genome.fa.s9583.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009583.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116960_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1341443

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7213--7240	8	3.5	8	100	0	56	39	0	10	50	1.37
11717--12032	53	5.9	55	87	3	419	30	15	27	26	1.96
11716--12034	161	2.0	163	89	1	498	30	15	27	26	1.96
11712--12047	108	3.1	108	87	3	471	30	14	27	27	1.95
12575--12669	2	47.0	2	85	6	120	47	0	5	47	1.24
15830--16035	60	3.4	59	83	4	232	35	5	26	31	1.80
21374--21421	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
22273--22336	33	2.0	33	84	6	87	25	28	15	31	1.96
35533--35570	13	2.9	13	84	7	51	44	7	18	28	1.78
45824--45848	12	2.1	12	100	0	50	52	24	8	16	1.70
71562--71626	32	2.0	32	100	0	130	36	15	27	20	1.92
74787--74816	11	2.7	11	94	0	51	10	3	3	83	0.88
83056--83297	79	3.1	79	89	0	349	35	11	24	27	1.90
88996--89352	136	2.6	136	88	1	518	23	17	31	26	1.97
89350--89478	36	3.8	36	74	12	135	39	14	18	27	1.90
89356--89754	64	6.1	65	87	2	559	35	14	19	30	1.91
89356--89754	129	3.1	130	86	4	552	35	14	19	30	1.91
90818--90846	14	2.1	14	100	0	58	58	0	6	34	1.25
91098--91122	12	2.1	12	100	0	50	40	40	8	12	1.72
91103--91217	36	3.2	36	98	1	221	32	39	13	15	1.86
94413--94545	54	2.4	54	87	1	185	39	15	22	21	1.91
94903--94932	6	5.2	6	92	8	53	16	16	16	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98174--98495	123	2.6	123	85	1	421	35	14	25	24	1.93
98703--99005	123	2.4	125	88	2	432	34	17	24	23	1.95
101228--101427	34	5.7	34	86	4	240	34	22	20	23	1.97
101205--101427	68	3.2	68	81	9	254	35	22	18	23	1.96
101414--102372	215	4.5	214	90	2	1431	34	15	18	31	1.92
101414--102895	429	3.5	428	86	5	2082	34	15	18	32	1.92
102856--103027	91	1.9	91	91	2	283	32	16	20	30	1.95
107741--107776	6	6.0	6	100	0	72	50	33	0	16	1.46
111742--112043	148	2.0	150	96	1	554	34	21	21	22	1.97
116146--116178	15	2.1	16	88	5	50	6	24	12	57	1.57
123590--123639	20	2.5	20	93	0	82	36	26	10	28	1.88
126216--126415	14	14.2	14	66	22	73	29	1	1	68	1.08
126216--126357	35	4.4	34	71	20	110	30	1	1	66	1.08
126220--126363	76	1.9	75	86	10	197	30	1	1	66	1.08
126233--126424	41	4.9	40	70	20	147	27	1	1	69	1.06
126317--126366	16	3.1	16	81	16	59	26	2	0	72	0.96
126328--126573	43	5.8	41	75	13	155	21	3	1	73	1.07
126372--126576	17	11.6	17	72	20	131	19	3	1	75	1.05
126220--126423	76	2.6	78	74	15	188	27	1	1	69	1.06
126370--126430	28	2.2	28	77	16	65	26	0	1	72	0.94
129877--129942	26	2.5	27	82	7	73	80	7	9	3	1.00
129881--129949	26	2.7	25	76	8	68	78	7	11	2	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129555--130007	230	2.0	222	95	3	816	49	18	18	13	1.78
131659--131864	106	1.9	106	80	0	232	31	24	19	24	1.98
132092--132288	65	3.0	66	74	8	170	32	18	9	39	1.84
132947--133320	106	3.5	105	84	1	415	35	23	17	22	1.95
134690--134763	23	3.2	23	73	19	64	24	5	0	70	1.08
134739--134778	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
134831--134904	37	2.1	36	87	7	107	25	4	2	67	1.21
134899--134954	17	3.2	17	78	14	53	23	3	0	73	0.99
135148--135191	11	4.3	10	80	13	54	18	2	0	79	0.83
135148--135192	20	2.2	20	88	7	65	20	2	0	77	0.87
136561--136696	62	2.2	62	96	2	249	29	19	15	35	1.93
137960--138013	28	1.9	28	88	0	81	42	0	0	57	0.98
144391--144770	190	2.0	190	95	1	681	36	17	17	28	1.93
147354--147392	20	2.0	20	94	0	69	25	17	20	35	1.95
147355--147398	20	2.2	20	87	0	61	29	18	15	36	1.92
147432--147475	21	2.0	22	86	4	63	36	13	22	27	1.92
148678--148744	28	2.4	28	78	9	82	32	0	17	49	1.48
149263--149293	16	1.9	16	100	0	62	38	22	19	19	1.93
149607--149664	20	3.0	20	97	2	109	20	41	24	13	1.89
149857--149889	17	2.0	16	94	5	57	60	18	9	12	1.57
155082--155131	23	2.2	23	96	3	93	20	36	24	20	1.95
155090--155154	23	3.3	19	85	10	69	21	30	30	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155071--155154	23	4.2	19	82	10	62	22	29	29	17	1.97
158063--158094	17	1.9	16	93	6	55	62	21	9	6	1.47
158069--158110	18	2.4	17	84	11	50	61	16	14	7	1.53
160819--160864	16	2.8	17	75	21	53	34	8	15	41	1.78
162869--163019	65	2.3	65	87	7	211	29	18	21	29	1.97
162869--163068	65	3.1	63	81	9	192	28	18	23	31	1.97
164716--164883	21	7.9	21	73	5	131	35	24	13	26	1.93
164723--164883	65	2.5	63	77	6	164	36	23	13	26	1.92
168282--168348	23	2.9	23	81	0	71	19	28	20	31	1.97
170985--171040	22	2.6	21	72	13	51	53	3	23	19	1.60
175859--175888	12	2.5	12	94	0	51	63	0	10	26	1.26
181652--181972	2	164.5	2	69	17	176	47	2	4	45	1.34
181654--181936	109	2.6	109	83	9	360	48	2	4	45	1.34
181677--181947	107	2.5	107	84	6	334	47	2	4	45	1.36
182539--182582	22	2.0	23	86	4	63	34	25	18	22	1.96
191748--191794	21	2.2	22	82	17	55	42	29	0	27	1.56
191824--191868	20	2.3	20	88	3	65	44	4	8	42	1.56
192013--192095	16	4.8	17	71	12	71	48	6	7	38	1.56
192013--192112	18	5.7	18	73	16	77	47	6	8	39	1.58
192166--192244	2	39.0	2	97	2	149	49	0	1	49	1.09
192283--192373	21	4.3	20	71	16	67	38	6	7	47	1.58
192294--192398	22	5.0	21	75	13	81	39	6	7	46	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192391--192534	6	24.3	6	70	17	81	45	1	1	52	1.18
192383--192491	37	2.8	37	76	12	103	42	1	2	53	1.26
193238--193311	25	3.0	25	92	4	114	48	17	9	24	1.76
193740--193805	3	22.0	3	100	0	132	33	0	0	66	0.92
196715--196785	29	2.4	28	75	13	72	45	1	2	50	1.25
203179--203238	25	2.4	25	97	0	111	38	5	10	46	1.59
203384--203422	21	1.9	21	89	5	62	46	5	2	46	1.38
204074--204111	19	2.0	20	85	15	53	28	0	5	65	1.14
204624--204649	8	3.2	8	100	0	52	0	11	11	76	1.01
208509--208560	20	2.6	20	96	0	95	30	28	23	17	1.97
209195--209264	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95
209547--209589	21	2.0	22	90	4	70	27	27	20	23	1.99
209702--209783	34	2.4	35	87	6	123	19	21	35	23	1.96
209752--209813	22	2.9	22	86	9	85	14	29	37	19	1.91
213289--213367	2	39.5	2	100	0	158	49	0	0	50	1.00
213505--213565	29	2.1	29	87	0	86	22	26	8	42	1.81
213784--213875	2	46.0	2	100	0	184	50	0	0	50	1.00
213952--214061	45	2.4	45	86	5	152	28	25	14	31	1.95
214076--214208	45	3.2	43	70	22	131	27	26	12	33	1.92
213997--214208	79	2.7	78	91	2	352	27	25	12	34	1.92
214648--214847	95	2.1	94	84	3	253	25	24	17	33	1.96
224220--224251	16	1.9	17	93	6	57	62	3	0	34	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226288--226331	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
228098--228164	22	3.0	22	95	2	116	25	28	26	19	1.99
229858--229902	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
232979--233045	22	3.0	22	95	2	116	25	28	26	19	1.99
234738--234782	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
238082--238111	8	3.8	8	100	0	60	36	13	0	50	1.42
238190--238302	59	1.9	59	92	3	192	27	25	13	33	1.93
243758--243800	21	2.0	21	86	8	61	32	23	16	27	1.96
255404--255850	235	1.9	236	95	2	808	26	19	20	34	1.96
258802--258844	14	3.0	14	78	15	52	39	4	9	46	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6