genome.fa.s9583.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009583.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116960_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1341443

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708280--708313	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
709095--709136	22	1.9	22	100	0	84	38	23	4	33	1.76
711595--711634	5	8.2	5	83	5	55	22	2	0	75	0.93
711601--711634	14	2.3	15	90	5	52	23	2	0	73	0.97
724618--724659	21	2.0	20	82	13	50	16	14	9	59	1.60
728348--728543	66	3.0	65	81	4	214	38	17	10	33	1.84
730721--730803	3	27.7	3	100	0	166	32	0	0	67	0.91
732625--732673	19	2.8	17	76	11	62	46	24	6	22	1.74
735129--735564	134	3.3	133	85	2	579	34	22	14	28	1.93
748344--748368	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
751821--751845	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
751825--752020	90	2.2	89	92	4	333	38	10	5	45	1.63
754786--754871	43	2.0	42	86	2	118	45	4	0	50	1.22
755485--755789	3	100.7	3	68	15	121	31	7	3	57	1.44
755479--755514	16	2.2	16	95	0	63	38	2	5	52	1.39
755488--755584	16	5.8	16	70	20	56	30	11	4	53	1.55
755664--755804	19	7.4	19	73	13	58	33	6	2	57	1.39
755664--755705	22	1.9	22	85	9	59	26	11	2	59	1.45
755713--755761	14	3.3	14	81	13	53	40	0	0	59	0.98
755716--755789	17	4.3	17	86	8	105	36	0	2	60	1.11
757191--757218	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
757493--757540	8	6.4	7	95	4	53	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757498--757540	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
757613--757702	29	3.1	29	98	1	171	20	34	14	31	1.92
765492--765597	22	4.8	22	94	0	158	27	12	27	33	1.92
765544--765609	22	3.1	21	86	4	62	30	12	25	31	1.92
765654--765701	20	2.3	21	85	7	62	31	14	27	27	1.95
768983--769248	101	2.6	103	81	5	344	39	19	16	24	1.91
769552--769827	3	89.3	3	68	11	101	31	8	5	54	1.53
769546--769599	25	2.1	26	89	6	83	35	5	3	55	1.41
769552--769827	19	15.1	18	66	16	83	31	8	5	54	1.53
769659--769821	82	2.0	81	80	9	186	32	7	5	54	1.51
769840--769908	2	34.5	2	100	0	138	50	0	0	49	1.00
771636--771697	28	2.3	28	86	5	83	30	3	0	66	1.08
771734--771770	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
771840--771923	5	17.6	5	70	11	52	19	4	3	72	1.17
771825--771919	29	3.2	30	75	7	88	18	5	4	71	1.22
771899--771936	4	9.2	4	91	8	51	23	0	0	76	0.79
772073--772110	16	2.4	16	95	0	67	36	15	31	15	1.90
776823--776873	14	3.8	13	78	12	50	1	19	1	76	0.98
777378--777410	12	2.8	12	90	0	57	21	24	30	24	1.99
786488--786539	17	3.4	17	70	25	60	53	3	11	30	1.54
786479--786538	29	2.1	29	100	0	120	58	3	10	28	1.46
787694--787726	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790589--790639	12	4.3	12	76	18	54	31	0	1	66	1.03
790622--790700	26	3.0	27	80	14	87	44	0	1	54	1.08
790653--790737	38	2.2	38	85	12	111	44	0	1	54	1.07
790593--790758	64	2.6	65	90	5	261	41	0	1	56	1.10
790753--790792	17	2.2	19	86	8	57	42	5	0	52	1.23
791285--791313	14	2.1	14	100	0	58	55	0	0	44	0.99
792032--792148	33	3.5	32	75	15	78	73	0	6	18	1.10
792066--792141	5	14.2	5	79	15	73	75	1	3	19	1.04
792058--792135	28	2.7	30	84	13	94	75	0	3	20	0.95
792072--792135	23	2.8	22	85	4	83	76	0	4	18	0.95
792240--792302	15	4.1	15	80	8	65	82	3	6	7	0.93
792277--792315	11	3.6	11	86	3	53	82	7	7	2	0.94
793473--793524	23	2.3	22	90	6	86	48	0	7	44	1.31
793486--793537	23	2.3	23	83	6	61	50	1	9	38	1.46
794244--794411	57	2.9	58	85	8	216	25	11	23	39	1.88
794253--794465	57	3.6	57	84	8	200	24	12	22	41	1.87
794336--794465	59	2.2	57	85	8	165	24	13	20	41	1.88
802408--802446	20	1.9	21	89	5	62	71	5	7	15	1.26
805803--805937	9	14.6	9	71	16	82	72	4	2	20	1.15
805758--805937	5	35.6	5	69	17	88	72	3	4	19	1.16
805803--805878	28	2.7	27	82	13	91	73	1	3	21	1.06
805803--805878	29	2.7	27	81	16	84	73	1	3	21	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806046--806077	17	1.9	17	93	6	57	81	6	9	3	0.97
807126--807187	16	3.9	16	79	8	72	9	17	41	30	1.82
808357--808392	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
812985--813014	12	2.5	12	94	0	51	10	3	23	63	1.40
819883--819916	5	6.6	5	89	3	50	17	17	0	64	1.29
819889--819938	5	10.0	5	91	0	55	18	8	2	72	1.19
819889--819938	15	3.3	15	82	0	64	18	8	2	72	1.19
823118--823151	16	2.1	16	88	0	50	50	8	26	14	1.72
834678--834726	5	9.6	5	90	2	53	18	12	0	69	1.19
834678--834726	15	3.2	15	85	2	62	18	12	0	69	1.19
834684--834728	5	9.0	5	95	0	54	20	8	0	71	1.12
834684--834728	15	3.0	15	86	0	63	20	8	0	71	1.12
835220--835244	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
838503--838555	9	6.2	9	73	20	51	24	20	0	54	1.44
838506--838543	18	2.1	19	95	5	69	23	21	0	55	1.44
838516--838573	16	3.6	16	78	19	50	20	20	0	58	1.39
841558--841982	54	7.9	54	88	0	548	26	16	20	36	1.94
846978--847212	54	4.3	54	87	0	299	25	17	22	35	1.95
849787--849831	23	1.9	24	86	4	65	73	0	24	2	0.95
851312--851351	18	2.2	18	100	0	80	37	20	15	27	1.92
852777--852868	23	4.0	23	92	0	148	18	25	26	30	1.98
852777--852868	46	2.0	46	95	0	166	18	25	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860088--860156	36	1.9	36	87	0	102	30	24	7	37	1.83
860533--860800	71	3.8	72	76	3	258	29	27	24	18	1.98
866500--866537	20	1.9	20	88	0	58	28	7	2	60	1.38
866500--866549	19	2.6	19	83	3	55	30	10	6	54	1.58
880168--880269	42	2.5	41	82	6	125	32	20	21	25	1.98
879963--881689	259	6.7	259	88	2	2572	34	16	14	33	1.90
879963--881689	518	3.3	517	94	0	2893	34	16	14	33	1.90
881462--881563	42	2.5	41	79	6	107	34	22	20	22	1.97
894007--894063	29	1.9	30	85	3	80	31	8	7	52	1.59
894201--894256	11	5.1	10	75	25	51	1	21	1	75	0.99
894204--894257	21	2.6	19	81	16	63	1	20	1	75	0.98
894218--894263	21	2.1	23	84	8	60	6	15	4	73	1.19
896248--896389	68	2.1	68	95	0	257	31	20	21	26	1.98
896360--896685	151	2.1	153	95	2	593	23	19	17	39	1.92
898880--898925	22	2.1	22	87	0	65	52	8	2	36	1.45
905029--905144	61	1.9	61	89	0	178	28	25	18	27	1.98
911950--911987	13	2.8	13	88	11	58	73	0	0	26	0.83
913058--913100	16	2.6	16	81	3	50	58	2	0	39	1.11
913782--913827	19	2.4	19	96	0	83	4	50	4	41	1.42
915748--915802	3	16.3	3	82	17	56	63	0	1	34	1.05
915748--915803	14	4.1	14	81	6	62	64	0	1	33	1.04
915748--915802	7	8.2	6	83	16	56	63	0	1	34	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915748--915802	17	3.2	16	82	10	65	63	0	1	34	1.05
916401--916587	84	2.2	84	86	0	248	21	21	25	31	1.98
916584--916688	36	2.9	36	90	1	158	37	13	21	27	1.91
916952--917343	92	4.1	94	88	10	598	22	17	25	33	1.96
917134--917373	107	2.2	106	96	1	435	23	16	25	33	1.96
922421--922482	3	19.3	3	87	12	72	64	0	1	33	1.03
922421--922482	27	2.4	26	86	7	90	64	0	1	33	1.03
925546--925609	33	1.9	34	87	9	96	50	14	4	31	1.63
925596--925638	23	2.0	21	90	9	68	79	11	6	2	1.02
926037--926260	108	2.1	108	80	4	254	21	16	16	46	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6