genome.fa.s9594.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009594.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116973_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  563256

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11550--11591	21	2.0	21	90	0	66	57	0	2	40	1.12
11774--11807	2	17.0	2	93	0	59	50	0	2	47	1.16
16275--16315	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
16439--16659	110	2.0	111	92	0	372	36	8	9	46	1.66
21932--22042	51	2.2	51	92	6	183	27	22	25	24	2.00
24489--24789	42	7.2	42	76	8	258	46	7	20	25	1.77
24485--24789	83	3.7	82	78	9	287	45	7	20	25	1.77
24781--24849	36	1.9	36	87	0	102	56	7	8	27	1.56
42846--42902	26	2.2	26	81	6	71	50	14	12	22	1.75
44304--44345	21	2.0	22	86	13	61	59	11	16	11	1.61
44312--44346	10	3.4	10	88	4	52	60	8	20	11	1.57
49327--49410	22	3.8	22	82	3	105	25	30	25	19	1.98
51437--51597	64	2.5	64	83	6	193	33	19	19	27	1.96
51482--51620	64	2.2	64	81	2	172	36	20	17	25	1.94
52155--52312	31	5.2	31	86	3	239	37	11	15	35	1.83
52155--52312	60	2.6	62	90	2	239	37	11	15	35	1.83
52344--52466	61	2.0	61	100	0	246	28	19	30	21	1.97
55351--55380	7	4.3	7	100	0	60	53	0	0	46	1.00
60124--60165	19	2.3	18	88	12	59	9	19	0	71	1.13
61098--61147	26	2.0	24	92	7	82	52	10	22	16	1.73
64187--64319	20	6.7	20	71	9	67	33	26	12	27	1.92
69032--69092	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69391--70172	182	4.3	182	87	2	1070	42	12	17	27	1.85
72038--72077	22	1.9	21	85	10	55	27	25	20	27	1.99
72960--73089	66	2.0	66	83	3	163	31	1	42	24	1.64
73194--73229	18	2.0	18	100	0	72	55	0	38	5	1.23
76145--76635	200	2.5	196	85	3	625	41	14	12	31	1.83
76897--76926	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
82872--83087	108	2.0	109	97	2	411	20	14	12	52	1.73
83457--83492	10	3.3	11	92	7	56	27	55	16	0	1.42
83461--83495	5	6.6	5	96	3	52	25	54	20	0	1.45
83963--83993	5	6.4	5	96	3	55	0	41	22	35	1.54
83986--84024	20	1.9	21	94	5	71	0	25	46	28	1.53
83996--84025	15	1.9	16	93	6	53	0	23	46	30	1.52
84093--84149	22	2.6	22	91	0	96	35	29	17	17	1.93
87738--87794	23	2.5	23	88	0	87	28	24	26	21	1.99
93899--93957	28	2.0	31	90	9	97	33	6	16	42	1.75
94101--94174	20	3.7	20	82	10	96	20	28	22	28	1.99
94101--94156	21	2.8	20	88	2	76	19	26	25	28	1.99
94101--94183	41	2.0	41	90	4	132	20	27	25	26	1.99
94287--94325	20	1.9	21	89	5	62	38	33	10	17	1.84
95592--95637	15	3.2	15	82	14	53	71	4	21	2	1.14
96552--96600	21	2.3	21	96	0	89	20	44	8	26	1.79
96608--96910	126	2.4	128	84	3	405	27	29	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96679--97129	211	2.2	208	80	7	484	27	26	16	30	1.97
96891--97218	134	2.5	127	79	7	309	26	23	17	32	1.97
98851--98924	29	2.4	30	78	13	71	21	9	5	63	1.44
98881--98968	30	2.9	30	75	3	95	22	5	7	63	1.43
99025--99166	30	4.8	30	71	14	105	21	8	7	62	1.48
99127--99168	21	2.0	21	85	4	57	19	9	4	66	1.38
107406--107443	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
108935--108966	16	2.0	16	93	0	55	28	0	6	65	1.16
108930--108982	24	2.3	23	80	9	54	24	0	3	71	1.02
119159--119214	21	2.7	21	81	8	69	23	25	17	33	1.96
119198--119274	20	3.8	20	98	0	145	38	19	19	22	1.93
119472--119537	22	3.0	22	86	0	96	24	39	16	19	1.92
119905--119954	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
119922--119976	20	2.8	20	91	0	83	10	16	23	49	1.77
119941--119984	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
121852--121990	20	7.6	20	72	21	99	41	22	18	17	1.90
121855--122020	87	1.9	87	92	0	278	42	21	19	16	1.89
122035--122120	20	4.3	20	86	1	102	19	19	20	39	1.93
122482--122586	21	5.0	21	74	3	95	20	37	19	22	1.95
122479--122589	42	2.6	42	78	5	118	20	37	18	22	1.94
123973--124008	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
124114--124242	33	3.8	33	91	2	195	42	20	23	13	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124254--124308	20	2.8	20	94	0	92	18	21	25	34	1.96
125130--125526	201	2.0	194	95	4	715	32	21	18	28	1.96
127757--127802	20	2.3	20	96	0	83	23	19	28	28	1.98
134350--134393	20	2.2	20	91	0	70	36	20	20	22	1.95
134368--134429	20	3.2	20	75	9	65	24	20	19	35	1.96
136374--136472	42	2.4	42	87	0	144	29	36	17	17	1.92
137067--137116	21	2.4	21	93	0	82	24	38	20	18	1.93
138614--138662	20	2.5	20	79	0	62	12	18	22	46	1.82
138647--138703	29	2.0	29	89	0	87	33	24	14	28	1.94
138945--138980	18	2.0	18	88	0	54	22	0	19	58	1.40
141262--141312	24	2.1	24	81	0	57	37	21	19	21	1.95
157002--157070	35	2.0	35	85	5	95	46	15	18	18	1.84
166955--166995	21	2.0	21	100	0	82	43	4	4	46	1.46
167728--167801	2	37.0	2	100	0	148	50	0	50	0	1.00
172912--173258	173	2.0	174	99	0	687	27	23	19	30	1.98
182264--182301	20	1.9	20	84	10	51	71	7	7	13	1.31
182456--182495	6	6.7	6	100	0	80	17	35	0	47	1.48
189680--189713	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
189755--189788	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
190254--190501	130	1.9	130	93	0	424	35	12	15	36	1.86
190898--190973	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
192565--192710	19	8.1	19	74	17	141	11	23	19	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192587--192710	33	3.5	33	83	8	149	11	23	20	45	1.83
192570--192710	52	2.7	52	80	14	164	11	22	19	46	1.82
194403--194777	187	2.0	183	90	5	585	22	12	19	46	1.82
194403--194777	94	4.1	93	92	3	589	22	12	19	46	1.82
194869--194925	19	2.9	19	87	10	80	50	21	19	8	1.74
194936--195038	19	5.6	19	70	13	81	12	19	19	48	1.80
194969--195062	19	4.8	20	80	5	102	13	18	17	51	1.77
194969--195062	39	2.4	40	87	1	127	13	18	17	51	1.77
195453--195575	42	2.9	42	79	4	115	22	35	17	23	1.95
196907--196942	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
197124--197250	33	3.8	33	91	0	200	12	22	18	47	1.81
197244--197316	20	3.6	20	70	17	69	23	19	24	32	1.97
200701--201053	20	17.3	20	76	11	184	31	19	19	29	1.96
200701--201053	41	8.6	40	80	6	257	31	19	19	29	1.96
200701--200868	61	2.7	61	94	2	284	38	17	20	23	1.93
200875--200993	21	5.8	21	83	4	89	22	22	15	38	1.92
200869--201025	62	2.5	61	84	3	197	24	21	16	36	1.94
201007--201052	21	2.2	21	88	0	65	34	17	28	19	1.94
200700--201053	61	5.8	61	82	5	209	31	19	19	29	1.96
208568--208685	59	2.1	56	81	10	132	49	10	1	38	1.47
208722--208765	20	2.2	20	88	4	63	31	4	6	56	1.46
208946--208984	11	3.6	11	96	3	71	53	0	17	28	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211738--211805	27	2.6	27	88	4	104	44	14	10	30	1.79
215484--215544	27	2.3	27	94	0	104	44	14	13	27	1.83
217670--217706	15	2.5	15	95	4	67	67	13	13	5	1.39
221038--221079	16	2.7	16	85	3	59	28	2	2	66	1.16
224350--224436	35	2.5	34	78	12	88	56	10	6	26	1.58
224983--225018	18	2.0	18	94	0	63	25	22	27	25	2.00
231098--231282	96	1.9	96	100	0	370	25	22	8	43	1.82
231871--231909	20	2.0	20	84	0	51	48	2	10	38	1.51
238827--238868	21	2.0	21	90	4	68	64	0	2	33	1.07
240308--240349	21	2.0	21	90	0	66	45	2	21	30	1.65

Tables:   1   2   3