genome.fa.s9590.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009590.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116969_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  297105

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 229 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150591--150939	176	2.0	175	98	1	673	30	32	13	24	1.93
153341--153410	21	3.4	21	74	18	74	32	22	21	22	1.98
153361--153433	20	3.6	20	78	10	94	35	17	21	24	1.95
153341--153433	41	2.3	41	94	0	159	34	20	21	23	1.97
153429--153480	21	2.5	19	74	17	50	21	21	21	36	1.95
153572--153612	6	6.8	6	97	0	73	46	34	0	19	1.50
153579--153618	18	2.2	18	90	0	62	47	37	2	12	1.55
166904--166949	2	23.0	2	95	0	83	47	0	0	52	1.00
172510--172585	33	2.4	33	84	8	95	39	0	1	59	1.06
174305--174352	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
174356--174444	21	4.3	20	88	6	90	19	35	24	20	1.95
174372--174441	21	3.3	21	94	4	115	18	38	24	18	1.93
174967--175060	28	3.2	28	83	11	100	52	4	3	40	1.37
175449--175932	126	3.8	126	97	0	907	30	21	26	21	1.98
179015--179052	13	3.0	13	88	3	60	44	0	0	55	0.99
185885--185977	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
185885--185977	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
185904--186038	41	3.3	41	82	6	132	37	21	21	19	1.94
185966--186080	20	5.7	20	80	6	106	32	26	17	24	1.97
185963--186094	41	3.2	41	77	8	135	35	25	15	23	1.94
186268--186311	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
186556--186593	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186730--186784	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
187913--187957	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
188439--188505	20	3.4	20	77	2	64	38	22	22	16	1.92
188494--188549	14	3.7	14	78	17	67	50	23	16	10	1.76
188478--188554	32	2.4	33	97	2	147	45	22	19	12	1.84
188566--188605	14	2.9	14	100	0	80	7	15	27	50	1.70
188606--188661	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
190528--190563	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
190670--190723	14	3.5	14	77	22	63	48	20	20	11	1.80
190651--190728	33	2.4	33	91	0	120	42	21	23	12	1.87
190747--190804	20	2.9	20	100	0	116	15	22	25	36	1.94
191861--191914	24	2.2	24	86	0	72	25	16	18	38	1.92
192089--192113	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
194401--194465	19	3.7	19	70	19	68	43	20	24	12	1.86
194461--194503	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
194489--194522	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
194653--194679	14	1.9	14	100	0	54	37	25	0	37	1.57
195708--195774	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
195708--195829	41	2.9	41	81	4	120	22	18	36	22	1.95
196298--196328	14	2.2	14	100	0	62	6	22	29	41	1.78
197758--197794	14	2.6	14	100	0	74	40	24	27	8	1.83
197709--197835	19	7.1	19	80	12	94	44	18	24	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198419--198471	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
198480--198533	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
198420--198536	61	1.9	61	85	0	162	23	17	24	33	1.97
198420--198554	61	2.2	61	81	2	155	22	20	24	32	1.98
198604--198644	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
210129--210153	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
215478--215525	15	3.3	15	80	11	64	8	10	6	75	1.20
215487--215529	20	2.2	20	86	0	59	6	11	6	74	1.21
216117--216182	28	2.4	28	89	0	105	15	16	18	50	1.79
217128--217226	26	3.8	25	75	12	85	41	1	1	56	1.13
217312--217393	31	2.5	33	76	11	89	53	1	6	39	1.34
217372--217415	21	2.2	20	88	8	63	56	2	0	40	1.11
225290--225350	16	3.8	16	88	0	86	57	19	11	11	1.64
226447--226500	14	4.1	14	77	18	71	50	25	14	9	1.73
226438--226499	24	2.6	24	89	0	97	51	24	14	9	1.72
231005--231034	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
231008--231042	15	2.3	15	90	0	52	65	0	17	17	1.27
231162--231246	24	3.7	21	69	25	55	76	1	2	20	0.96
231187--231244	25	2.3	25	80	11	66	75	0	1	22	0.89
231185--231326	40	3.5	39	75	16	130	68	1	2	28	1.09
231189--231273	35	2.4	35	82	9	102	71	0	2	25	0.98
231121--231252	9	13.4	9	70	20	61	75	0	6	17	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231210--231345	35	3.8	34	71	14	105	66	2	2	28	1.15
231322--231382	23	2.8	21	74	16	54	67	4	6	21	1.33
231707--231775	34	2.0	34	94	0	120	31	14	11	42	1.82
232237--233130	105	8.5	104	80	7	868	21	19	25	33	1.97
232237--233121	206	4.2	205	78	9	748	21	19	25	33	1.97
233584--233657	37	2.0	37	83	0	94	39	10	21	28	1.87
233765--233930	65	2.6	65	95	0	296	36	12	19	31	1.89
233830--234287	102	4.5	102	93	0	781	36	12	20	30	1.90
233895--234305	37	11.9	37	67	18	258	36	13	20	29	1.90
233730--234047	167	1.9	169	91	1	523	37	12	20	30	1.89
234201--234305	36	2.9	36	89	1	156	39	12	23	24	1.89
235164--235214	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
235870--235924	23	2.3	23	80	17	60	0	14	9	76	1.02
235913--235946	16	2.1	17	89	10	54	0	14	8	76	1.01
238888--238917	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
238891--238925	15	2.3	15	90	0	52	65	0	17	17	1.27
239024--239049	9	2.9	9	100	0	52	80	0	19	0	0.71
239048--239126	26	3.2	24	75	17	72	74	1	2	21	1.01
239059--239126	25	2.8	24	77	16	68	75	1	1	22	0.97
239057--239143	38	2.3	38	80	13	90	72	1	2	24	1.03
239070--239209	45	3.4	42	78	16	141	67	1	2	29	1.11
239077--239143	33	2.1	33	86	10	95	70	0	2	26	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239093--239207	39	3.0	35	73	21	97	66	1	1	30	1.12
239197--239249	24	2.3	23	83	9	63	71	3	5	18	1.21
239587--239655	34	2.0	34	94	0	120	31	14	11	42	1.82
241906--241935	14	2.2	13	94	5	51	36	13	13	36	1.84
245908--246013	31	3.5	30	78	14	103	46	7	4	41	1.53
245941--246013	31	2.4	31	84	13	105	45	6	5	42	1.54
269004--269108	3	36.0	3	90	5	171	63	0	1	34	1.05
269423--270199	113	6.9	113	94	0	1346	29	18	13	38	1.89
270940--271172	83	2.8	84	94	3	411	37	21	13	27	1.91
271911--271954	16	2.6	17	80	16	56	52	9	6	31	1.59
272441--272474	16	2.1	16	100	0	68	17	41	17	23	1.90
282852--282888	15	2.7	15	88	12	53	62	8	5	24	1.44
283584--283629	25	2.0	24	83	12	60	56	0	0	43	0.99
285073--285179	3	35.7	3	88	3	162	61	0	2	35	1.10
285759--285788	14	2.1	14	100	0	60	33	0	16	50	1.46
289987--290024	2	19.5	2	94	5	69	47	0	0	52	1.00
292369--292409	21	2.0	21	90	4	66	41	4	19	34	1.73
293482--293555	18	4.4	18	75	17	88	18	50	18	12	1.78
293552--293585	7	4.7	7	85	7	50	17	32	26	23	1.97
293554--293584	15	2.1	15	93	0	53	16	35	22	25	1.94
294859--294892	17	2.0	17	88	0	50	55	0	17	26	1.42

Tables:   1   2

The End!