0	62	25	48	16	9	1.76
100942--101030	41	2.2	41	85	4	117	16	31	22	29	1.96
100957--101038	41	2.0	41	90	0	128	15	32	20	30	1.94
101268--101493	72	2.9	73	86	10	285	28	28	18	25	1.98
101366--102154	84	9.5	83	79	4	781	30	24	19	25	1.98
101366--102187	249	3.3	247	86	1	1126	30	24	19	25	1.98
101294--102154	165	5.3	162	79	7	800	30	25	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102721--103146	36	12.0	37	75	14	350	45	3	6	44	1.47
102743--103070	73	4.5	73	82	10	381	45	3	6	43	1.48
102891--103146	100	2.5	101	81	11	301	46	3	5	44	1.45
103176--103240	28	2.2	29	76	12	71	23	3	3	70	1.15
104557--104588	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
106436--106621	75	2.5	75	84	1	239	50	17	5	26	1.69
112896--112948	21	2.5	21	90	0	79	28	30	18	22	1.98
112938--112992	21	2.7	20	78	10	58	18	21	23	36	1.95
112961--113541	21	27.9	20	89	4	646	22	23	20	33	1.97
112961--113538	42	13.8	42	91	1	867	22	23	20	33	1.97
112961--113538	63	9.2	63	90	1	869	22	23	20	33	1.97
114248--114508	21	12.5	21	87	4	352	35	21	21	21	1.96
114915--114972	13	4.5	13	95	0	98	13	12	31	43	1.81
115329--115360	15	2.1	15	94	0	55	3	6	21	68	1.26
117097--117179	42	2.0	42	85	2	114	42	16	3	37	1.66
121970--122007	20	1.9	20	94	0	67	39	0	7	52	1.31
122125--122219	29	3.2	29	64	11	66	33	28	3	34	1.73
122107--122272	60	2.8	60	85	5	203	30	27	6	36	1.81
122431--122555	60	2.1	60	80	3	135	40	5	19	35	1.75
122696--122767	23	3.1	23	95	0	135	34	16	12	36	1.87
122917--122973	15	3.7	15	79	4	60	38	7	21	33	1.80
123190--123224	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125061--125103	8	5.2	8	83	5	59	60	0	2	37	1.10
125134--125170	16	2.4	16	86	13	51	51	0	0	48	1.00
125124--125170	15	3.2	14	82	14	51	48	0	0	51	1.00
125511--125593	37	2.2	40	79	16	104	46	2	8	42	1.47
125512--125622	36	3.2	35	80	13	113	45	3	9	41	1.53
125574--125743	33	4.9	34	77	9	150	42	5	8	43	1.58
125712--125765	23	2.4	23	96	3	101	46	0	9	44	1.35
125608--125906	124	2.3	134	80	12	340	44	3	7	44	1.47
125679--125804	56	2.2	58	88	5	186	48	2	6	42	1.41
125742--125879	37	3.7	38	83	10	171	48	1	5	44	1.35

Tables:   1   2   3