genome.fa.s9575.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009575.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116943_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  458240

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 299 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125842--125899	24	2.4	24	80	8	64	44	3	8	43	1.51
125933--125980	12	4.4	11	80	17	55	29	2	0	68	1.01
125922--125978	28	2.0	28	83	12	73	29	1	0	68	1.00
127483--127584	8	12.6	8	72	13	57	14	7	0	76	1.06
127476--127631	35	4.3	37	72	16	121	18	9	1	70	1.21
127623--127653	15	2.1	15	94	5	55	38	6	0	54	1.26
127642--127695	26	2.2	24	83	9	65	18	7	1	72	1.17
137335--137396	22	2.9	22	80	7	65	40	27	9	22	1.85
137346--137396	22	2.4	22	86	3	68	39	29	9	21	1.85
141153--141204	21	2.5	21	100	0	104	28	0	23	48	1.51
141153--141230	21	4.2	18	76	19	56	30	1	20	47	1.58
141211--141281	30	2.4	31	81	9	85	36	1	15	46	1.55
141655--141699	23	2.0	23	95	0	81	13	20	26	40	1.89
142480--142593	57	2.0	56	88	5	167	46	11	19	22	1.82
145081--145105	9	2.8	9	100	0	50	20	20	24	36	1.95
153925--153959	18	2.0	17	94	5	61	20	45	22	11	1.82
155285--155314	15	2.0	15	100	0	60	33	13	20	33	1.91
157089--157123	18	1.9	18	100	0	70	17	22	34	25	1.96
159653--159695	21	2.0	22	86	13	63	48	4	11	34	1.60
163239--163287	23	2.2	23	85	3	64	20	32	22	24	1.98
163244--163287	23	1.9	23	90	0	70	22	25	25	27	2.00
167319--167406	24	3.7	24	92	0	140	26	17	20	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169472--169532	29	2.1	30	84	3	79	18	18	16	47	1.83
170562--170758	55	3.6	55	95	2	353	29	18	23	27	1.98
171144--171217	37	2.0	37	100	0	148	45	8	16	29	1.76
171464--171514	21	2.4	21	96	0	93	19	13	27	39	1.90
171464--171533	21	3.3	21	90	4	88	21	12	28	37	1.90
175814--175852	4	9.8	4	100	0	78	0	25	0	74	0.82
176968--177105	64	2.2	64	80	2	143	28	19	20	31	1.97
177048--177151	45	2.3	45	83	6	131	27	16	20	35	1.94
183290--183322	15	2.2	15	94	0	57	33	30	18	18	1.94
183467--183502	12	3.0	12	83	0	54	36	22	5	36	1.78
183806--184022	64	3.4	64	82	4	190	28	19	18	33	1.95
185299--185343	20	2.2	20	92	0	72	26	13	31	28	1.94
185299--185350	20	2.6	20	79	11	70	28	15	28	26	1.96
185885--185939	23	2.5	22	82	5	74	25	21	23	29	1.99
190160--190190	8	4.0	8	95	4	55	25	0	51	22	1.48
190769--190828	31	1.9	31	89	0	93	25	15	36	23	1.93
190832--190883	22	2.4	22	93	3	88	23	28	32	15	1.95
190929--191016	29	3.0	29	79	0	95	20	32	32	13	1.92
193623--193665	22	2.0	21	86	4	59	67	13	4	13	1.38
203511--203551	18	2.3	18	87	8	57	2	31	21	43	1.66
205099--205159	22	2.8	22	82	0	86	18	26	32	22	1.97
217258--217383	51	2.5	49	88	5	180	15	35	31	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217496--217534	20	2.0	19	90	5	60	33	23	0	43	1.54
222344--222429	34	2.5	34	84	3	109	44	0	0	55	0.99
222345--222411	27	2.6	27	78	19	79	40	0	0	59	0.97
222350--222430	16	4.8	18	69	14	66	43	0	0	56	0.99
222742--222807	31	2.2	31	83	2	80	22	19	13	43	1.86
222995--223144	5	30.0	5	100	0	300	40	0	0	60	0.97
227830--227861	5	6.4	5	100	0	64	37	0	0	62	0.95
229290--229345	30	1.9	30	88	3	87	66	1	0	32	1.03
230441--230502	22	2.8	22	80	0	70	22	24	22	30	1.99
235446--235512	22	3.0	22	80	0	80	26	22	17	32	1.96
237290--237324	16	2.2	16	100	0	70	22	22	20	34	1.97
237731--237891	20	8.0	20	82	1	205	40	17	18	22	1.91
238095--238159	22	3.0	22	86	0	85	27	40	10	21	1.87
238509--238561	20	2.7	20	90	0	79	16	18	26	37	1.93
238546--238584	20	2.0	20	100	0	78	10	10	20	58	1.59
238548--238591	20	2.2	20	91	0	70	11	11	20	56	1.64
240473--240510	20	1.9	20	94	0	67	47	23	13	15	1.81
240550--240643	20	4.7	20	91	0	152	38	22	20	19	1.94
240550--240660	40	2.8	40	88	1	152	37	21	20	19	1.94
240667--240755	40	2.2	40	83	0	115	23	19	21	35	1.95
240669--240740	20	3.6	20	94	0	117	27	19	19	33	1.96
241239--241343	21	5.0	21	74	3	95	20	37	19	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241236--241346	42	2.6	42	78	5	118	20	37	18	22	1.94
242727--242762	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
242868--242943	33	2.3	34	95	2	136	13	23	19	43	1.86
242868--242963	33	2.8	33	89	6	122	13	22	20	42	1.87
242935--243009	20	3.8	20	90	0	114	18	21	24	36	1.95
242936--243023	20	4.4	21	84	8	103	19	19	23	37	1.94
246342--246388	20	2.3	20	89	7	69	21	17	27	34	1.95
246382--246528	20	7.3	20	85	1	213	21	21	19	37	1.95
246362--246528	60	2.8	58	81	8	199	21	20	20	37	1.95
246525--246570	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
248162--248216	24	2.3	24	90	0	83	30	21	9	38	1.85
248173--248221	24	2.0	24	96	0	89	28	20	10	40	1.85
251175--251205	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
251542--251779	53	4.5	53	84	0	287	41	4	29	24	1.75
251575--251826	106	2.4	105	81	3	265	39	4	29	25	1.76
252400--252482	33	2.5	34	85	14	97	44	6	4	44	1.49
252413--252482	33	2.1	35	89	10	110	42	5	5	45	1.51
256148--256196	23	2.1	23	88	7	73	48	0	0	51	1.00
256149--256217	23	3.0	24	82	14	67	46	0	1	52	1.09
260635--260701	31	2.2	31	89	5	100	20	4	4	70	1.23
260874--260951	32	2.5	33	83	8	108	34	12	17	34	1.88
261045--261103	29	2.0	29	100	0	118	45	13	6	33	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261256--261314	29	2.0	29	100	0	118	45	13	6	33	1.70
262974--263027	6	8.5	6	82	11	63	18	44	0	37	1.50
262973--263039	33	2.0	33	85	0	89	20	41	0	37	1.53
263838--263874	19	1.9	19	94	0	65	54	5	18	21	1.64
265044--265100	21	2.7	21	97	0	105	35	31	21	12	1.90
268913--268984	38	1.9	37	91	2	117	15	8	30	45	1.75
269045--269111	27	2.4	28	80	5	82	14	7	31	46	1.73
275100--275305	65	3.2	64	78	11	197	30	23	18	27	1.98
282032--282075	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
284629--284675	19	2.4	20	89	3	69	31	17	6	44	1.73
293409--293433	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
303798--303930	55	2.3	55	83	8	151	59	15	11	13	1.61
304397--304436	21	1.9	21	89	0	62	52	5	5	37	1.45
309006--309030	12	2.1	12	100	0	50	12	24	32	32	1.91
309175--309272	41	2.4	41	96	0	178	31	20	16	31	1.95
309261--309440	42	4.3	42	85	5	258	30	17	24	27	1.97
309261--309440	82	2.2	84	87	4	258	30	17	24	27	1.97
309428--309461	16	2.1	16	100	0	68	14	17	29	38	1.90
309386--309498	58	1.9	58	89	0	172	24	19	25	30	1.98
309444--309585	42	3.4	42	77	5	126	24	15	26	33	1.95
309346--309540	100	2.0	98	85	6	268	27	17	25	29	1.98
309658--309702	19	2.4	19	100	0	90	24	37	8	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309716--309763	21	2.3	21	88	0	69	20	47	18	12	1.81
313362--313404	20	2.2	20	86	0	59	30	20	16	32	1.95
318283--318319	12	3.1	12	92	0	56	48	13	37	0	1.43
322634--322664	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
324700--324745	23	2.0	23	95	0	83	21	10	28	39	1.87
327695--327746	18	2.9	18	100	0	104	34	15	11	38	1.83
327796--327839	3	15.3	3	86	9	65	34	0	0	65	0.93
327796--327839	23	1.9	23	90	0	70	34	0	0	65	0.93
329230--329283	26	2.1	26	92	0	90	24	25	22	27	2.00
329761--329788	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3