genome.fa.s9595.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009595.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116974_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1046665

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
508--561	19	2.8	19	94	2	90	46	3	9	40	1.54
1651--1744	34	2.7	36	85	6	131	37	1	21	40	1.60
15942--16002	20	2.9	20	85	7	59	24	32	26	16	1.96
15985--16024	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
16395--16440	25	1.9	24	86	8	67	52	4	4	39	1.41
17954--17995	16	2.6	16	78	10	50	19	0	23	57	1.41
17957--18002	23	1.9	25	82	8	60	19	0	26	54	1.44
23285--23341	27	2.1	27	100	0	114	45	10	14	29	1.78
36996--37038	17	2.4	18	84	3	52	53	0	0	46	1.00
39767--39797	16	1.9	16	100	0	62	77	0	9	12	0.99
40278--40327	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
47600--47633	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
51458--51500	19	2.2	20	80	12	54	65	0	18	16	1.28
57382--57415	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
62020--62069	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
68813--68852	21	1.9	21	94	0	71	7	22	37	32	1.82
80558--80589	15	2.1	15	94	0	55	34	0	0	65	0.93
81009--81037	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
81608--81648	16	2.6	16	88	3	57	34	21	7	36	1.82
90503--90550	23	2.1	23	84	0	60	41	6	16	35	1.74
90462--90628	87	1.9	86	90	1	262	41	8	13	36	1.76
90669--91346	199	3.4	198	80	7	608	32	14	13	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95520--95585	22	3.0	22	97	2	125	25	27	27	19	1.99
95798--95857	30	2.0	31	90	3	95	33	23	6	36	1.81
95872--95943	29	2.5	29	93	0	117	38	12	9	38	1.76
97629--97922	151	1.9	152	97	2	565	22	21	14	41	1.89
99448--99476	14	2.1	14	100	0	58	34	13	6	44	1.71
101778--101844	22	3.0	22	100	0	134	26	26	26	19	1.99
102054--102116	30	2.1	30	88	5	92	36	22	6	34	1.80
102138--102209	29	2.5	29	93	0	117	38	12	9	38	1.76
102437--103506	398	2.7	396	88	2	1556	31	15	14	38	1.87
102432--103506	199	5.4	196	77	9	1107	31	15	14	38	1.87
103501--103543	15	2.8	15	82	3	50	37	6	16	39	1.75
103801--103853	25	2.1	25	89	0	79	50	7	3	37	1.49
104835--104880	6	7.7	6	87	0	56	19	32	2	45	1.62
104835--104880	18	2.6	18	85	0	65	19	32	2	45	1.62
106428--107532	200	5.5	200	87	2	1431	34	15	11	38	1.84
106428--107532	399	2.8	399	86	3	1476	34	15	11	38	1.84
107374--107681	149	2.1	149	84	4	399	35	14	12	37	1.83
107174--107828	349	1.9	349	92	0	1114	35	15	11	37	1.83
107853--107904	21	2.5	21	96	0	95	36	17	11	34	1.86
108165--108214	19	2.6	19	96	0	91	54	10	2	34	1.45
109723--109830	18	6.2	18	88	4	150	2	39	0	57	1.13
110083--110123	21	2.0	21	90	0	64	17	34	12	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110206--110238	15	2.2	15	94	0	57	12	60	6	21	1.53
112501--113353	181	4.7	183	90	1	1191	26	16	14	41	1.87
113422--113537	57	2.0	57	94	0	205	36	12	8	42	1.74
120966--121016	21	2.4	21	83	6	68	23	23	13	39	1.91
121008--121058	21	2.5	21	81	6	61	39	19	25	15	1.91
121047--121141	20	4.7	20	83	7	111	33	26	18	21	1.96
121044--121121	41	1.9	41	94	0	138	37	25	17	19	1.94
121047--121161	20	5.7	20	79	9	99	34	25	18	21	1.96
121320--121363	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
121627--121664	20	1.9	20	94	0	67	10	15	21	52	1.72
122955--123001	18	2.7	18	90	3	78	27	44	12	14	1.82
123313--123410	48	2.0	48	100	0	196	32	9	15	42	1.78
123582--123648	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
123621--123703	19	4.6	19	79	14	113	45	20	20	13	1.84
123715--123773	14	3.9	14	74	20	55	11	16	22	49	1.78
123710--123789	33	2.4	33	95	0	142	12	18	21	47	1.81
123774--123828	20	2.8	19	86	8	74	18	25	21	34	1.96
123816--123854	20	2.0	20	94	0	69	25	12	28	33	1.93
124255--124321	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
124208--124321	42	2.7	41	81	5	104	22	35	19	21	1.96
125667--125703	14	2.6	14	91	0	65	32	0	16	51	1.45
125828--125882	14	3.6	14	73	21	56	45	21	23	9	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125810--125902	19	5.4	18	69	24	76	46	21	21	10	1.81
125810--125922	33	3.4	33	93	0	190	46	21	23	9	1.80
125928--126078	19	8.7	18	69	21	83	12	23	19	44	1.85
125934--126058	33	3.8	33	90	4	198	12	23	18	46	1.82
125986--126040	14	3.6	14	73	21	56	9	23	21	45	1.80
126031--126124	20	4.7	20	72	13	68	21	20	23	35	1.96
129021--129181	64	2.5	63	84	7	182	34	18	20	26	1.95
130343--130450	31	3.5	31	79	3	103	24	18	22	35	1.96
130396--130491	30	3.2	30	83	2	104	17	19	28	34	1.95
131461--131514	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
132228--132363	40	3.4	40	76	5	139	24	18	23	33	1.97
132248--132358	20	5.6	20	83	4	116	23	19	25	31	1.98
132500--132528	13	2.2	13	100	0	58	20	17	34	27	1.95
134937--134989	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
135243--135407	85	2.0	85	96	2	307	37	9	9	43	1.69
137238--137305	30	2.4	27	80	7	73	50	2	2	44	1.32
140007--140095	41	2.2	41	95	0	160	52	10	5	31	1.58
140324--140376	13	4.1	13	76	9	63	47	0	9	43	1.36
142604--142759	65	2.4	65	83	11	187	71	2	7	19	1.21
142630--142712	12	6.1	12	70	24	58	73	1	4	20	1.08
142648--142707	31	1.9	31	83	6	77	71	1	5	21	1.14
142736--142770	18	2.0	18	88	5	54	77	2	8	11	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142740--142780	10	4.3	10	81	12	50	75	2	12	9	1.13
142604--142806	66	3.1	65	79	11	170	69	2	8	19	1.25
143945--143999	13	4.3	12	84	11	65	80	1	1	16	0.90
143950--144017	7	10.1	7	79	9	54	79	0	1	19	0.81
143945--143999	6	8.7	6	86	7	65	80	1	1	16	0.90
144033--144399	39	9.8	38	82	9	402	44	7	1	46	1.39
144033--144399	152	2.5	150	88	6	518	44	7	1	46	1.39
144140--144449	152	2.0	152	85	5	412	47	8	1	42	1.42
145277--145316	14	2.9	14	84	0	53	47	15	2	35	1.58
146909--146940	16	1.9	17	93	6	57	59	0	0	40	0.97
149755--150344	55	10.7	55	83	2	715	29	24	16	30	1.96
150565--150643	37	2.1	37	88	0	122	22	21	17	37	1.94
153736--153796	23	2.7	23	86	0	86	21	19	27	31	1.97
155327--155380	21	2.6	21	96	0	99	24	22	27	25	2.00
157059--157131	23	3.2	23	76	5	69	38	20	20	20	1.94
158102--158179	20	3.8	20	75	18	70	24	25	19	30	1.98
159480--159541	20	3.2	20	75	9	74	29	30	17	22	1.97
165440--165499	31	1.9	31	96	0	111	40	23	16	20	1.91
169855--169948	31	3.0	31	92	3	145	37	23	19	20	1.94
172363--172502	64	2.2	64	97	0	262	33	18	24	23	1.97
178742--178766	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
179305--179342	20	1.9	20	100	0	76	50	10	7	31	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186458--186490	15	2.1	16	94	5	59	24	15	6	54	1.63
193244--193282	16	2.5	15	83	4	51	48	0	2	48	1.15
200089--200128	20	2.0	21	85	14	57	37	15	5	42	1.68
200088--200132	20	2.2	20	80	11	56	40	13	4	42	1.64
203431--203554	44	2.8	42	76	8	122	29	26	17	26	1.98
210367--210401	8	4.4	8	88	0	52	51	20	0	28	1.47
228625--228685	14	4.4	14	91	0	95	24	39	27	8	1.84
228677--228749	33	2.3	32	88	4	103	26	26	38	9	1.87
228767--228846	33	2.4	33	89	0	115	10	36	27	26	1.88
228767--228861	10	8.9	10	70	13	64	10	34	29	25	1.89

Tables:   1   2   3   4   5